이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구외 ㅇㅇ종합건설(주)이 임대목적의 공동주택을 건축하기 위해 2000.3.13. 처분청으로부터 주택건설사업계획승인을 받은 후 2000.5.9. 착공하여 공사를 진행하다가 경영악화로 공사가 중단된 공동주택의 부속토지의 일부인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 10,404㎡(이하 “제1토지”라 한다)를 청구인이 2001.8.1. 취득하고 그 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한 세액으로 신고납부하자 이를 수납하여 징수하였고, 그 후 사업장 인근의 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 623㎡를 2002.2.15. 취득하고 이중 309㎡에 대하여는 2002.2.21. 취득세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수하였으며, 나머지 314㎡(이하 “제2토지”라 한다)에 대하여는 기부채납 조건으로 취득한 것으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 2002.6월경 세무조사 결과 공동주택의 착공일이 구 ㅇㅇ시세감면조례(2002.4.1. 조례 제3112호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 부칙 제3항에서 규정하고 있는 2001.3.13. 이전이라는 사실을 확인하고 감면대상이 아니라고 보아 그 취득가액(2,760,000,000원)을 과세표준으로

지방세법 제112조

제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 34,098,810원, 등록세 51,360,160원, 지방교육세 9,458,410원, 합계 94,917,380원(가산세 포함)을 2003.9.13. 부과 고지하였다가 2003.10.6. 청구인이 이에 불복하여 이의신청을 제기하자 2003.11.3. 취득세 가산세(5,565,380원)를 취소한 세액으로 경정 결정한 다음 2003.11.13. 이의신청 결정시 제1토지중 167㎡와 제2토지는 2002.7.19. 처분청에 기부채납하였음을 확인하고 이 부분에 대한 취득세 등을 취소한 금액인 취득세 26,234,380원, 등록세 47,221,880원(가산세 포함), 지방교육세 8,657,330원(가산세 포함), 합계 82,113,590원으로 경정 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

임대주택법에 의한 임대주택사업자가 임대할 목적으로 임대주택을 건축하는 경우에 취득세와 등록세를 감면하는 취지가 주택건설 경기를 활성화하고 미분양주택 적체 및 부도업체 급증 등으로 어려움에 처한 주택업계를 지원하는데 있고, 청구인과 같이 당초 승인받은 주택건설사업계획을 변경승인받아 착공하는 경우까지를 감면대상에서 배제하는 것은 아니라 할 것이고, 구 ㅇㅇ시세감면조례 제13조제1항에서 공동주택의 경우 “그 부속토지를 포함하되 토지를 취득한 날부터 2년 내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우를 제외”하도록 규정하고 있으며, 제2항에서는 감면한 취득세 등의 추징요건을 정하고 있고, 그 부칙 제3항에서 건설임대사업자의 경우 “2001.3.13. 이후에 착공된 경우로서 2003.12.31.까지 취득하는 경우에 한하여 적용한다”라고 규정하고 있음을 볼 때, 토지의 경우 감면조례 시행일 이후 취득하고 그 취득일부터 2년 내에 공동주택을 착공하기만 하면 감면대상이 되는 것이라 하겠으며, 제2항에서 정한 추징사유에 해당되지 아니한다면 추징할 수도 없다 하겠고, 동 조례 부칙규정은 토지의 취득과는 관계없이 그 지상의 건축물에 한정하여 적용되어야 하는 조건으로 보는 것이 타당하다 하겠는 바, 청구인은 청구외 ㅇㅇ종합건설(주)이 공동주택을 2000.5.9. 착공하여 공사를 진행하다가 경영난으로 공사가 중단된 사업장을 승계하면서 부속토지인 제1토지를 2001.8.1. 취득한 후 2001.8.11. 사업주체, 사업계획 등을 변경하는 주택건설사업계획변경승인을 받았으므로 이때를 착공일로 보아야 할 것이고, 설사 2000.5.9.을 착공일로 본다 하더라도 건축물과는 달리 제1토지는 취득일부터 2년 내에 공동주택을 준공하여 현재 임대사업에 사용하고 있으므로 동 조례 제13조제2항에서 정한 추징요건에도 해당되지 아니한다 하겠으므로 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 주택건설사업계획승인을 받아 공사를 진행하던 중 경영난으로 공사가 중단된 사업장을 승계한 후 사업계획변경승인을 받아 공사를 재개한 경우 착공일을 언제로 보아야 하는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 ㅇㅇ시세감면조례 제13조제1항 본문 및 제2호에서

임대주택법 제2조

제4호의 규정에 의한 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 30일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다)가 임대할 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하의 공동주택(아파트·연립주택 및 다세대주택을 말하며, 당해 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다)을 건축하거나 건축주로부터 최초로 분양받는 경우 당해 공동주택(그 부속토지를 포함하되 토지를 취득한 날부터 2년 내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 그 부칙 제3항에서 제13조제1항제2호 규정에 의한 감면규정은 2001년 3월 13일 이후에 착공(건설임대사업자의 경우) 또는 분양계약(매입임대사업자의 경우)이 체결된 경우로서 2003년 12월 31일까지 취득하는 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 청구외 ㅇㅇ종합건설(주)이 임대목적의 공동주택을 건축하기 위해 2000.3.13. 처분청으로부터 주택건설사업계획승인을 받은 후 2000.5.9. 착공하여 공사를 진행하다가 경영악화로 공사가 중단된 공동주택의 부속토지의 일부인 제1토지를 2001.8.1. 취득한 후 2001.8.11. 사업주체, 설계자, 공사시공자, 사업계획(대지면적, 건축물 연면적, 규모, 사업비, 사업기간) 등을 변경하는 주택건설사업계획변경승인을 받은 다음 2001.9월경 공동주택에 대한 공사를 재개하였고, 2002.2.15. 제2토지를 포함한 임야 623㎡를 취득한 다음 2002.7.19. 제1토지중 167㎡와 제2토지를 처분청에 기부채납한 사실과 청구외 ㅇㅇ종합건설(주)가 공사를 중단한 시점에서의 공사진행 공정률이 28.01%인 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 공사가 중단된 사업장을 승계한 다음 주택건설사업계획변경승인을 받아 공사를 재개하였으므로 이때를 착공일로 보아야 하겠고, 설사 이때를 착공일로 볼 수 없다 하더라도 토지의 경우 건축물과는 달리 감면조례 시행일 이후 취득하고 그 취득일부터 2년 내에 공동주택을 착공하기만 하면 감면대상이 된다 하겠으므로 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구 ㅇㅇ시세감면조례 제13조제1항 본문 및 제2호에서 임대주택사업자가 임대목적으로 전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 이하인 공동주택을 건축하는 경우 그 부속토지를 포함하여 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하되, 그 부칙 제3항에서 건설임대사업자의 경우 2001.3.13일 이후에 착공하는 경우로서 2003.12.31.까지 취득하는 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 청구외 ㅇㅇ종합건설(주)이 2000.7.5. 처분청으로부터 승인받은 사업계획변경승인 및 승인신청서 전부사항에 대하여 승계를 받은 사실이 명의변경 동의서에서 확인되고 있고, 2001.8.11. 처분청에 사업주체, 설계자, 공사시공자, 사업계획(대지면적, 건축물 연면적, 규모, 사업비, 사업기간) 등을 변경하는 사업계획변경승인신청서를 제출하여 같은 날 당초 사업주체의 경영난으로 3개월 정도 공사가 중단된 것을 청구인이 공사를 계속 추진하는 것으로 하여 변경승인을 받았으며, 청구외 (주)ㅇㅇ건축사사무소가 청구인에게 제출한 공동주택 신축공사에 대한 최종 감리보고서를 보면 청구외 ㅇㅇ종합건설(주)이 공사를 중단한 시점에서의 공사진행 공정율이 28.01%이고, 청구인은 공동주택에 대한 공사를 재개하면서 기존 구조물을 철거하지 아니하고 그대로 사용하였으므로 기존 구조물을 철거하는 등 기초공사 부분이 변경되지 아니하는 한 주택건설사업계획변경승인을 받았다 하더라도 새로운 착공으로 볼 수는 없는 것이라 하겠다. 또한, 구 ㅇㅇ시세감면조례 제13조제1항 본문에서 공동주택의 경우 “그 부속토지를 포함하되 토지를 취득한 날부터 2년 내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우를 제외”하도록 하고 있는 규정은 임대사업자가 임대목적으로 공동주택을 건축한 경우 그 부속토지까지 감면대상에 포함하되, 공동주택을 건축하기 위해 토지를 먼저 취득한 경우에는 그 취득일부터 2년 이내에 착공하여야만 공동주택과 그 부속토지를 감면대상에 포함한다는 것이지, 건축물과 토지를 구분하여 감면여부를 판단하여야 한다는 것을 의미하는 것은 아니라고 보는 것이 타당하다 할 것인 바, 동 조례 부칙상의 “착공”이라는 의미도 달리 볼 수는 없다 하겠으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 4. 26.

행 정 자 치 부 장 관