이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2020.6.19. OOO원에 취득한 강원도 OOO 외 3필지 임야 473,801㎡(아래 ＜표1＞ 참조, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2020.6.25. OOO원에 양도하고 2021.3.29. 2020사업연도 법인세를 신고하였다.
＜표1＞ 쟁점토지 내역
(단위 : ㎡)
OOO
나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점토지는 「법인세법」 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)에서 규정한 비사업용 토지에 해당하므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과할 것을 감사지적하였고, 이에 처분청은 2023.3.14. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.25. 이의신청을 거쳐 2023.10.27. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 관정 및 샘물을 포함하여 쟁점토지를 OOO원에 일괄 양도하였는바, 쟁점토지 자체에 대한 양도차익은 없다.
(가) 청구법인은 2004.10.14. 쟁점토지를 취득하였고, 2017.3.27. 경매로 양도하였으나, 2020.6.19. 재취득한바, 그 경위는 아래와 같다.
청구법인은 2002년 최고품질의 미네랄 수맥을 발견한 후, 2003년 1～4호 관정을 개발, 먹는 샘물 취수원 개발허가 취득, 영향평가 완료, 2006년 환경영향평가 최종심의 완료(1일 취수량 1,200톤 허가) 및 먹는 샘물 공장허가를 받아 사업을 순조롭게 진행하였으나, 2004.10.14. 취득한 쟁점토지에 압류 및 가압류, 유치권 등이 설정되어 사업이 어려워져 채권자의 경매신청으로 쟁점토지가 2017.3.27. OOO원에 a에게 낙찰되었다.
청구법인의 대표이사 b은 쟁점토지를 낙찰받은 a를 수차례 찾아가 십수년의 생수사업 진행과정 및 샘물허가, 공장신축허가, 도로개설, 대기업들로부터의 투자유치 등 지금까지의 진행상황을 설명하고, 구축물 4동, 관정(취수정)과 샘물을 포함하여 모든 샘물허가권, 공정허가, 도로개설 등 모든 권리를 청구법인이 소유하고 있고 유치권도 있다고 설명하였는데, b은 a에게 청구법인이 샘물허가 및 공장등록허가 1～4호 관정 개발, 먹는 샘물 취수원 개발허가권 취득 및 구축물에 대한 환경영향평가 최종심의를 2006년에 완료하여 모든 사업에 권리 양도시 쟁점토지 부분은 OOO원 정도 받아서 줄 수 있다고 설득하였다.
이에 청구법인이 a로부터 쟁점토지의 소유권을 OOO원에 취득하여 A㈜(이하 “A”이라 한다)에게 양도하기로 하였으나, a 명의(청구법인의 대표이사 b은 보증인으로 참여)로 직접계약을 하게 되었고, a가 계약금을 송금받은 이후, 계약당사자를 청구법인으로 계약내용을 변경하였다.
변경계약서를 보면, 당초 토지소유자인 a는 A으로부터 토지대금, 기타 조세 등 경비에 해당하는 금액을 계약금 형식으로 송금받기로 하고, 건물, 구축물, 관정취수권 등의 소유권이 청구법인으로 계약자가 변경된 것을 알 수 있는바, 중도금 및 잔금은 청구법인이 송금받았다.
a는 쟁점토지를 OOO원에 경락받아 청구법인에게 OOO원에 양도한 것에 대해 비사업용 토지로 양도소득세를 신고.납부한바, 청구법인이 a로부터 2020.6.19. 재취득한 쟁점토지의 취득가액과 청구법인의 취수사업 관련 관정 등에 대한 대가의 구분이 가능하다.
(나) 청구법인이 2020.6.24. 쟁점토지를 A에 양도하게 된 경위는 아래와 같다.
청구법인은 A이 취수장을 방문하여 샘플을 채취하고 물량과 수질에 대해 미국연구소에 의뢰한 후 그 측정 결과를 토대로 쟁점토지의 매매를 요구한 것에 대해 A에 대한 지분투자로 사업진행을 요청하였는데, A은 청구법인이 소기업이어서 지분요구나 투자가 어려울 것 같으니 매매를 하라고 요구하여 청구법인은 샘물 등에 대한 모든 권리와 의무를 A에 양도하기로 하였다.
이에 청구법인의 대표이사인 b은 a로부터 OOO원에 쟁점토지 소유권을 이전받기로 하면서, 청구법인이 A으로부터 양도대금을 받는 즉시 OOO원을 a에게 송금해 주기로 약속하였고, 청구법인은 2020.6.19. 쟁점토지를 a로부터 OOO원에 매입하여 6일 뒤인 2020.6.25. 쟁점토지를 A에 그대로 양도하였다.
계약 당시 쟁점토지, 공장구축물, 관정 샘물값, 영월군청 투자유치협의서, 샘물허가증, 공장등록증, 공사비, 도로개설비 등을 구분하여 거래하려고 하였으나, “토지는 필요 없고, 샘물만 필요하다”는 A의 요구에 따라 구분 없이 거래하여 계약서상 쟁점토지와 취수정, 구축물 등 권리가액이 구분이 안되어 있을 뿐으로, 실질적으로는 구분이 가능하고, 쟁점토지의 양도차익은 없다.
(2) 쟁점토지에 대해 법인세를 과세하여야 한다면, 전체 양도가액 OOO원에서 쟁점토지의 취득가액 OOO원(a에게 송금한 OOO원에 취득세 등 부대비용을 가산한 금액)을 차감한 양도차익 OOO원에 대해 전체 양도가액에서 관정 등의 가액을 제외한 쟁점토지 양도가액이 차지하는 비율 만큼에 해당하는 쟁점토지의 양도차익(아래 ＜표2＞ 참조)에 대해서만 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 과세되어야 한다.
＜표2＞ 쟁점토지 양도차익 계산방식
OOO
나. 처분청 의견
(1) 쟁점토지 매매가액 전액(OOO원)을 쟁점토지의 양도가액으로 봄이 타당하다.
(가) 관련 법령 및 판례에 의하면, 토지의 소유권은 정당한 이익이 있는 범위 내에서 토지의 상하에 미치는 것으로, 샘물은 토지의 일부에 해당하는 것인바, 지하수 개발.이용권 등의 권리(토지소유자 및 토지 사용수익 권리자가 행정기관의 허가를 받아 취득한 개발권 등은 토지의 소유권 등이 이전된다고 하여도 유지됨)가 아닌 “샘물”을 토지와 별도로 분리하여 소유권을 주장할 수 없다.
(나) 청구법인의 샘물개발허가증(2006.6.30.)의 유효기간(5년) 만료 및 공장설립 승인(2008.8.26.) 후 미착공으로 청구법인의 쟁점토지에 대한 샘물 개발권 및 이용권은 이미 유효하지 않은 상태이고, 청구법인이 A과 작성한 매매계약서에도 개발비 및 이용권에 대한 기재가 없으며, 개발권 및 이용권에 대해 평가한 사실이 없는 것으로 확인되는바, 청구법인은 쟁점토지와 관련하여 샘물개발권 및 이용권에 대한 권한 및 사업권이 없으므로 쟁점토지의 양도가액에 A에게 공장취장허가에 대한 모든 권리를 양도한 대가가 포함되었다는 청구주장은 부당하다.
(다) 관정이란 지하수를 이용하기 위해 만든 대롱 모양의 우물로, 일반적인 관정의 시공 비용은 1개당 OOO원～OOO원으로 탐문되는데, 청구법인은 구축물 등 관정 양도에 대해 부가가치세를 신고한 사실이 없고, 청구법인의 2015사업연도 재무상태표에 기재된 시설장치는 OOO원에 불과하며, 쟁점토지의 경매사건(춘천지방법원 영월지원 2015타경4380)과 관련하여 작성된 감정평가서에 따르면, 쟁점토지의 감정평가액은 OOO원이고, 경매에서 제외된 건물(관정) 4개 및 물탱크가 존재하였던 것으로 확인되나, 경매사건 내역에 따르면 관정 등의 지상권 성립여부가 불분명한 것으로 기재되어 있고, 청구법인이 A과 작성한 매매계약서에는 관정에 대한 기재내역이 없는바, 쟁점토지의 양도가액의 주된 재화가 관정 등이라는 청구주장은 이유가 없다.
(라) A은 생수 제조업체로 생수공장 설립을 목적으로 쟁점토지를 취득하였고, 쟁점토지의 취득가액 전액을 토지로 하여 장부에 계상한 것으로 확인되는데, A의 「신규공장 추진 개요」에 따르면, 2022년 완공을 목표로 “2018년 12월～2019년 4월 공장입지 검토 및 수질검증, 2019년 4월～2020년 5월 토지(부지) 매입 및 지구단위 계획” 등을 진행해 왔고, 쟁점토지의 취수량을 2,686톤/일, 연 56백만C/S(매출액 : OOO)으로 예상하였던 것으로 기재된바, A은 물(水)이 필요한 입장에서 취수가 가능한 쟁점토지의 가치를 OOO원 이상으로 판단하였던 것으로 보이고, 가액의 산정에 토지, 물(水) 외에 청구법인의 영업권, 사업권 및 기타 재화 등을 검토한 내역은 확인되지 아니한다.
(2) 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용시, 다수 필지의 토지를 일괄적으로 양도하여 매매계약서상 각 토지의 양도가액이 구분되어 있지 않은 경우, 각 토지의 양도가액은 「법인세법」에 따른 시가에 비례하여 안분계산하되, 그 시가가 불분명한 경우에는 같은 법 시행령 제89조(시가의 범위 등) 제2항 각 호의 규정을 순차적으로 적용한 금액을 기준으로 안분계산하고 있는바, 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격, 감정평가액, 「상속세 및 증여세법」 제61조에 따른 개별공시지가 등으로 순차적으로 계산할 수 있으나, 샘물(水)과 토지를 일괄적으로 양도한 이 건과는 다소 상이하고, 청구법인이 주장하는 안분계산 사유에도 부합하지 아니한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점토지를 관정 및 샘물을 포함하여 OOO원에 일괄 양도하였으나, 쟁점토지 양도가액은 취득가액과 동일한 OOO원으로서 쟁점토지 자체에 대한 양도차익은 없다는 청구주장의 당부
② 전체 양도가액 중 쟁점토지 자체의 양도가액이 차지하는 비율에 해당하는 양도차익에 대하여만 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 부과되어야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법률
법인세법
제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(괄호 생략)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
2. 임야. (단서 및 각 목 생략)
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점토지의 소유권 변동내역은 아래 ＜표3＞과 같다.
＜표3＞ 쟁점토지의 소유권 변동내역
(2) a가 2019.12.10. A과 계약한 것으로 나타나는 쟁점토지 매매계약서의 내용(일부)은 아래 ＜표4＞와 같다.
＜표4＞ a가 2019.12.10. A과 계약한 것으로 나타나는 쟁점토지 매매계약서의 내용(일부)
○ 부동산의 표시
OOO
위 표시 부동산에 관하여 소유자 a 및 “연대보증인 b”(이하 “갑”이라 한다)을 매도인으로 하고 A을 매수인(이하 “을”이라 한다)으로 하여 아래와 같이 매매계약을 체결하고 이를 증명하기 위해 계약서 2통을 작성, 날인 후 각1통씩 보관한다.
- 아 래 -
제1조(매매부동산의 범위)
이 계약에 따른 매매부동산의 범위는 토지 및 건축물, 지상물(경작물, 수목 등 일체) 및 지하시설물(취수공 및 취수 관련 시설 등) 등 일체를 포함한다.
제2조(매매대금 및 지급방법)
1. “을”은 “갑”에게 위 표시부동산의 매매금액으로 일금 OOO원정을 지급하기로 하며 지급방법은 다음과 같다.
OOO
제8조(특약 사항)
1. 이 계약서는 사업목적에 따라 매수인 “을”이 지정한 자로 변경할 경우 이 계약의 모든 권리와 의무가 그대로 승계되며 “을”이 지정한자에 연대보증한다.
2. 이 계약서는 매도인 “갑”이 지정한 청구법인으로 변경할 경우 이 계약의 모든 권리와 의무가 그대로 승계되며 청구법인으로 변경계약을 체결하기로 한다. 이때 “갑”이 연대보증한다.
6. “갑” 및 효산 관계인“(연대보증인 b)”은 기 추진된 생수공장 사업과 관련하여, 취수정(1～4호정)개발 인.허가권, 공장신축 인.허가권 등, 기타사업권은 매매금액에 포함되어 있다.
7. “을”이 추진하는 강원도 OOO 및 주변 일대의 생수공장 및 산업단지 개발사업 부지에 제3자가 취수정(1～4호정) 권리 행사가 있을시 “갑”이 책임지고 해결한다.
2019년 12월 10일
(매도인) “갑” 성 명 : a
(연대보증인) “갑” 성 명 : b
(매수인) “을” 법인명 : A
(3) 청구법인이 2020.6.19. a와 계약한 것으로 나타나는 쟁점토지 매매계약서의 내용(일부)은 아래 ＜표5＞와 같다.
＜표5＞ 청구법인이 2020.6.19. a와 계약한 것으로 나타나는 쟁점토지 매매계약서의 내용(일부)
1. 부동산의 표시
OOO
2. 계약내용
매매대금 금 OOO 계 약 금 중 도 금 잔 금 금 OOO 원정은 2020년 6월 19일 지불한다
2020년 6월 19일
매도인 : a
매수인 : 청구법인
(4) 청구법인이 2020년 6월 A과 계약한 것으로 나타나는 쟁점토지 매매 변경계약서의 내용(일부)은 아래 ＜표6＞과 같다.
＜표6＞ 청구법인이 2020년 6월 A과 계약한 것으로 나타나는 쟁점토지 매매 변경계약서의 내용(일부)
○ 부동산의 표시
OOO
위 표시 부동산에 관하여 소유자 청구법인 대표이사 b 및 “연대보증인 a”(이하 “갑”이라 한다)를 매도인으로 하고 A을 매수인(이하 “을”이라 한다)으로 하여 아래와 같이 매매 변경계약을 체결하고 이를 증명하기 위해 계약서 2통을 작성, 날인 후 각1통씩 보관한다.
- 아 래 -
제1조(변경후 매매대금 및 지급방법)
1. “을”은 “갑”에게 위 표시부동산의 매매금액으로 일금 OOO원정을 지급하기로 하며 지급방법은 다음과 같다.
OOO
제2조(특약 사항)
3. 이 변경계약서는 2019년 12월 10일 매도인 a 및 “연대보증인 b”과 매수인 A과 체결한 부동산매매계약서의 내용을 승계한다.
2020년 6월 일
(매도인) “갑” 법인명 : 청구법인
(매수인) “을” 법인명 : A
(연대보증인) “을” 성 명 : a
(5) 쟁점토지 양도대금 관련 금융증빙을 보면, A은 2019.12.13. a에게 OOO원을 이체하였고, 2020.6.25. 청구법인에게 OOO원을 이체하였으며, 2020.8.20. 청구법인에게 OOO원을 이체하였고, 2022.7.5. 청구법인에게 OOO원을 이체한 것으로 확인된다.
(6) 쟁점토지의 등기부등본을 보면, 청구법인은 2004.10.14. 매매를 등기원인으로 쟁점토지를 취득하였고, 2017.3.27. 임의경매로 인한 매각을 등기원인으로 a에게 쟁점토지를 양도하였으며, 2020.6.19. 매매를 등기원인으로 쟁점토지를 재취득하였다가, 2020.6.25. 매매를 등기원인으로 A에게 쟁점토지를 양도한 것으로 확인된다.
(7) a는 2020.8.31. 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 양도소득세 신고서상 확인된다.
(8) 쟁점토지의 경매사건(춘천지방법원 영월지원 2015타경4380) 내역 관련 물건비고란의 내용은 아래 ＜표7＞과 같다.
＜표7＞ 쟁점토지의 경매사건(춘천지방법원 영월지원 2015타경4380) 내역 관련 물건비고란의 내용
일괄매각. 목록2(강원도 OOO). 지상에 매각대상 아닌 조적조 스라브지붕 단층 건물(관정 관련시설) 4동 소재(법정지상권 성립여부 불분명)하고, 공부상 지목은 임야이나 현황은 임야 및 일부 건부지, 휴경지, 임도 등임. 목록4(강원도 OOO). 지상에 매각대상 아닌 물탱크(법정지상권 성립여부 불분명) 및 분묘(분묘기지권 성립여지 있음) 각 소재하고, 공부상 지목은 임야이나 현황은 임야 및 일부 물탱크부지, 묘지, 임도 등임.
(9) 청구법인이 제시한 샘물개발 허가 관련 공문을 보면, 강원도지사는 2006.6.30. 청구법인에게 쟁점토지 중 강원도 OOO에 대해 샘물개발 허가를 한 것으로 나타나는바, 그 허가 유효기간은 2006.7.1.～2011.6.30.(5년)인 것으로 나타난다.
(10) 청구법인은 a가 쟁점토지 양도와 관련하여 조사청으로부터 세무조사를 받을 당시(2022.9.22.～2022.10.21.) 제출하였다는 a 및 A이 작성한 확인서를 각각 제출한바, 그 일부 내용은 아래 ＜표8＞.＜표9＞와 같고, 조사 결과 a에게 추가 경정.고지된 내역은 없는 것으로 확인된다.
＜표8＞ a가 작성한 확인서의 일부 내용(2022.10.5. 작성)
토지경매 취득과 자금내용, 재산세납부, 양도가액 결정근거 3) 부동산에 매매가액 결정근거 취득한 토지는 OOO에 경매를 받았으나 처음 계획한 사업을 순조롭게 진행되지 못했고 자금 여유도 없는 상태에서 차입금 이자 및 원금 상환 독촉까지 받는 상황에서 해보지도 않은 사업을 진행한다는 건 거의 불가능했습니다. 그러한 상황에 기존에 “먹는샘물” 사업을 진행했던 청구법인 b 대표께서 저의 영업장에 여러 차례 방문하여 청구법인이 관정 등 취수장 권리 등 유지권 등 주장하며 매도요청을 간곡히 부탁하여 기존 취득금액에 앞으로의 수익을 감안하여 OOO에 매수를 하겠다고 제안을 해서 OOO정도 요구했으나 이를 어쩔수 없이 OOO원에 받아들일 수밖에 없었습니다.
＜표9＞ A이 작성한 확인서의 일부 내용(2022.9.29. 작성)
(첨부2) 거래사실 확인 답변서
1. 상기 매매거래를 하게 된 경위
- 먹는샘물(생수) 생산하기에 적합하다고 판단하여 취득하였습니다
- 해당 부지에는 지하수 취수시설 4곳이 존재하며, 외부 사진은 아래와 같습니다
- 시설물에 대한 별도의 세부자료는 없습니다
OOO
2. 금융증빙 및 거래대금 자금출처
- 잔금 지급 기한이 2022년 6월 30일이었으나, 채권가압류(서울북부지방법원 2022카단21379)에 따라 OOO원을 제외하고 지급했습니다. 잔금은 가압류가 해제되면 지급할 예정입니다
- 거래 대금은 회사 보유 자금으로 지급하였습니다
3. 부동산 매매 변경계약서를 작성하게 된 경위
- 해당 부지는 과거 “청구법인”이 소유한 토지로 사업 중 자금 부족 등의 이유로 경매로 넘어갔고 a가 해당 부지를 낙찰받았습니다
- b은 청구법인의 대표이사로 당사에 최초 사업 제안시부터 토지 매매 전반에 걸쳐 주도적으로 진행하였습니다. 또한 계약 전부터 당사와 계약 체결 후 토지 소유주가 a에서 청구법인으로 변경될 것이므로 추후 변경 계약 체결을 사전에 요청하였습니다
4. 부동산 매매가액 결정근거
- 당사는 토지가 필요하여 매입한 것이 아니라 2천톤/일 이상의 지하수를 포함하여 먹는샘물(생수) 사업을 하고자 하였습니다. 당사 내부적으로 지하수 2천톤/일이 OOO원 이상의 가치를 가진다고 판단하였기에 매입했습니다
- 매매가액 판단시 토지의 면적과 시세는 의사결정에 중요한 요소가 아니었습니다
(11) 처분청이 제출한 A의 「신규공장 추진 개요」(＜별지1＞ 참조)를 보면, 취수량을 2,686톤/일, 연 56백만C/S(매출액 : OOO)으로 예상하였고, 2022년 완공을 목표로 추진한 것으로 나타난다.
(12) 쟁점토지의 연도별 개별공시지가는 아래 ＜표10＞과 같다.
＜표10＞ 쟁점토지의 연도별 개별공시지가
(단위 : 원/㎡)
OOO
(13) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 관정 및 샘물을 포함하여 쟁점토지를 OOO원에 일괄 양도하였으므로 쟁점토지 자체에 대한 양도차익은 없다고 주장하나, 청구법인의 샘물개발허가증의 유효기간이 만료되어 쟁점토지에 대한 샘물개발권 등은 유효하지 않은 상태이고, 청구법인은 구축물 등 관정 양도에 대해 부가가치세를 별도로 신고한 사실이 없는 것으로 나타나는 점 등을 볼 때, 쟁점토지의 양도가액에 샘물 및 관정 등 권리를 양도한 대가가 포함되어 있다는 청구주장을 그대로 받아들이기는 어려운 반면, 쟁점토지 매매가액 전액(OOO원)을 쟁점토지의 양도가액으로 봄이 타당한 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 전체 양도가액 중 쟁점토지 자체의 양도가액이 차지하는 비율에 해당하는 양도차익에 대하여만 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 부과되어야 한다고 주장하나, 이는 쟁점토지 자체의 양도가액이 취득가액과 동일하다는 쟁점①의 청구주장이 유효함을 전제로 하는 것으로 쟁점①이 받아들여지지 아니하였으므로 이 청구주장 또한 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
4.결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지1＞ 처분청이 제출한 A의 「신규공장 추진 개요」
OOO