이유
1. 처분개요

가. 청구종중은 2018.9.14. 전라북도 전주시 OOO 답1,944㎡ 및 480-2 답 2,902㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 A 외 3인에게 OOO원에 양도하고, 2018.11.30. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고 및 납부(대표자 B)하였다.

나. 청구종중은 2024.5.23. 쟁점토지에 대하여 「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 납부한 양도소득세의 전액 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.7.26. 이를 거부하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여 2024.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

(1) 이 건 심판청구는 적법하다.

(가) C은 청구종중의 대표로서 쟁점토지 양도 당시 C의 병환으로 인해 임시대표로 B를 선임하여 양도소득세 예정신고를 하였고, 이후 C의 건강회복으로 청구종중은 C으로 다시 대표를 환원시켰다. 따라서 청구종중의 대표자 지위를 보유한 C이 이 건 심판청구를 하였으므로 이를 부적법하다고 보는 것은 종중의 성격을 이해하지 못한 것이다.

(나) 청구종중이 제출한 회의록(1984.10.10, 1994.10.10., 1995.3.20., 2020.12.10., 2022.11.3.)에서 C이 계속 대표자로 기록되어 있고, 청구종중은 OOO 중 D 조부님을 근간으로 구성된 후손으로 족보에 표기된 B, E, F, C, G의 5가족이다. 2017년 회의록을 보면 쟁점토지를 매도한 후 5가족이 분배하는 경우 증여세 문제를 검토하였고, 각 가족의 구성원을 합한 수는 10명 이상으로 1인당 OOO원을 수령하게 되는데 2018년 기준 기타 친족공제액에 따라 증여세 과세기준에 미달하게 된다는 내용이 있다.

(2) 쟁점토지는 C이 본인의 노동력으로 직접 경작한 토지이므로 이에 대하여 자경농지에 대한 감면을 적용하여야 한다.

(가) 쟁점토지는 비가 오면 웅덩이에 빗물을 받아 벼농사를 하는 전형적인 천수답(天水畓)으로서, C이 본인의 노동력을 이용하여 양도할 때까지 직접 경작한 농지이고, 이는 현지확인이나 주위 경작민들에게 물어보아도 바로 확인할 수 있다.

(나) 청구종중이 작성한 결산서는 별도로 없으나, 입출금 내역을 토대로 결산서를 대신하여 농자재 구입내역과 농자재 비용 등을 제출하는 바이며, 쟁점토지에서 농작물 수확량과 청구종중의 가족 소비량, 제사 비용 등 구체적인 내역을 제출하였으므로 쟁점토지에 대한 자경감면을 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 경정청구를 제출한 C은 청구종중의 적법한 대표자가 아니므로 청구인적격 없는 자가 제출한 이 건 경정청구는 부적법하다.

(가) 쟁점토지의 등기부등본과 쟁점토지의 양도소득세 신고 및 납부를 대표자인 B가 한 것으로 나타나고, 부동산매매계약서 상에도 대표자 B로 명확히 기재되어 있으며, 현재까지도 청구종중의 규약상 대표자를 변경한 사실이 없는 것으로 확인된다.

(나) C은 2017년 병환으로 B를 임시로 대표로 선임하였고, 이 후 대표를 C으로 다시 변경하였다고 주장하며 증빙자료로 2017년 종중회의록을 제출하였으나, 종중회의록의 결의사항 1번 토지매매에 관한 것에 대한 부동산에는 쟁점토지 중 480-2는 2018년 양도시 일부 감면을 위해 면적을 나누어 놓은 부분이 그대로 기재된 것을 볼 때 회의록이 사후 작성된 것으로 추정된다.

또한 종중회의록에는 참석인원이 C 외 14인(B 제외)으로 되어 있고, 참석명부는 2022.11.3. 자 참석명부를 제출하였으며, 청구종중의 대표인 B가 부재인 상황에서 상위 종중인 OOO의 대표가 회의를 주재했다는 것 등을 볼 때 제출한 회의록 등을 신뢰하기 어렵다고 할 것이다.

(다) 또한 경정청구 당시 처분청이 종중재산 목록을 요구하자 청구종중이 관리하였던 토지명세를 제출(OOO의 관리토지)하였으나, 이에 쟁점토지는 종중 관리 재산목록에 없는 것을 확인할 수 있으므로 종중 관리재산이 아니었다고 할 수 있다.

(2) 청구종중이 쟁점토지를 자기책임 하에 경작하였다고 볼 수 없으므로 「조세특례제한법」제69조를 적용하기 어렵다.

(가) 처분청은 청구종중 책임 하에 쟁점토지의 자경여부를 확인하기 위해 직접 농·자재를 구입한 사실 및 농·자재비용을 지출한 내역을 확인할 수 있는 정산서 및 결산서를 제출하도록 요구하였으나, 청구종중은 이를 제출하지 않았고, 종중 명의의 통장을 요구하였으나, 제출한 통장은 청구종중이 아닌 OOO 종중의 것으로 개설일은 2020.10.23.이며, 그 이전은 C의 개인통장으로 종중 제반 수입과 지출을 관리하였다고 소명하였고, C의 개인명의 통장 내역을 확인한 바, 쟁점토지의 벼를 수매하고 받은 돈 등의 입금된 사항이 확인되지 않으며, 농사비용 지출도 확인되지 않았다.

(나) 청구종중은 2018년 양도소득세 신고 당시에는 대표인 H의 직계인 I과 그의 조상이 경작하였다고 신고서 보충조서에 적시하고 있어 농자재 비용 및 수확물의 매각 대금을 C의 개인통장으로 관리할 개연성이 없고, C이 농산물을 출하한 내역을 살펴보면 복숭아와 벼인데, 복숭아는 쟁점토지가 논인 점을 고려하면 관련성이 없으며, 벼는 OOO에 출하하였다고 하나 경정청구 당시 개인정미소인 OOO에 직접 가져갔다고 확인한 사항과 배치되고, C이 쟁점토지 인근에서 영농에 종사하고 있기 때문에 쟁점토지와 관련성이 있는 자료로 단정하기도 어렵다. C의 결산내역이라고 제출한 OOO 입금내역, 복숭아 자재 출금내역 역시 쟁점토지가 논인 점을 감안하면 관련없다고 할 것이다.

(다) 청구종중은 쟁점토지의 수확물로 일부는 제사비용으로 충당하고, 일부는 청구종중 가족들의 주식으로 배분하여 사용하였다고 주장하나, 이는 명확하게 확인되지 않는 사항이다. 수확한 벼를 수매하여 종중 명의 통장에 입금된 사실은 확인되지 않고, 종중회의록 및 결산서 등에 의하여 수확물을 제사비용으로 썼다는 사실도 확인할 수 없으며, 쟁점토지 양도소득세 신고시 쟁점토지 중 480-2의 60여평 가량을 B의 직계후손이 농사를 지어 수확한 소량의 농작물을 제사비용으로 사용하였다고 진술하여 과세관청은 제사비용을 사용하였다는 근거가 부족하나 작은 면적에 대한 자경감면을 인정한 바 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 심판청구의 적법성(청구인 적격 여부)

② 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 기납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1.농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(각호 생략)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1.거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2.거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구종중이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실관계가 나타난다.

(가) 청구종중이 쟁점토지를 양도하고, 양도소득세를 신고한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점토지 양도소득세 신고 내역

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(나) 이 건 경정청구를 제기하며 제출한 정관은 다음과 같다.

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(다) 쟁점토지의 등기부등본과 부동산계약서상에는 쟁점토지의 소유자가 청구종중이고, 그 대표자는 B로 나타나며, 양도소득세 신고 시(2018.11.30.) “쟁점토지 중 480-2는 2015년까지 경작을 하다 그 중 일부 약 60여평만 밭작물 등을 경작하여 시제를 모실 때 그 수확물을 소비하였다”고 하며 경작사실확인서 등을 첨부하여 일부에 대하여 자경감면을 받은 것으로 확인된다.

(라) 청구종중이 쟁점토지의 양도소득세 신고 당시 첨부하여 제출한 청구종중의 규약의 일부와 종원명부는 다음과 같다.

＜청구종중 규약(일부)＞

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＜종원명부(2018.10.24.)＞

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(마) 이 건 경정청구를 제기하며 제출한 종중회의록은 다음과 같다.

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(2) 이 건 경정청구 제기시 C이 쟁점토지에서 자경을 했다고 주장하며 제출한 증빙자료는 다음과 같다.

(가) 농산물 출하 확인서는 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 농산물 출하 확인서

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(나) 쟁점토지와 관련한 결산서 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 결산서 내역

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(다) 농기자재 및 비료등의 구입내역이라고 주장하며, 2009.1.1.부터 2018.9.1.까지 OOO 및 OOO에서 구매한 내역을 제출하였다.

(라) 쟁점토지에서의 자경을 주장하며 다음과 같은 인근 주민들의 경작사실확인서를 제출하였다.

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(마) 2018년 당시 쟁점토지를 촬영한 사진이라고 주장하며 제출한 사진은 다음과 같다.

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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구종중의 실제 대표자로 보기 어려운 C이 제기한 이 건 심판청구는 청구인적격이 없는 부적법한 심판청구라는 의견이나, 청구종중이 쟁점토지의 양도소득세 신고 당시 제출한 종원명부 등에 따르면 C은 청구종중의 일원임을 확인할 수 있고, 제출한 회의록(2017.11.27.) 등에 따르면 C 외 14인이 정기총회를 주최하여 쟁점토지의 양도를 결정하였으며, C이 종중의장이나 종중회장으로 기재되어 있고, 종중이 양도한 농지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당되는지를 판단함에 있어 종중원이 종중의 책임하에 농지를 경작하였으면 이에 대하여 양도소득세를 감면한 사례가 있는 점(조심 2024인737, 2024.9.10. 참조) 등에 비추어 이 건의 경우 본안심리 대상에 해당하는 것으로 보인다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, C은 청구종중의 쟁점토지를 직접 경작하였으므로 「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지에서 직접 자경을 했다고 제출한 증빙자료 등은 쟁점토지에서 청구종중의 책임과 계산 아래 C이 쟁점토지를 직접 경작하였다는 증빙자료로 보기는 어렵고, 경작사실확인서 등은 임의로 작성한 자료로서 쟁점토지에서 C이 직접 경작함을 입증하는 객관적인 증빙자료로 보기 어려우며, 청구종중은 2018년 쟁점토지를 양도하면서 일부 자경감면을 인정받았음에도 불구하고 5년이 지난 2024년에 다시 자경감면을 주장하며 양도소득세의 환급을 구하고 있는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 신뢰하기 어렵다고 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.