이유
1. 원처분 개요 청구법인은 부동산입대업을 영위하는 법인으로 서울특별시 강동구 OO동 OOOOO 대 3,874㎡ 및 건물 16,487.94㎡(이하 “임대부동산”이라 한다)를 92.6.26 청구외 주식회사 OOO백화점(이하 “임차법인”이라 한다)에게 임대보증금 150억원, 연간임대료 1억5천만원에 임대하고, 기존의 점포세입자들에게 보증금을 반환하기 위하여 임차법인으로부터 현금 50억원을 차입하면서 2년후 임차법인에게 채무변제 의무 불이행시 차입원금 50억, 이자 20억(연간 10억원) 합계 70억원에 상당하는 임대부동산의 소유권 총지분 중 508분지 70지분을 소유권일부이전등기절차를 이행하기로 하는 화해조서(대전지방법원서산지원 92자 8 소유권이전등기)를 92.9.4 작성하고, 또한, 청구법인이 임차법인에게 상기 채무 불이행으로 인하여 508분지 70지분을 소유권이전등기를 이행할 경우 임대보증금 150억원 중 508분지 70지분에 해당하는 임대보증금 20억6천7백만원을 반환하기로 하는 화해조서(대전지방법원서산지원 92자 6 소유권이전등기)를 작성하였다. 그후 94.7.31까지 청구법인이 임차법인에게 채무변제를 불이행함으로써 임차법인은 상기 화해조서 2건에 의거 90억6천7백만원에 상당하는 소유권 508분지 90.6.7 지분을 임차법인 명의로 소유권이전등기하였다. 처분청은 94사업년도(94.1.1～12.31)법인세 서면분석 현지확인시 이를 적출하여 95.9.16 청구법인에게 94사업년도(94.1.1～12.31)법인세 792,719,820원과 94년 제1기 특별부가세 2,286,390,360원 및 94년 제2기 특별부가세 458,803,640원 합계 3,537,913,833원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.11.16 심사청구를 거쳐 96.3.4 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 임대부동산의 임차법인에 대한 소유권이전등기는 실질적으로 소유권이전등기된 것이 아니라 채무보증 목적으로 소유권이전된 것으로 청구일 현재 청구법인은 임차법인이 소유권이전등기를 경료받은 후 위 담보권 실행을 위한 청산절차를 거치기 이전인 96.1.8 임차법인에 위 채무 전액을 변제하였으며 이에 대한 말소등기 청구의 소를 제기한 소송이 계류중이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다. 나. 국세청장 의견 청구법인과 임차법인간의 92.9.4 작성한 화해조서에 의하면, 청구법인이 임차법인에 대한 채무 50억원과 이자 20억원을 94.7.31까지 변제하여야 하고 동 채무와 이자의 헙계액에 상당하는 임대부동산의 가액에 대한 임대보증금을 94.8.4까지 변제하여야 하며 이를 변제하지 못할시는 청구법인이 임대부동산을 임차법인에게 소유권이전한다고 되어 있는 바, 청구법인은 임차법인에 대한 채무를 화해조서상의 변제기일까지 변제하지 못하고 임대부동산을 임차법인에게 채무의 변제에 충당하는 소유권이전등기를 이행하였으므로 이를 양도로 보아 법인세 등을 과세한 처분청의 당초 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 임차법인에 대한 채무를 화해조서상의 변제기일까지 변제하지 못하여 임대부동산의 일부지분을 94.12.24과 95.2.11 임차법인 명의로 소유권이전등기한 것을 양도로 보아 과세한 처분의 당부를 가린다. 나. 관련법령 법인세법 제59조의 2 제1항에서 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 「토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 「토지등」이라 한다)」의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”고 규정하면서 제2항에서 “제1항에서 「양도」라 함은 토지 등에 대한 등기에 관계없이 매도·교환·법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다(단서 생략)”고 규정하고 있으며 같은법 기본통칙 7-1-6...59의2 제3항에서 “채무의 변제를 담보하기 위하여 자산을 양도한 경우에는 다음 각호의 요건을 갖춘 계약서의 사본을 과세표준신고서에 첨부한 때에는 이를 양도로 보지 아니한다. 1. 당사자간에 채무의 변제를 담보하기 위하여 양도한다는 의사표시가 있을 것 2. 당해자산을 채무자가 원래대로 사용수익한다는 의사표시가 있을 것 3. 원금, 이율, 변제기간 및 변제방법 등에 관한 약정이 있을 것”이라고 규정하고 제4항에서 “제3항의 담보에 관한 계약을 체결한 후 동항의 요건에 위배하거나 채무의 불이행으로 인하여 변제에 충당한 때에는 그 때에 양도한 것으로 본다”고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 임대부동산의 등기부등본에 의하면, 청구법인은 88.7.8 임대부동산을 취득하여 94.12.24과 95.2.11 임차법인 명의로 공유자지분 508분지70과 508분지 20.67 합계 508분지90.67을 소유권이전등기한 사실이 확인되고 있다. 위의 소유권이전등기는 원처분 개요에서 밝힌 바와 같이 청구법인이 임차법인에게 채무를 불이행함으로써 임차법인이 화해조서 내용에 따라 청구법인 소유의 임대부동산의 일부를 이전한 것임이 확인된다. 그러나 청구법인은 사전에 작성된 화해조서 내용에 따라 임대부동산의 일부 지분을 임차법인 명의로 소유권이전하였으나, 담보권 실행을 위한 청산절차를 거치기 이전인 96.1.8 임차법인에게 채무액 전액을 변제하였으며 이에 대한 말소등기 청구의 소를 제기한 소송이 서울지방법원에 계류중이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 이미 임대부동산을 임차법인에 대한 채무변제에 충당하는 소유권이전등기를 이행하였으므로 이를 관련법령의 규정에 의하여 양도로 보아 법인세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.