이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004. 1. 28부터 2. 26.까지 취득한 서울특별시 용산구 ○○ 동 ○ - ○ 번지 ○○○○ 오피스텔 ○ 동 ○ 호, ○ 호, ○ 호(토지 각각 22.76㎡ 건물 각각 60.04㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)에 대하여 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제 120조 제3항의 규정에 의한 창업 벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 사업용 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 과세면제 하였으나 2004.10.6. 서울특별시 지도점검 결과 청구인은 2001. 5.12. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받은 후 이로부터 2년내인 2002.9.2 청구 외 ○○ 산업(주)과 이 사건 부동산에 대한 분양계약을 체결하였으나 그 잔금은 벤처기업 확인을 받은 날부터 2년이 경과한 2004.1.28( A동 ○ 호), 2004.2.10 (A동 ○ 호), 2004.2.26(A동 ○ 호)에 지급한 사실을 확인하고 2005 .3.2. 이 사건 부동산의 취득가액 439,805,376원을 과세표준 으로 하여 구 지방세법(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것 ; 이하같다) 제131조제1항 제3호(2)의 일반세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한 등록세 등 25,508,700원을 가산세 없이 부과 고지한 후 , 2007.7.13 이 사건 부동산 등기를 청구인이 대도시(서울 특별시)내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 부과 세액을 차감한 등록세 40,342,450원 (가산세 13,954,130원 포함) 지방교육세 7 ,540,710원 (가산세 2,263,050원 포함) 합계 47,883,160원을 부과 고지 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2001.5.12 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인을 받은 후 2002.9.2. 청구외 ○○ 산업(주)와 이 사건 부동산의 분양계약을 각각 체결하고 2003.2.20까지 3차에 걸쳐 이 사건 부동산 각각에 대하여 계약금 및 중도금을 지급하였으므로 이 사건 부동산 중 2003.2.20까지 지급한 계약금과 중도금에 해당하는 부분은 청구인이 벤처기업을 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 것으로 보아 이에 대한 등록세 등은 과세 면제되어야 한다고 주장하는 한편 이 사건 등록세 중 가산세는 청구인의 과실 없이 처분청의 행정 착오에 의하여 발생한 것임 에도 처분청이 이 사건 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 등록세 등의 경정을 구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업벤처중소기업 확인을 받은 후 2년 내에 계약금과 중도금을 납부 하였으나, 잔금은 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 후 지급한 경우 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 내에 지급한 계약금과 중도금에 대한 등록세 등이 과세 면제되는지 여부와 부족 납부한 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지한 것이 적법한지 여부 에 있다고 하겠다 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조 제5항제3호 내지 같은 법 제 130조제3항에서 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 사실상의 취득가액을 등록세의 과세표준으로 하고 같은법시행령 제73조 제1항제1호에서 “법 제111조제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일”을 취득의 시기로 규정하고 있으며 같은 법 제151조에서 등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3 항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2001.5.12 서울지방중소기업청장 으로부터 벤처기업확인을 받은 후, 2002.9.2. 청구외 ○○ 산업(주)와 이 사건 부부동산의 분양계약을 각각 체결하고 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 내인 2003.2.20까지 3차에 걸쳐 이 사건 부동산 각각에 대하여 계약금 및 중도금을 지급한 사실과 이 사건 부동산 각각에 대한 잔금은 2004.1.28( A동 ○ 호), 2004.2.10 (A동 ○ 호), 2004.2.26(A동 ○ 호)에 지급한 사실과 처분청이 이 사건 부동산의 취득가액 439,805,376원을 과세표준 으로 하여 구 지방세법(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되기 전의 것 ; 이하같다) 제131조제1항 제3호(2)의 일반 세율(1000분의 30)을 적용하여 산출한 등록세 등 25,508,700원을 가산세 없이 부과 고지한 후 , 2007.7.13 이 사건 부동산 등기를 청구인이 대도시(서울 특별시)내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 구 지방세법 제138조 제 1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 부과 세액을 차감한 등록세 40,342,450원 (가산세 13,954,130원 포함) 지방교육세 7 ,540,710원 (가산세 2,263,050원 포함) 합계 47,883,160원을 부과 고지한 사실은 제출된 관련 증빙 자료에서 알 수 있다 이에 대하여 청구인은 첫째, 이 사건 부동산 중 2003.2.20까지 지급한 계약금과 중도금에 해당하는 부분은 청구인이 벤처기업을 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 것으로 보아 이에 대한 등록세 등은 과세 면제되어야 한다고 주장하고 있으나, 지방세 법시행령 제73조제1항제1호에서 “법 제111조제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일”을 취득의 시기로 규정하고 있으므로, 비록 청구인이 벤처기업확인을 받은 날부터 2년 이내에 이 사건 부동산의 계약금과 중도금을 지급하였다고 하더라도 이는 이 사건 부동산을 장래에 취득 하기 위하여 미리 취득가격의 일부를 지급한 것 일 뿐 이 사건 부동산을 취득한 것이라는 볼 수 없으므로 이에 대한 등록세 등은 과세 면제 대상에 해당하지 아니하므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없으며 둘째, 청구인은 이 사건 가산세의 경우 청구인의 과실 없이 처분청의 행정 착오에 의하여 발생한 것임 에도 처분청이 이 사건 등록세에 가산세를 포함하여 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 등록세와 같은 신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 구체적 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치 단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이고(같은 취지의 대법원 1999.7.27. 선고, 99다23284 판결 참조) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 다고 할 것이므로 처분청이 이 사건 부동산을 지방세법 제131조제1항 제3호(2) 에서 규정한 일반 과세로 등록세를 부과 고지하였다가 지방세법 제138조 제1항 규정에 따라 다시 중과세로 변경한 처분은 과세관청의 공적인 견해 표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 사실관계를 오인 함으로써 관계규정을 잘못 적용 하여 위법·부당하게 된 행정행위를 바로 잡은 경우에 해당된다 하겠는 바, 처분청이 2005.3.2 이 사건 부동산에 대하여 등록세를 일반 과세로 부과 고 지 하 였다는 사실만으로 청구인이 이 사건 등록세를 중과세 로 신고 납부 하지 아니 할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다고 할 것이므로 처분청이 부족 납부한 이 사건 등록세에 대하여 가산세를 포함하여 부과 징수한 것은 잘못이 없다 고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 8. 27. 행 정 자 치 부 장 관