이유
1. 원처분의 개요

○○○○○○부두공단(이하 “청구공단”이라 한다)은 컨테이너부두의 효율적인 개발 및 관리운영을 위하여 한국컨테이너부두공단법(이하 “공단법”이라고 한다)에 의하여 설립된 무자본 특수법인으로서, 컨테이너부두를 건설하여 해양수산청에 귀속(기부채납)시키고 다시 해양수산청으로부터 이를 무상으로 사용수익하는 허가를 받아 하역회사등에 컨테이너 부두시설을 임대하고 있는 바, 항만시설의 국가귀속과 관련하여 청구공단이 1995∼1997년중 준공한 컨테이너부두공사에 소요된 총공사비 661,508백만원 가운데 해양수산청이 국가귀속자산으로 분류한 시설물의 순공사비 369,783백만원중 도로공사비등을 제외한 351,390백만원을 부가가치세과세대상으로 하여 이를 자진신고납부하였다.

○○지방국세청장은 청구공단에 대한 법인세 조사시 청구공단이 국가비귀속자산으로 분류한 시설물과 부산항 4단계공사 및 광양항 1단계공사의 진입도로 70,792㎡(이하 “쟁점도로”라 한다)도 항만시설의 무상사용권과 대가관계에 있다고 보아 도로공사비를 과세표준에 포함시키고, 청구법인이 신고한 순공사비 이외에 건설자금이자등 간접비를 포함한 총공사비를 과세표준에 포함시키는 한편, 청구법인이 항만시설을 국가에 귀속시키면서 세금계산서를 교부하지 아니하였다 하여 세금계산서 미교부가산세를 가산하여 부가가치세를 경정결정하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 1999. 1. 2 청구공단에게 1995년 제1기분 부가가치세 118,191,890원, 1995년 제2기분 부가가치세 12,000,860원, 1996년 제2기분 부가가치세 245,616,780원, 1997년 제2기분 부가가치세 30,819,645,270원(국가비귀속시설물의 공급가액을 확인하여 이를 과세대상에서 제외하라는 심사결정 내용에 따라 18,700,703,749원이 감액경정결정됨)을 경정결정고지하였다.

청구공단은 이에 불복하여 1999. 3. 31 심사청구를 거쳐 1999. 11. 11 이건심판청구를 제기하였다.

2. 청구공단 주장과 국세청장 의견

가. 청구공단의 주장

1) 청구공단이 국가에 귀속시킨 항만시설에 대한 부가가치세과세표준은 건설자금이자등 간접비를 제외한 해양수산청과 협의하여 결정된 순공사비에 의하여 결정하여야 한다.

2) 국가에 귀속된 항만시설중 쟁점도로는 공공도로로서 항만시설의 무상사용수익권과 대가관계에 있거나 청구공단의 배타적 사용권이 없으므로 부가가치세법상의 과세대상 거래로 볼 수 없다.

3) 세금계산서 교부의 입법취지측면, 교부에 따른 실효성, 부가가치세 신고서에 국가귀속자산임이 명시된 점, 납세자에게 신의성실원칙을 해할 정도의 고의적인 행위가 없었던 점들을 고려할 때, 항만시설의 국가귀속시 청구공단이 세금계산서를 교부하지 아니하였다 하여 세금계산서 미교부가산세를 부과함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

1) 재화나 용역을 공급하고 금전 이외의 대가를 받는 경우 공급한 재화나 용역의 과세표준은 시가에 의하는 것인 바, 신축건물의 시가는 건축에 소요된 총비용을 말하는 것으로서 항만시설의 조성을 목적으로 설치된 부서에 종사하는 직원의 인건비ㆍ경비ㆍ공사비에 충당된 차입금의 지급이자등은 항만시설의 공사원가에 포함되는 것이고,

항만법 제17조

제3항 및

같은법시행령 제18조

에서 총사업비의 범위를 조사비ㆍ보상비ㆍ부대비ㆍ건설이자ㆍ부가가치세 및 이윤 등 제비용을 합산한 금액으로 한다고 규정하고 있는 점으로 보아 상기 항만시설의 제작원가 및 부대비용과 건설자금이자 등을 합산한 금액을 국가귀속자산의 시가로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

2) 청구공단은 국가귀속자산중 쟁점도로는 공공도로로서 대가성이나 배타적 사용권이 없다 하여 과세대상 거래로 볼 수 없다고 주장하고 있으나, 항만시설을 준공하여 시설물을 국가에 귀속시킨다는 부관에 따라 한 쟁점도로 등의 준공후 귀속행위와 그 항만시설의 무상사용수익권과는 실질적 경제적 대가관계가 있다고 할 것이고, 쟁점도로를 국가 등에 귀속시킨 대가로 그 경제적 가치에 상응하는 만큼의 무상사용수익권이 더 주어졌다고 보아야 할 것이므로 쟁점도로의 준공후 국가귀속행위 역시 부가가치세과세대상 거래에 해당된다 할 것이므로 청구공단의 주장은 이유없은 것으로 판단된다.

3)

부가가치세법 제16조

제4항 및

동법시행령 제57조

에서 세금계산서 교부의무가 면제되는 경우를 규정하고 있는 바, 모든 과세사업자는 동 규정에서 정한 경우 이외에는 세금계산서를 교부하여야 하는 것으로서 청구공단의 국가귀속에 따른 과세거래는 세금계산서 교부의무가 면제되는 경우에 해당되지 아니하고, 이 건의. 경우와 같이 사업자가 항만시설 등을 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 사용할 것을 조건으로 국가에 귀속시키는 것은 세금계산서를 교부하여야 하는 부가가치세과세대상 거래(국세청 부가 46015-391, 1995. 2. 27)로써 세금계산서를 교부하여야 함에도 불구하고 이를 교부하지 아니하였으므로 세금계산서 미교부가산세를 부과한 처분청의 처분은 타당한 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1) 국가에 귀속된 항만시설에 대한 부가가치세과세표준인 “시가”를 직접공사비(순공사비)로 할 것인지 아니면 간접공사비가 포함된 총공사비로 할 것인지의 여부

2) 국가에 귀속된 항만시설중 쟁점도로의 건설용역이 부가가치세법상의 과세대상에 해당하는지 여부

3) 청구법인이 항만시설을 국가에 귀속시키고 이에 대한 부가가치세 세금계산서를 미교부한 데 대하여 세금계산서 미교부가산세를 부과한 처분의 당부

나. 쟁점①에 대하여 본다.

1) 관련법령

부가가치세법 제13조

［과세표준］ 제1항 제2호에서 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가ㆍ공급한 재화 또는 용역의 시가를 부가가치세의 과세표준으로 한다고 규정하고,

같은법시행령 제50조

［시가의 기준］ 제1항에서는 “법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계에 있는 자(

소득세법시행령 제98조

제1항 각호 또는

법인세법시행령 제46조

제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다”고 규정하고 있다,

2) 사실관계

(가) 청구공단이 국가소유토지위에 부산항 4단계등의 항만시설의 건설과 관련하여 1995∼1997년중 준공한 컨테이너부두공사에 소요된 총공사비 661,508백만원 가운데 해양수산청이 국가귀속자산으로 분류한 시설물의 순공사비 369,783백만원중 도로공사비등을 제외한 351,390백만원만 부가가치세과세대상으로 하여 자진신고납부하고 국가비귀속으로 분류된 시설물에 대하여는 부가가치세 신고대상에서 제외하자, 처분청은 청구공단에 대한 법인세 정기조사시 국가비귀속자산으로 분류된 시설물도 무상사용수익조건의 항만공사와 관련된 항만시설로서 당연히 국가에 귀속되는 것으로 보아 건설자금이자등 간접비를 합한 총공사비를 부가가치세과세표준으로 하여 1999. 1. 2 원처분의 개요와 같이 경정결정고지하였으며,

청구공단의 심사청구에 대한 심사결정에서 국가비귀속으로 분류된 시설물의 공급가액을 확인후, 이를 과세대상에서 제외하라는 결정에 따라 과세표준이 경정감되어 부가가치세 합계 18,700,703,749원(가산세 경정감 4,315,547,019원 포함)이 경정감되었음이 항만시설별 공사비 내역서와 경정 및 재경정 결의서에 의하여 확인된다.

따라서 심사결정에 따라 국가에 귀속된 것으로 확정된 항만시설의 공사비중 직접공사비는 외주도급으로 의뢰한 조사비, 설계비, 도급공사비, 감리비등 376,892,903,291원(도로공사비 등 포함)이고 청구공단이 부가가치세과세표준신고시 신고하지 아니한 간접공사비는 청구공단의 공사관련 부서의 인건비, 지급이자 등 일반관리비 28,773,689,305원임이 확인되는데, 동 간접비가 부가가치세과세표준에 산입될 것인지가 쟁점이 되고 있다.

(나) 청구공단이 컨테이너부두시설의 국가귀속시 ○○지방해양수산청과 ××지방해양수산청에 귀속여부에 대한 질의(문서번호 운일 1001-67,1998. 1. 14 및 문서번호 운일 1001-100, 1998. 1. 19)시 첨부된 “국가귀속 대상시설 검토” 서류에 의하면, 그 내용 중 “나. 귀속 및 비귀속시설” 검토 중 “기본방향”에서

항만법시행령 제18조

에 의한 총사업비는 청구공단과는 다른 일반사업자가 투자비 보전을 받기 위한 규정이므로 청구공단의 국가귀속자산가액에는 순수공사계약비만 포함하려 한다는 취지가 기재되어 있고, 다음, “귀속시설”과 “비귀속시설”을 분류하고, “다. 건의사항(검토의견”에서 청구공단에서는 국가귀속 여부와 관계없이 무상대부시설은 공단책임하에 유지, 보수 및 보강 등을 시행하고 있어 조세절감을 통하여 공단의 투자가용재원을 확보코자 하며, 주요 국유재산이 되는 토지 및 건물에 대해서는 모두 국가귀속예정이니 청구공단안대로 귀속 및 비귀속시설이 구분처리될 수 있도록 회신하여 줄 것을 요구하였음이 확인되고, 이에 따라 위 ○○지방해양수산청 및 ××지방해양수산청에서는 국가비귀속시설은 청구공단의 요청대로 결정함을 회신하면서 부가가치세등 조세관련 사항은 국가비귀속여부와 관계없이 국세청과 협의처리하도록 회신(문서번호 항무 91570-78, 1998. 1. 16 및 문서번호 항무 91570-163, 1998. 2. 5)한 사실이 확인되는데, 청구공단은 부가가치세등 조세관련 사항에 대하여 국세청과 협의한 사실은 없이 국가귀속대상 항만시설 준공보고시 순공사비를 총사업비로 하여 보고하였고, 위 ○○지방해양수산청등에서는 국유재산대장에는 국가귀속항만시설에 대하여 청구공단이 보고한 순공사비(직접공사비) 기준으로 등재(광양항 1단계공사)하였거나 등재 준비중(부산항 4단계공사)에 있고, 청구공단이 건설한 항만시설 중 국가에 귀속되지 않은 시설물이 있으나 청구공단이 해산하는 경우 자동으로 국가에 귀속되므로 청구공단의 소유재산은 실질적으로 모두 국가에 귀속되므로 귀속재산의 무상사용기간도 별도의 전체 무상사용기간을 정하지 아니하고 3년 단위로 승인을 하고 있으며, 청구공단은 이를 다시 부두민간사업자에 전대하고 있으나, 그 전대료 산정기준은 청구공단이 정하고 있으므로 결국 청구공단에 한해서는 무상사용기간과 기부채납가액 및 국유재산등재가액과는 관련이 없음이 우리원에서 ○○지방해양수산청 및 ××지방해양수산청에 조회한 데 대한 회신공문(문서번호 항무 91570- , 2000. 7. 4 및 항무 91570-751, 2000. 7. 4)에 의하여 확인된다.

(다) 청구공단의 항만시설공사에 대한 공사비와 관련된 회계내용을 살펴보면 항만시설의 건설과 관련된 일반회계(고유목적사업회계로서 법인세법상 비수익사업회계)와 위 시설을 준공하고 국가에 귀속시킨 후의 사용수익권과 관련된 특별회계(법인세법상 수익사업회계)로 구성되어 있는데, 항만시설 건설시 직접공사비는 ‘건설중인 자산’계정으로 처리하고 간접공사비는 발생시마다 일반관리비중의 각 비용 항목별로 회계처리하였고, 항만시설의 국가귀속시에는 일반회계상의 ‘건설중인 자산’계정을 특별회계상의 ‘기부자산사용권’계정으로 대체한 후 항만시설 운영수익권 사용기간중에는 기부자산 사용권을 20년에 걸쳐 상각하고 있음이 청구공단의 회계처리내역에 의하여 확인된다.

3. 심리 및 판단

가) 청구공단이 위와 같이 무상사용권을 20년간에 걸쳐 상각하고 있고, 청구공단도 이 점에는 다툼이 없어 항만시설의 국가귀속과 그 시설의 무상사용권간에 대가관계가 있어 항만시설의 국가귀속이 부가가치세과세대상 거래에 해당되는 것으로 본 이상 청구공단이 항만시설을 국가에 귀속시키고 그 항만시설에 대하여 무상사용수익권을 승인받아 사용하고 있는 경우에 있어서 국가에 귀속시킨 항만시설의 부가가치세과세표준을 총공사비로 할 것인지 아니면 국가(해양수산청)가 국유재산대장에 등재하는 가액(직접공사비)으로 할 것인지가 다툼인 바,

부가가치세법 제13조

(과세표준)제1항 제2호에서 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 과세표준으로 한다고 규정하고

같은법시행령 제50조

제1항에서 「시가」란 “특수관계있는자 이외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격”이라고 하고 있으므로 국가에 귀속된 항만시설의 시가를 어느 것으로 볼 것인가의 문제에 귀착한다 할 것이다.

나) 처분청에서 거시하고 있는 관련법령인

항만법 제17조

［항만시설의 귀속등］ 제3항에서 총사업비의 범위내에서 항만시설을 무상으로 사용할 수 있고, 동조 제2항에서 청구공단은 항만시설외의 잔여토지에 대한 소유권을 총공사비한도내에서 취득이 가능하며,

같은법시행령 제18조

［총사업비］에서 총사업비의 범위를 조사비ㆍ공사비ㆍ보상비ㆍ부대비ㆍ건설이자ㆍ부가가치세ㆍ이윤등 제비용을 합산한 금액으로 한다고 규정하면서 공사비등은 실제 발생비용으로 하고 있으나 건설이자는 위 조사비ㆍ공사비등의 사업비에 수신고를 기준으로 한 상위 6개 시중은행의 1년 만기 정기예금금리의 평균 이자율로 적용한 금액으로 하고 있어 법인세법이나 기업회계기준에서 실제 발생한 이자에 대하여 건설자금이자를 계산하는 방법과는 달리 적용하고 있고, 이윤은 위 건설이자와 부가가치세를 제외한 사업비의 10％로 하고 있는데, 위 항만법상의 총사업비가 청구공단의 이건국가에 귀속된 항만시설에도 적용할 수 있는 것처럼 보이는 면이 있으나, 청구공단의 항만시설의무상사용 및 수익기간은 공단사업의 효율적 수행을 위하여 필요한 경우에는 국유재산법 및 항만법의 규정에 불구하고 공단에 국유재산을 무상으로 대부하거나 사용ㆍ수익하게 할 수 있다는

공단법 제19조

［국유재산의 무상대부등］의 규정에 의하여 승인된 것으로서 총사업비 기준으로 무상사용수익기간을 정하는 항만법의 규정이 청구공단에 적용된다고 보기 어렵고, 청구공단의 경우에 있어서 항만법에서 규정하는 총공사비는 항만시설을 제외한 잔여토지에 대한 청구공단의 소유권 취득범위와 관련된 것으로 보여지며, 해양수산청에서도 위 항만법 규정의 총사업비로 무상사용기간을 정하지 아니하였음을 확인하고 있을 뿐만 아니라 처분청에서도 이건과세시 위

항만법시행령 제18조

규정의 총사업비를 과세표준으로 하지 아니하고 청구공단의 실제 발생된 총공사비를 과세표준으로 하였음이 확인되므로 이건기부채납의 대가나 시가는 위 항만법의 총사업비와는 직접적인 관계는 없는 것으로 보여진다.

다) 앞서 본 바와 같이 해양수산청에서 항만시설의 국가귀속시 귀속ㆍ비귀속대상 자산만 청구법인의 요청안대로 승인하였고 부가가치세등 조세관련 사항은 국가비귀속 여부와 관계없이 국세청과 협의하라고 회신하였으나 청구공단이 국세청과 협의한 사실이 없었던 점과, 이건국가귀속재산의 무상사용기간도 별도의 전체 무상사용기간을 정하지 아니하고 3년 단위로 승인을 하고 있고 청구공단은 이를 다시 부두민간사업자에 전대하고 있으나 그 전대료 산정기준은 청구공단이 정하고 있어 무상사용기간과 기부채납가액 및 국유재산등재가액과는 상호관련성이 없음을 볼 때 그 가액까지 구체적으로 승인하지 아니한 것으로 보여진다. 또한, 일반적인 기부채납의 경우는 당사자간 이해관계가 상반되나, 이 건의 경우 청구공단과 해양수산청은 특수관계가 없다 하더라도 항만시설 건설에 이해관계가 일치하고 있어 비록 국가귀속시설의 가액을 직접공사비로 하여 협의나 승인이 이루어졌다고 보더라도 무상사용기간등을 산정하는 데 필요한 가액이 아니고 세금절감목적으로 승인하였다고 보여지므로 이 가액은 세금절감목적 이외는 아무런 의미가 없어 보여 기부채납의 대가로 보기는 어렵다고 하겠다.

라) 국유재산법상 대장등재가액과 기부채납재산가액의 결정에 관한 관련법령을 보면,

국유재산법시행령 제52조

［대장가격］ 제3호 규정에서 건물 기타 공작물과 선박 기타 동산을 신규로 취득한 국유재산의 경우에는 구입한 것은 구입가격, 교환한 것은 교환가격, 수용한 것은 보상금액. 기타의 것은 건축비ㆍ제조비 또는 시가를 참작하여 평가한 가액을 대장에 기재할 가격이라고 규정하고 있고,

같은법시행령 제28조

［기부채납재산의 사용료 면제］ 제3항 및 제26조［사용료율과 평가방법］ 제2항, 제5항의 규정에서 토지 이외의 재산의 경우에는 기부채납재산의 가액은 제37조［잡종재산의 가격결정］의 규정을 준용하도록 하고 있으며,

같은법시행령 제37조

［재산의 가격결정］ 제1항에서 잡종재산을 처분하는 때에는 시가를 참작하여 당해 재산의 예정가액을 결정하여야 하며, 예정가액이 300만원 이상으로 추정되는 경우에는 2개 이상의 감정평가법인에 의뢰하고 그 산술평균한 가액을 예정가액으로 한다고 규정하고 있음을 볼 때 이 건에 대한 국유재산등재가액이나 기부채납가액의 결정에 있어서 청구공단이 국가기관이라면 직접공사비만 국유재산대장에 등재가액으로 할 수 있을지는 몰라도 청구공단은 엄연히 법적으로 국가기관이 아닌 정부출연기관이라고 볼 수 있는데, 청구공단의 경우와 같이 정부출연기관이 기부채납시 그 수납가액에 대한 별도규정이 달리 없어 보이므로 결국, 일반 민간사업자와 같이 위 국유재산법상의 기부채납가액이 결정되어야 할 것으로 보이나 청구공단의 경우

공단법 제19조

규정에 의하여 국가가 직접 건설한 컨테이너부두시설까지 무상으로 사용할 수 있고, 이 건의 경우와 같이 청구공단이 건설한 컨테이너부두시설에 있어서도 국가귀속시 무상사용기간에 영향을 받지 아니 하는 등 이해관계가 상충되지 아니하여 위 국유재산법상의 기부채납가액으로 결정할 필요가 없어 그 가액을 감정한 바도 없는 것으로 보인다.

마) 이와 같이 무상사용권과 항만시설의 국가귀속간에 대가관계가 있고 시가산정에 필요한 무상사용권의 값어치를 알 수 있는 자료가 없이 국가귀속시설의 총공사비와 직접공사비만 제시되어 있는 이 건에 있어서는, 민간사업자가 특정한 시설을 건설하여 국가에 기부채납하고 일정기간 무상사용권을 얻는 경우에 감정가격 등이 없을 때 총공사비를 기준으로 하고 있는 경우와 달리 볼 이유가 없으며, 또한,

부가가치세법 제13조

에서 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 과세표준으로 보도록 규정하고 있는데, 신축건물의 시가는 특별한 경우를 제외하고 건축에 소요된 총비용이 시가에 더 근접하다 할 것이고, 이 건의 경우에도 총공사비(직접비＋간접비)가 특별히 시가를 초과할 것이라는 사정이 보이지 아니하므로 부가가치세과세표준은 총공사비가 기준이 되어야 할 것이라고 판단되므로 청구공단의 주장은 이유없다 하겠다.

다. 쟁점②에 대하여 본다

1) 관련법령

부가가치세법 제1조

［과세대상］제1항 제1호에서는 “재화 또는 용역의 공급”에 대하여 부가가치세를 부과한다고 규정하고,

같은법 제12조

［면세］ 제1항에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 있으며, 그 제18호에서 “국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역”이라고 규정하고 있다.

2) 사실관계

청구공단은 쟁점①의 국가귀속항만시설의 배후 진입도로인 쟁점도로 70,792㎡(부산항 4단계공사의 진입도로 공급가액 2,123,271,797원 및 광양항 1단계공사의 진입도로 공급가액 7,909,991,660원의 합계액 10,033,263,457원)도 건설하여 항만시설과 함께 준공하여 국가에 귀속시켰으나, 쟁점도로를 부가가치세 신고시 과세표준에서 제외하여 신고하였고, 처분청은 이건쟁점도로도 항만시설의 일부분으로 쟁점도로의 국가귀속과 그 항만시설의 무상사용수익권과는 실질적으로 경제적 대가관계에 있으므로 쟁점도로의 국가귀속행위 역시 부가가치세과세대상 거래에 해당한다고 보았으며, 청구공단은 쟁점도로가 공공도로로서 항만시설의 사용수익권에 대한 대가성이나 청구공단의 배타적 사용권이 없다고 하여 부가가치세과세대상 거래로 볼 수 없다고 주장하고 있다.

쟁점도로의 공부상 등재내용을 확인한 바에 의하면, 부산항 4단계공사 진입도로［부산광역시 ○구 ○○동 XXX 및 같은곳 XXX-XX］와 광양항 1단계 공사 진입도로(전라남도 ○○시 ○○동 XXX)는 도시계획확인서상 계획도로로 되어 있으며, 당초 항만시설 건설시 쟁점도로가 사업계획에 포함되어 허가되었음이 사업계획서에 의하여 확인된다.

3. 심리 및 판단

(가) 청구공단은 쟁점도로가 부두시설의 외곽에 위치하고 있고 주변지역에 개방되어 외부인과 외부차량도 사용하는 공공도로임을 주장하면서, 이에 대한 증빙으로 ○○지방해양수산청에서 부산항 컨테이너부두 배후도로 1ㆍ2공구의 도로시설물을 부산광역시에 이관하기 위하여 시행한 공문(문서번호 시설 91580-1545, 1998. 12. 4)과 광양항 1단계 부두의 외곽진입도로에 대하여 지방자치단체인 광양시가 지역대중운송회사인 동신교통에 동 도로로의 여객자동차운송사업을 승인(문서번호 91120, 1999. 4. 8)한 사실을 제시하고 있으며, 쟁점도로에 설치된 가로등과 교통신호등의 소유권이 해양수산부로부터 관할 지방자치단체인 부산광역시로 이전되었고 쟁점도로에 대한 소유권 역시 지방자치단체로의 이전협상이 현재 비공식적으로 진행중에 있는 사실과 청구공단이 하역업체등에 항만시설을 임대할 때도 그 임대자산목록에 쟁점도로가 제외되어 있는 점 등에 비추어볼 때, 부두의 무상사용권과는 대가성이 없고 청구공단의 배타적 사용권이 없으므로 쟁점도로의 국가귀속에 대하여 부가가치세를 과세함은 부당하다고 주장하고 있다.

(나) 판단컨대, 쟁점도로 공사비(10,033,263,457원)는 항만시설의 직접공사비(376,892,903,291원)에 포함되어 있음이 확인되고, 쟁점도로가 쟁점①의 항만시설건설사업의 계획에 포함되어 그 항만시설과 함께 국가에 귀속된 것으로 보아 쟁점①에서 본 바와 같이 청구공단의 항만시설 무상사용수익권이 국가에 귀속된 항만시설과 대가관계가 있다고 본 이상 쟁점도로공사비도 항만시설 무상사용수익권과 대가관계에 있다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점도로의 국가귀속에 대하여 항만시설의 무상사용권과 대가관계가 있다고 보아 부가가치세를 과세한 데에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 쟁점③에 대하여 본다.

1) 관련법령

부가가치세법 제16조

제1항에서 “납세의무자로 등록된 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다”고 규정하고, 같은조 제4항에서 “대통령령이 정하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있으며,

부가가치세법시행령 제57조

에서 “법 제16조 제4항에 규정하는 대통령령이 정하는 경우에는 다음 각호에 규정하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우로 한다”고 규정하고, 제1호에서 “택시운송ㆍ노점ㆍ행상 기타 총리령이 정하는 사업을 하는 자가 공급하는 재화 또는 용역(이하 생략)”이라고 규정하고 있다.

부가가치세법 제22조

제2항에서 “사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다”고 규정하고, 제1호에서 “제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때”라고 규정하고 있다.

2) 사실관계

청구공단은 국가에 귀속시킨 항만시설 (376,892,903,291원)에 대하여 세금계산서를 교부하지 아니하였고, 처분청은 이에 대한 세금계산서 미교부가산세 7,537,858,066원을 과세하였다.

3) 심리 및 판단

가) 국가는 부가가치세 납세의무가 없으므로 거래의 양성화를 통한 성실납세풍토 조성과 세금계산서에 의한 매입세액공제의 의미가 상실되어 항만시설의 국가 귀속시 세금계산서를 교부함은 요식적 행위에 불과하고, 청구공단의 부가가치세 신고서상의 과세표준명세란에 「국가귀속자산」이라는 내역을 표시하였으므로 부가가치세 신고서만 보면 거래상대방과 거래금액등 세금계산서의 필요적 기재사항의 대부분을 확인할 수 있어 실제로 세금계산서를 교부한 것이나 다를 바 없으며, 국가에 대한 거래에 있어서 현실적으로도 세금계산서가 교부되는 경우는 일부분이라고 청구공단은 주장하면서 세금계산서 미교부가산세를 청구공단에게 부과함은 부당하다고 다투고 있다.

나) 판단컨대,

부가가치세법 제16조

제4항 및

동법시행령 제57조

에서 세금계산서 교부의무가 면제되는 경우를 규정하면서 모든 과세사업자는 동 규정에서 정한 경우 이외에는 세금계산서를 교부하여야 하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구공단은 그 예외규정에 해당하지 아니하여 청구법인이 국가에 귀속시킨 과세거래는 세금계산서 교부의무가 면제되는 경우에 해당하지 아니한다고 할 것이고, 청구공단이 항만시설등을 국가 또는 지방자치단체로부터 무상으로 사용하는 대신 이를 국가에 귀속시키는 것은 부가가치세법상 세금계산서를 교부하여야 하는 과세대상 거래에 해당한다 할 것이다. 또한 부가가치세 신고서에 국가귀속 얼마라고 기재된 사항만으로는 세금계산서 교부의무를 다하였다고 보기 어려우므로 처분청이 세금계산서 미교부가산세를 과세함은 적법하다고 하겠다.

마. 따라서 이건 심판청구는 이유없다고 판단되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거하여 주문과 같이 결정한다.