이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.9.10. 및 같은 해 11.3.에 ○○ 도 ○○ 시 ○ 구 ○○ 동 산 ○○ 번지외 7필지 토지 88,253㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 종합의료시설을 신축할 목적으로 취득한데 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 청구인이 이 사건 토지를 정당한 사유없이 유예기간 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당될 뿐만 아니라 법인의 비업무용 토지에도 해당된다고 보아 그 취득가액(3,473,066,520원)에 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제2항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 416,767,980원, 농어촌특별세 38,203,720원, 등록세 78,823,270원, 지방교육세 14,450,930원, 합계 548,245,900원(가산세 포함)을 2001.9.10. 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 10개의 학교와 5개의 의과대학 부속병원을 운영하는 학교법인으로서 1988년부터 인수하여 의과대학 부속병원으로 사용하던 ○○ 병원의 이전을 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 교통영향평가와 도시계획 시설인가 등 행정적인 절차를 거치고 부지조성공사 계약을 체결하는 등 이 사건 토지를 취득목적대로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 행정적인 절차를 거치는데 있어서 관할기관의 처리지연으로 인하여 상당한 시간이 소요되어 유예기간을 경과하여 부지조성공사에 착공하게 되었는 바, 청구인이 비영리 학교법인으로서 이 사건 토지를 투기 목적으로 취득한 것이 아니라는 사실과 2001년부터 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과세 제도가 폐지된 취지와 계속하여 이 사건 토지를 취득목적대로 사용하기 위한 노력을 다하고 있었던 사실 등을 종합해 보면, 청구인이 유예기간내에 이 사건 토지를 취득목적대로 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것으로서, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 의과대학 부속병원 이전부지로 취득한 토지를 유예기간내에 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(1997.12.24. 법률 제5474호로 개정되기 전의 것) 제107조 본문 및 제1호, 제127조 제1항 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)의 취득 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제79조 제1항 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 비영리사업자로 규정하고 있으며, 구 지방세법 제112조 제2항, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항 제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 3년내에 정당한 사유없이 법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 의과대학 부속병원의 이전부지로 사용하기 위하여 1997.9.10.과 같은 해 11.3.에 이 사건 토지를 취득한 후 그 취득일로부터 2년이 경과한 2000.1.5.부터 도시계획사업 실시계획 인가 용역계약을 체결하면서 교통영향평가, 도시계획사업 실시계획 인가 등의 행정절차를 거쳐 유예기간 3년을 경과한 2000.11.15.에 착공신고를 하였으나 진입로 부분에 대한 조성 공사와 일부 옹벽공사만 한 채 현재까지 본격적인 건축공사에 착공하지는 않고 있는 상태임을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 법인의 비업무용 토지의 입법취지 및 청구인이 이 사건 토지를 취득하여 취득목적대로 사용하고 위하여 행정절차를 거치는데 관할기관의 지연으로 상당한 시간이 소요된 점과 계속하여 사업을 추진하고 있는 점을 고려할 때 이 사건 토지를 유예기간내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하지만, 「정당한 사유」라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한하는 것으로서(같은 취지의 대법원판결 2001.9.28. 2001두4351), 청구인의 경우 이 사건 토지를 취득한 후 유예기간 3년중 2년을 경과한 무렵에서야 병원 이전을 위한 도시계획사업 실시계획 인가를 받기 위한 용역계약을 체결하였고, 2년 6개월이 경과하여 도시계획사업 실시계획 인가 신청을 하여 유예기간을 경과하여 도시계획사업 실시계획 인가를 받은 사실과 도시계획사업 실시계획 인가를 받는 과정에서 최초 인가신청 시점(2000.7.13.)에서 최종적으로 ○○ 도지사로부터 인가실시계획 인가를 받은 날(2000.11.7.)까지 약 4개월의 시간이 소요되었으나 인가신청 부속서류의 미비로 인하여 2차례 보완요청을 하여 그 보완자료를 추가로 제출받음으로 인하여 소요된 기간과 공람공고기간 등을 고려할 때 특별히 관할 행정기관이 부당하게 업무처리를 지연하였다고 볼 수 있는 사정을 찾아볼 수 없으므로 청구인이 이 사건 토지를 유예기간내에 사용하지 못한 귀책사유가 토지 취득일로부터 2년 6개월이 경과하여서야 인가신청을 한 청구인에게 있다고 보아야 할 것이며, 인가를 받고 난 이후에도 착공신고는 하였으나 진입로 부지 조성공사와 일부 옹벽공사만 하고 방치하고 있는 점을 고려할 때, 청구인이 이 사건 토지를 유예기간내에 취득목적대로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 인정하기는 어렵다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2002. 6. 24. 행 정 자 치 부 장 관