① 제1호와 제2호는 해당 용도로 직접 사용을 개시하기 전(제1호)·후(제2호)인지 여부 및 기간(제1호는 3년 또는 4년, 제2호는 2년) 등의 규정 내용에 있어 차이가 있다고 할 것임(헌법재판소 2020.3.26. 선고 2017헌바527 결정, 조심 2023지24, 2023.10.26., 같은 뜻임) 청구법인은 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축에 직접 사용하기 전에 해당 토지를 ○○○○○○에 환매하였으므로 동법 제78조 제5항 제2호가 적용될 수 없는 바, 처분청이 청구법인에게 위 조항이 적용된다는 전제 하에 감면된 취득세, 재산세 등을 추징한 것은 잘못이 있다고 판단됨.② 해당 법인이 쟁점토지의 직접 사용을 개시하지 않은 이상 동조 제5항 제2호가 적용될 수 없는 것인 바, 쟁점토지의 환매 사실 자체만으로 청구법인에게 정당한 사유가 인정된다고 보기는 어려움.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2018.12.19. 처분청과 행정중심복합도시 4-2생활권 도시첨단산업단지(이하 “이 사건 산업단지”) 내 세종특별자치시 OOO 대 2018.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 입주하여 공장을 설립하기 위한 계약을 체결하고, 같은 날 한국토지주택공사로부터 쟁점토지를 OOO원에 연부로 매수하는 계약을 체결하였다. 나. 청구법인은 위 매매계약 체결일부터 2020.11.10.까지 한국토지주택공사에 선납할인을 적용한 합계 OOO원의 매매대금을 6회에 걸쳐 완납하고, 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하기 위해 취득하는 토지에 대하여 취득세를 감면하는 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제1호 가목, 제2호 가목, 제8항 및 「세종특별자치시 시세 감면 조례」 제8조의3을 근거로 100분의 75 상당을 감면한 취득세 등을 ＜표1＞과 같이 신고·납부하였다. ＜표1＞ 취득세 등 신고·납부내역 (단위: 원) ○○○ 다. 처분청은 2022.1.21. 청구법인에게 당 법인이 정당한 사유 없이 구 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(2018.12.31. 법률 제16172호로 개정되기 전의 것, 이하 “구「산업집적법」”이라 한다) 제42조 제1항 제1호 및 동법 시행규칙(2023.5.22. 산업통상자원부령 제509호로 개정되기 전의 것) 제42조 제2항에 따른 기간 내 공장건설에 착수하지 아니하였으므로 입주계약을 해지한다고 통지하였고, 한국토지주택공사는 2022.2.9. 청구법인에게 위 입주계약 해지에 의거해 쟁점토지의 매매계약을 해제한다고 통보하였다. 라. 처분청은 2023.8.7. 청구법인이 쟁점토지의 매매계약 해제로 그 토지를 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하게 되었다고 판단하고, 해당 법인에게 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호에 따라 가산세를 포함한 취득세 등 합계 OOO원 및 2021년분 재산세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점토지의 환매는 산업단지관리기관이 환매하는 경우와 그 실질이 동일하므로, 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호 괄호 부분에 따라 기감면된 취득세, 재산세 등을 추징할 수 없다. 쟁점토지를 환매한 한국토지주택공사는 「신행정수도 후속대책을 위한 OOO지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」제18조 및 건설교통부 고시에 의거해 행정중심복합도시건설사업의 사업시행자로 지정되었을 뿐만 아니라, 국토교통부 고시에 따라 이 사건 산업단지의 개발사업시행자로 선정된 바, 해당 산업단지의 용지 분양 업무를 전담하고 있다. 구 「산업집적법」제2조 제15호는 “산업단지의 관리”를 정의하며 그 핵심업무로 “산업단지의 용지 및 시설의 매각·임대 및 사후관리를 열거하고 있는데, 한국토지주택공사는 위 산업단지의 입주심사를 운영관리 하고, 산업단지 내 용지를 매각하며, 매각 후 해제사유 발생 시 매매계약에 대한 해제권을 행사하는 등, 실제 위 규정에 따른 “산업단지의 관리”를 도맡고 있다. 이처럼 산업단지관리기관의 역할을 수행하고 있는 한국토지공사가 쟁점토지를 환매한 것은 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호 괄호 부분에서 규정한 “산업단지관리기관이 환매하는 경우”와 그 실질이 동일하므로 취득세, 재산세 등의 추징이 배제되어야 한다. 청구법인은 쟁점토지 매매계약이 해제될 경우 동 계약에서 정한 바에 따라 반드시 매도인인 한국토지주택공사에 해당 토지를 환매해야 하는 바, 당초부터 이 사건 산업단지 관리기관인 처분청에게 쟁점토지를 환매하는 것이 불가능하였다는 점에서도 처분청의 취득세, 재산세 등 추징은 부당하다. (2) 쟁점토지의 환매에 대하여 취득세, 재산세 등의 추징을 배제하는 것은 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호 괄호 부분의 입법취지에도 부합한다. 한국토지주택공사는 국가에서 100% 출자한 공공기관이기 때문에, 해당 기관이 산업단지 내 토지를 환매하는 경우 산업단지관리기관이 환매하는 것과 동일한 처분절차의 투명성이 확보된다. 나아가 한국토지주택공사의 환매는 사인 간의 거래와 달리 그 실질확인이 용이하고 투자목적의 부동산 취득도 배제할 수 있으며, 추후 해당 토지의 분양에 따른 새로운 매수자의 산업단지 입주가 보장된다. 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호 괄호 부분은 산업단지 입주활성화를 최대한 도모하면서도, 지방자치단체의 재정손실을 막는 데 그 입법취지를 두고 있으므로, 한국토지주택공사의 쟁점토지 환매에 대하여 취득세, 재산세 등의 추징을 배제하는 것은 위 규정의 입법취지에 부합한다. (3) 처분청은 심판답변서를 통해 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호의 처분사유를 추가한 바, 쟁점토지의 환매가 “정당한 사유”에 해당하는 이상 위 규정에 근거하여 취득세, 재산세 등을 추징할 수도 없다. 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호는 산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하기 위해 취득하는 토지에 대한 취득세 및 재산세 경감분의 추징사유를 규정하며, 산업단지관리기관이 부동산을 환매하는 경우를 일반적인 매각과 구분하여 그 추징사유에서 제외하고 있으므로, 부동산 취득일부터 3년 내 산업단지관리기관이 해당 부동산을 환매함에 따라 납세자가 이를 직접 사용하지 못하게 된 경우 이는 동 규정 제1호에 따른 “정당한 사유”가 있는 것으로 보아야 한다(조심 2017지49, 2017.4.4.). 청구법인은 쟁점토지가 그 취득일부터 4년 내 실질적 산업단지관리기관에 해당하는 한국토지주택공사에 환매됨에 따라 이를 직접 사용하지 못하게 되었으므로, 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호의 “정당한 사유”가 있는 것으로 보아 감면된 취득세 및 재산세의 추징이 배제되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 이 사건 산업단지의 관리기관은 처분청이고 한국토지주택공사는 개발사업시행자에 불과하므로, 한국토지주택공사의 환매를 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호 괄호 부분이 규정한 산업단지관리기관의 환매로 볼 수 없다. 처분청은 구 「산업집적법」제33조 에 따라 산업단지지정권자인 국토교통부장관과 협의하여 이 사건 산업단지의 관리기본계획을 수립하였고, 해당 관리기본계획의 고시와 함께 위 산업단지의 관리기관으로 지정되었다. 반면 한국주택공사는 국토교통부 고시에 의해 이 사건 산업단지의 개발사업을 시행하도록 지정된 자로서, 구 「산업집적법」제36조 의 “사업시행자”이자 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조의 “산업단지개발사업의 시행자”에 해당한다. 산업단지의 개발사업시행자는 위 각 법령에 따라 관리기관과 협의해 산업단지 내 토지를 분양·임대·양도할 수 있고, 해당 업무를 관리기관에게 위탁할 수도 있으므로, 산업단지 내 토지의 분양업무가 관리기관의 주요업무에 해당하여 이를 수행하는 한국토지주택공사를 이 사건 산업단지의 관리기관으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 이 사건 산업단지의 입주심사 및 협의대상자 선정은 처분청과 행정중심복합도시건설청 소속 공무원 및 민간위원들로 구성된 도시첨단산업단지 정책심의위원회에서 담당하고 있고, 한국토지주택공사의 역할은 위 입주심사의 신청·접수를 받고 일정을 관리하는 데 한정되어 있으므로, 한국토지주택공사가 이 사건 산업단지의 관리기관으로서 입주심사 운영관리를 전담하고 있다는 청구법인의 주장 또한 사실과 다르다. 쟁점토지에 관한 입주계약 해지로 확인할 수 있듯 관련 법령에 따른 산업단지 입주계약 해지사유 발생여부를 관리하는 역할도 처분청이 수행하고 있는 바, 한국토지주택공사가 구 「산업집적법」에 따른 산업단지의 용지 사후관리를 담당한다는 청구법인의 주장 역시 받아들일 수 없다. (2) 쟁점토지의 환매에 대하여 취득세, 재산세 등을 추징하는 것은 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호 괄호 부분의 입법취지에도 부합한다. 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호의 전신인 구「지방세법」(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제276조 제1항 단서의 괄호부분은 산업단지관리기관이 환매하는 경우뿐만 아니라, 산업단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우에 대하여도 취득세 및 재산세의 추징을 배제하였다. 헌법재판소는 이후 개정법이 산업단지관리기관의 직접 환매에 대하여만 취득세 및 재산세의 추징을 배제한 것에 대해, 경영 또는 자금상 문제로 산업단지 입주를 포기하는 기업의 경우까지 취득세를 감면해 주는 것은 산업단지 입주활성화를 위한 감면취지에 부합하지 않고, 관리기관이 지정한 자의 환매 시 결국 사인 간의 거래에 해당하여 처분절차의 투명성 확보나 실질 확인이 어려우며 투자목적의 부동산 취득도 배제할 수 없는 점 등을 고려한 것이라고 해석하고 있다. 청구법인은 경영 또는 자금상 문제로 공장건설에 착수하지 않고 한국토지주택공사에 쟁점토지를 환매한 점, 이러한 경우에 대해서까지 취득세를 감면할 경우 산업단지 입주활성화를 목적으로 하는 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호 괄호 부분의 감면취지에 부합하지 않는 점, 한국토지주택공사의 환매는 처분절차 등에 있어 관리기관인 처분청의 환매와 동일한 정도의 투명성 확보를 기대하기 어려운 점 등을 감안하여 판단할 때, 쟁점토지의 환매에 대한 취득세, 재산세 등을 추징하는 것이 위 규정의 입법취지 및 헌법재판소의 해석에 부합한다. (3) 청구법인은 정당한 사유 없이 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 이를 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하지 않았으므로, 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에 따라 감면된 취득세 및 재산세 등이 추징되어야 한다. 청구법인은 쟁점토지의 직접 사용을 개시하지 않은 상태에서 해당 토지를 한국토지주택공사에게 환매하였고 이로써 더 이상 그 토지를 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1항에 따른 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용할 수 없게 되었다. 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 관하여 별다른 입증을 하지 않은 이상, 위 규정에 따라 앞서 감면된 취득세 및 재산세 등이 추징되어야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점토지를 산업단지관리기관이 환매한 것으로 보아 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호에 따른 취득세, 재산세 등의 추징을 배제할 수 있는지 여부 ② 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 3년이 경과할 때까지 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 감면된 취득세, 재산세 등을 추징할 수 있는지 여부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 참조 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2018.12.19. 처분청과 이 사건 산업단지 내 쟁점토지에 입주하여 공장을 설립하기 위한 계약을 체결하였고, 그 주요내용은 다음과 같다. ＜표1＞ 입주계약 내역

처분청(이하 “관리기관”)과 청구법인은 「산업집적법」(이하 “법”)제38조 에 따라 다음과 같이 산업단지입주계약을 체결한다. 제1조 (산업단지입주계약 사항) 소재지 OOO 업종(분류번호) 5911273201 생산품 3D, 4D시뮬레이션, 영상, 실물모형, 조형물, 전시모형, 전시물 계약면적 2,017㎡ 면적율 270% 건축면적 5,445.92㎡ (비)제조시설 350㎡ 부대시설 5,095.92㎡ 착공(예정)일 2020.12. 준공(예정일) - 제6조 (입주계약의 해지 등) ① 관리기관은 청구법인에게 법 제42조에서 정한 입주계약 해지사유가 발생하였을 때는 입주계약을 해지할 수 있다.

(나) 청구법인은 같은 날 한국토지주택공사로부터 쟁점토지를 연부로 매수하는 계약을 체결하였고, 그 주요내용은 다음과 같다. ＜표2＞ 쟁점토지 매매계약 내역

■ 토지의 표시 소재지: 세종특별자치시 OOO1 지정용도: 일반공장(분양) 면적(㎡): 2,017.0 비고: 사용가능시기 2017.7.31. 위 표시의 토지(이하 “대상토지”라 한다)에 관하여 매수인 청구법인(이하 “매수인”이라 한다)과 매도인 한국토지주택공사(이하 “매도인”이라 한다)간에 다음과 같이 매매계약을 체결한다. 제1조 (매매대금 및 대금납부방법) ① 매수인은 대상토지를 다음표의 가격으로 매도인에게 매수하며 매수인은 매매대금을 다음표의 납부방법에 따라 매도인에게 납부하기로 한다. 매매대금 금 OOO원정 대금납부방법 구분 납부 약정일 할부원금(원) 계약보증금 1차 중도금 2차 중도금 3차 중도금 4차 중도금 5차 중도금 6차 중도금 7차 중도금 8차 중도금 9차 중도금 잔 금 2018.12.19. 2019.6.19. 2019.12.19. 2020.6.19. 2020.12.19. 2021.6.19. 2021.12.19. 2022.6.19. 2022.12.19. 2023.6.19. 2023.12.19. ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ＜특약사항＞ 1. 매수인과 관리기관(처분청) 간 입주계약 미체결 또는 해지 시 매도인은 이 계약을 해제할 수 있다. 2. 입주신청 시 제시한 사업계획 미이행 시 이 계약을 해제할 수 있다.

(다) 처분청은 이후 청구법인이 쟁점토지 지상 공장건설에 착수하지 않자 당 법인에게 2020.6.15.와 2020.9.17. 두 차례 구「산업집적법」에 따른 기한 내 착공할 것을 알리고, 2021.1.7. 공장건설 미착수에 대한 시정명령을 하였으며, 2021.9.16. 착공 노력을 다하겠다는 청구법인의 의견을 반영해 이 사건 산업단지 입주계약의 해지를 유예한다고 통지하였다. (라) 청구법인이 위 통지 이후 쟁점토지에 공장을 건설하지 않자, 처분청은 2022.1.21. 해당 법인에게 이 사건 산업단지 입주계약을 체결한 후 정당한 사유 없이 2년 이내 공장의 건설에 착수하지 아니하였으므로 구 「산업집적법」제42조 에 따라 입주계약을 해지한다고 통지하였고, 한국토지주택공사는 2022.2.9. 청구법인에게 위 입주계약 해지에 의거해 쟁점토지의 매매계약을 해제한다고 통보하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해 살펴본다. 「지방세특례제한법」제78조 제5항은 취득세 및 재산세 감면에 대한 사후관리로서 유예기간 내에 직접 사용하지 아니한 경우(제1호)와 의무사용기간 내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)를 추징사유로 정하고 있는바, 제1호와 제2호는 해당 용도로 직접 사용을 개시하기 전(제1호)·후(제2호)인지 여부 및 기간(제1호는 3년 또는 4년, 제2호는 2년) 등의 규정 내용에 있어 차이가 있다고 할 것이다(헌법재판소 2020.3.26. 선고 2017헌바527 결정, 조심 2023지24, 2023.10.26. 같은 뜻임). 청구법인은 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축에 직접 사용하기 전에 해당 토지를 한국토지주택공사에 환매하였으므로 동법 제78조 제5항 제2호가 적용될 수 없는 바, 처분청이 청구법인에게 위 조항이 적용된다는 전제 하에 감면된 취득세, 재산세 등을 추징한 것은 잘못이 있다고 판단된다. (3) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴본다. 처분청은 이 사건 심판청구에 대한 답변서에서 예비적 처분사유로 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호를 추가하였는데, 해당 조항은 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하기 위해 취득하는 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않을 경우 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있다. 청구법인은 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호에 따른 “산업단지관리기관이 환매하는 경우”에 해당할 시 동 조항 제1호의 “정당한 사유”를 인정할 수 있다고 본 해석례 등을 근거로 쟁점토지의 환매도 정당한 사유로 인정해야 한다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 해당 법인이 쟁점토지의 직접 사용을 개시하지 않은 이상 동조 제5항 제2호가 적용될 수 없는 것인 바, 쟁점토지의 환매 사실 자체만으로 청구법인에게 정당한 사유가 인정된다고 보기는 어렵다. 청구법인은 그 밖에 쟁점토지를 동조 제1호의 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 관하여 입증하지 못하고 있으므로, 처분청이 해당 조항을 근거로 감면된 취득세, 재산세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 지방세특례제한법 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 2. 경감 내용 가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다. 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다. ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.