이유
1. 처분 개요

OOOOOO공사법에 의하여 설립된 청구법인은 지방자치단체인 서울특별시와 체결한 「대형폐기물 파쇄시설 설치·운영 및 처리에 관한 협약」에 따라 1995.6.12부터 1997.12.31까지의 기간중 서울특별시의 25개 자치구(이하 “자치구”라 한다)에서 반입된 대형폐기물을 처리(이하 “쟁점용역”이라 한다)하여 주고 다음과 같이 자치구로부터 징수한 처리비용 2,288,961,842원(쟁점용역의 공급에 대한 대가로서 자치구에서 실비로 부담하는 비용이며, 이하 “쟁점부담금”이라 한다) 에 대하여 부가가치세를 신고납부하지 않았다.

* 과세기간별 대형폐기물 처리비 징수금액

(단위: 원)

구 분

95.1기

95.2기

96.1기

96.2기

97.1기

계

징수금액

91,547,892

536,543,200

324,161,140

640,881,600

695,828,010

2,288,961,842

처분청은 쟁점부담금을 부가가치세의 과세대상이 되는 용역의 대가로 보아 1998.6.18 청구법인에게 1995년도 1기분 부가가치세 10,819,290원, 1995년도 2기분 부가가치세 63,409,650원, 1996년도 1기분 부가가치세 38,309,950원, 1996년도 2기분 부가가치세 75,687,250원, 1997년도 1기분 부가가치세 52,117,290원 합계 240,343,430원을 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.8.13 심사청구를 거쳐 1998.10.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 OOOOOO공사법에 의거 설립된 무자본 특수법인으로 서울특별시장과 체결한 대형폐기물 파쇄시설 설치·운영 및 처리에 관한 협약에 따라 서울시에서 제공한 부지에 대형폐기물 파쇄 처리 및 재활용을 위한 시설 장비를 설치한 후, 자치구에서 수집하여 반입하는 대형폐기물을 파쇄하여 재활용 또는 폐기처분하고 자치구청장으로부터 실비의 처리비를 받고 있으나, 이는 영리를 목적으로 한 사업이 아니라 폐기물의 재활용촉진과 환경보전을 위한 정부의 업무를 대행하는 것으로서, 공익단체인 청구법인이 대형폐기물을 처리하고 자치구로부터 받는 실비의 처리비는 부가가치세법 및 같은법시행령상의 부가가치세 면세규정 적용대상 용역으로 보아야 하므로 이 건 부가가치세 과세는 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견

청구법인이 제공하는 대형폐기물 처리용역은

부가가치세법 제12조

제1항 제16호 및

같은법시행령 제37조

제1호에 규정하고 있는 주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타단체 등이 공급하는 재화 또는 용역에 해당한다고 볼 수 없고, 청구법인은

부가가치세법 제12조

제1항 제17호 및

부가가치세법시행령 제38조

에 규정한 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체”에 해당하지 아니하고, 청구법인이 공급하는 대형폐기물 처리용역은 동법의 규정에 의한 정부업무대행단체가 그 고유목적사업으로서 하는 면세사업의 범위에 규정되어 있는 사업을 위해 공급하는 용역에 해당하지 아니하므로 청구법인이 지방자치단체와 협약을 체결하여 지방자치단체가 수집하여 운반해 온 대형폐기물을 처리하여 주고 대형폐기물 반입물량에 따라 지방자치단체로부터 징수하는 부담금은 부가가치세가 면제되지 아니하는 것이므로(같은 뜻 : 국세청 부가 46015-2250, 1997.10.1) 쟁점용역에 대한 대가인 쟁점부담금 수입에 대하여 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 제공하는 쟁점용역이 부가가치세 과세대상용역에 해당하는지의 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조

제1항에서 「다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1.～15.(생략)

16. 종교·자선·학술·구호·기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

17. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역

18. 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역」으로 규정하고,

같은법시행령 제37조

에서 「법 제12조 제1항 제16호에서 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역

2.～4.(생략)」으로 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 관련법령인

부가가치세법 제12조

제1항 제16호 및

같은법시행령 제37조

제1호에서는 부가가치세가 면제되는 재화나 용역의 종류로서 “주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역”을 규정하고 있고,

청구법인은 청구법인이 환경보호에 기여하는 공익법인으로서 쟁점용역의 공급은

부가가치세법 시행령 제37조

제1항에서 규정된 기타공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에 해당하므로 쟁점용역의 공급대가는 부가가치세 면제대상이라는 주장인 반면,

처분청 및 국세청장은 청구법인이 지방자치단체와 대형폐기물 파쇄시설 설치·운영 및 처리에 관한 협약을 체결하고 지방자치단체가 수집하여 운반해온 대형폐기물을 처리하여 주고 대형폐기물 반입 물량에 따라 지방자치단체로부터 징수하는 처리비는 부가가치세가 면제되지 아니한다는 국세청 예규(부가 46015-2250, 1997.10.1)를 들어 쟁점용역을 부가가치세가 면제되지 아니하는 용역으로 보아 쟁점부담금에 대하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 부가가치세 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인되므로 청구법인이 제공하는 쟁점용역이 위 관련법령의 규정에 의한 “기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역”에 해당하는지에 대하여 살펴본다.

(2) 먼저, 청구법인이 공익을 목적으로 하는 단체에 해당하는지에 대하여 살펴본다.

OOOOOO

공사법 제1조

의 규정에 의하면 청구법인의 설립목적을 폐기물의 발생억제 및 재활용촉진을 위한 사업을 효율적으로 수행하게 함으로써 재활용가능한 폐기물의 자원화를 촉진하고 환경보전에 기여하는 것으로 규정하고 있고, 제2조에서는 청구법인을 무자본특수법인으로 규정하고 있으며, 제17조에서는 청구법인의 사업내용으로서 재활용가능자원의 수집·매입과 유·무상공급, 폐기물재활용시설의 설치·운영, 폐기물의 발생억제와 재활용촉진을 위한 기술의 개발·보급, 기타 정부로부터 폐기물의 처리와 재활용을 위하여 위탁받은 업무등을 규정하고 있으며, 제18조에서는 청구법인의 운영 및 사업과 관련한 자금의 조달을 국가, 지방자치단체 또는 그외의 자의 출연 및 보조금, 제17조의 사업으로 인한 수익금으로 규정하고 있고, 환경부장관은 청구법인의 사업계획의 승인 및 업무의 지도·감독을 하도록 규정하고 있으며,

청구법인의 등기부등본에 의하면 청구법인의 설립목적을 폐기물발생억제 및 재활용추진, 재활용 가능한 폐기물의 자원화촉진, 환경보전으로 규정하고 있는 바, 이와 같이 청구법인의 설립근거, 목적 및 사업내용을 살펴보면 청구법인은 재활용이 가능한 폐기물의 자원화 및 환경보전을 목적으로 설립한 공익단체에 해당되는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점용역이 청구법인의 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에 해당하는지에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점용역의 공급과 관련하여 청구법인과 서울특별시간에 체결한 「대형폐기물 파쇄시설 설치·운영 및 처리에 관한 협약서」에 의하면, 제1조에서 동 협약의 목적을 서울특별시가 추진하는 대형폐기물의 처리업무와 청구법인이 추진하는 대형폐기물중 재활용 가능한 폐기물의 자원화 사업을 효율적으로 시행하기 위한 필요한 사항을 규정하면서, 제3조 내지 제5조에서 쟁점용역과 관련한 대형폐기물 처리시설은 청구법인(실제로는 환경부가 시설주체)이 설치하고 동 시설물의 설치부지는 서울특별시가 제공하는 것으로 약정하고 있으며, 제7조에서 대형폐기물의 수집·운반은 서울특별시(자치구)가 하고, 제12조에서 폐가전제품의 대당 평균처리비는 폐가전제품 파쇄시설의 운영·관리 및 처리업무에 소요된 인건비, 경비(감가상각비 제외) 및 종말처리비용의 합계액에서 재활용품의 공급금액을 공제하여 폐가전제품별 반입량으로 나눈 금액을 청구법인이 공시하여 정하는 금액으로 하도록 하고 있고, 제13조에서 서울특별시의 자치구청장은 폐가전제품의 반입량에 제12조에 의한 대형폐기물의 품목별 기준처리비를 곱하여 산출한 처리비용을 부담하는 것으로 약정하고 있으며,

청구법인의 1995년도부터 1997년도까지의 3개년간의 손익계산서와 쟁점용역을 공급하는 대형폐기물처리공장의 손익명세서에 의하면, 대형폐기물의 처리과정에서 수거한 재활용가능재의 판매 등에 따른 수익금과 쟁점부담금 수입 등을 포함한 수익이 쟁점용역을 공급하는 대형폐기물처리공장의 인건비 등 제비용을 충족하지 못한 것으로 나타나고 있으며, 이에 대한 결손을 대부분 국가예산에서 보조받고 있는 것으로 확인되는 바, 이와 같은 사실을 종합하여 살펴볼 때 쟁점용역에 대한 대가로 지방자치단체가 청구법인에게 지급하고 있는 쟁점부담금은 환경보전을 위한 청구법인의 고유목적사업을 위하여 지방자치단체에 공급하는 용역에 대한 실비보상적 성격의 지방자치단체 부담금으로 판단된다.

(나) 처분청은 “OOOOOO공사가 지방자치단체와 대형폐기물 파쇄시설 설치·운영 및 처리에 관한 협약을 체결하고 지방자치단체가 수집하여 운반해온 대형폐기물을 처리하여 주고 대형폐기물 반입 물량에 따라 지방자치단체로부터 징수하는 처리비는 부가가치세가 면제되지 아니한다”는 국세청의 예규(부가 46015-2250, 1997.10.1)를 근거로 하여 쟁점용역에 대한 대가인 쟁점부담금에 대하여 부가가치세를 과세하고 있으나, 동일내용에 대한 재정경제부의 예규(소비 46015-89, 1999.11.6)에 의하면 “OOOOOO공사법에 의하여 설립된 OOOOOO공사가 지방자치단체 등에 실비로 제공하는 대형폐기물 처리용역은

부가가치세법 제12조

제1항 제16호 및

동법시행령 제37조

제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것”으로 해석하고 있다.

(4) 종합하여 판단하건대, 쟁점용역은

부가가치세법 제12조

제1항 제16호 및

같은법시행령 제37조

제1호에서 규정하는 기타공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 제공하는 용역으로서 부가가치세가 면제되는 용역으로 판단되므로 처분청의 쟁점부담금에 대한 이 건 부가가치세의 과세처분은 잘못이 있다 하겠다.

라. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.