이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 부산광역시 서구 OOO에 소재한 학교사업 및 의료사업을 영위하는 「사립학교법」상 학교법인으로 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이다.

나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.1.26.부터 2023.5.31.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 고유목적사업과 관련하여 신고조정으로 2014사업연도와 2015사업연도에 각 손금산입한 고유목적사업준비금 OOO원과 OOO원(위 금액을 합하여 이하 “쟁점고목준비금”이라 한다)을 5년 이내 사용하지 아니하였다고 보아, 「법인세법」 제29조 제5항 제4호에 따라 해당 사유(5년 내 미사용)가 발생한 날이 속하는 사업연도인 2019사업연도 및 2020사업연도의 익금에 산입하는 내용 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2023.9.15. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 법인세를 각 경정ㆍ고지하였다.

＜표1＞ 이 사건 부과처분 내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 신고조정으로 손금산입한 쟁점고목준비금을 실제로 고유목적사업에 사용하였고, 「법인세법」은 처분가능이익을 한도로 적립금을 적립함에 아무런 기한을 두고 있지 않다.

(가) 청구법인은 외부 회계감사를 받는 법인으로 2014사업연도 이후 아래 ＜표2＞와 같이 처분가능이익이 발생하지 아니하여 신고조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금에 대하여 이익처분에 의한 고유목적사업준비금 적립이 불가능하였다.

＜표2＞ 청구법인의 연도별 처분가능이익(결손금)

(나) ‘법인세법 기본통칙’ 61-98…1은 당해 사업연도의 처분가능이익이 없는 경우에도 ‘다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하는 때에 준비금 상당액을 적립’하는 것을 조건으로 신고조정에 의한 손금산입을 허용한다고 규정하고 있고, 준비금 적립 시기와 관련하여 ‘다음 사업연도 이후’ 외 그 기간을 명시적으로 정하고 있지 않는바, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없는 경우 추후에 처분가능이익이 발생하였을 때 추가 적립을 하면 되는 것이지, 반드시 5년 이내 적립해야 하는 것은 아니다(청구법인은 2014사업연도 이후 계속하여 처분가능이익이 발생하지 아니하였음).

(다) 위와 같이 규정한 취지는 준비금을 신고조정하는 경우에는 준비금을 결산상 비용으로 처리하지 않은 상태이므로 결산조정을 한 경우보다 배당가능이익이 많게 되므로, 이러한 배당가능이익의 차이를 해소하기 위하여 잉여금을 처분하여 해당 준비금 상당액을 배당할 수 없는 적립금으로 적립하도록 하는 것인바, 대법원(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결)도 배당을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하는 데 위 규정의 취지가 있음을 밝히면서, 처분가능이익이 없거나 부족하여 적립할 금액이 미달될 때에는 어차피 배당 등을 통해 사외로 유출될 여지가 없고, 준비금 제도는 과세를 면제하는 것이 아니라 이연하는 것에 불과하므로, 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 경우, 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있고, 이 경우 부족액은 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하면 그 때 적립하면 된다고 밝히고 있다.

(라) 처분청의 의견은 ① 처분가능이익이 발생하지 아니하였음에도(또는 그와 무관하게) 5년 내에 적립하여야 하고, ② 5년 내 적립하지 못한 것은 곧 5년 내 사용하지 못한 것과 동일하다는 취지로 이해되나, 앞서 살펴본 바와 같이 처분청의 이러한 해석은 「법인세법」 및 대법원 판결 취지에 부합하지 아니하고, 아무런 근거가 없는 자의적인 확장해석 내지 유추해석에 해당한다고 할 것이며, 고유목적사업준비금 손금산입은 비과세가 아닌 과세이연에 불과한 점 등에 비추어 보더라도 처분청과 같이 무리하게 해석할 이유가 없다.

(마) 해당 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족하여 이익처분에 의해 고유목적사업준비금을 적립하지 못한 경우라도 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립하는 것을 조건으로 세무조정계산서에 고유목적사업준비금을 손금산입하는 것이 가능하고, 청구법인이 「법인세법」 제29조 제3항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 5년 이내(2014ㆍ2015사업연도 모두 2년 이내 사용) 전액 고유목적사업에 실제 사용하였으므로 이 건 부과처분은 위법ㆍ부당하다.

(2) 설령 이익처분에 의한 적립이 없었으므로 신고조정을 통한 고유목적사업준비금을 손금불산입하여야 한다는 처분청의 의견이 타당한 것으로 보더라도, 쟁점고목준비금은 당초 손금산입한 사업연도(2014ㆍ2015사업연도)에 손금불산입하여야 하는 것인바, 해당 사업연도 법인세는 부과제척기간이 이미 경과하였다.

처분청은 청구법인이 신고조정을 통해 고유목적사업준비금을 손금산입하면서 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 상당액을 고유목적사업준비금으로 적립하지 아니하였는바, 재원이 없으므로 5년 이내에 고유목적사업에 사용한 금액이 존재하지 아니한다는 의견이나, 처분청 의견에 따르면 청구법인이 당초 신고조정을 통해 손금산입한 사업연도인 2014ㆍ2015사업연도에 손금불산입하여 법인세를 경정하여야 하나, 이 경우 부과제척기간이 경과하게 되는바, 추측하건대, 처분청이 이 사건과 관련하여 부과제척기간이 경과하여 과세할 수 없게 되자 ‘5년 내 적립하지 않은 경우는 곧 5년 내 사용하지 않은 경우’에 해당한다는 논리로 이 건 처분을 정당화하려는 것으로 보인다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 신고조정으로 산입한 고유목적사업준비금에 대하여 이익잉여금 처분에 의한 적립이 없었는바, 당해 재원을 적립하지 아니하였음에도 고유목적사업준비금으로 사용하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(가) 고유목적사업준비금은 미확정 채무로서 손금에 산입하지 않는 것이 원칙이나, 조세정책 상 목적을 달성하기 위하여 제한적으로 그 재원이 되는 고유목적사업준비금 설정을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하고 있다. 관련한 회계처리를 보면, 고유목적사업에 사용을 위한 재원은 결산조정의 경우 부채 계상을 통하여 설정되고, 신고조정의 경우 이익잉여금 처분(자본 계정)을 통한 적립에 의하여 설정되며, 고유목적사업준비금의 사용 시에는 고유목적사업준비금(부채 또는 잉여금)이 아래와 같이 차감된다.

＜고유목적사업준비금의 전입 시 회계처리 및 세무조정＞

＜고유목적사업준비금의 사용 시 회계처리 및 세무조정＞

(나) 법인이 특정 사업연도에 결정.실행한 비용지출의 항목이나 재원 등의 사항은 해당 사업연도 회계처리를 통한 결산 반영으로써 객관적으로 드러날 뿐만 아니라 확정된다고 보아야 하는 것인바(인천지방법원 2017.8.18. 선고 2017구합50533 판결, 참조), 청구법인의 쟁점고목준비금 사용에 대한 회계처리를 보면, 고유목적사업 사용액 전액을 결산조정에 의하여 설정된 부채(고유목적사업준비금)를 차감하는 회계처리를 한 것으로 확인되고, 신고조정에 의한 잉여금 차감 등의 내역은 확인되지 아니하며, 청구법인도 신고조정에 의하여 손금산입한 고유목적사업준비금에 대하여 이익잉여금 처분을 통하여 재원이 적립되지 않았다는 사실을 인정하고 있는바, 실제 적립되지도 않은 재원의 사용을 인정하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 이익처분에 의하여 적립되지 않은 고유목적사업준비금은 5년 이내에 적립ㆍ사용되어야 하고, 사용되지 않은 고유목적사업준비금의 익금 산입시기는 당초 손금산입한 사업연도가 아니라 사용하지 못한 5년이 되는 날이 속하는 사업연도로 보는 것이 타당하다.

(가) 「법인세법」 제29조 제2항에 의하면, 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우에는 그 금액의 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 보는 것인바, 이익처분에 의한 준비금의 적립을 손금산입 요건으로 규정하고 있다. 다만, 손금산입한 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있고, 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립하여야 하는 것이며, 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않거나 처분가능이익이 없어 적립하지 아니하는 경우에는 그 금액 상당액을 손금불산입 세무조정하여야 한다.

(나) 준비금을 손금에 산입하는 당해 사업연도에 그 상당액의 적립금을 적립할 처분가능이익을 가진 법인에 대해서는 당해 사업연도의 이익처분에 의해 당해 준비금을 적립하도록 요구하고, 준비금을 적립해야 할 당해 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 그 부족액을 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 요구한다고 해석할 수 있는바(서울행정법원 2006.5.24. 선고 2005구합38048 판결), 부족액을 추가로 적립할 것을 조건으로 손금 산입한 당해연도의 손금은 적정한 것이다.

(다) 다만, 이익처분에 의하여 적립되지 않은 고유목적사업준비금은 ①손금산입한 고유목적사업준비금의 사용이 5년 이내 이루어져야 한다는 점과 ②고유목적사업준비금의 사용을 위해서는 적립이 선행되어야 한다는 점 등에 비추어 볼 때, 5년 내에는 적립하여야 하는 것으로 해석함이 타당하므로 적립되지 않은 고유목적사업준비금의 익금 산입시기는 당해 사업연도가 아닌 실제 적립되지 않아 사용하지 못한 5년이 되는 날이 속하는 과세기간이 되는 것이다.

(라) 과세관청은 사후관리를 통하여 준비금으로 설정된 재원을 고유목적사업에 5년 이내에 지출하지 않는 경우 익금으로 산입하여 하여야 하는 것이므로 청구법인이 당초 신고조정에 의하여 손금산입하였으나 5년 이내에 재원을 적립하지 않은(따라서 사용 또한 이루어지지 않은) 쟁점고목준비금을 익금산입한 처분은 정당하다.

(마) 청구법인이 처분가능이익이 없어 이익잉여금 처분에 의한 재원 적립을 할 수 없었다고 주장하나, 청구법인의 손익계산서를 살펴보면 임의로 금액을 계상할 수 있는 결산조정에 의한 고유목적사업준비금 설정(준비금 전입액, 영업외비용)으로 인해 처분가능이익이 없는 것으로 준비금 차감 전 수익이 결손금보다 큰 점 등에 비추어, 결산조정에 의한 고유목적사업준비금(영업외비용)을 계상하지 않았다면 처분가능이익이 발생하여 이익잉여금 처분을 통한 재원의 적립이 가능하였던 것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신고조정에 의하여 손금산입한 고유목적사업준비금을 5년 내 사용하지 아니한 것으로 보아, 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 용도에 사용한 경우

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

⑦ 제5항 제4호·제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

제61조(준비금의 손금계상 특례) ① 내국법인이 「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항에 따른 준비금의 손금산입 및 그 금액의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ③ 법 제29조 제1항 제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액에서 법 제66조 제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 제106조에 따라 해당 법인의 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다)에서 법 제29조 제1항 제1호에 따른 금액, 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 80을 이월결손금 공제한도로 적용받는 법인은 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 말한다) 및 법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금을 뺀 금액으로 한다.

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 조세특례제한법

제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가. 「사립학교법」에 따른 학교법인

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 1947년 설립된 학교법인으로 의료원, 장례식장, 요양병원, 평생교육원 등의 수익사업을 운영하고 있고, 2019∼2020사업연도 수입금액은 아래 ＜표3＞과 같으며, 「조세특례제한법」 제74조 제1항에 따라 수익사업에서 발생한 소득 전액(소득금액의 100% 범위 내)을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 있는 것으로 나타난다.

＜표3＞ 청구법인 수입금액 현황

(나) 청구법인의 법인세 신고내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구법인의 법인세 신고내역

(다) 청구법인의 고유목적사업준비금 손금산입 내역 등을 보면, 청구법인은 「주식회사 등의 외부감사에 의한 법률」 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리 내국법인으로 재무제표 및 손익계산서 작성 시 의료기관 회계기준 준칙에 따라 고유목적사업전입액을 당기 비용으로 손비계상하고, 세무조정으로 인한 소득금액을 추가로 손비계상하고 있으나, 청구법인이 신고조정으로 손금산입한 금액에 대하여 재무상태표 및 이익잉여금처분계산서 상 이익처분에 의하여 고유목적사업준비금으로 설정한 내역은 확인되지 않고, 청구법인의 이사회 결의 내역 등에서도 신고조정에 의한 손금산입 상당액을 이익처분에 의하여 준비금으로 적립하거나 차후 적립하기로 의결한 사실이 확인되지 않는다.

＜표5＞ 고유목적사업준비금 손금산입 내역

(라) 청구법인이 2013사업연도～2022사업연도 기간 동안 법인세 신고 시 제출한 고유목적사업준비금 조정명세서상 손금산입한도액 및 사용액은 아래 ＜표6＞와 같고, 고유목적사업 사용액 전액을 결산조정에 의하여 설정된 부채(고유목적사업준비금)를 차감하는 회계처리를 한 것으로 확인되며, 청구법인의 재무상태표 및 이익잉여금처분계산서상 신고조정으로 손금산입한 금액에 대하여 이익처분에 의하여 고유목적사업준비금으로 설정한 내역이나 신고조정에 의한 손금산입 상당액을 이익처분에 의하여 준비금으로 적립하거나 차후 적립하기로 한 청구법인의 이사회 의결 내용은 확인되지 않는다.

＜표6＞ 고유목적사업준비금 사용내역

(마) 청구법인의 2013사업연도～2022사업연도 손익계산서 및 이익잉여금처분계산서 내역은 아래 ＜표6＞과 같은바, 결산조정에 의한 고유목적준비금전입액(영업외비용) 차감전 수익은 OOO원이고 고유목적사업준비금전입액은 OOO원으로 나타난다.

＜표6＞ 청구법인의 손익계산서 및 이익잉여금처분계산서 내역

(바) 청구법인의 수익사업 부문별 고유목적사업준비금 손금계상 및 지출(사용) 관련 회계처리 내역은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 청구법인의 고유목적사업준비금 지출관련 회계처리 내역

(사) 청구법인이 2014ㆍ2015사업연도에 손금산입한 고유목적사업준비금을 2년 이내 고유목적사업에 전액 사용하였다는 증빙으로 아래 ＜표8＞의 자료와 청구법인의 고유목적사업전출금 계정별 원장 등 고유목적사업준비금 세부 사용내역을 제출하였다.

＜표8＞ 청구법인의 손금산입액 및 연도별 사용액

(2) 「법인세법」제29조에 의하면 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적준비금을 손비로 계상한 경우 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있는 한편, 「법인세법」 제61조 제1항에서 내국법인이 조특법에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다고 규정되어 있고, 같은 법 제29조 제3항에서 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 하되, 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용하도록 규정되어 있다.

위와 같은 규정들은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안에는 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017.3.9. 선고 2016두59248 판결 참조).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 신고조정으로 손금산입한 쟁점고목준비금을 5년 이내 모두 사용하였고, 「법인세법」은 준비금을 적립해야 할 당해 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족한 경우 처분가능이익을 한도로 적립금을 적립함에 명시적인 기한을 두고 있지 않는바, 반드시 5년 이내에 부족액을 적립하여야 하는 것은 아니며, 설령 이익처분에 의한 적립이 없었으므로 신고조정을 통한 고유목적사업준비금을 손금불산입하여야 한다고 보더라도 청구법인이 신고조정을 통해 손금산입한 당해 사업연도(2014 및 2015사업연도)에 대하여 손금불산입으로 처분하여야 하므로 이 건 부과처분은 위법ㆍ부당하다고 주장하나,

「법인세법」제61조 제1항이 조특법상 준비금을 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 위 (2)와 같은 준비금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없다는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 준비금의 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 데에 있고, 준비금의 손금산입요건으로 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지는 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는 데에 있는바, 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하다고 할 것이다(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결 참조).

위와 같은 규정의 문언과 체계, 입법취지 등을 종합하여 보면, 쟁점고목준비금의 경우 청구법인이 당해 사업연도에 처분가능이익이 없다는 이유를 들어 이익처분의 방식으로 적립하지 못하였고, 해당 금액을 다음 사업연도 이후에 추가로 적립하여 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 2014ㆍ2015사업연도 손금에 산입한 것이나, 청구법인은 그 다음사업연도 등에도 처분가능이익이 발생하지 아니하여(그 사유는 수익사업에서 실제 결손이 발생하여서가 아니라 결산조정에 의한 고유목적사업준비금액을 손비로 보아 이를 차감하여 처분가능이익이 없는 것으로 보았기 때문으로 나타난다) 그 준비금 상당액 부족분을 적립하지 못하였는바, 청구법인이 아무리 고유목적사업 등에 금원을 지출하였더라도 이익처분에 의하여 적립한 준비금과 상계하지 아니하였다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없다고 할 것인 점, 준비금의 손금산입제도는 조세를 영구히 면제하여 주는 것이 아니라 추후에 그 목적용도에 사용한 경우 준비금과 상계하거나 상계 후 잔액을 익금에 산입하여 일시적으로 과세를 이연하는 제도인 점 등에 비추어 볼 때, 이와 같이 손금산입 요건을 충족하지 못한 쟁점고목준비금의 익금산입 시기는 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도로 보아 익금에 산입하는 것으로 해석하는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.