이유
1. 원처분 개요 청구인은 78.12.7 서울특별시 양천구 OO동 OOOOOO 소재 대지 165.8㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 증여에 의하여 취득한 후 90.12.24 양도하였다. 청구인은 91.1.31 처분청에 이 건 토지에 대한 자산양도차익예정신고를 하면서 양도가액은 실지거래가액인 35,000,000원으로, 취득가액은 환산가액 2,848,107원으로 하여 양도소득세 6,918,990원, 동 방위세 1,393,790원을 신고납부하였다. 처분청은 청구인이 신고한 환산방법에 의한 취득가액이 적법하지 못하므로 양도 및 취득가액을 각각 기준시가로 하여 양도차익을 산출한 결과 실지 거래가액 35,000,000원을 초과한 68,465,115원이 되므로 양도차익을 35,000,000원으로 하여 92.4.16 청구인에게 양도소득세 7,021,860원, 동 방위세 2,798,730원을 추가고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.6.15 심사청구를 거쳐 92.9.1 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 (1) 이 건 토지는 90.12.24 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하므로 이 건 양도소득금액에서 장기보유특별공제액을 공제하여야 하며, (2) 처분청은 이 건 토지의 자산양도차익을 산출하면서 취득가액을 “0”으로 하였으나 “0”으로 할 것이 아니고 기준시가로 하여야 한다. 나. 국세청장 의견 청구인은 이미 건축법상 대지 최소면적 이하인 토지를 취득하여 보유하다가 양도한 것이므로 소득세법 제23조 제2항 제2호에 의한 장기보유특별공제대상에 해당되지 않는다(취득가액을 기준시가로 하여야 한다는 청구주장에 대하여는 의견 없음). 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 이 건 토지가 소득세법 제23조 제2항 제2호의 규정에 의한 장기보유특별공제대상에 해당하는지의 여부와 (2) 이 건 토지의 취득가액을 기준시가로 할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다. 나. 이 건 토지가 장기보유특별공제대상에 해당하는지의 여부를 살펴보기로 한다. (1) 관련 법 규정을 보면, 소득세법 제23조 제2항 제2호에서 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 양도소득금액에서 장기보유특별공제액을 공제하도록 하되 대통령령으로 정하는 토지는 제외하도록 규정하고, 같은법시행령 제46조의3 에서 장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지를 규정하면서 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 재무부령이 정하는 것은 그러하지 아니하도록 규정하고 있다. 소득세법시행규칙 제18조의3 (장기보유특별공제대상이 되는 토지) 제1항에서 “영 제46조의3 제1호에서 「재무부령이 정하는 것」이라 함은 당해토지의 취득후 도시계획법, 자연공원법, 도로법, 기타 법령의 규정에 의하여 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지를 말한다”라고 규정하고 있다. 따라서 이 건 토지가 장기보유특별공제대상에 해당되려면 이 건 토지의 취득후 도시계획법등의 법령의 규정에 의하여 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지이어야 한다. (2) 이 건 토지취득후 관련법 규정에 의하여 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 것인지 여부를 보면, 이 건 토지의 면적은 165.8㎡로서 건축법시행령 제85조 제1항에서 일반주거지역의 경우 대지면적 최소한도인 60㎡이상 180㎡이하에 해당되고 있고, 청구인이 양천구청장에게 건축허가가능 여부를 질의한 데 대하여 “대지가 협소하여 건축계획상 건축허가가 불합리하다”고 회신(건축 30420-12401, 91.12.7)한 것으로 보아 건축 및 사용이 제한된 것으로 볼 수도 있으나 이 건 토지는 취득할 때부터 이미 대지면적최소한도 면적이었으므로 위의 규정에 의한 「취득 후 건축 및 사용이 금지 또는 제한」된 것이 아니므로 장기보유특별공제대상에 해당되는 토지로는 볼 수 없다(국심 91서1721, 91.12.30 합동회의. 같은 뜻) 다. 이 건 토지의 취득가액을 기준시가로 할 수 있는지의 여부를 살펴보기로 한다. 먼저 관련법 규정을 보면, 소득세법 제23조 제4항 및 제45조 제1항의 규정에서 자산의 양도차익을 산출할 때 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하여 결정하는 것을 원칙으로 하되, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액으로 결정하도록 규정하고 있다. 같은법시행령 제170조 제1항에서 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하도록 하되 다만, 제115조 제1항 제3호에 규정된 자산을 양도한경우 또는 제170조 제4항 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액을 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 환산한 가액에 의하여 결정하도록 하고 있다. 이 건의 양도는 주식등의 양도에 관련되는 위 제115조 제1항 제3호의 경우나 부동산의 1년이내 단기양도 또는 투기목적의 양도에 관련되는 제170조 제4항 제2호의 경우에 해당되지 않는다. 따라서 이 건 토지의 양도 및 취득가액을 기준시가로 하여 양도차익을 산출하여야 하나, 국세기본법 제14조 제2항 및 소득세법 제7조 제2항의 규정에 의한 실질과세원칙에 의하여 기준시가로 산출한 양도차익이 실지거래가액의 범위를 초과할 수는 없다고 할 것이므로(대법원 판결 87누483, 87.12.22외 다수. 같은 뜻) 이 건 토지의 양도차익이 실지거래가액 35,000,000원을 초과하므로 이를 양도차익으로 하여 양도소득세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다. 라. 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.