이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2010.8.25.부터 2020.5.29.까지 인천광역시 서구 OOO에서 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 휴대폰 소매업을 영위한 개인사업자로, 2015년 제1기부터 2017년 제2기까지 주식회사 B(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 관련 매입세액을 공제하여 2015년 제1기～2017년 제2기 부가가치세를 신고.납부하였다.

나. 영등포세무서장(이하 “쟁점매입처 조사청”이라 한다)은 2018.5.21.부터 2018.6.21.까지 쟁점매입처의 2016사업연도에 대하여 법인일반통합조사(이하 “쟁점조사”라 한다)를 실시한 결과, 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였는바, 처분청은 이에 따라 쟁점거래에 대하여 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세(40%)를 적용하여 쟁점매입세금계산서와 관련한 매입세액을 불공제하고 2024.5.16. 청구인에게 2015년 제1기～2017년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정.고지하였다.

＜표1＞ 부가가치세 경정.고지세액 현황

(단위 : 원)

OOO

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 수취한 행위는 전단계매입세액 공제 방식을 채택하고 있는「부가가치세법」상 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 볼 수 없어 5년의 제척기간을 적용하여야 함에도 불구하고 10년의 장기부과제척기간 및 부정과소신고가산세(40%)를 적용하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 위법·부당하다.

(1) 청구인과 쟁점매입처 간의 사업 방식과 거래 형태는 다음과 같다.

청구인은 휴대폰 단말기 판매점을 운영하면서 쟁점매입처로부터 단말기를 공급받아 최종소비자에게 이를 위탁판매하는 사업을 영위하였고, 쟁점매입처는 판매된 단말기의 개통까지 수행하였다.

쟁점매입처는 단말기의 공급 및 개통 등을 총괄하는 과정에서 청구인의 단말기 판매 내역에 대해 전부 파악이 가능한 상황이었고, 쟁점매입처에서 단말기의 종류, 필수 가입 요금제 및 부가서비스 등을 결정함에 따라 판매대금이 획일적으로 책정되었으므로 정보의 우위에 있었던 쟁점매입처에서 단말기 판매에 따른 판매대금을 매월 정산하여 청구인에게 위탁판매수수료를 지급하였다.

세금계산서의 경우 쟁점매입처가 매월 정산된 판매대금을 청구인에게 확인 요청하면 청구인이 그 금액 등을 확인한 뒤 쟁점매입처가 이를 승인하여 전자세금계산서의 발행이 이루어지는 방식으로 거래를 하였을 뿐 청구인이 세금계산서 발행에 대해 직접 관여하는 등의 적극적인 행위는 전혀 없었다.

또한 처분청을 통해 확인한 결과, 쟁점매입처는 쟁점매입세금계산서의 발행 관련 부가가치세를 전액 성실하게 신고 및 납부하였고, 체납없이 현재까지도 활발하게 영업을 지속하고 있는 것으로 확인되며, 부가가치세 신고 납부 이후 경정청구 등을 통해 환급을 받은 경우도 전혀 없었던 것으로 확인된다.

(2) 대법원은 거짓 세금계산서의 수취에 있어 10년의 장기부과제척기간을 적용하기 위해서는 ‘납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다’고 판시하였으나, 이 건에서는 위 사항이 아예 성립되지 않을 뿐만 아니라, 설령 청구인이 쟁점매입세금계산서를 반영하여 부가가치세 매입세액을 공제받았다 하더라도 전단계매입세액 공제법을 따르는「부가가치세법」체계상 쟁점매입처가 정상적으로 부가가치세 신고 및 납부를 하였다면, 전체적인 조세수입의 감소 자체가 없었다고 할 수 있다. 더군다나 지금까지도 체납없이 활발하게 영업하고 있는 쟁점매입처에 대하여 청구인이 거래 당시 자료상이라거나, 조세수입을 면탈할 가능성이 있다고 전혀 예상할 수 없는 상황이었다.

(가) (판례의 입장) 청구인은 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 거짓 세금계산서임을 전혀 알지 못했고, 해당 내용과 관련한 그 어떤 인식도 없었을 뿐만 아니라, 처분청도 이에 대하여 그 어떤 입증을 한 바가 없다. 또한 백번 양보하여 청구인이 실제로 쟁점매입처로부터 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 거짓 세금계산서임을 인지하였다고 하더라도, 그러한 행위가 구「국세기본법」제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’나 같은 법 제47조의3 제2항 제2호에서 규정한 ‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과 신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, ‘납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다’고 대법원은 일관되게 판시(대법원 2014.2.27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2015.1.15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2021.12.30. 선고 2017두72256 판결 등 참조)하고 있다.

즉, 부가가치세를 부과함에 있어 거짓 세금계산서의 단순 수취를 부정행위로 보아 부정과소신고가산세(40%) 및 장기부과제척기간(10년)을 적용하기 위해서는 해당 행위가 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위까지 수반되어 결과적으로는 납부의무 면탈 등으로 조세수입의 감소가 발생할 것이라는 것을 청구인이 인식하고 있어야 한다.

하지만 청구인은 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 거짓 세금계산서임을 전혀 알지 못했고, 해당 내용과 관련하여 그 어떤 인식이나 의도도 없었다. 처분청은 쟁점매입세금계산서 수취 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당한다는 그 어떠한 입증도 없이 2024년에 부과제척기간을 10년으로 보고 부정과소신고가산세(40%)까지 적용하여 부가가치세를 부과하였으므로 해당 처분은 위법·부당하다.

(나) 부가가치세는 전단계매입세액 공제 방식을 통해 최종소비자에게 과세가 전가되는 세목인 만큼, 중간 단계의 거래는 매출세액과 매입세액이 서로 상쇄되어 거짓 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 받더라도 발행자가 매출세액을 신고.납부하였다면 부가가치세가 일실되지 않는다.

이 사건 쟁점매입세금계산서의 공급자인 쟁점매입처는 쟁점매입세금계산서의 발행과 관련하여 부가가치세를 성실하게 신고.납부하였고, 체납없이 현재까지도 활발하게 영업을 지속하고 있는 것으로 확인되며, 부가가치세 신고.납부 이후 경정청구 등을 통해 환급을 받은 경우도 전혀 없었던 것으로 확인되므로 청구인이 청구인의 의도와 다르게 사실과 다른 세금계산서의 수취를 통해 매입세액 공제를 받았다고 하더라도 쟁점매입처에서 부가가치세를 정상적으로 신고.납부하였으므로 부가가치세에 있어 전체적인 조세수입의 감소는 없었음을 알 수 있다.

(다) 과세전적부심사 과정에서 처분청 측에서 제시한 사례(심사-부가-2021-0016)는 오히려 청구인의 주장을 뒷받침하는 사례라고 할 수 있다. 구체적으로 해당 사례는 이 사건처럼 국가의 조세수입 감소가 없는 경우 10년의 부과제척기간을 적용하기는 힘들다는 취지의 결정으로서, 다만 2011.1.1.부터 개정된 규정에 따라「부가가치세법」상 세금계산서 불성실가산세 부분에 대해서만 제한적으로 국세 부과제척기간 10년을 적용한 것에 불과하다.

「국세기본법」은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하면서, ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에는 그 부과제척기간을 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 연장하였다. 동 규정의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 처분청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로 해당 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있었다(대법원 2013.12.12. 선고 2013두7667 판결 참조).

그러나 이 사건은 대법원 판례에서 언급한 ‘국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우’에 해당한다고는 도저히 볼 수 없으므로 10년의 부과제척기간을 적용하는 것은 위법·부당하다.

(3) 또한 이 사건은 2018년경 영등포세무서장으로부터 파생되어 서인천세무서로 넘어온 쟁점사업장의 과세자료에 대해서 6년이나 지난 2024년에 부과처분을 한 사안으로, 6년 동안 부과처분을 지연시킬 만한 특별한 사정은 전혀 보이지 않는다.

쟁점매입처에 대한 세무조사 이후 동일한 내용으로 파생된 과세자료에 대해서 모두 2019～2021년 사이에 부과처분이 이루어진 것으로 파악되는 반면, 부과권의 행사를 지연시킬 만한 특별한 사정이 없음에도 유독 청구인에 대해서만 부과처분이 지연되었다.

이러한 경우 조세심판원은 처분청이 정당한 사유없이 국세부과권의 행사를 미루다가 뒤늦게 한 부과처분을 위법.부당하다는 취지로 다수의 결정(조심 2023중9600, 2024.1.15. 외 다수, 같은 뜻임)을 한 바 있다.

＜표2＞ 조세심판원의 선결정례(조심 2023중9600, 2024.1.15.)

이 건의 경우 처분청이 납세자에 대한 부분조사를 종결할 당시 부과제척기간의 만료일이 쟁점법인의 법인세는 최소 1년 5개월, 청구인의 종소세는 1년 7개월이 각각 남아 있었던 점, 이천세무서장이 2022년 1월 수보한 쟁점계산서 자료를 2022년 12월에서야 해명안내문을 발송한 후 납세자의 해명이 늦어지자 부과제척기간 임박을 이유로 법인세를 과세하고 쟁점과세자료를 처분청에 통보하였던 점 등에 비추어 처분청 등이 쟁점계산서 자료에 대하여 10년의 장기 부과제척기간을 적용하여 과세하면서도 부과제척기간 만료가 임박한 시점에서야 과세자료 해명안내문 등을 발송하여 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하였기에 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청이 청구인에게 한 이건 종합소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 사건은 처분청이 과세자료를 수보한 후 위 조세심판원의 선결정례보다도 훨씬 더 긴 기간이 경과된 시점에 해명안내문을 보낸 것으로서 이로 인하여 증빙 자료의 제출에 많은 어려움을 겪었고, 특별한 사정없이 국세부과권 행사의 지연으로 조세 채권의 조속한 확보 및 납세자의 방어권 보장이 전혀 이루어지지 않은 사례라 할 것이며, 이는 부과제척기간 제도의 도입 취지에도 반하는 것이다.

(4) 조세소송에서 일반적으로 입증책임이 누구에게 있는가에 대한 명문규정이 존재하지 않기 때문에 입증책임의 배분은 판례에 의할 수밖에 없고, 증여추정 등의 규정을 제외하고 원칙적으로 대부분 처분청이 부담하도록 되어 있다. ‘사기 기타 부정한 행위가 있었음’에 대한 입증책임이 어느 쪽에 있는지에 대해서는 명문 규정 및 판례는 존재하지 않으나, 동 원칙을 적용하지 않을 특별한 사정이 보이지 않으므로 ‘사기 기타 부정한 행위가 있었음’에 대하여도 처분청이 입증 책임을 지는 것이 합당할 것이다.

① 과세근거 및 과세표준 금액 등 실체법상 과세요건 및 절차적 적법요건에 관한 입증책임, ② 부당거래 및 거래의 관행상 정당한 사유가 없다는 입증책임, ③ 시가의 산정 및 보충적 평가방법을 선택한 사유 등에 대한 입증책임, ④ 특수관계 없는 자 간의 거래에 있어 거래관행상 정당한 사유가 없다는 점에 대한 입증책임, ⑤「부가가치세법」상 납세의무자인 사업자에 해당한다는 입증책임, ⑥「소득세법」의 규정에 의해 대표이사 등에 대한 원천징수 소득세를 법인으로부터 징수할 경우 대표이사 등에 대한 소득의 현실적 귀속 및 소득의 종류에 대한 입증책임, ⑦ 고지서 송달에 대한 입증책임 등은 처분청에 있다.

이처럼 대부분의 사례에서 처분청 측에 입증책임을 두고 있있으므로 납세자의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당되어 국세의 부과제척기간 10년을 적용하려면 이에 대한 입증책임 또한 처분청 측에 있다고 보는 것이 합당할 것이다.

그런데 처분청은 영등포세무서장의 쟁점매입처 조사 과정에서 작성된 확인서를 제외하면, 청구인이 사기 기타 부정한 행위를 했다는 그 어떤 증빙을 부과처분 및 불복 과정에서 전혀 제시한 바가 없다. 특별한 사유없이 과세자료 처리 및 부과처분이 지연되면서 많은 시간이 흘러 납세자의 방어권 행사가 어려워진 상황에 있어, 처분청은 청구인의 사기 기타 부정한 행위가 있었고, 그에 따라 10년의 장기부과제척기간을 적용해야 한다는 그 어떤 입증 행위나 노력이 없는 상태에서 관행적.기계적으로 10년의 장기부과제척기간을 적용하여 부과처분을 한 것으로 보인다.

따라서 청구인이 사기 기타 부정한 행위를 했다는 그 어떤 추가 입증없이, 또는 청구인에게 소명 기회도 부여하지 않고 사기 기타 부정한 행위가 있었던 것으로 보아 10년의 장기부과제척기간 및 부정과소신고가산세(40%)를 적용한 이 건 부과처분은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

① 쟁점매입처의 대표자 김명국이 청구인에게 발행한 쟁점매입세금계산서가 실물거래 없이 발행된 것이라고 시인한 점, ② 수탁판매자인 청구인이 위탁자인 쟁점매입처로부터 휴대폰 단말기를 매입할 이유가 없음에도 “단말기” 품목의 쟁점매입세금계산서를 수취한 점, ③ 청구인이 쟁점매입세금계산서와 관련하여 지급한 금액은 총거래금액의 10% 상당에 불과한 점, ④ 청구인은 쟁점매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 상당액을 공제받고, 필요경비에 산입하여 부가가치세 및 소득세를 포탈한바, 청구인은 쟁점매입세금계산서 수취가 실물거래 없는 가공세금계산서라는 점을 충분히 인식한 것으로 보이므로, 청구인에게 10년의 장기부과제척기간 및 부정과소신고가산세(40%)를 적용하여 이 건 부가가치세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

(1) 이 건 부과처분이 정당한 근거는 다음과 같다.

(가) 쟁점매입처는 영등포세무서장으로부터 세무조사를 받으면서 청구인 등의 통신판매점에 휴대폰 단말기의 공급없이 매출세금계산서를 발행하여 거래처로 하여금 부당하게 매입세액을 공제받게 한 사실이 있어 이에 대한 확인서를 작성하였고, 그에 따른 부가가치세를 경정.고지받은 사실이 있다.

(나) 또한, 청구인은 쟁점매입처가 판매대금을 정산하면, 청구인은 그 금액대로 세금계산서를 발행 또는 수취하였기에 직접적으로 관여하지 않았다고 주장하나, 다음과 같은 사유로 청구인은 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 충분히 인지할 수 있었고, 직접 관여하지 않았다고 보기 어렵다.

1)청구인과 쟁점매입처가 작성한 계약서에 따르면, 수탁자인 청구인은 재고 분실 시 쟁점매입처에 100% 배상하여야 하고, 재고 반납시 문제가 있는 단말기는 청구인이 기계값을 지급하도록 되어 있으며, 계약서에 기재된 보증보험 갱신 관련 내용은 보통 대리점이 수탁자인 판매점에 지급한 단말기를 회수하지 못할 때를 대비하여 판매점에 보증보험을 들도록 한 것인바, 계약 당시부터 청구인은 청구인이 판매하는 휴대폰 단말기의 소유자가 위탁자인 쟁점매입처이며, 본인은 수탁자임을 알고 있었다.

위와 같은 사실에 비추어 볼 때, 청구인은 쟁점매입처로부터 휴대폰 단말기를 매입할 이유가 없음을 충분히 인지하고 있었다고 보인다.

2) 또한, 청구인은 쟁점매입처 외 ㈜C 및 ㈜D, ㈜E 등으로부터도 쟁점매입처와 같이 위탁판매계약을 체결하여 판매수수료를 지급받고 있음이 쟁점사업장의 세금계산서 발행내역을 통해 확인되며, 쟁점매입처와 ㈜C 및 ㈜D 등은 동일한 휴대폰 단말기 판매유통 구조를 가지고 있지만, “단말기”를 품목으로 하여 세금계산서를 발행한 쟁점매입처와 달리 ㈜C와 ㈜D은 청구인에게 휴대폰 단말기에 대하여 세금계산서를 발행한 사실이 없는데, 이는 앞서 언급한 바와 같이, 수탁자인 청구인은 위탁자인 쟁점매입처, ㈜C, ㈜D 등의 위탁자로부터 단말기를 매입할 이유가 없기 때문이다.

＜표3＞ 청구인이 2015∼2017년 수취 및 발행한 세금계산서 명세 일부

(단위 : 백만원)

OOO

3) 더불어 청구인이 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 수취함에 따라, 청구인이 쟁점매입처로부터 수취해야 할 판매수수료보다 청구인이 쟁점매입처에 지급해야 하는 단말기 매입대금이 OOO원 더 많은 기형적인 거래구조가 형성되었다.

＜표4＞ 청구인과 위탁판매 거래처별 세금계산서 수수내역

(단위 : 백만원)

OOO

4)위와 같이 청구인은 쟁점매입세금계산서를 수취한 후 부가가치세 신고 시 쟁점매입세금계산서에 대하여 매입세액 상당액을 공제한바, 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 거짓 세금계산서임을 전혀 알지 못했다고 볼 수 없다.

5)이는 대금지급내역에서도 확인되는바, 청구인은 3년간 총 OOO원을 이체한 것으로 확인되는데, 이 중 투자금 OOO원을 제외하면 청구인이 쟁점매입처에 이체한 OOO원은 쟁점매입세금계산서 수취액의 10% 정도에 불과하나, 세금계산서 수취내역과 청구인의 장부 등 이체된 금액의 실질이 확인되지 않는다.

위와 같이 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제하는 것으로 부가가치세를 신고하는 것은 사기 기타 부정한 행위에 해당되어 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호에서 규정하고 있는 10년의 장기부과제척기간 및 40%의 부정과소신고가산세가 적용되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세금계산서의 수취가 “사기나 그 밖의 부정한 행위”에 해당한다고 보아 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2.납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 : 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서 합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다).

제85조의3(장부 등의 비치와 보존) ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다. 이 경우 장부 및 증거서류 중 「국제조세조정에 관한 법률」 제16조 제4항에 따라 과세당국이 납세의무자에게 제출하도록 요구할 수 있는 자료의 경우에는 「소득세법」 제6조 또는 「법인세법」 제9조에 따른 납세지(「소득세법」 제9조 또는 「법인세법」 제10조에 따라 국세청장이나 관할지방국세청장이 지정하는 납세지를 포함한다)에 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란「조세범 처벌법」제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등) ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(“포탈세액등”)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 포탈세액등이 3억원 이상(산정에 대하여 알아보기)이고, 그 포탈세액등이 신고ㆍ납부하여야 할 세액(납세의무자의 신고에 따라 정부가 부과ㆍ징수하는 조세의 경우에는 결정ㆍ고지하여야 할 세액을 말한다)의 100분의 30 이상인 경우

2. 포탈세액등이 5억원 이상인 경우

⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6.「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 부가가치세법

제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 국세청 통합전산망 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인의 총 사업 이력 및 쟁점매입처의 사업자등록 내역은 다음과 같다.

＜표4＞ 청구인의 총사업이력 및 쟁정매입처의 사업자등록 내역

OOO

※ 쟁점사업장은 사업기간은 2010.8.25.~2020.5.29.이고, 20205.29. 사업부진을 사유로 폐업함

(나) 쟁점사업장을 운영하기 이전 청구인의 근로소득 발생 이력은 다음과 같다.

＜표5＞ 청구인의 근로소득 발생 이력

근무기간

원천징수의무자

업종

2002.6.1.～2002.12.31.

F(주)

제조업/고철

(다) 처분청의 2015년 제1기부터 2017년 제2기까지의 부가가치세 경정 내역은 다음과 같다.

＜표6＞ 부가가치세 경정.고지 현황

(단위 : 원)

OOO

*부정과소신고가산세(40%), 납부지연가산세, 세금계산서 불성실 가산세(가공거래 2%) 부과

쟁점매입처는 2015년 제1기부터 2017년 제2기 동안 쟁점매입세금계산서를 매출 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고.납부하였고, 쟁점조사 직후 쟁점매입세금계산서의 세금계산서 불성실 가산세 2% 등을 포함하여 2015년 제1기, 2015년 제2기, 2017년 제1기, 2017년 제2기 부가가치세를 수정신고하였으며, 조사대상 과세기간이었던 2016년 제1기, 2016년 제2기 부가가치세는 처분청이 쟁점매입처에게 쟁점매입세금계산서의 세금계산서 불성실 가산세 등을 포함하여 경정.고지하였는바, 심판관회의일 현재 청구인 및 쟁점매입처의 체납 내역은 없는 것으로 확인된다.

쟁점거래에 관련하여 쟁점매입처의 부가가치세 수정신고 또는 경정.고지 시 쟁점매입처와 처분청은 가공확정된 매출금액을 감소시키지 않고 관련된 가산세만 수정신고 또는 경정.고지한 것으로 확인된다.

우리 원 조사담당자는 2024년 11월경 경정.고지 등의 경위를 확인하기 위하여 처분청 담당자에게 문의한 결과, 쟁점매입처의 조사청이 쟁점거래를 가공거래로 확정함에 따라 쟁점매입처가 신고한 세금계산서 매출금액을 경정감해야 하나, 동 금액이 당초 신고 시 신고누락된 기타매출분이므로 매출금액에 대한 별도의 경정감 없이 가산세 등만 부과하였다고 답변하였다.

(라) 국세청통합전산망에서 확인되는 쟁점매입세금계산서 일부는 다음과 같다.

＜표7＞ 쟁점매입세금계산서 일부 (2015년 제1기분 발췌)

OOO

(2) 청구인이 쟁점거래가 실물이 동반된 실질거래라고 주장하며 청구인과 쟁점매입처 간의 계약서 및 지급 증빙을 제출하였다.

＜표8＞ 청구인과 쟁점매입처 간의 계약서

OOO

＜표9＞ 쟁점거래와 관련된 지급증빙

OOO

처분청은 이와 관련하여 쟁점매입세금계산서 수수내역과 청구인의 이체내역이 불일치하고, 관련 증빙 등을 제출하지 않아 청구인이 부가가치세 상당액이 지급되었다고 주장하나, 이를 신뢰할 수 없다는 의견이다.

＜표10＞ 쟁점매입세금계산서 수수내역과 이체내역의 비교

(단위 : 원)

OOO

(3) 쟁점매입처 조사청에서 쟁점매입처에 대한 법인일반통합조사 후 처분청에 파생한 과세자료를 통해 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 쟁점매입처에 대한 조사종결보고서 내용은 다음과 같다.

＜표11＞ 쟁점매입처의 조사종결보고서

OOO

(나) 쟁점조사 시 작성된 쟁점매입처의 확인서는 다음과 같다.

＜표12＞ 쟁점매입처의 확인서

OOO

(4)「국세기본법」상 부과제척기간과 관련한 법령의 개정연혁은 다음과 같다.

＜표12＞「국세기본법」제26조의2 규정의 개정연혁

국세기본법 제26조의2(국세 부과의 제척기간)

(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것)

(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것)

(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

1의2. 납세자가 사기나 그 밖의 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 (신설)

가.「소득세법」제81조 제3항 제4호

나.「법인세법」제76조 제9항 제1호

다.「부가가치세법」제22조 제3항(세금계산서불성실) 및 제6항(비사업자의 세금계산서불성실)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

가.「소득세법」제81조 제3항 제4호

나.「법인세법」제76조 제9항제4호

다.「부가가치세법」제60조 제2항 제2호(미발급)·제3항(세금계산서불성실) 및 제4항(비사업자의 세금계산서불성실)

☞ 2010.12.27. 법률 제10405호로 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호의2가 신설됨

상기 「국세기본법」(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것)의 개정 취지는 아래와 같다.

＜표13＞「국세기본법」(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것) 제26조의2 규정의 개정취지

◇ 주요내용

가. 사기나 그 밖의 부정한 행위로 인한 가산세의 경우 국세 부과제척기간 연장(안 제26조의2 제1항 제1호의2 신설)

1) 현재 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하는 경우에는 10년의 제척기간을 적용하나, 자료상 매출ㆍ매입을 동일한 금액으로 맞춰 가공의 세금계산서 등을 발행하는 등의 부정한 행위로 다른 사람이 국세포탈을 하도록 하는 경우 부과하는 가산세는 자료상 본인의 경우 본 세액의 포탈이 없어 일반 제척기간인 5년이 적용되고 있음

2) 사기나 그 밖의 부정한 행위로 「부가가치세법」에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등이 부과되는 경우에는 본 세액의 포탈이 없더라도 10년의 국세 부과제척기간이 적용되도록 함

3) 부당한 방법에 의한 가산세 부담의 회피를 방지하여 세금계산서 등의 수수질서를 확립함

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점매입세금계산서의 수취 행위가 “사기나 그 밖의 부정한 행위”에 해당하지 않으므로 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 위법.부당하다고 주장하나, 쟁점매입처에 대한 조사청의 조사결과, 쟁점매입처의 대표이사가 쟁점매입세금계산서를 가공세금계산서라고 인정하고 확인서를 제출한 점, 가공세금계산서의 수취 행위가 장기간에 걸쳐 계속적ㆍ반복적으로 행하여진 것으로 보아 청구인과 쟁점매입처가 합의하에 공급가액이 과다기재된 쟁점매입세금계산서를 수수한 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점매입처의 조사청이 가공확정함에 따라 쟁점매입처가 신고한 세금계산서 매출금액을 경정감해야 하나, 동 금액이 쟁점매입처가 당초 신고 시 신고누락한 기타매출분으로 보이는 점, 이는 궁극적으로 과다한 매입세액 공제를 통하여 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 것에 해당할 뿐만 아니라 청구인에게 이러한 국가의 조세수입 감소에 대한 인식이 없었다고 단정하기 어려운 점, 청구인은 쟁점거래에 있어 부가가치세 상당액을 지급하였다고 주장하나, 쟁점매입세금계산서 수취내역과 청구인이 쟁점매입처에 이체한 금액이 그 내역과 일치하지 않고, 청구인은 쟁점거래에 대한 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하여 이를 입증하여야 함에도 추가적인 자료 제출이 없었던 점, 처분청은 이 건 부과처분 전에 「국세기본법」상 규정에 따라 그 내용을 청구인에게 통지하였고, 청구인은「국세기본법」제81조의15의 규정에 따라 과세전적부심사를 청구하였으므로, 이 건 부과처분에 중대하고 명백한 절차적 하자가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.