이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2011.3.31. 서울특별시 OOO를 취득하고, 「서울특별시세 감면조례」(2012.1.1. 조례 제5277호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제2항의 규정에 의거 취득세 등을 면제받았다. 나. 처분청은 2013.3.21.부터 2013.3.22.까지 이 건 부동산에 대한 현장조사를 실시한 결과, 청구법인이 이 건 부동산을 지식산업센터용으로 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2013.5.13. 청구법인에게 부과고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 소프트웨어 개발업 등을 주 목적사업으로 하는 법인으로 동일업종을 전문적으로 수행하는 주식회사 OOO와 업무협약을 체결하여 소프트웨어 개발업을 공동으로 수행하고 있는 바, 이 건 부동산의 현관 안내판 및 입구에는 청구법인의 상호가 명확히 기재되어 있고, 이 건 부동산의 모든 관리비는 청구법인이 납부하고 있으며, 이 건 부동산에 대한 청구법인의 근무자현황이 좌석배치도에서 확인되고 있고, 청구법인이 이 건 부동산에 임대사업자등록을 하지 아니하였으며, 임대수익을 계상한 사실도 없고, 부동산 임대에 따른 부가가치세를 납부한 사실도 없으므로 이 건 부동산을 제3자에게 임대한 것이 아닌 이상, 소프트웨어 개발업에 직접 사용하는 것으로 보아야 하고, 설사, 이 건 부동산을 OOO와 겸용함으로써 임대에 대한 다툼의 여지가 있다 할지라도 「서울특별시세 감면조례」 제12조 제2항에서 규정하고 있는 “직접 사용”이라 함은 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용되는 것이면 충분하고, 그 사용의 방법이 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는 것OOO인 바, 청구법인의 경우 이 건 부동산을 감면 요건에 해당하는 소프트웨어 개발업에 사용하기만 하면 되는 것으로 취득자인 청구법인이 직접 이 건 부동산을 해당 사업에 사용하여야 하는 것은 아니므로 이 건 부동산은 소프트웨어 개발 업에 직접 공여되고 있고, 취득일부터 5년 이내에 매각하거나 소프트웨어 개발업 외에 다른 용도로 사용하지 않음이 명백하므로 이 건 취득세 등은 마땅히 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 처분청 세무담당공무원이 2013.3.21. 실시한 이 건 부동산 현지조사서에 의하면, 이 건 부동산의 외부간판 상호가 OOO로 되어 있고, 이 건 부동산에는 OOO의 직원들만 근무하고 있었을 뿐 청구법인의 직원들은 없었으며, 2013.3.22. 청구법인의 대표이사 이OOO과 면담결과 OOO와 이 건 부동산에 대하여 임대차계약을 체결한 적은 없으나, 청구법인이 타임게이트 명의로 영업활동을 하여 그에 대한 수수료 등을 받기로 하였고, OOO가 이 건 부동산을 사용토록 하였음이 확인되고 있다. 한편, 청구법인의 2011년도 및 2012년도 결산서에 의하면 소프트웨어 개발관련 실적이 없고, 청구법인의 어떠한 직원도 직접 소프트웨어 개발을 하였다는 자료를 찾을 수 없으며, 청구법인의 주장과 같이 OOO가 개발한 프로그램에 대한 영업활동을 지원하였다고 하더라도 이를 청구법인의 소프트웨어 개발 등에 직접 사용하였다고 볼 수는 없고, 청구법인과 OOO가 작성한 이 건 부동산에 대한 임대차계약서가 없으며, 임대수익이 발생하지 아니하였다 하더라도 지식산업센터 감면에 대한 추징 시에 임대에 따른 수익여부를 묻지 아니하고 있고, 처분청의 현장조사 결과 등에 따라 청구법인이 아닌 OOO가 이 건 부동산을 사용한 사실이 명백한 이상 이 건 부동산은 취득세 등을 추징대상이다. 또한, 「서울특별시세 감면조례」 제12조 제2항에서 규정하고 있는 “직접 사용”이라 함은 해당부동산을 취득.등기한 자가 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무에 대하여 그 시설의 사용주체로서 직접 사용하는 경우를 의미하는 것으로 청구법인과 OOO는 법인격과 권리 및 의무가 각각 다른 법인으로서 청구법인과 OOO를 동일시 할 수 없고, OOO가 사용한 것을 청구법인이 사용한 것으로 볼 수 없으므로 “직접 사용”의 의미를 사용주체가 아닌 용도에 의해 판단하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 지식산업센터용 부동산을 취득하여 해당 사업에 직접 사용하였는지 여부 나. 관련법령 (1) 서울특별시세 감면조례(2012.1.1. 조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 제12조(지식산업센터 등에 대한 감면) ② 중소기업자가 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당사업이나 벤처기업용에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 세액을 추징한다. (2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 (2011.3.30. 법률 제10154호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 13. "지식산업센터"란 동일 건축물에 제조업, 지식산업 및 정보통신산업을 영위하는 자와 지원시설이 복합적으로 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다. 1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설 ② 제1항 제1호에 따라 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다. (3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률시행령(2011.6.24. 대통령령 제22977호로 개정되기 전의 것) 제4조의6(지식산업센터) 법 제2조 제13호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 3층 이상의 집합건축물로서 6 이상의 공장이 입주할 수 있는 건축물을 말한다. 제6조(산업단지의 입주자격) ③ 법 제2조 제18호에서 “정보통신산업”이란 정보의 수집.가공.저장.검색.송신.수신 및 그 활용과 이에 관련되는 기기.기술.역무, 그 밖에 정보화를 촉진하기 위한 사업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다. 2. 소프트웨어 개발 및 공급업 제36조의4(지식산업센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다. 1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2000.5.19. 본점을 서울 OOO로 하고, 목적사업을 각종 정보통신 소프트웨어 및 컴퓨터용 영상 소프트웨어 개발유지, 보수업 등으로 하여 설립되었고, 2011.3.31. 이 건 부동산을 취득하였으며, 2011.4.1. 처분청에 이 건 부동산에 대한 감면신청을 하였고, 감면신청 당시 신청서에 첨부된 건물 사용계획서에는 이 건 부동산을 최초분양으로 취득하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5의 규정에 해당하는 소프트웨어 개발업으로 사용할 계획이라고 기재되어 있다. (나) 청구법인은 2013.3.2. OOO와 업무협약을 체결하였고, 동 업무협약서에는 OOO의 프로그램 판매에 대하여 2013년 3월 4일부터 청구법인은 프로그램 판매 및 유지보수 영업활동을 할 수 있으며 그에 따른 영업지원과 기술지원은 OOO에서 지원키로 하고, 청구법인의 영업행위로 인한 매출은 OOO의 명의로 하여야하며 그에 따른 영업이익은 OOO와 청구법인과의 매출 수수료로 거래한다고 기재되어 있다. (다) 처분청 세무담당공무원은 2013.3.21. 이 건 부동산 현지 확인을 실시하였고, 동 현지 확인서에는 지식산업센터 감면 법인 부동산 사용현황 조사 통지공문을 등기로 청구법인에게 발송하였으나, 이사불명 반송되고 청구법인과 연락이 되지 않아, 이 건 부동산을 방문하였으나 외부간판 상호가 OOO로 되어 있고, 근무하는 직원에게 문의하니 자신들은 OOO의 직원이며, 청구법인에 대하여는 전혀 알지 못한다고 답변하고 있다고 기재되어 있고, 처분청 세무담당공무원의 2013.3.22. 이 건 부동산 현지 확인서에는 OOO가 이 건 부동산을 사용중이고, 청구법인 대표이사OOO와 면담결과 임대차계약을 맺은 적은 없으나, 청구법인 대표이사가 OOO의 명의로 영업활동을 하여 그에 대한 수수료 등을 받기로 하였고 대신 청구법인은 OOO에게 이 건 부동산 사용할 수 있게 한 것으로 확인(청구법인의 대표이사는 주로 영업활동으로 외근)한다고 기재되어 있으며, 청구법인의 2011년도 및 2012년도 법인세 신고서 등을 보면, 2012년은 매출이 없는 상태이며, 2011년은 조경공사 건으로 인한 매출실적만 있는 것으로 나타난다. (라) 그 외 청구법인은 청구법인과 OOO 간에 중복되는 주주가 없고, 양 법인 간에 특수관계가 성립하지 않음을 입증하는 청구법인과 OOO의 주주현황, 이 건 부동산의 청구법인의 사무실 배치도OOO, 청구법인이 납부자로 되어 있는 이 건 부동산의 관리비 납입통지서(2012.12.～2013.2.), 이 건 부동산(512호)에 청구법인의 상호가 표시되어 있는 이 건 부동산 소재 현관입구 안내판 사진 및 대표이사 외 2인에게 봉급을 지급한 청구법인의 급여대장(2013.1. ～ 2013.3.)을 제출하고 있다. (2) 「서울특별시세 감면조례」 제2항 본문에서 중소기업자가 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로 같은 항 단서에서 규정하고 있는 “직접 사용”은 당해 부동산을 취득한 중소기업자가 소정의 지식산업센터용에 직접 사용하는 경우로 한정해서 해석하는 것이 타당하다 할 것인 바, 청구법인의 경우, 제출된 자료를 종합하여 보면, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후, 1년 이내에 소프트웨어 개발업에 직접 사용하지 아니한 것으로 나타나고 있고, OOO가 이 건 부동산을 소프트웨어 개발업에 직접 사용하였다 하더라도 이는 당해 부동산을 취득한 중소기업자가 직접 사용한 것이 아니므로 위 조례에서 규정하고 있는 “직접 사용”으로 볼 수는 없다 할 것이며, 또한, 청구법인이 유예기간 내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고도 보이지 아니하므로 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세 기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.