이유
1. 처분개요 가. 청구인은 경상남도 양산군 웅상읍 OO리 OOO 전469㎡ 및 동소 OOOOO 답 255㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 동소 OOO 답 1,107㎡ 및 동소 OOOOO 전 57㎡(이하 “쟁점②토지”라 하며, 쟁점①토지와 쟁점②토지를 합쳐 “쟁점토지”라 한다)를 ’87.10.22 취득하여 쟁점①토지는 ’95.12.13 소유권이전등기를 경료하고 쟁점②토지는 ’95.10.17 소유권이전등기를 경료하였으나 자산양도차익 예정신고나 과세표준 확정신고를 하지 않았다. 나. 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일로 보고 기준시가에 의거 양도차익을 산정한 후 ’97.12.17 청구인에게 ’95년 귀속분 양도소득세 95,938,440원을 결정고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 ’98.1.28 이의신청, ’98.2.25 심사청구를 거쳐 ’98.5.13 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 쟁점①토지 및 그 지상건물은 ’90.10.30, 쟁점②토지 및 그 지상건물은 ’91.4.5 두차례에 걸쳐 청구외 OOO에게 양도하였으나 당시 청구인은 쟁점토지가 토지거래허가지역내에 있다는 것을 모르는 상태였다. 추후 청구인은 쟁점①토지는 토지거래허가지역내에 있지만 도시계획구역외의 1,000㎡이하 농지여서 허가대상이 아니며, 쟁점②토지는 토지거래허가지역내의 토지로서 허가대상인 것을 알게 되었던 바, 위 OOO이 쟁점토지상 지상건물은 소유권이전등기를 하여 청구인도 그에 따른 양도소득세를 자진신고·납부하였으나 쟁점토지에 대하여는 이전등기를 해 가지 않아 청구인이 OOO에게 계속적으로 등기이전을 해 갈 것을 요구하였으나 위 OOO은 웬일인지 차일피일 미루다가 미등기 상태에서 위 OOO의 강요에 의하여 새로운 전매용 매매계약서 또는 담보설정용 인감 등에 날인을 요구해 청구인은 잔금을 모두 받은 상태라 어쩔 수 없이 날인을 해 주었던 바, 그러한 관계로 등기부상 쟁점①토지는 청구외 OOO에게, 쟁점②토지는 청구외 OOO에게 소유권이전등기가 경료되게 된 것이며, 이러한 사실은 청구인이 제시한 매매계약서, 지상건물 등기서류, 잔금수령액에 대한 금융자료, 건축물대장, 잔금수령액으로 매입한 대토농지 취득대금 지급사실 등으로 확인이 가능하다. 특히, 쟁점②토지의 경우는 토지거래허가지역내의 허가대상인 토지로서, 대법원은 토지거래허가전 계약에 대하여 동일인에게 허가를 전제로 하여 계약이 체결되었던 토지로서 추후 허가를 받으면 유효한 계약이라고 판시(대법원 91다 33612, ’92.7.28)하고 있는 반면, 미등기 전매의 경우는 당사자들 사이에 최초의 매도인과 최종의 매수인 사이에 중간생략 등기의 합의가 있었고 최초의 매도인과 최종의 매수인을 당사자로 하는 토지거래계약허가를 받아 최종의 매수인 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다고 하더라도 최초의 매도인과 최종의 매수인 사이에 매매계약이 체결되었다는 것을 의미하는 것은 아니므로 적법한 토지거래 허가없이 경료된 등기로서 무효라고 판시하고 있다. 이상에서 청구인의 쟁점①토지 양도시기는 그 잔금청산일인 ’90.10.30이고 쟁점②토지 양도시기는 그 잔금청산일인 ’91.4.5로서 이 건 ’97.12.17의 부과처분은 부과제척기간(5년)이 경과된 위법한 처분인데도 처분청이 청구인의 쟁점토지 양도시기를 등기접수일로 보아 과세한 것은 쟁점①토지의 경우는 위법한 미등기전매자의 조세부담까지 청구인에게 부담시켜 실질과세의 원칙을 위반한 부당한 처분이고, 쟁점②토지의 경우는 무효인 거래에 대하여 양도소득세를 과세한 것으로 위법한 처분이므로 이를 취소시켜야 타당하다. 나. 국세청장 의견 청구인은 부산에 거주하고 있는 OOO과 중개인 없이 쟁점토지를 거래한 것으로 매매계약서에 되어 있는 바, 원거리에 위치한 OOO과 중개인없이 쟁점토지 거래계약을 한 것은 일반적인 부동산거래관행상 수긍되지 아니하고, 쟁점토지상 건물은 양도하고 그에 대한 양도소득세를 자진신고납부하였다고 주장하나, 건물이 양도된 시기인 ’90년 및 ’91년 당시에도 토지·건물의 양도시기는 원칙적으로 잔금청산일이므로 ’90년 및 ’91년에 쟁점토지의 잔금이 청산되었다면 이에 대한 양도소득세를 신고납부하지 않을 특별한 이유를 발견할 수 없고, 토지거래허가지역내에 있던 쟁점토지를 OOO에게 양도하면서 토지거래허가를 득하지 못할 이유를 구체적으로 제시하지 못할 뿐만 아니라 매수인이 쟁점토지의 소유권이전등기를 지체할 경우 소유권이전등기 의무자인 청구인으로서도 매수인에게 쟁점토지의 소유권을 이전하여 갈 것을 요구할 수 있음에도 그러한 노력을 하였다는 아무런 흔적을 찾아 볼 수 없는 점등을 종합해 보면, 쟁점토지를 ’90년 및 ’91년도에 실질적으로 양도하였다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일로 본 처분의 당부 나. 관련법령 구 소득세법(’94.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제27조에서 「자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다(’82.12.21 개정)」고 규정하면서, 같은 법 시행령 제53조 제1항 본문 및 제1호에서 「법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다(’82.12.31 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다(’89.8.1 개정)」고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 쟁점토지를 ’90년 및 ’91년에 OOO에게 양도하고 대체농지를 매입하였다면서 매매계약서와 무통장입금증 및 청구인의 처 OOO의 은행통장 사본 등을 제시하고 있으나 매매계약서는 사적계약서이고, 쟁점토지를 양도한 금액 397,500,000원이 반드시 OOO의 자금으로 지급되어 청구인의 처 OOO의 통장에 입금되었다든지 또는 대체농지를 매입하는데 사용되었는지 여부가 불확실하다. (2) 쟁점토지의 등기부등본상 내용을 살펴보면, 쟁점①토지는 청구인이 취득(’87.10.22)한 후 청구외 OOO에게 양도(’95.12.13)하기까지 ’94.12.9 청구외 OOO이 권리자가 되어 위 토지상에 일체의 처분을 금지하는 가처분 등기를 경료하였으며, 쟁점②토지는 청구인이 취득(’87.10.22)한 후 청구외 OOO에게 양도(’95.10.17)하기까지 ’94.12.10 위 OOO가 권리자가 되어 위 토지상에 일체의 처분을 금지하는 가처분등기가 경료되어 있을 뿐, 청구인으로부터 실제로 쟁점토지를 양수하였다는 청구외 OOO은 청구인의 등기부상 소유기간 동안 쟁점토지상에 가처분 금지나 근저당권 설정 등 어떠한 권리도 설정한 바가 없음이 확인된다. 만약 OOO이 실지로 청구인이 주장하는 ’90년 및 ’91년에 쟁점토지를 매수하였다면, 이 건 등기접수일인 ’95.12월까지 약 4～5년간 쟁점토지상에 어떠한 권리도 설정하지 않고 미등기인 상태로 놔 둔 점이 이해되지 않는다. (3) 또한, 청구인은 처분청의 이 건 결정전통지서를 받은 후 제기한 과세적부심사청구에서 심판청구시 주장과는 달리 쟁점토지를 등기부상 양도일(등기접수일)까지 농지로 직접 경작하였다고 인우증명을 첨부하여 주장하면서 8년 자경농지 및 농지대토로 인한 양도소득세 비과세를 주장하였음은 확인되나 청구인이 주장하는 시기(’90.10.30 및 ’91.4.5)에 OOO에게 쟁점토지를 실제로 양도하였다는 언급은 전혀 없었음이 확인된다. (4) 사실이 이러하다면, 청구인이 쟁점토지를 ’90.10.30 및 ’91.4.5 위 OOO에게 실제로 양도하였다는 청구주장은 신빙성이 없다 할 것이므로 처분청이 등기접수일을 양도일로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다고 판단된다. 라. 결 론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.