이유
1. 사 실 청구법인은 부산시 부산진구 OOO동 OOOOO번지에 소재한 사립학교법 제10조 의 규정에 의거 설립된 학교법인으로서 동 법인소유 수익용 기본재산인 부산시 부산진구 OO동 OOOOOO 대지 1,281.3평방미터 및 그 지상 건물 601.03평방미터(이하 “교환양도자산”이라 한다)를 청구외 OOO 및 OOO의 소유인 같은시 동래구 OO동 OOOOOOOO 대지 292.8평방미터 및 그 지상건물 958.8평방미터와 같은시 동래구 OO동 OOO OOOOO OO OOOOO 대지 72.3평방미터 및 건물 123.9평방미터(이하 “교환양수자산” 이라 한다)와 교환 취득함에 있어 감정평가사 합동사무소의 감정가액으로 부산시 교육위원회의 수익용기본재산 교환허가에 의거하여 1990.1.11 교환계약을 체결하여 양 재산을 교환하였는 바, 처분청은 위 수익용기본재산의 교환거래가 특수관계자간의 저가양도 및 고가매입에 해당한다하여 기준시가를 기준으로 부당행위계산의 부인을 하여 법인소득금액계산상 익금산입하고 학교법인에 대한 특별부가세 면제세액을 추징결정하여 1991.1.4자로 1989.3.1～1990.2.28 사업년도의 법인세 190,182,030원 및 동 방위세 23,414,780원을 고지하자 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 1991.6.10 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 청구법인의 1991.6.10 당초 청구원인 제출을 보면, 특수관계자란 법인세법시행령 제46조 제1항 각호에서 열거된 자에게만 한정적으로 적용하여야 하고 비영리법인의 경우에는 거래당사자가 학교법인의 이사장과 학교교장이라는 단순한 관계만으로 특수관계자와의 거래로 보는 것은 부당하고 전시 교환한 자산의 평가는 공신력 있는 감정기관의 감정가액이나 상속세법시행령 제5조 제5항의 규정을 적용하여야 함에도 처분청에서는 시가가 불분명하다하여 국세청 기준시가에 의거 결정한 처분은 부당하며, 조세감면규제법 제67조의3 및 동법시행령 제55조의3 의 규정을 보면 청구법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로 발생하는 소득과 85.12.31 이전에 취득한 토지등을 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득은 특별부가세를 면제하도록 하고 다만 양도금액을 1년이내에 수익용재산의 취득에 사용하지 아니하거나 교육사업이외의 목적에 사용한 경우에는 면제받은 세액을 추징할 수 있으므로 당 초처분은 부당하다는 주장이며, 1991.8.12 청구원인 추가제출을 보면, 학교법인 OO학원 재단이사장인 OOO과 동 학원내 OOOOOO고등학교장 OOO은 동 학원의 수익용 기본재산의 운영수입에서 보수를 받지 아니함으로 근로를 제공하고 보수를 받는 사용인의 범주에서 제외되어야 하고 동 학원과 특수관계가 성립되지 아니하며, 학교법인에 출연한 재산을 매도, 증여, 교환등을 하고자 할 때에는 사립학교법 제28조 제1항의 규정에 의거하여 정부의 허가를 받은 행위가 다른 정부기관에 의하여 부당행위로 간주될 수 없다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 관련 법규정을 살펴보면 법인세법 제20조 제1항에 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다고 되어 있으며, 같은법시행령 제46조 제1항 및 제2항에 특수관계자라함은 출자자와 그 친족이 이사의 과반수이거나 출연금의 50/100이상을 출연하고 그중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인을 말하며 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우라 함은 출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때를 말하고 동법시행규칙 제16조의2 (시가)의 규정에 시가가 불분명한경우에는 감정평가에 관한 법률 제6조의 규정에 의한 인가를 받은 감정회사가 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다로 되어 있으며, 조세감면규제법시행령 제55조의3 제1항 내지 제3항에 학교법인의 토지등에 대한 특별부가세 면제는 그 면제신청서류에 의하여 교육사업에 사용하거나 다른 수익용재산을 취득할 목적으로 토지등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다로 되어 있으며 면제세액의 계산은 취득한 가액등이 토지등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다로 되어 있다. 이 건 과세사실이 전시법규정에 의거 비추어 볼 때 청구법인과 OOO, OOO과는 특수관계자에 해당되고 국세청 기준시가로 평가한 가액을 취득 자산 및 양도자산으로 하여 양도차익을 계산하여 결정하였으며, 양도한 가액 1,102,771,696원에서 취득한 자산가액 389,586,834원이 확인되므로 특별부가세를 안분계산하여 면제한 처분임을 알 수 있으므로 처분청의 당초결정은 달리 잘못이 없다는 의견이다. 4. 쟁 점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은 가. 청구법인과 청구외 OOO 및 OOO간에 특수관계 성립여부와 나. 교환 양·수도자산에 대한 감정의 신빙성 여부 및 동 교환이 법인의 부당행위에 해당하는지 여부와 다. 청구법인에 대한 특별부가세 추징결정의 정당성 여부를 각각 가리는 데 있다 할 것이다. 5. 심리 및 판단 본안심리에 앞서 먼저 청구법인의 1991.8.12 청구원인 추가제출을 심의할 수 있는지의 여부에 대해 살피건대, 동 청구원인 추가제출이 모두 당초 불복대상중 불복이유를 추가한 것에 지나지 않으므로 전심절차를 거치지 아니한 것으로 볼 수 없어 심리할 수 있다고 판단된다. 가. 쟁점「가」에 대하여 먼저 관련법규를 살피건대, 법인세법시행령 제46조 제1항은 「특수관계 있는 자」를 예시하고 있으며, 동항 제2호에서는 법인의 사용인이 법인과 특수관계에 있음을 명심하고 있고, 법인세법시행령 제13조 는 세법상의 사용인 범주에 출자자가 아닌 임원이 포함됨을 규정하고 있다. 다음 이 건 사실관계를 살펴보면, 청구외 OOO은 청구법인의 재단이사장이며, 청구외 OOO은 청구법인내 OOOOOO고등학교장인 것으로 되어 있다. 그러므로 OOO은 청구법인의 출연자이지만 출자자가 아닌 임원이며, OOO은 청구법인에게 근로를 제공하고 보수를 받은 사용인이라 판단된다. 그러하다면 청구외 OOO 및 OOO은 법인세법시행령 제46조 제1항 제2호에서 규정하는 법인의 사용인으로서 청구법인과 특수관계 있는 자로 보아야 할 것이며 이에 반하는 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다. 나. 쟁점 「나」에 대하여 먼저 관련법규를 살피건대, 사립학교법 제28조 제1항은 학교법인이 그 기본재산을 교환하고자 할 때에는 감독청의 허가를 받도록 규정하고 있고, 학교법인의 학교경영재산기준령 제4조는 수익용 기본재산의 평가를 감정업자의 가격에 의할 수 있음을 규정하고 있다. 그러나 법인세법시행규칙 제16조의2 에서는 법인의 부당행위를 열거하고 있는 법인세법시행령 제46조 를 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정가액이 없는 경우 토지 및 건물은 상속세법시행령 제5조 제2항 제1호에 의거하여 국세청 기준시가 혹은 지방세법상의 과세시가표준액에 의함을 명시하고 있다. 또한 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호에서는 법인이 특수관계있는자에게 자산을 고가매입하거나 저가양도하는 것이, 동항 제5호에서는 법인이 특수관계있는 자로부터 불량자산을 차환하는 것이 법인의 부당행위에 해당됨을 규정하고 있다. 다음 이 건 사실관계를 살펴보면, 청구법인은 개인인 감정평가사합동사무소가 교환양도자산은 644,452,900원으로, 교환양수자산은 688,810,100원으로 감정한 감정액을 기준으로 부산시 교육위원회의 수익용기본재산 교환허가에 의거하여 1990.1.11자로 양 재산을 교환하였으며, 1991.1.4 부산진세무서장이 동 교환양수도자산 모두를 국세청 기준시가를 기준으로 평가하여 납세고지하자 1991.4.8 법인인 한국감정원에 교환양수자사산에 대해서만 1990.1.11자 소급감정을 의뢰하여 동 양수자산의 가액을 655,502,800원으로 감정받아 당심에 교환양수자산에 대한 감정평가법인의 감정가액을 제출하였으나, 교환양도자산에 대한 감정평가법인의 감정가액은 제출한바 없는 것으로 되어 있다. 살피건대, 학교법인이 수익용 기본재산을 교환함에 있어 개인인 감정평가사합동사무소의 감정가액에 의함이 사립학교법 및 학교법인의 학교경영재산기준령에는 적합하다 하더라도 조세의 부과징수는 세법에 의하여 규정되어져야 할 것이다. 그러므로 법인세법 시행령 제46조 제2항에 규정된 법인의 부당행위에 해당되는지의 여부는 법인세법등의 조세관계법령에 의하여 판단되어야 할 사항이라 할 것이다. 개인인 감정평가사합동사무소의 감정가액이 법인세법시행규칙 제16조의2 에서 규정한 감정평가법인의 감정가액에 해당되는 것이 아님이 명백함으로 감정평가사합동사무소의 감정가액을 기준으로 동 수익용기본재산의 교환이 법인의 부당행위에 해당되는지 여부를 판단하여서는 아니될 것이며, 감정평가법인의 감정가액과 국세청기준시가등 여타가액이 현실적으로 차이가 나는 것을 감안할 때 교환의 경우 교환양·수도자산 모두를 동일기준에 의거 평가함이 타당하고 교환양수자산에 대해서만 법인인 한국감정원의 1990.1.11자 소급감정가액을 제출하고 있으나 교환양도자산에 대해서는 한국감정원의 소급감정가액을 제출하고 있지 않은 점을 감안할 때 한국감정원의 감정가액에 의거하여 청구법인의 수익용기본재산 교환이 법인의 부당행위에 해당되는지 여부를 판단할 수 없다고 할 것이다. 그러하다면 교환양·수도 자산 모두를 국세청 기준시가로 평가함이 타당하다 할 것이다. 이 건의 경우 교환양도자산의 국세청 기준시가는 1,102,771,696원이며 교환양수자산의 국세청 기준시가는 389,586,834원으로 양 자산의 가액이 현저히 차이가 나는 바, 동 교환이 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호 및 제5호에 해당하는 법인의 부당행위로 보아야 할 것이고 처분청에서 교환양수·도자산 모두를 국세청 기준시가로 평가하여 부당행위 계산을 부인한 것은 정당하며, 이에 반하는 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다. 다. 쟁점 「다」에 대하여 먼저 관련법규를 살피건대, 조세감면규제법 제67조의3 은 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득과 학교법인이 1985.12.31 이전에 취득한 토지등을 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제함을 규정하고 있고, 동법시행령 제55조의3 제2항은 동 토지등의 양도금액을 3년이내 교육사업에 사용하지 아니하거나 교육사업외의 목적에 사용한 경우 혹은 1년이내 수익용재산의 취득에 사용하지 아니한 경우에는 면제받은 특별부가세를 추징할 수 있도록 규정하고 있다. 다음 사실관계를 살펴보면, 청구법인은 감정평가합동사무소의 감정에 의거하여 교환양도자산은 644,452,900원으로 교환양수자산은 688,810,100원으로 평가하여 양 자산을 교환하여 잔여양도금액(교환양도자산의 가액에서 교환양수자산의 가액을 제하고 남은 금액)이 전혀 없는 것으로 되어 있다. 살피건대, 전시 쟁점 「나」에서 본 바와 같이 교환양도자산에 대한 한국감정원의 감정가액을 제출하지 않고 있는 현 시점에서 교환양·수도 자산 모두를 국세청 기준시가에 의거하여 평가함이 타당하고 국세청 기준시가에 의하여 양 자산을 평가할 때 교환양도자산의 가액은 1,102,771,696원이며, 교환양수자산의 가액은 389,586,834원으로 상당액의 잔여양도금액이 남아 있어야 하며 동 잔여양도금액이 3년이내에 교육사업에 사용되거나 1년이내에 수익용재산의 취득에 사용되는 경우 특별부가세가 면제되는 것이나 청구법인에게 잔여양도금액이 전혀없는 이 건의 경우 동 금액이 3년이내에 교육사업에 사용되거나 1년이내에 수익용재산의 취득에 사용된다고 볼 수 없는 바, 그러하다면 특별세 추징사유가 즉시 발생된 것으로 보아야 할 것이고 해당 특별부가세를 추징결정한 처분청의 당초처분은 정당하며 이를 다투는 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다. 6. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.