이유
1. 원처분의 요지

3

처분청은 1997.4.29. 창업한 중소기업인 청구인이 창업일로부터 2년이 경과한 1999.12.23. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지상에 축산물종합처리장용 건축물 7,712.18㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 신축한 후

조세특례제한법 제119조

및 제120조의 규정에 의한 취득세 등 감면신청을 한데 대하여 감면대상에 해당되지 않는다고 통보하자, 청구인은 이건 건축물의 취득가액(7,710,696,014원)에

지방세법 제112조

제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 154,213,920원, 농어촌특별세 15,421,390원, 합계 169,635,310원을 2000.1.22.에,

지방세법 제131조

제1항제4호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 61,685,560원, 교육세 12,337,110원, 합계 74,022,670원을 2000.3.9.에 각각 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 신고납부한 취득세 등의 환부를 구하면서 그 이유로,

청구인은 국가정책사업의 일환인 축산물종합처리시설을 설치, 운영하기 위하여 1997.3.18. 농림부장관으로부터 축산물종합처리장 사업대상자로 선정받고, 중소기업을 창업하였으며, 창업후 즉시 이건 건축물 신축을 위하여 토지를 3차에 걸쳐 매입하는 한편 사업부지에 대하여 국토이용계획 변경신청을 하였으나, 국토이용계획변경 결정이 10개월이나 지연됨으로 인하여 창업일로부터 1년 6개월이 경과한 1998.10.28.에서야 이건 건축물에 대한 건축허가를 받고, 그 날로부터 14개월이 경과하여 이건 건축물에 대한 사용승인을 받아 취득하였는 바, 창업일로부터 2년이 경과하여 이건 건축물을 신축하게 된 것은 국토이용계획 변경결정이 지연되는 등 불가항력적인 사유로 인한 것으로서 신축이 지연된 사유와 창업중소기업에 대한 취득세 등 감면의 입법취지 등을 고려할 때, 창업일로부터 2년이 경과하여 취득하였다는 사유만으로 이건 건축물에 대해 취득세 등을 감면하지 않는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 창업중소기업이 창업일로부터 2년이 경과하여 취득한 건축물이 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면,

조세특례제한법 제6조

제1항 및 제3항, 제119조제3항, 제120조제3항에서 2003년 12월 31일이전에 수도권외의 지역에서 제조업, 광업 등의 업종을 영위하는 창업중소기업이 창업일로부터 2년내에 취득하는 사업용 재산에 관한 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일로부터 2년 이내에 당해 재산을 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.4.29. 중소기업을 창업한 후 1997.6.12. 건축부지에 대한 국토이용계획 변경신청(농림지역 및 준농림지역→ 준도시지역, 산업촉진지구)을 하여 1998.4.3. 그 변경결정을 받고, ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 63,506㎡를 1998.10.1. 및 같은해 10.19.과 1999.2.3.에 취득하였으며, 그후 건축설계 및 분묘이장, 공장설립승인 등의 절차를 거쳐 1998.10.28. 건축허가를 받고, 같은해 11.20. 착공신고를 하고 건축공사를 시작하여 창업일로부터 2년 8개월이 경과할 무렵인 1999.12.23. 사용승인을 받아 취득하였고, 취득후 처분청에 감면신청을 하였으나 처분청은 창업일로부터 2년이 경과하여 이건 건축물을 취득하였으므로 감면대상에 해당되지 않는다고 통보한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 보면, 청구인의 경우와 같이 법인설립후 사업을 개시하기 위해 토지를 매입하고 건축을 위한 사업준비 절차와 행정절차를 정상적으로 진행하였음에도 국토이용변경 등 행정절차에 장기간이 소요됨으로써 창업일로부터 1년 6개월이 경과할 무렵에 이건 건축물에 대한 건축허가를 받게 되었고, 그후 즉시 건축공사에 착공하였지만 건축에 소요되는 기간으로 인하여 불가피하게 2년이 경과하여서야 이건 건축물에 대한 사용승인을 받아 취득한 경우에는

조세특례제한법 제119조

및 120조에서 창업중소기업에 대한 취득세와 등록세 면제대상을 창업일로부터 2년내에 취득하는 사업용 재산으로 규정하고 있다 하더라도, 조세법률의 해석은 그 입법취지를 고려하여 합목적적으로 하여야 할 것으로서, 창업중소기업이 2년내에 취득한 부동산에 대하여 취득세 등의 감면혜택을 부여함으로써 중소기업의 창업을 지원하기 위한 입법취지와 청구인이 운영하고자 하는 축산물 종합처리장 사업이 농림부장관으로부터 사업대상자로 선정되어 국비의 지원을 받음은 물론 처분청으로부터도 지방비를 지원받아 사업을 추진하고 있고, 2년이내에 건축허가를 받아 건축공사에 착공한 사실을 보면 취득세와 등록세의 감면대상으로 보는 것이 합리적이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 8. 29.

행 정 자 치 부 장 관