이유
1. 처분 개요 청구법인은 비영리종교법인으로서 ’94.1.1～’94.12.31 사업년도분 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 ’95.3.31 당초 신고시에는 OO투자신탁주식회사로부터 받은 이자소득금액 141,077,363원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 당초 장부에 계상하지 아니한 관계로 신고하지 못하였다가 ’95.5.30 수정신고시에는 아래와 같이 쟁점이자소득(141,077,363원)을 익금산입하고 다시 동 금액을 법인세법 제12조 제4항의 규정에 의한 고유목적사업 지급준비금으로 손금산입한 후 쟁점이자소득에 대하여 원천납부한 법인세 28,215,450원을 환급요구하였다. ＊ 청구법인의 법인세 신고내용 (단위: 원)
구 분
당초신고 (A)
(’95.3.31)
수정신고(B)
(’95.5.30)
증 감(B-A)
ㅇ수 입 금 액
ㅇ당기순이익
4,535,040
356,005,491
4,535,040
356,005,491
-
-
소 득
조 정
ㅇ익금산입
ㅇ손금산입
-
356,005,491
141,077,363
497,082,854
141,077,363
141,077,363
ㅇ소 득 금 액
ㅇ원천납부세액
-
70,281,950
-
98,497,400
-
28,215,450
처분청은 당초 청구법인이 신고한대로 원천납부한 법인세 98,497,400원(수정신고 증가분 28,215,450원 포함)을 전액 환급하였다가 수정신고분 28,215,450원(쟁점이자소득에 대한 원천납부세액)의 경우 당초 신고시 쟁점 이자소득과 관련한 목적사업 지급준비금을 설정하지 아니하였으므로 그 후 수정신고의 대상이 되지 아니할 뿐만 아니라 법인세법 제27조 제1항 및 제2항에 의거 원천징수방법에 의한 분리과세로서 그 과세가 종결되므로 이 경우 원천납부된 세액은 환급대상이 아니라는 이유를 들어 ’95.12.16 청구법인에 ’94.1.1～’94.12.31 사업년도분 법인세 31,036,990원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’96.1.10 심사청구를 거쳐 ’96.3.11 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 비영리법인이 이자소득을 신고하는 때에는 합산과세하는 것이고 이때의 신고는 당초신고뿐만 아니라 수정신고도 포함된다 할 것인 바, 수정신고하여 과세표준에 가산하고 28,215,450원을 환급신청한 것은 정당하므로 환급한 세액을 추징한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 청구법인은 ’94사업년도중에 OO투자신탁주식회사에서 받은 쟁점이자소득금액을 ’94사업년도 법인세 신고시 각 사업년도 소득금액에 포함하지 아니하였다는 데에 대하여는 다툼이 없고, 수정신고를 하면서 이를 익금에 산입하고 동 금액을 지급준비금으로 손금에 계상하였으므로 원천징수된 법인세를 환급하여야 한다고 주장하고 있으나, 법인의 이자소득금액을 그 법인의 고유목적사업의 지급준비금으로 설정하여 손금으로 산입하도록 규정한 법인세법 제12조 제4항의 지급준비금은 법인이 결산에 의하여 손금으로 설정한 경우에 한하여 손금으로 산입할 수 있는 것이므로 수정신고에 의하여는 지급준비금을 손금으로 산입할 수 없는 것인 바, 청구법인이 당초 법인세 신고시 쟁점이자소득금액을 ’94사업년도의 소득금액계산상 익금에 계상하지 아니하고 동 금액을 지급준비금으로 손금에 계상한 바 없었으므로 쟁점이자소득금액은 법인세법 제27조 제2항의 규정에 의하여 원천징수의 방법으로 과세가 종료되었다 할 것이므로 처분청이 이 건 원천법인세를 환급하였다가 추징한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점이자소득에 대하여 고유목적사업 지급준비금을 설정하지 아니한 채 결산을 확정하여 당초 법인세 신고시 이를 신고하지 아니하고 추후 수정신고에 의하여 동 이자소득을 익금산입한 후 다시 동 금액을 법인세법 제12조 제4항의 규정에 의한 지급준비금으로 손금산입하여 이자소득에 대한 원천납부법인세를 환급신청한 것이 타당한지 여부 나. 관련법령 ’88.12.26 신설(개정)된 법인세법 제12조 (법령 등에 의한 준비금의 손금산입) 제4항에 의하면 「의료보험·연금관리·공제사업 기타 공익목적사업을 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 이자소득(증권투자신탁 수익의 분배금을 포함한다)을 그 법인의 고유목적사업에 충당하기 위하여 지급준비금을 설정한 경우에는 대통령령이 정하는 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다」고 하였고, 동 제6항에서는 「제1항 내지 제4항의 규정의 적용을 받고자 하는 법인은 제26조의 규정에 의한 신고서에 당해 준비금에 관한 명세서를 첨부하여야 한다」고 하였으며, 동법 시행령 제16조 (법령 등에 의한 준비금의 손금범위) 제8항 및 제42조의 2(비영리공익법인의 범위) 제4호에 의하면 동법 제12조 제4항에서 정한 “대통령령이 정하는 법인”의 하나로 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립한 법인이 게기되어 있고, 같은 법인세법 제27조 (비영리법인 과세표준신고)는 「①비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(이하 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. ②제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다」고 각각 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 쟁점이자소득에 대하여 수정신고한 경위를 보면, ’95.3.31 당초 법인세 신고시에는 ’94사업년도의 결산에 반영된 이자소득 및 지급준비금과 관련한 원천납부법인세 70,281,950원만 환급신청하였으나, 그 후 OO투자신탁주식회사로부터 ’94.10.8 지급받은 쟁점이자소득 141,070,363원(원천납부세액 28,215,450원)이 신고누락된 사실을 발견하고 ’95.5.30 수정신고를 하면서 쟁점이자소득에 대하여 익금산입 및 지급준비금으로 손금산입한 후 원천납부법인세를 환급신청한 것임이 이 건 관련 심리자료에 의해 확인된다. (2) 청구법인의 ’94사업년도 손익계산서, 대차대조표, 이익잉여금처분계산서를 보면, 청구법인이 당초 결산시 쟁점이자소득에 대하여 수익으로 계상한 사실이 없고 또한 고유목적사업 지급준비금을 설정한 사실도 없음이 확인된다. (3) 비영리법인은 이자소득이 있는 경우 동 이자소득을 다른 수익사업소득에 합산하고 원천납부세액을 공제하여 과세표준신고를 하는 방법(신고납부방법)과 수익사업소득에 합산하지 아니하고 원천징수로서 과세절차를 종결하는 방법(원천분리과세방법) 중에서 이를 선택할 권한이 인정되고 이와 같은 선택권한은 당초 법인세 신고시에 있어서 그 신고방법의 선택이 가능한 것을 인정한 것이지, 당해 이자소득을 당초 신고시에는 과세표준에 포함시키지 아니하였다가 수정신고시에 포함시켜 신고하는 것까지 인정하는 것은 아니라 하겠으며(국심 93전 24, ’93.4.30 같은 뜻임), 신고납부방법을 택하는 경우로서 당해 이자소득에 대하여 고유목적사업 지급준비금을 설정한 경우에는 동 이자소득이 손금에 산입되고, 한편 이자소득에 대한 고유목적사업 지급준비금의 설정은 결산확정전에 설정하여야 하는 것으로서 결산조정사항이지 신고조정사항이 아니다. 위와 같이 청구법인은 쟁점이자소득에 대하여 원천분리과세방법을 택한 경우로서 동 이자소득에 대한 원천납부세액을 기납부세액으로 공제하여 환급받을 세액이 있는 것으로 수정신고한 것은 적법한 것으로 인정되지 아니하는 바, 따라서 처분청이 쟁점이자소득과 관련한 환급세액을 추징한 것은 정당하다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.