이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.1.30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 부동산(토지 301㎡, 건물 564㎡, 이하 이 사건 부동산 이라 한다)을 취득한 후 지방세법 제107조 제1항제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 이 사건 부동산 중 3층 건물 141㎡(이하 임대용 부동산 이라 한다)를 수익사업에 사용하고 있으므로, 임대용 부동산 부분의 해당 과세표준액(170,000,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호제2목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,080,000원, 농어촌특별세 374,000원, 등록세 6,120,000원, 교육세 1,122,000원, 합계 11,696,000원(가산세 포함)을 2001.3.10. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 이 사건 부동산을 교육용 시설로 사용하기 위하여 매입하였으나, 청구외 전 소유주 ㅇㅇㅇ가 1년 이상 거주할 수 있도록 합의되어야 이 사건 부동산의 매도가 가능하다는 매각조건에 따라 별도의 부동산 임대계약은 체결하지 아니하고, 임대용 부동산에서 퇴거시 퇴거불응 등의 문제점을 보완하기 위해 지급할 잔금에서 담보금액(50,000,000원)을 보관하기로 매매계약을 체결하고 취득한 다음, 청구 외 전 소유주 ㅇㅇㅇ가 2001.4.13.까지 거주하다가 퇴거하고 현재는 2002학년도 신입생 모집 사무실로 사용하고 있으므로 비과세된 취득세 및 등록세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 비영리법인인 학교법인이 전 소유자와 부동산 매매계약을 체결할 때 약정에 의하여 잔금 중 일부금액을 보관한 다음, 전 소유자를 임대용 부동산에 거주하도록 하는 것이 비과세된 취득세 등의 추징사유에 해당되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 제1항제1호, 제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제78조의2 제1항, 제79조제1항제2호, 제93조의2 및 제94조제1항에서 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득 또는 등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하지만, 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 이 사건 부동산 중 임대용 부동산을 청구 외 ㅇㅇㅇ로부터 50,000,000원을 받고 임대하였으므로 이를 수익사업으로 보아 비과세된 취득세 등을 부과 고지하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으며, 이에 대하여 청구인은 임대용 부동산을 청구 외 ㅇㅇㅇ(전 소유자)에게 1년간 거주하게 한 것은 이 사건 부동산을 취득하기 위한 매매계약서상의 특약사항을 이행한 것으로 수익사업에 해당되는 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 현재는 2002학년도 신입생 모집 사무실로 사용하고 있으므로 비과세된 취득세 및 등록세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면, 청구인은 학교를 운영하는 법인으로서 외국인 교수 충원 및 교육시설의 확충을 위하여 신축 중이던 교육용 건축물의 활용도를 높여야 할 필요성 때문에 이 사건 부동산을 매입하기 위하여 매도인에게 매각을 제의하였으나, 매도인은 이 사건 부동산 중 임대용 부동산에 1년간 거주할 것을 매각조건으로 제시함에 따라 청구인은 매각조건을 수용하되, 지급할 잔금 중에서 50,000,000원을 보관하고 있다가 임대용 부동산 명도시에 지급하기로 매매계약을 체결하여 이 사건 부동산을 취득한 다음, 임대용 부동산을 제외한 건축물은 즉시 기숙사로 사용하였고, 임대용 부동산도 청구 외 ㅇㅇㅇ로부터 2001.4.13. 명도 받아 2002학년도 신입생 모집 사무실로 직접 사용하고 있음을 볼 때, 청구인은 신축중인 교육용 건축물의 활용성을 높이기 위한 필요성 때문에 매도인의 매각조건을 수용할 수 밖에 없었고, 이와 같이 매도인과 청구인간의 부동산매매계약 특약사항을 수익사업으로 보기는 어려운 것이라 하겠으므로 처분청의 부과처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001. 5. 28. 행 정 자 치 부 장 관