이유
1. 사실 및 처분개요 청구법인은 의류제조업을 영위하는 영리내국법인이다. 처분청은 청구법인의 90-92사업연도 법인세과세표준 및 세액을 추계조사경정함에 있어(조사기관 : 서울지방국세청) 각 사업연도 소득금액계산상 익금가산 상여처분한 금액을 소득금액변동통지서에 의하여 청구법인에게 통지하였고, 청구법인이 이에 대한 갑종근로소득세 및 방위세를 원천징수·납부하지 아니하자 95.2.16 청구법인에게 90-92년도 귀속 갑종근로소득세 2,184,721,600원 및 동 방위세 139,690,480원, 합계 2,324,413,080원을 결정·고지하였다가, 그 후 청구법인의 위 각 사업연도 법인세 심판청구에 대한 국세심판소의 심판청구결정내용(요지 : 당초 추계조사결정한 90-92사업연도 법인세과세표준 및 세액을 실지조사결정하라)에 따라, 조사관청인 서울지방국세청장은 청구법인의 90-92사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 실지조사결정하였고, 처분청은 위 실지조사결정에 따라 변동된 상여처분금액 및 결정세액을 「소득금액변동통지서 (1), (2)」경정결정내역표 및 결정결의서에 의하여 95.12.23 청구법인 및 대표자 OOO에게 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.2.12 심사청구를 거쳐 96.5.18 심판청구를 하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 헌법재판소는 95.11.30 위헌소원사건(94헌바 법인세법 제32조 제5항 등 위헌소원)결정서에서, 법인세법 제32조 제5항(80.12.31 법률 제3270호로 개정된 것으로 94.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)의 규정은 국민의 권리의무에 관한 기본적 사항에 해당하는 소득처분에 관련된 과세요건을 정함에 있어서 아무런 기준을 제시함이 없이 하위 법규인 대통령령에 전적으로 일임함으로써 포괄적으로 위임하였으므로, 조세법률주의와 위임입법의 한계에 관한 헌법규정을 위반하였다고 결정하였는 바, 이 건 과세처분은 위 위헌결정이 내려진 이후에 이루어졌기 때문에 실지조사시 확정할 소득처분대상이 없으므로 기타사외유출로 소득처분하여야 함에도 대표자에게 상여처분하고 갑종근로소득세를 결정·고지한 이 건 과세처분은 위법·부당하니 취소하여야 한다. 한편 국세청장은 청구법인의 심사청구에 대한 각하결정사유로 “처분청의 95.12.23자 경정처분은 감액결정으로 세액의 일부를 취소하는데 지나지 아니하는 것이므로 처음의 과세처분이 이 감액된 범위 내에서 존재하게 되고 이 처분만이 쟁송의 대상이 되고 이 경우 불복절차의 적법여부는 당초 처분일을 기준으로 하여야 한다”고 하였으나, 처분청의 95.12.23자 경정처분은 단순한 감액결정이 아니고 당초의 추계조사결정방법에서 실지조사결정방법으로 결정한 전혀 별개의 새로운 과세처분이므로, 결과적으로 당초의 추계조사결정방법에 의한 과세처분은 없어지고 새로 실지조사결정한 과세처분만이 남아 있게 되므로, 심사청구기간의 기산일은 95.12.23로 하여야 한다. 나. 국세청장 의견 본안 심리에 앞서 이 건 심사청구가 적법한 청구인지를 보면, 처분청은 청구법인에게 95.2.16자로 90년귀속분 원천세(갑종근로소득세)768,297,680원(방위세 139,690,480원), 91년 귀속분 원천세(갑종근로소득세)890,126,140원 및 92년 귀속분 원천세(갑종근로소득세)526,298,780원 합계 2,324,413,080원을 결정·고지하였다가, 95.12.23자로 90년 귀속분은 329,670,810원(방위세 62,676,140원), 91년 귀속분은 847,909,550원, 92년 귀속분은 134,433,380원 합계 1,374,689,880원으로 감액 결정하여 소득금액변동 통지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 96.2.12자로 심사청구를 제기하였는 바, 처분청의 95.12.23자 경정처분은 감액경정처분으로 감액경정처분은 처음의 과세처분에서 결정된 과세표준과 세액의 일부를 취소하는데 지나지 아니하는 것이므로 처음의 과세처분이 감액된 범위 내에서 존속하게 되고 이 처분만이 쟁송의 대상이 되고, 이 경우 불복절차의 적법여부는 당초 처분일을 기준으로 하여 판단하여야 할 것인 바(동지 대법원 85누599, 87.12.22), 청구법인은 95.2.16자로 결정고지한 고지서를 받은 날로부터 60일 내에 심사청구 하여야 함에도 1년이 지난 96.2.12자로 심사청구 하였으므로 청구기간을 도과한 부적법한 청구라고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 이 건 심판청구가 적법한 전심절차(심사청구)를 거친 적법한 청구인지 여부와 (2) 갑종근로소득세 및 방위세 과세처분이 타당한지 여부를 가리는데 있다. 나. 쟁점(1)에 대하여 (1) 관계법령 국세기본법 제55조 (불복) 제1항은 「이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 그 처분이 국세청장이 조사·결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 그 처분에 대하여 심사청구에 앞서 이 장의 규정에 의한 이의신청을 할 수 있다.」라고 규정하고 있고, 같은 법 제61조(청구기간) 제1항은 「심사청구는 당해 처분이 있는 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일(납세자가 국외에 주소를 둔 경우에는 90일)내에 하여야 한다.」라고 규정하고 있다. (2) 사실관계 처분청의 과세기록 및 청구법인 제출자료에 의하면, 처분청의 과세처분경위, 과세처분내용 및 청구법인의 불복청구 내용은 다음과 같음을 알 수 있다. ① 처분청은 청구법인의 90, 91, 92사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 추계조사결정하고, 93.10.16 청구법인에게 90사업연도 법인세 529,431,020원 및 동 방위세 98,818,180원, 91사업연도 법인세 649,561,880원, 92사업연도 법인세 353,009,510원, 합계 1,630,820,590원을 고지하였다. ② 이에 청구법인은 93.12.13 “93.10.16자 추계조사결정을 취소하고 장부 및 증빙서류에 의하여 실지조사결정하라”는 요지의 심사청구를 하였고, ③ 위 심사청구에 대하여 국세청장은 94.2.4 “영등포 세무서장이 93.10.16 청구법인에게 결정·고지한 90사업년도 법인세 529,431,020원과 동 방위세 98,818,180원, 91사업년도 법인세 649,561,880원 92사업년도 법인세 353,009,510원, 합계 1,630,820,590원은 기장유무를 재조사해서 그 결정방법을 달리하여 이를 결정한다”라고 결정·통지하였다. ④ 위 심사청구결정 내용에 따라 조사관청인 서울지방국세청장은 청구법인의 90, 91, 92 사업연도 법인세를 재조사하였으나, 청구법인이 제출한 장부 및 증빙서류 등이 사실과 달라 장부에 의하여 조사·결정할 수 없다고 판단하고, 95.2.4 이를 청구법인과 처분청에 통지하였고, ⑤ 이에 처분청은 지금까지 보류하고 있던, 93.10.16자 법인세 추계조사결정시에 대표자 등에게 상여처분한 금액에 대한 갑종근로소득세 및 방위세를 결정하고, 95.2.16 청구법인에게 90년 귀속 갑종근로소득세 768,297,680원 및 동 방위세 139,690,480원, 91년 귀속 갑종근로소득세 890,126,140원, 92년 귀속 갑종근로소득세 526,298,780원, 합계 2,324,413,080원을 고지하였다. ⑥ 그 후 95.3.15 청구법인은 “처분청이 93.10.16 추계조사결정·고지한 90, 91, 92 사업연도 법인세 및 방위세, 95.2.16 고지한 90, 91, 92년 귀속 갑종근로소득세 및 방위세를 장부 및 증빙서류에 의하여 실지조사결정하라”는 요지의 심판청구를 하였고, ⑦ 청구법인의 위 심판청구에 대하여 국세심판소는 95.9.8 “영등포세무서장이 93.10.16 추계조사결정방법에 의하여 청구법인에게 결정·고지한 90사업연도 법인세 529,431,120원 및 동 방위세 98,818,180원과 91사업연도 법인세 649,561,880원, 92 사업연도 법인세 353,009,510원의 각 과세표준은 법인세법 제32조 제3항 본문의 규정에 의한 실지조사결정방법에 의하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.” 라고 결정하였다. ⑧ 서울지방국세청장은 위 심판청구 결정에 따라 당초 추계조사결정한 청구법인의 90, 91, 92 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 실지조사결정하였고, 처분청은 위 실지조사결과 변동된 인정상여처분금액을 「소득금액변동통지서 (1), (2)」에 의하여 95.12.23. 청구법인과 대표자 OOO에게 통지하였으며, ⑨ 위 소득금액변동통지서를 받고 청구법인은 인정상여 소득처분에 따른 갑종근로소득세 및 방위세 과세처분에 대하여 심사청구(96.2.12) 하였으나, ⑩ 국세청장은 당초의 고지서수령일(95.2.16)로부터 60일이 경과한 96.2.12 심사청구 하였으므로 청구기간을 도과한 부적법한 청구라는 이유로 각하 결정(96.3.22) 하였고, ⑪ 청구법인은 이에 불복하여 96.5.18 이 건 심판청구를 하기에 이르렀다. (3) 판단 ① 앞서의 사실관계에서 살펴 본 바와 같이 국세청장은 청구법인의 96.2.12자 심사청구기간의 기산일을 당초 고지일인 95.2.16로 보아 위 96.2.12자 심사청구는 심사청구기간(60일)을 도과한 후에 한 부적법한 청구로 보아 각하결정을 하였는 바, 위 심사청구(96.2.12)에 대한 국세청장의 각하결정이 타당하다면 이 건 심판청구(96.5.18)는 적법한 전심절차(심사청구)를 거치지 않은 부적법한 청구가 되고, 96.2.12자 심사청구가 청구기간 내에 한 적법한 청구라면 이 건 심판청구 역시 적법한 청구라 할 것이므로 위 96.2.12자 심사청구가 적법한 청구인지를 살펴본다. ② 법인세법은 조세채무의 확정에 관하여 “신고납세방식”을 채택함으로써 원칙적으로 과세표준과 세액의 결정을 납세자의 신고에 의하도록 하고 있으나, 납세자가 신고를 하지 아니한 때 등의 예외적 사유가 있는 경우에는 과세관청이 조사에 의하여 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있도록 규정하고 있는 바, 이 때 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 방법은 장부 및 증빙서류에 의한 실지조사결정방식을 원칙으로 하고 추계조사결정 방식은 납세자의 장부 및 증빙서류 등이 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위이어서 실지조사방식에 의하여는 과세할 수 없는 경우에 한하여 허용되는 것이고, 이러한 추계조사방식의 적법 여부가 다투어지는 경우에는 과세관청에 의해 그 요건이 입증되지 아니하는 한 재결청은 과세관청이 한 추계과세가 위법하다 하여 이를 전부 취소할 수밖에 없다 할 것이다.(대법원 85누599, 87.12.22외 다수 같은 취지임.) ③ 이 건의 경우 처분청은 당초에는 청구법인의 90-92 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 추계조사결정 하였다가 청구법인의 심판청구에 대한 국세심판소의 심판청구결정에 따라 이를 실지조사결정하고, 당해 실지조사결정 결과 감액된 위 각 사업연도 법인세과세표준 및 세액과 원천분 갑종근로소득세 및 방위세를 경정결정내역표 및 결정결의서에 의하여 청구법인에게 통지함과 동시에 변동된 상여처분금액을 소득금액변동통지서에 의하여 청구법인 및 대표자 OOO에게 통지하였는 바, 위에서 살펴본 바와 같이 추계과세요건에 해당되지 않음에도 추계과세처분을 한 경우, 당해 추계과세처분은 위법하여 이를 전부 취소할 수밖에 없다 할 것인 바, 그렇다면 당초 추계조사결정결과 대표자 등에게 상여처분한 금액에 대한 처분청이 95.2.16자 갑종근로소득세 및 방위세 과세처분은 심판청구결정일에 그 존재가치를 상실하여 소멸하고, 처분청이 실지조사결정결과 변동된 상여처분금액과 결정세액을 소득금액변동통지서 및 결정결의서에 의하여 청구법인에게 통지한 때에 사실상 새로운 과세처분이 존재한 것으로 보아야 할 것이다. ④ 그렇다면, 96.2.12자 심사청구기간의 기산일은 처분청이 실지조사결정결과 변동된 상여처분금액과 결정세액을 청구법인에게 통지한 95.12.23로 보아 야 할 것이므로, 96.2.12자 심사청구는 청구기간 내에 한 적법한 청구라 할 것이고, 따라서 이 건 96.5.18자 심판청구는 적법한 전심절차(심사청구)를 거친 적법한 청구라고 판단된다. 다. 쟁점(2)에 대하여 (1) 관계법령 ① 법인세법(80.12.31 법률 제3270호로 개정된 것으로 94.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항은 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있고, 동 법 시행령 제94조의 2 제1항은 법인세의 과세표준을 신고하거나 법 제32조 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 다음 각 호의 규정에 의한다고 하면서, 제1호에서 익금에 산입한 금액이 사외유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 한다고 규정하면서 그 단서에서 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있다. ② 한편, 헌법재판소법 제45조 는 헌법재판소는 제청된 법률 또는 법률조항의 위헌여부만을 결정한다고 규정하면서 단서에서 법률조항의 위헌결정으로 인하여 당해 법률 전부를 시행할 수 없다고 인정될 때에는 그 전부에 대하여 위헌결정을 할 수 있다고 규정하고 있고, 동 법 제47조 제1항은 법률의 위헌결정은 법원 기타 국가기관 및 지방자치단체를 기속한다고 규정하고 있으며, 제2항은 위헌으로 결정된 법률 또는 법률의 조항은 그 결정이 있는 날로부터 효력을 상실한다고 규정하면서 단서에서 형벌에 관한 법률 또는 법률조항은 소급하여 그 효력을 상실한다고 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 ① 처분청이 청구법인의 90～92 사업연도 법인세과세표준 및 세액을 실지조사결정한 결과 적출한 매출누락금액 등을 구 법인세법 제32조 제5항의 규정을 근거로 하여 대표자에게 상여처분한 금액 및 동 금액중 소득의 귀속자가 분명한 금액과 불분명한 금액은 다음과 같다. < 대표자 상여처분금액 > (단위: 원)

구?????? 분

90년도 귀속

91년도 귀속

92년도 귀속

소득의 귀속자가

분명한 금액 ①

44,595,240

10,807,000

9,500,000

소득의 귀속자가

불분명한 금액 ②

605,262,244

1,597,846,744

300,424,341

상여처분금액

합계 (① + ②)

649,857,484

1,608,653,744

309,924,341

② 헌법재판소는 95.11.30 위헌소원사건(94헌바 법인세법 제32조 제5항등 위헌소원) 결정서에서 구 법인세법(80.12.31 법률 제3270호로 개정된 것으로 94.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항은 수권사항의 주제(主題)에 관하여 그것이 익금에 산입한 금액의 처분이라는 점만을 제시하고 있을 뿐이고 그 위임에 의하여 대통령령의 제정자가 따라야 할 기준인 소득의 성격과 내용 및 그 귀속자에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하며(중략), 익금에 산입한 금액이라는 것이 기업회계와 세무회계 차이로 인한 세무조정액을 의미하는 것으로 구체적으로는 여러 가지 원인에 의하여 발생할 수 있는 금액 일뿐만 아니라 그 금액의 실제적 귀속자도 다양할 것인 점에 비추어 보면, 위 법인세법의 규정에 위와 같이 그 주제가 한정된 것만으로는 하위법규에 규정될 내용이 어떠한 것이 될 것인지를 예측하기는 곤란하다고 생각되므로 위 법인세법 규정은 국민의 납세의무의 성부 및 범위와 직접적인 관계를 가지고 있는 중요한 사항을 하위법규에 백지위임한 경우라고 보아야 할 것인 바, 그렇다면 이 사건 규정은 결국 국민의 권리의무에 관한 기본적 사항에 해당하는 소득처분에 관련된 과세요건을 정함에 있어서 아무런 기준을 제시함이 없이 하위법규인 대통령령에 전적으로 일임함으로써 포괄적으로 위임하였으므로, 조세법률주의와 위임입법의 한계에 관한 헌법규정을 위반하였다고 결정하였다. ③ 한편, 헌법재판소법 제47조 제1항은 법률의 위헌결정은 법원·기타국가기관 및 지방자치단체를 기속한다고 규정하고 있고 동조 제2항은 위헌결정된 법률의 조항은 결정이 있는 날로부터 효력을 상실하는 것으로 규정하고 있으므로, 위 법인세법 제32조 제5항은 헌법재판소가 위헌결정한 95.11.30부터 효력을 상실한다 할 것이고, 헌법재판소의 위헌결정의 효력은 위헌제청을 한 당해 사건뿐만 아니라 위헌결정이 있기 전에 이와 동종의 위헌여부에 관하여 헌법재판소에 위헌여부 심판제청신청이 되어 있는 경우의 당해 사건 및 별도로 위헌제청신청 등은 하지 아니하였으나 당해 법률 또는 법 조항이 재판의 전제가 되어 법원에 계류된 모든 일반사건에까지 미친다 할 것이다.(대법 91누1462, 92.2.24 같은 뜻임) ④ 이 사건의 경우, 청구법인은 법인세법 제32조 제5항에 대하여 따로 위헌제청을 한 바는 없으나 위 법률조항은 이 사건에 있어 행정심판의 전제로 되어 우리 심판소에 계속되어 있음이 기록상 명백하므로, 헌법재판소의 위 법률규정에 대한 위헌결정의 효력은 결국 이 사건에도 미친다고 할 것이다. ⑤ 그렇다면, 처분청이 청구법인의 90～92 사업연도 법인세과세표준 및 세액을 실지조사결정한 결과 적출한 매출누락금액 등을 위 법인세법 제32조 제5항의 규정을 근거로 하여 동 금액을 대표자에게 상여처분하고, 이를 근거로 하여 갑종근로소득세 및 방위세를 부과한 이 건 과세처분은 법률의 근거 없이 한 위법부당한 처분이므로 취소하여야 한다고 판단된다.(95서2730, 95.12.23 합동회의의결 같은 뜻임) 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구법인 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 동 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.