이유
1. 처분개요

가. 청구인은 1997.5.7. 경상남도 창원시 진해구 OOO 대지 423.1 ㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 1998.11.27. 그 위에 지하 OOO층 및 지상 OOO층의 숙박시설 등 합계면적 1,633.86㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축.보유하다가 2023.4.7. b에게 총 매매가액 OOO원에 양도하고, 취득가액을 OOO원[쟁점토지 : 기준시가, 쟁점건물 : 실지거래가액(OOO원)]으로, 필요경비를 OOO원으로 각각 산정하여 2023.4.21. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고.납부하였다.

나. 처분청은 2023.9.25.부터 2023.10.14.까지 청구인에 대한 2023년 귀속 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 쟁점건물의 취득가액 중에서 OOO원[1998년 제2기 부가가치세 과세기간에 A(주)로부터 수취한 매입세금계산서상 매입 공급가액 합계 OOO원 중 일부 금액임], 취득세 OOO원 및 종합소득세 신고 시의 감가상각비 계상액 OOO원을 중복 또는 과다 산정한 것으로, 필요경비 중에서 수익적 지출액인 리모델링 공사비용 OOO원(여관 CCTV 설치대금 OOO원, 고정간판 설치대금 OOO원의 합계액이고, 이하 “쟁점설치대금”이라 한다) 및 적격증빙 미수취한 금액 OOO원을 과다 산정한 것으로 각각 보아, 이들의 합계금액 OOO원을 취득가액 및 필요경비에서 각각 공제배제하여 2023.12.12. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복[① 쟁점건물의 취득가액은 청구인 계좌 등에서 실제 지출된 합계금액 OOO원(이하 “쟁점신축공사금액”이라 한다)으로 산정되어야 하고, ② 쟁점설치대금은 쟁점건물에 대한 자본적 지출액에 해당하며, ③ 쟁점건물 신축기간 중에 이웃 주민인 a, c, d 등 3명에게 균열에 대한 피해보상금 명목으로 지급한 합계금액 OOO원(이하 “쟁점보상금액”이라 한다)은 기타 필요경비에 해당하고, ④ 설령 위 내용이 받아들여지지 않는다면 쟁점건물의 실제 취득가액이 불분명하므로 환산가액으로 적용하여야 한다는 주장임]하여 2023.12.15. 이의신청을 거쳐 2024.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점건물 신축 시 1998년도 부가가치세 신고서상의 고정자산 매입액 합계금액 OOO원을 쟁점건물의 실제 취득가액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으나, 2023.11.24. 약 25년 동안 창고에 보관 중이던 서류봉투를 일일이 찾은 결과, 쟁점건물의 신축공사대금으로 B(주)(대표 e, OOO년생)에게 계좌이체, 수표 및 현금 등 총 6건 OOO원, 그 외 7건 OOO원 합계 13건 OOO원(쟁점신축공사금액)을 지급하였음을 확인하고, 쟁점건물 신축비용 증빙서 기준 총지출명세 및 지급증빙서류를 제시하였는바, 쟁점건물의 실제 취득가액을 쟁점신축공사금액으로 산정하여야 한다.

(가) 1997년 당시 건축물 연면적이 150평 이상일 경우 건축 관련 법령에 따라 종합건설업 면허를 소지한 업체만이 해당 건축물을 시공할 수 있었다.

(나) 청구인과 종합건설업 면허가 없는 B(주)의 대표 e(C교회 장로)는 같은 교회 성도로 1996년경부터 두터운 친분관계를 계속 유지하고 있고, 대표 e는 1997년경 청구인이 쟁점건물을 신축한다는 얘기를 듣고 자신 회사가 요즘 일이 없어 쉬고 있으니 평소 공사원팀으로 진행해 온 전기공사, 소방공사, 전화공사, 창호공사, 인테리어공사 등을 이용하여 쟁점건물을 OOO원 내외(정상가액은 OOO원 : OOO평 × OOO원)로 신축해 주겠다는 제안을 하였고, 청구인은 이를 수락하였다.

(다) 청구인은 쟁점건물 공사대금과 관련하여 등기사항전부증명서상 대출금 OOO원, OOO층 목욕탕 전세보증금 OOO원, 계약금 OOO원 및 중도금 등 약 OOO원 이상을 청구인 명의의 계좌에서 인출하여 B(주)에게 지급하였다.

(라) 한편 청구인은 쟁점건물 신축공사에 따라 B(주)에 계약금으로 1997.5.28. OOO원, 중도금으로 1997.9.11. OOO 원 및 1997.12.23. OOO원 합계 OOO원을 지급하였으나 관련 매입세금계산서를 수취하거나 부가가치세 신고를 하지 않았고, 이를 대신하여 A(주)로부터 OOO원의 매입세금계산서를 수취하였던 것이다.

(마) 국토건설부가 고시한 연도별 건축물 표준건축비를 감안할 때, 쟁점건물의 표준건축비는 OOO원(968,000원/㎡×1,633.866㎡)으로 산정되는바, 처분청이 이 건 양도소득세 조사.결정한 쟁점건물 의 취득가액 OOO원(OOO원-OOO원)은 표준건축비 대비 42.73%에 불과할 뿐만 아니라 상업용 건물에 대한 국세청 기준시가 OOO원 대비 111.7%로 큰 차이가 없다(아래 ＜표1＞ 참조).

＜표1＞ 쟁점건물 취득가액에 대한 비교

(단위 : 원)

OOO

(바) 따라서 최소한의 쟁점신축공사금액을 쟁점건물의 실제 취득가액으로 적용하여야 한다.

(2) 쟁점설치대금은 쟁점건물에 고정 부착하여 15년 이상 사용하는 CCTV 및 간판에 대한 설치비용으로 당연히 쟁점건물에 대한 자본적 지출에 해당하므로 이를 쟁점건물의 필요경비에 산입하여야 한다.

(3) 청구인은 쟁점건물 신축 당시 소음 내지 지반이 약해 지하 터파기 공사로 인한 주변 건물벽에 균열이 발생하면서 허가관청(경상남도 진해시청)에 민원이 제기되어 일시적으로 공사가 중단되었고, 민원해결 없이 공사를 진행할 수 없다는 통보내용에 따라 이웃 주민인 a, c, d 등 3명에게 피해보상금 명목으로 쟁점보상금액을 지급(증빙으로 OOO원의 지급합의서 1매 및 OOO원의 법원공탁사실원 1매)하였는바, 이를 쟁점건물의 필요경비에 산입하여야 한다.

(4) 청구인이 제시한 쟁점신축공사금액, 쟁점설치대금 및 쟁점보상금액 등을 인정할 수 없다면, 쟁점건물의 실제 취득가액이 불분명하므로 환산가액을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점건물을 신축한 지 25년이 지나 시공업체와 체결한 공사도급계약서 및 쟁점토지의 매매계약서를 제출하지 않고 건물 신축비용 등 지출명세만을 제출하면서 쟁점건물의 취득가액을 쟁점신축공사금액으로 산정하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(가) 양도자산의 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

(나) 처분청의 1999년 5월경 청구인에 대한 1998년 제2기 부가가치세 경정결의내용 등을 보면, 처분청은 청구인이 부가가치세 신고 시 A(주)로부터 수취한 매입세금계산서상 매입 공급가액 합계 OOO원 중 OOO원을 실제 매입세금계산서를 수취하지 않고서 매입세액으로 중복공제하였음을 확인하고 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하여 1998년 제2기 부가가치세를 경정고지[OOO원(가산금 포함) 납부]한 것으로 나타난다.

(다) 청구인은 위 세금계산서 발급업체와 실제 공사를 진행한 업체가 다르다는 사실을 전혀 주장하지 않고 있다가, 이 건 양도소득세 조사 결과 A(주)로 수취한 세금계산서 중 일부(OOO원)가 중복공제된 것으로 드러나자, 동 세금계산서는 위장으로 발급받은 것일뿐 실제 공사는 B(주)가 신축하였고, 그 대금으로 쟁점신축공사금액을 B(주)에게 지출하였다고 하나, 이를 입증하는 구체적이고 객관적인 자료를 제시하지 못한다.

(라) 또한 청구인의 이의신청 시 제출한 B(주) 대표 e의 확인서를 보면, 청구인이 쟁점건물을 신축하면서 A(주)과 공사도급금액을 OOO원으로 하되, 종합건설면허를 빌리는 대가로 OOO원을 지급하였다는 내용으로 기재되어 있다.

(2) 자본적 지출액은 객관적인 증빙을 통해 실제 지출된 것이 확인되고 그 지출이 당해 자산의 용도변경이나 내용연수의 증가 등을 가져오는 효과가 있어야 하는데, 쟁점설치대금은 CCTV 및 간판설치 대금으로 건물의 가치를 증가시키기 위한 자본적 지출이 아닌 쟁점건물 내 모텔을 운영하기 위한 수익적 지출에 해당하는바, 소득세법 제160조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제163조 제3항에 따라 필요경비로 인정할 수 없다.

(3) 청구인은 쟁점건물 신축공사 시 소음 및 지반 약화로 주변 이웃들의 민원 해결을 위하여 f 등에게 쟁점보상금액을 지급하였으므로 쟁점건물의 필요경비로 산입하여야 한다고 주장하나, 쟁점보상금액은 쟁점건물 인근 주민들의 피해예방을 위하여 당사자 간 합의에 따라 임의로 지급된 것이므로 쟁점건물의 필요경비로 보기 어려운바(조심 2017중2584, 2017.7.20. 참조), 청구주장을 받아들일 수 없다.

(4) 청구인은 당초 양도소득세 신고 시 쟁점토지는 환산가액으로, 쟁점건물은 부가가치세 신고 시 제출한 매입세금계산서상의 매입액 등을 기준으로 실지거래가액을 산정하였다가, 이 건 양도소득세 부과처분 후 환산가액을 적용하여야 한다고 주장하는바, 청구주장은 받아들일 수 없다.

(가)「소득세법」제97조에서는 양도소득을 계산함에 있어 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 취득가액을 규정하고 있고, 취득가액은 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 하는 것으로 규정하고 있다.

(나) 청구인은 쟁점건물의 취득가액이 표준건축비 등에 미달하여 실지거래가액으로 볼 수 없다고 주장하나, 양도차익을 산정함에 있어 기준이 되는 실지거래가액이란 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액을 말하는 것이고, 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는 것인바(대법원 2011.2.10. 선고 2009두19465 판결 등 참조), 건물공사비는 건축자재·인건비와 재료비·현장의 능력에 따라 달라질 수 있는 것이며,「소득세법」제100조 제1항의 양도소득세는 실지거래가액에 의한 양도차익 계산이 원칙으로 표준건축비등을 감안하여 건물 신축비용을 산정할 수는 없다.

(다) 청구인은 양도소득세 자진신고 시 쟁점건물의 실제 취득가액을 1998년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고서상 고정자산 매입액(공급가액) 합계액 OOO원으로 신고하였는바 이는 정당한 것으로 추정되고, 그 고정자산 매입액 중 중복으로 공제한 OOO원에 대해 이미 관련 부가가치세 매입세액 불공제 결정을 하였으므로 당연 쟁점건물의 취득가액에서 차감하여야 할 뿐이며, 청구인이 신고한 전체 신축공사금액에서 부인대상 금액의 비율이 25.9%에 불과한 데 취득가액이 불분명하다고 보아 환산가액을 적용하는 것은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인의 계좌 등을 통해 지출된 쟁점신축공사금액을 쟁점건물의 취득가액으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점설치대금을 쟁점건물에 대한 자본적 지출액으로 볼 수 있는지 여부

③ 쟁점보상금액을 쟁점건물에 대한 기타 필요경비에 산입할 수 있는지 여부

④ 쟁점건물의 취득가액이 불분명하므로 환산가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제81조의3(납세자의 성실성 추정) 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

(2) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및「법인세법」제121조에 따른 계산서

2.「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서

3.「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시·금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 "현금영수증"이라 한다)

(3) 소득세법 시행령

제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 "자본적 지출"이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

제89조(자산의 취득가액등) ①법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록면 허세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과「부가가치세법」제10조 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

(4) 기업회계기준 제16장(수익)

16-32. 공사원가는 다음의 항목으로 구성된다.

(1) 특정공사에 관련된 공사직접원가

(2) 특정공사에 개별적으로 관련되지는 않으나, 여러 공사활동에 배분될 수 있는 공사공통원가

(3) 계약조건에 따라 발주자에게 청구할 수 있는 기타 특정공사원가

16-33 특정공사에 관련된 공사직접원가의 예는 다음과 같다.

(1) 건설공사에 사용된 재료원가

(2) 현장감독을 포함한 현장이력의 노무원가

(3) 문단 16.61에 따라 계상한 생산설비와 건설장비의 감가상각비

(4) 생산설비, 건설장비 및 재료의 건설현장으로의 또는 건설현장으로부터의 운반비

(5) 생산설비와 건설장비의 임차료

(6) 공사와 직접 관련된 설계와 기술지원비

(7) 외주비

(8) 공사종료시점에서 추정한 하자보수와 보증비용

(9) 제3자에 대한 보상

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구인은 1997.5.7. 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득한 후 1998.11.27. 그 지상에 쟁점건물을 신축하여 숙박업 등을 영위하다가, 2023.3.24. 매매를 원인으로 총 매매가액 OOO원에 양도하였고, 전세권자 g는 1998. 12.17. 전세금 OOO원에 대해 쟁점부동산에 대한 전세권을 설정(1998.11.28.부터 2000.11.28.까지)하였다가 2000.11.27. 말소등기한 것으로 나타난다.

(나) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 1998.1.1. 쟁점부동산을 사업장으로 하여 ‘D모텔’이라는 상호로 여관숙박업을 개업하여 영위하다가 2023.3.31. 폐업한 것으로 나타난다.

(다) 국세청 전산자료에 의하면, A(주)는 1997.7.1. 설립되어 경상남도 창원시 마산회원구 OOO동 소재에서 건설업을 영위하고 있고, B(주)는 1989.6.1. 설립되어 경상남도 창원시 마산회원구 OOO동 소재에서 주택건설업을 영위하다가 1999.6.30. 폐업한 것으로 나타난다.

(라) 건축물대장 등에 의하면, 청구인은 A(주)과 쟁점건물 신축에 대한 공사도급계약을 체결한 후 쟁점건물을 완공하였고, 2015.9.16. 1.2층 대중목욕탕을 여관으로 변경하는 리모델링 공사(합계금액 OOO원)를 하면서 CCTV 설치공사, 옥외광고물 설치공사, 가스배관공사, 엘리베이터 대수선공사(합계금액 OOO원) 등을 시공하였던 것으로 나타난다.

(마) 양도소득세 신고서(아래 ＜표2＞ 참조) 등에 의하면, 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 시 쟁점토지에 대해 계약서 분실 및 양도자 사망 등 이유로 환산가액으로, 쟁점건물에 대해 1998년 제1기~제2기 부가가치세 신고서상에 기재된 고정자산 매입액 합계금액 OOO원으로 산정한 것으로 나타난다.

＜표2＞ 청구인의 양도소득세 예정신고.납부 내역

(단위 : 천원)

OOO

(2) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사 종결보고서상 주요내용은 다음과 같다.

가) 취득가액 확인내용

- 청구인이 A(주)로부터 수취한 매입세금계산서 중 1998년 제2기 고정자산 매입액 OOO원은 중복 공제로 신고되어 매입세액 감액결정한 것으로 확인되나 이 건 양도소득세 신고 시 당해 금액을 차감하지 아니하여 취득가액에서 부인하고, 취득세 중복 신고액 OOO원, 1999년 귀속 종합소득세 신고 시 계상한 감가상각비 OOO원을 취득가액에서 부인함.

- 청구인과 B(주) 간 수수한 세금계산서 내역은 없고, 관련 부가가치세 신고내역도 없음.

나) 자본적 지출액 확인내용

수익적 지출액 CCTV 설치공사 OOO원, 옥외광고물 설치공사 OOO원, 적격증빙 미수취로 확인되는 필요경비 OOO원, 합계 OOO원 필요경비에서 부인함

(3) 청구인은 다음과 같이 증빙(계좌거래내역 및 자필 영수증 7매 등)을 제시하면서 쟁점건물의 취득가액은 쟁점신축공사금액이라고 주장한다.

(가) 청구인이 제시한 쟁점건물 신축비용 증빙서 기준 총지출명세는 다음과 같다.

(단위 : 원)

OOO

(나) 청구인은 쟁점신축공사금액과 관련한 지출 증빙으로 B(주) 대표 e의 쟁점건물 신축확인서 1매(2023.10.23. 작성) 및 쟁점건물 신축공사비 현금 등 수령명세서 1매를 각각 제출하였다.

(다) 청구인이 제시한 쟁점보상금액 관련 합의서 등은 ＜별지1-1＞ 및 ＜별지1-2＞와 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 실제 취득가액은 쟁점신축공사금액이라고 주장하나, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것인 점(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결 참조), 처분청의 조사종결 보고서 등에 의하면, 청구인은 양도소득세 자진신고 시 쟁점건물의 실제 취득가액을 1998년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고서상 고정자산 매입액(공급가액) 합계액 OOO원으로 신고하였고, 처분청의 이 건 양도소득세 조사 결과, 그 합계액 중에서 일부 금액이 중복 및 과다 공제된 것으로 확인되는 점, 청구인이 제시한 쟁점건물 총지출명세 등에 의하면, 쟁점건물의 계약금 및 중도금 합계금액 OOO원을 제외한 나머지 금액에 대한 지출 증빙으로 자필 영수증 및 송금 영수증만이 제시되어 영수증상의 기재금액이 쟁점건물의 공사금액인지 여부가 불분명하고, 전세보증금(OOO원)이 공사금액 명목으로 B(주)에게 실제 귀속되었다고 볼만한 객관적인 자료의 제시가 없는 점, 청구인이 제시한 B(주) 대표자의 확인서는 쟁점건물 신축공사에 대한 내용이 구체적이지 않을 뿐더러, 사후에 임의 작성이 가능하여 신빙성이 부족해 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점설치대금이 쟁점건물에 대한 자본적 지출에 해당한다고 주장하나,「소득세법」제97조 제1항은 “거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다”고 규정하고 있고, 제2호는 “자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제163조 제3항은 “법 제97조 제1항 제2호에서 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다”고 규정하고 있고, 제1호는 “제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액”, 제3호는 “양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용” 등으로 규정하고 있는 점,「소득세법 시행령」제67조 제2항은 “제1항에서 자본적 지출이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다”고 규정하고 있고, 제1호는 ‘본래의 용도를 변경하기 위한 개조’, 제2호는 ‘엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치’, 제5호는 ‘기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것’ 등을 규정하고 있는 점, 필요경비를 지출하였는지에 대한 입증책임은 청구인에게 있고, 양도소득의 필요경비에 해당하기 위한 자본적 지출액은 객관적인 증빙을 통해 실제 지출된 것이 확인되고 그 지출이 양도자산에「소득세법」에서 규정한 ‘용도변경’이나 ‘내용연수 증가’ 등을 가져오는 것이어야 하는데(대법원 2015.5.28. 선고 2015두37990 판결 참조), 이 건의 쟁점설치대금은 CCTV 및 간판 설치에 따른 비용으로 자산가치의 현저한 증가 및 내용연수를 연장하거나 개량목적 등을 위한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점보상금액이 적정하게 산정되었는지 등에 대한 구체적인 내역이 없으므로 쟁점건물에 대한 기타 필요경비에 산입할 수 없다는 의견이나,「소득세법 시행령」제163조 제3항은 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다”고 규정하면서 제2호에 “양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액”을 규정하고 있는 점, 기타 취득부대비용의 범위에 대해 기업회계기준에 따라야 할 것이고, 기업회계기준상 제3자에 대한 보상을 공사직접원가로 예시하고 있는 점, 청구인은 쟁점건물 신축 시 인근의 지반 침하 및 균열 등으로 인하여 이웃 주민인 a 등 3명의 민원 제기에 따라 피해보상금 명목으로 쟁점보상금액을 지출하였다면서 합의서(1997. 11.10. 작성, 피해손해 배상금 : OOO원), 사실증명서 및 지급내역(1998.11.12. 창원지방법원 공탁신청, 공탁사건번호 : 1998년 금 제2073호, 공탁금액 : OOO원, 피공탁자 : a, c, d)을 제시하였는바, 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점보상금액을 쟁점건물에 대한 기타 필요경비에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 실제 취득가액이 불분명하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나,「소득세법」제100조 등에 따르면 양도소득세는 실지거래가액에 의한 양도차익 등의 계산이 원칙인바, 청구주장과 같이 표준건축비 등을 감안하여 건물신축 비용을 산정할 수는 없는 점, 청구인은 이 건 양도소득세 신고 시 쟁점건물의 실제 취득가액을 1998년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고서상 고정자산 매입액(공급가액) 합계액 OOO원으로 신고하였는바 이는 정당한 것으로 추정되고, 그 고정자산 매입액 중 중복으로 공제한 OOO원을 쟁점건물의 취득가액에서 차감하면 되는 것이지 이를 이유로 취득가액이 불분명하다고 단정하여 환산취득가액을 적용하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1-1＞ 쟁점보상금액과 관련한 합의서

OOO

＜별지1-2＞ 쟁점보상금액과 관련한 사실증명서(공탁)

OOO