이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.2.22. 리튬이온 2차전지 분리막(Separator) 제조 및 판매 등을 사업목적으로 일본국법인 C 합동회사에서 100% 출자하여 설립된 법인으로, 2008.12.30. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제116조의2 제3항 제1호에 따른 외국인투자에 대한 조세감면 결정을 받았고, 이후 2018.1.22. 마지막 유상증자분에 대한 조세감면 결정까지 총 6건의 조세감면 결정을 받았으며, 그 결과 2018년 4월부터 2023년 7월 말까지의 기간 동안 총 OOO원의 세액을 감면받았다.

나. 청구법인의 주주회사 변경내역은 아래 ＜표1＞과 같은바, 일본국법인이 계속하여 청구법인의 발행주식 100%를 소유하고 있다가, 2023.7.31. 당시 100% 모회사인 일본국법인 A(이하 “A”라 한다)가 지분 70% 상당을 한국 내 A의 또다른 100% 자회사인 B 주식회사(이하 “B”라 한다)에 양도하였다(이하 “쟁점거래”라 한다).

＜표1＞ 청구법인의 상호 및 주주회사의 변경 현황

일자

청구법인의 상호

주주사 및 지분율

2008.4.22.

C코리아

유한회사

C 합동회사, 100%

2010년

D코리아

유한회사

D막 합동회사, 100%

(사명변경배경 : A에서 C 합동회사의 지분을 일부 인수)

2012년

E한국

유한회사

(현재의 사명)

E 주식회사, 100%

(사명변경배경 : A에서 D막 합동회사의 지분을 전량 인수)

2017.4.1.

A, 100%

(A가 E 주식회사를 흡수합병)

2023.7.31.

A, 30%

B, 70%

다. 청구법인은 2023.9.13. 조특법 시행령 제116조의10 제3항에 따라 “조세추징면제여부 확인신청서”를 기획재정부에 제출하였다.

라. 기획재정부장관은 2023.12.20. 청구법인에게 “① 당초부터 조특법 제121조의2 제1항 제1호의 신성장동력산업기술 수반사업으로 조세감면을 받은 경우에 한정하여 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 조세추징 면제규정을 적용받을 수 있고, ② 청구법인은 조특법 제121조의2 제6항에 의거 ‘조세감면 내용변경’을 통해 감면유형 변경이 가능하였음에도 불구하고 이를 이행하지 않았다”는 이유로 조세추징 면제사유에 해당하지 않는다고 통지(이하 “쟁점통지”라 한다)를 하였다.

마. 청구법인은 쟁점통지 및 관련 법령에 따라, 법인세 및 취득세 등을 신고.납부한 후 경정청구를 하였으나, 처분청은 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인의 경정청구를 각 거부하였고, 재산세 등을 각 부과하였다(구체적인 세액은 ＜별지＞ 기재).

＜표2＞ 처분 및 청구 내역

OOO

바. 청구법인은 기획재정부장관의 쟁점통지와 위 경정청구 거부처분 및 재산세 등의 부과처분에 불복하여 2024.3.15. 등 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 기획재정부장관의 쟁점통지는 「국세기본법」상 불복의 대상이 되는 행정처분에 해당한다.

(가) 항고소송의 대상인 ‘처분’이란 “행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용”(「행정소송법」 제2조 제1항 제1호)을 말하는바, 행정청의 행위가 항고소송의 대상이 될 수 있는지는 추상적.일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우에 관련 법령의 내용과 취지, 그 행위의 주체.내용.형식.절차, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익 사이의 실질적 관련성, 법치행정의 원리와 그 행위에 관련된 행정청이나 이해관계인의 태도 등을 고려하여 개별적으로 결정하여야 한다.

(나) 최근 판례는 공정거래위원회가 관계 행정기관의 장에게 입찰참가자격의 제한을 요청한 결정(대법원 2023.2.2. 선고 2020두48260 판결), 부당한 공동행위 자진신고자의 감면신청에 대한 감면불인정 통지(대법원 2012.9.27. 선고 2010두3541 판결) 등을 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다고 판단하였는바, 공정거래위원회로부터 입찰참가자격제한을 요청받은 관계 행정기관의 장은 특별한 사정이 없는 한 그 사업자에 대하여 입찰참가자격을 제한하는 처분을 하여야 하는 점 등을 근거로 들고 있다.

(다) 이 건의 경우, ① 조특법 시행령 제116조의10 제3항은 조세추징의 면제를 확인받으려는 자는 ‘조세추징면제여부 확인신청서’를 기획재정부장관에게 제출하도록 하여, 기획재정부장관의 확인을 조세추징면제의 요건으로 규정하고 있어 기획재정부장관의 확인을 받지 아니한 경우에는 조세추징을 면제받을 수 없도록 하고 있는 점, ② 조특법 시행령 제116조의10 제4항, 제5항은 조세추징면제 여부 확인 신청을 받고 30일 이내에 그 결과를 통지하도록 하는 한편 그 사실을 국세청장과 해당 외국인투자기업의 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장에게도 통보하도록 규정하여 기획재정부장관으로부터 통보 받은 국세청장 등은 특별한 사정이 없는 한 추징 면제 대상이 아님을 전제로 처분을 하여야 하는 점, ③ 이에 따라 납세자는 법인세 부과처분 내지 경정거부처분 등을 받을 수 있는 법률상 불이익이 존재하는 점, ④ 납세자로 하여금 법인세 부과처분 내지 경정거부처분 등에 대해서만 다툴 수 있도록 하는 것보다 조세추징면제 여부에 관한 결정의 적법성을 다툴 수 있도록 함으로써 분쟁을 조기에 근본적으로 해결하도록 하는 것이 법치행정의 원리에도 부합하는 점 등을 고려할 때 쟁점통지는 행정심판의 대상이 되는 행정처분에 해당한다.

(2) 쟁점거래는 조특법 제121조의5에서 정하고 있는 감면세액의 추징대상에 해당하지 아니한다.

(가) 조특법 제121조의5에 따른 감면세액추징 제도의 근본적인 도입취지를 고려할 때, 쟁점거래와 같이 동일 외국투자가가 지배하는 자회사 간의 지분양도거래로서 실질적인 지배력에 변동이 없고(즉, 여전히 외국투자가가 직.간접적으로 100% 지배), 외국투자가의 투자금 회수 행위가 없는 경우까지 추징사유에 해당한다고 해석하는 것은 불합리하다.

1) 청구법인의 지분은 쟁점거래 이후에도 여전히 A가 직.간접적으로 보유하면서 지배력을 행사하고 있으며(직접 지분율 30% + 100% 자회사인 B를 통한 간접 지분율 70%), 심지어 쟁점거래는 지분교환(A는 청구법인의 지분 70%를 B에 현물출자하고 B의 신주를 발행받았다) 방식으로 이루어져 A의 투자금 회수 행위도 일절 발생하지 않았다.

2) 조특법 제121조의5 제1항 제4호는 외국투자가가 지분을 제3자 내국법인에 양도하여 (감면 목적을 충분히 달성하기 전에) 한국 내 사업을 철수하고 투자금을 회수하는 경우를 상정한 규정으로 해석하는 것이 합리적이다.

3) 외국투자가(A)가 외국인투자법인(청구법인)의 주식을 동일지배 하에 있는 대한민국 내 다른 외국인투자법인(B)에 양도함에 따라 실질적인 지배구조상 변화가 없는데다가(A는 청구법인을 직.간접적으로 100% 지배), 외국인투자법인(청구법인)이 여전히 한국 내에서 관련 사업을 계속해서 영위하고 있음에도, 이 경우까지 감면세액 추징대상으로 확대해석하게 되면, 이는 감면세액 추징제도의 본래 도입 취지에 부합하지 않을 뿐더러, 더 나아가 한국 내 경영의 효율성을 도모하기 위한 동일 지배 하의 외국인투자기업 간의 지배구조 재편을 저해하는 결과로 이어지게 된다.

(나) 한편, 조특법 제121조의5 제5항 제1호에 따르면, “외국인투자기업이 합병으로 인하여 해산됨으로써 외국인투자기업의 등록이 말소된 경우”에는 감면된 세액을 추징하지 않도록 예외규정을 두고 있는바, 이는 외국인투자법인이 제3자 대한민국법인에 흡수합병되어, 합병법인의 일부 사업부로서 존재하는 경우에도 당초 감면세액을 추징하지 않는다는 것인데, 이와 달리 오히려 그룹사 내의 일부 지분 이전에 따라 경제적 실질 및 지배력 측면에서 전혀 변화가 없는 경우에 대하여 감면세액을 추징하는 것은 심각한 모순에 해당한다.

(3) 청구법인의 경우 조특법 제121조의5 제5항 제5호에 따른 ‘조세추징 면제사유’에 해당한다.

(가) 청구법인은 조특법 제121조의2 제1항 제2호에 따른 감면을 받았으나, 동시에 같은 항 제1호의 신성장동력산업기술을 수반하는 사업을 영위해 왔으므로, 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 조세추징 면제사유에 해당한다.

1) 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호에서는 “법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 신성장동력산업기술을 수반하는 사업에 투자한 외국투자가가 그 소유주식 등을 내국법인에게 양도한 경우로서 해당 기업이 … 국내에서 자체적으로 생산하는데 지장이 없다고 기획재정부장관이 확인하는 경우”에는 감면세액을 추징하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

2) 처분청은 청구법인이 조특법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 감면을 신청하여 결정받지 않았기 때문에 위 ‘조세추징 면제사유’에 해당하지 않는다는 의견이나, 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 법문언 어디에도 추징면제대상을 ‘신성장동력산업기술에 대하여 감면 신청하여 결정받은 경우’로 한정하고 있지 아니한다.

3) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문언대로 해석하여야 하고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하나, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석이 허용되며(대법원 2014.5.16. 선고 2011두13088 판결 등), 「국세기본법」 제18조 제1항에서도 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 정하고 있다.

특히, 감면요건에 해당함을 이유로 세액을 감면한 이후 이미 감면받은 받은 세액을 추징하는 경우에 있어서는 애초에 과세요건에 해당함을 이유로 조세를 부과하는 것보다 당사자의 지위에 미치는 영향이 더 크다고 할 것이므로, 함부로 과세의 형평이나 목적만을 내세워 법률의 문언의 해석 가능한 범위를 벗어난 합목적적 해석을 시도하여서는 아니된다(수원지방법원 2012.7.5. 선고 2011구합2027 판결).

유사한 맥락에서, 대법원은 구 조특법 시행령(2014.12.30. 대통령령 제25945호로 개정되기 전의 것) 제116조의2 제3항 제1호 가목의 외국인투자 감면대상을 해석함에 있어, 과세관청은 외국인투자기업이 투자받은 투자금으로 외국인투자지역 안에서 새로 투자시설을 설치하여야 하는데, 내부유보금으로 공장을 설치한 반면, 투자금은 중간배당에 사용되었으므로 감면 요건을 충족하지 못하였다고 하였으나, 대법원은 위 감면 조항이 ‘사전에 투입된 투자금으로 사업에 영위할 시설을 설치하는 경우’로 한정하여 해석할 수 없다고 판단한 바 있다(대법원 2023.6.29. 선고 2023두35272 판결).

이와 같이 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 해석에 있어, 그 범위를 모법의 규정(조특법 제121조의5 제1항에 따른 감면세액 추징 대상 및 같은 조 제5항에 따른 감면세액 추징면제 대상을 판단함에 있어서 어떤 유형의 감면을 받은 것인지에 대하여 제한하고 있지 아니함)과 달리, 「조세특례제한법」 제121조의2 제1항에서 제1호의 감면을 받은 외국투자가에 한정하여 감면세액추징이 배제되는 것으로 해석하는 것은 조세법령의 해석원칙에 부합하지 않는다.

4) 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호는 ‘신성장동력산업기술을 수반하는 사업에 투자한 외국투자가가 그 감면사업 또는 소유주식 등을 대한민국 국민ㆍ법인에게 양도한 경우’에 추징을 면제할 수 있다고 규정하고 있는데, 이는 외국투자가가 감면대상사업을 영위하는 경우로서 조세감면의 목적을 달성하였다고 인정되면 그만인 것이지, 법 문언 어디에도 ‘신성장동력산업기술을 수반하는 사업’에 대한 조세감면신청 사실을 전제로 하고 있지 않다. 즉, “그 감면사업”은 ‘신성장동력산업기술에 대한 감면(제1호)’ 또는 ‘외국인투자지역에 대한 감면(제2호)’을 받은 것인지와 무관하게, 조특법 규정에 따라 감면받은 “리튬이온 2차전지 분리막 제조업”을 의미할 뿐이다.

5) 실제 신성장동력산업기술 사업에 대규모 투자를 하였음에도 불구하고, ‘외국인투자지역에 대한 감면 신청’만을 하고, ‘신성장동력산업기술에 대한 감면 신청’을 하지 않았다는 이유만으로, 추징면제대상에 해당하지 않는다고 보는 것은 입법 취지에도 배치된다.

청구법인은 구 조특법 제121조의2 제1항 제2호의 외국인투자지역에 대한 감면 요건뿐만 아니라, “리튬이온 2차전지 분리막 제조업”을 영위하는 법인으로서 구 조특법 제121조의2 제1항 제1호의 고도기술수반사업(신성장동력산업기술)에 대한 감면 요건도 충족하였으나, 두 감면유형별 세제상 혜택에 차이가 없다는 점을 고려하여 제2호의 외국인투자지역에 대한 감면 신청을 하였을 뿐이다.

청구법인은 설립 이후 계속해서 영위해 온 사업(리튬이온 2차전지 분리막 제조업)이 조특법 제121조의2 제1항에 따른 신성장동력산업기술(구 고도기술수반사업)에 해당하는지에 대하여 기획재정부로부터 2023.8.29. 공식적으로 확인받았다.

신성장동력산업기술 사업에 대한 감면조항은 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업 등 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업에 대한 대규모 외국인 투자를 촉진함으로써 국가경제 발전에 기여하는 것을 목적으로 한다.

조특법 제121조의5 제1항에서는 외국인투자 유치의 실효성을 확보하기 위해 조세감면의 목적을 달성하기 이전에 투자자금을 회수하거나 조세감면기준에 미달하게 되는 등의 사유에 해당하게 되는 경우에는 감면세액을 추징하도록 규정하는 한편, 같은 조 제5항에서는 제1항에도 불구하고 투자가 이루어져 사업이 계속 영위되고 있거나 기술 이전이 완료되는 등 조세감면의 목적이 달성되는 경우에는 감면세액의 추징을 배제하도록 하고 있는 것이다.

청구법인은 실제로 다년간 신성장동력산업기술 사업에 대규모 투자를 하였고, 청구법인의 지분 일부가 동일한 외국투자가의 100% 자회사인 내국법인에 양도된 이후로도, 그 신성장동력산업기술 수반사업에서 생산되거나 제공되는 제품 또는 서비스를 국내에서 자체적으로 생산하는 데 지장이 없다 할 것이므로, 추징면제 대상에 해당한다고 보아야 한다.

그럼에도 불구하고, 단지 외국인투자지역에 대한 감면 신청을 하고 신성장동력산업기술 투자에 대한 감면 신청을 하지 않아 그에 따른 감면 결정을 받지 않았다는 이유만으로 추징면제 대상에 해당하지 않는다는 것은 형평성 및 입법 취지에 반한다고 볼 수 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 조세감면에 대한 변경신청을 하지 않아 조세추징을 면제할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 사업내용을 변경한 사실이 없으므로 ‘변경신청’할 이유가 없었고, 따라서 이를 이유로 조세추징 면제사유에 해당하지 않는다는 것은 타당하지 아니하다.

1) 조특법 제121조의2 제6항은 단서에서 명확히 “사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면” 변경신청을 하도록 규정하고 있는바, 문리해석상 “사업내용”의 범위 안에 “감면 법 규정”이 포함된다고 할 수 없고, 따라서 사업 자체의 변경이 필수적으로 요구된다고 보아야 한다. 그러나, 청구법인은 설립 이래 “사업내용을 변경”한 사실이 없다는 점에서 애당초 위 제6항에 따른 신청대상에 해당하지 아니하므로 이에 근거한 이 건 처분은 부당하다.

2) 처분청은 조특법 시행규칙 별지 제80호 서식에서 ‘감면 법규정’의 변경도 기재하도록 하고 있으므로 청구법인이 이에 대하여 변경신청하였어야 한다는 의견이나, 이는 사업내용이 변경됨에 따라 감면 법 규정의 변경이 필요한 경우를 상정한 것이지, 사업내용의 변경이 없음에도 불구하고 변경신청의 대상이라고 해석하는 것은 선후가 뒤바뀐 주장이다.

3) 두 감면 유형에 대해 동일한 감면기간 및 감면혜택을 부여하는 상황에서, 감면 법 규정의 변경에 대해 변경신청할 필요성이 크다고 보기도 어렵고, 사업내용의 변경 없이 감면 법 규정의 변경만을 사유로 조세감면변경 신청하는 것은 그 실질의 변화없이 행정력의 낭비만 초래하는 문제점도 존재한다.

4) 설령 조세감면내용 변경신청서를 제출할 수 있었다고 해석하더라도, 미래에 지분매각거래가 발생할 지 그 누구도 알 수 없는 상황에서, 오로지 조세감면내용 변경신청서를 제출하지 않았다는 형식적 요건의 불비만을 근거로 삼아 감면세액을 추징하는 처분은, 감면세액 추징 제도의 법취지상 불합리하다.

나. 처분청 의견

(1) 기획재정부장관의 쟁점통지는 「국세기본법」상 불복의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 아니한다.

(가) 행정심판 및 항고소송의 대상이 되는 ‘처분’은 “행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용”을 의미하는데(「행정소송법」 제2조 제1항 제1호, 「행정심판법」 제2조 제1호), 특정 처분이 상대방에게 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법적인 효과를 발생하게 하는 등으로 그 상대방의 권리의무에 직접 영향을 미치는 행위일 때 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 보아야 한다.

(나) 청구법인이 취소를 구하는 쟁점통지는 조세추징에 이르는 과정에서 이루어지는 내부적/중간적 행위로서, 이를 별도로 항고소송 내지 행정심판의 대상으로 삼아 다툴 수 있도록 하려면 ① 쟁점통지가 권리/의무에 직접 영향을 미치는 행위여야 하고, ② 분쟁을 조기에 실효적으로 해결하여야 할 필요성이 있고, ③ 다른 한편으로는 이를 처분으로 봄으로써 제소기간과 불가쟁력을 통한 법률관계의 조기확정과 행정의 원활한 수행을 보장할 필요가 인정되어야 하나, 이 건은 아래와 같은 사유로 인해 행정처분에 해당하지 아니한다.

1) 쟁점통지는 조특법 시행령 제116조의10 제4항에 따라 이루어진 것으로, 해당 규정에서는 ‘주무부장관과 협의하여 조세추징면제 여부를 확인하여 신청인에게 통지하고, 그 사실을 행정안전부장관/국세청장/관세청장 및 해당 외국인투자기업의 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장에게 통보해야 한다’는 취지로 정하고 있을 뿐, 기획재정부장관이 국세청장 등에게 조세추징면제 요건 불충족 사실을 통보한다고 하여 국세청장 등으로 하여금 해당 신청인에 대하여 즉시 조세를 추징하도록 규정하고 있지 아니하다. 즉, 법문상 국세청장 등은 독자적으로 추징 요건 충족 여부 등의 요건을 검토하여 조세추징처분을 할 것인지 여부를 결정할 수 있는 것으로 이해된다.

2) 청구법인으로서는 차후 관할 세무관서로부터 조세추징처분을 부과받게 된다면, 그 추징처분의 취소를 구하는 단계에서 쟁점통지의 하자를 다툴 수 있다.

3) 쟁점통지는 추징처분이 이루어지기 전 단계에서 외국투자가의 사후적 관리를 위하여 도입된 “확인제도”에 기초하여 이루어진 중간적인 성격의 것이다. 따라서, 쟁점통지만으로 청구법인에 대해 “직접” 어떠한 불이익이 발생하였다거나, 쟁점통지에 대하여 다툼으로써 차후에 예상되는 여러 분쟁을 조기에 근본적으로 해결할 수 있다고 보기 어렵다.

(2) 쟁점거래는 조특법 제121조의5에서 정하고 있는 감면세액의 추징사유에 해당한다.

(가) 청구법인은 외국인투자자의 실질적 지배력에 변동사항이 없으므로 추징사유에 해당하지 않는다고 주장하나, 조특법 제121조의5 제1항 제4호는 실질적 지배력을 고려한다고 규정하고 있지 아니하다.

1) 조특법 제121조의5 제1항 제4호는 주식 등의 양수자와 양도자의 지배관계에 대해서 예외적인 규정을 두고 있지 않고 단순히 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하기만 하면 감면된 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

2) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 불문하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는바(대법원 2017.9.7. 선고 2016두35083 판결), 지배력에 대한 언급이 없음에도 불구하고 청구주장대로 해석하는 것은 타당하지 아니하다.

(나) 조특법 제121조의5 제5항 제1호는 쟁점거래와는 무관한 조문이다.

청구법인은 조특법 제121조의5 제5항 제1호에 따라 외국인투자기업이 합병으로 인하여 해산됨으로써 외국인투자기업의 등록이 말소된 경우에도 추징을 면제할 수 있음을 고려해야 한다고 주장하나, 합병으로 해산하여 등록이 말소된 경우와 청구법인과 같이 외국인투자기업의 실체가 남아 있는 경우는 본질적으로 차이가 있어 비교가 곤란하다.

(3) 청구법인의 경우 조특법 제121조의5 제5항 제5호에 따른 ‘조세추징 면제사유’에 해당하지 아니한다.

(가) 청구법인은 조특법 제121조의2 제1항 제1호의 신성장동력산업기술을 수반하는 사업에 따른 조세감면을 신청하여 적용받지 아니하였으므로 같은 법 제121조의5 제5항 제5호 및 같은 법 시행령 제116조의10 제2항 제1호에 따른 조세추징 면제대상이 될 수 없다.

1) 조세감면 추징면제는 어떤 유형으로 감면된 것인지에 따라 판단하여야 한다.

청구법인은 신성장동력산업기술을 수반하는 사업을 영위하였다는 사실을 이유로 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호에 따른 조세추징면제 대상이 될 수 있다고 주장하나, 조특법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 조세감면(신성장동력산업기술에 대한 감면)과 같은 항 제2호에 따른 조세감면(외국인투자지역에 대한 감면)은 제도의 유형, 입법취지, 기준 등이 모두 다르기 때문에, 조세감면추징의 면제를 판단함에 있어서 어떤 유형의 감면을 받았는지가 중요하다.

조특법 제121조의2 제1항 제1호(신성장동력산업기술을 수반하는 사업 관련)의 감면규정은 국내 개발수준이 낮거나 개발되지 아니한 기술을 수반하는 사업과 관련한 외국인투자에 대하여 장기적으로 감면하여 기술이 이전되고 이를 통해 국제경쟁력을 강화하고 하는 데 그 입법취지가 있는데 반해, 같은 항 제2호(외국인투자지역에 입주한 외국투자가 관련)의 감면규정은 외국인투자를 촉진하고 지역 간의 균형발전을 도모하기 위한 데에 그 입법취지가 있다.

조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호는 ‘그 감면사업 또는 소유주식 등’을 대한민국 국민 또는 법인에게 양도한 경우를 전제로 추징의 면제를 규정하고 있고, 그 모법 규정인 조특법 제121조의5 제5항 제5호는 “그 밖에 조세감면의 목적을 달성하였다고 인정되는 경우”에 감면세액을 추징하지 않을 수 있다고 규정하고 있는바, 이는 감면받은 법인이 “외국인투자지역에 대한 감면”이 아닌 “신성장동력산업기술에 대한 감면”을 받고 그 조세감면의 목적을 달성하였다고 인정되는 경우에만 적용할 수 있다고 보는 것이 타당하다.

2) 청구주장과 같이 추징면제를 인정하는 때에는 해당 조세감면 관련 법령이 형해화되고, 다른 감면 유형과의 형평성에도 어긋난다.

청구주장이 인정된다면, 조특법 제121조의2 제1항 제2호의2, 제2호의8 등에 따라 경제자유구역, 새만금사업지역 등 외투지역에 입주하여 조세를 감면받은 기업이 추후 추징사유발생 시 신성장동력산업기술 사업에 투자하였음을 사후적으로 확인받아도 추징을 회피할 수 있음을 인정하는 것인데, 이는 추징사유 발생에 따라 감면세액을 추징하는 법령을 형해화할 수 있고, 당초 요건을 갖춰 “신성장동력산업기술에 대한 감면”을 결정받았던 기업과도 형평성이 어긋난다.

(나) 청구법인은 조세감면에 대한 변경신청을 할 수 있었음에도 이를 신청하지 아니하였으므로 조세추징 면제사유에 해당한다고 볼 수 없다.

1) 조특법 제121조의2 제6항 단서는 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우에 변경신청을 할 수 있도록 규정하고 있고, 조특법 시행규칙 별지 제80호 서식은 ‘감면 법 규정’(감면사유) 변경도 기재하도록 하고 있으므로, 청구법인이 변경신청의 사유가 없었다고 주장하는 것은 타당하지 아니하다.

2) 조특법 제121조의2 제6항의 감면신청 규정은 정부에 대한 단순 협력의무를 규정한 것이 아니라 외국인투자기업의 조세감면을 위한 필요적 절차규정이므로(대법원 2004.10.27. 선고 2003두12035 판결), ‘신성장동력산업기술 감면’에 대한 조특법 제121조의2 제6항의 변경신청을 하지 아니한 상태에서 ‘신성장동력산업기술에 대한 감면’ 관련 감면세액 추징면제 규정인 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호를 적용받는 것은 가능하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점통지(기획재정부장관의 ‘조세추징 면제사유 미해당 확인통지’)가 심판청구의 대상이 되는 처분에 해당하는지 여부

② 쟁점거래는 조특법 제121조의5 제1항 제4호의 외국인투자에 대한 감면세액 추징사유에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

③ 쟁점거래에도 불구하고 청구법인의 경우 조특법 제121조의5 제5항 제5호 및 같은 법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 ‘조세추징 면제사유’에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제121조의2(외국인투자에 대한 조세 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(「지방세법」 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.

1. 국내산업구조의 고도화와 국제경쟁력 강화에 긴요한 신성장동력산업에 속하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기술을 수반하는 사업

2. 「외국인투자촉진법」 제18조 제1항 제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 같은 법 제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업(각 목 생략)

2의2. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

2의3. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3 제1항 및 제2항에 따른 개발사업시행자에 해당하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

2의4. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제162조에 따라 지정되는 제주투자진흥지구의 개발사업시행자에 해당하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

2의5. 「외국인투자촉진법」 제18조 제1항 제1호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

2의6. 「기업도시개발 특별법」 제2조제2호에 따른 기업도시개발구역(이하 “기업도시개발구역”이라 한다)에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

2의7. 「기업도시개발 특별법」 제10조제1항에 따라 기업도시 개발사업의 시행자(이하 “기업도시개발사업시행자”라 한다)로 지정된 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 같은 법 제2조 제3호에 따른 기업도시개발사업

2의8. 「새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법」 제2조에 따라 지정되는 새만금사업지역(이하 이 장에서 “새만금사업지역”이라 한다)에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

2의9. 「새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법」 제8조 제1항에 따른 사업시행자에 해당하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

② 2018년 12월 31일까지 제6항에 따른 조세감면신청을 한 외국인투자기업에 대해서는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득(제1항 제1호에 따른 감면대상 사업의 경우 대통령령으로 정하는 소득)에 대하여 다음 각 호의 구분에 따른 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상이 되는 세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

1. 제1항 제1호 및 제2호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득 : 다음 각 목의 구분에 따른 세액

가. 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 세액(이하 이 항, 제12항 제1호ㆍ제2호 및 제121조의4 제4항에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액

나. 가목의 기간 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액

2. 제1항 제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득 : 다음 각 목의 구분에 따른 세액

다. 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 감면대상세액의 전액

라. 가목의 기간 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액

⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항, 제12항 및 「지방세특례제한법」 제78조의3에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.

⑦ 외국인(「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제1호에 따른 외국인을 말한다) 또는 외국인투자기업은 「외국인투자 촉진법」 제2조 제1항제4호 가목 1)에 따른 외국인투자를 하기 위하여 같은 법 제5조 제1항에 따라 신고를 하기 전에 하려는 사업이 제1항에 따른 감면대상에 해당하는지 확인하여 줄 것을 기획재정부장관에게 신청할 수 있다.

⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 관계 중앙관서의 장(제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에 따른 취득세 및 재산세의 감면의 경우에는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장을 말한다)과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제1항 제1호에 따른 감면에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당 여부를 결정할 수 있다.

제121조의5(외국인투자에 대한 감면세액의 추징 등) ① 제121조의2 제2항 및 제12항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받은 외국인투자기업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

4. 외국투자가가 이 법에 따라 소유하는 주식등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우

③ 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의2 제4항ㆍ제5항 및 제12항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 이 경우 제1호에 해당하는 경우에는 그 미달된 비율에 상응하는 금액에 해당하는 세액을 추징한다.

2. 제121조의2 제4항 및 제12항에 따라 조세가 감면된 후 외국투자가가 이 법에 따라 소유하는 주식등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면된 세액을 추징하지 아니할 수 있다.

1. 외국인투자기업이 합병으로 인하여 해산됨으로써 외국인투자기업의 등록이 말소된 경우

5. 그 밖에 조세감면의 목적을 달성하였다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 조세특례제한법 시행령

제116조의2(조세감면의 기준등) ① 법 제121조의2 제1항 제1호에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어야 한다.

1. 제2항의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류에 따른 제조업 외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영할 것

2. 외국인투자금액이 신성장동력산업의 특성 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 금액 이상일 것

② 법 제121조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 기술”이란 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술 및 이와 직접 관련된 소재, 생산공정 등에 관한 기술로서 기획재정부령으로 정하는 기술(이하 이 장에서 “신성장동력산업기술”이라 한다)을 말한다.

③ 법 제121조의2 제1항 제2호에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 「외국인투자촉진법」 제18조 제1항 제2호에 따른 외국인투자지역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우

가. 제조업

제116조의3(법인세등의 감면결정) ⑥ 기획재정부장관은 제1항 또는 제4항에 따라 조세감면 또는 조세감면내용의 변경을 결정한 때에는 그 사실을 행정안전부장관ㆍ국세청장ㆍ관세청장 및 해당 공장시설을 관할하는 지방자치단체의 장에게 통보해야 한다.

제116조의10(조세추징의 면제) ① 법 제121조의5 제5항에 따라 법 제121조의5 제5항 제1호 또는 제3호부터 제5호까지에 해당되는 경우에는 같은 조 제1항부터 제3항까지에 규정된 조세의 추징을 하지 아니하며, 법 제121조의5 제5항 제2호에 해당되는 경우에는 같은 조 제2항에 규정된 조세의 추징을 하지 아니한다.

② 법 제121조의5 제5항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 신성장동력산업기술을 수반하는 사업에 투자한 외국투자가가 그 감면사업 또는 소유주식등을 대한민국국민 또는 대한민국법인에게 양도한 경우로서 해당 기업이 그 신성장동력산업기술을 수반하는 사업에서 생산되거나 제공되는 제품 또는 서비스를 국내에서 자체적으로 생산하는 데 지장이 없다고 기획재정부장관이 확인하는 경우

2.～7. (생략)

③ 제2항 제1호, 제2호 및 제7호에 따른 확인을 받으려는 자는 감면사업 또는 주식 및 지분의 양도일부터 2개월 이내에 조세추징 면제사유를 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 조세추징면제여부 확인신청서를 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.

④ 기획재정부장관은 제3항에 따른 조세추징면제여부 확인신청서를 제출받은 때에는 주무부장관과 협의하여 조세추징면제여부를 확인하고 신청서를 제출받은 날부터 30일 이내에 그 결과를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 부득이한 사정이 있을 때에는 30일의 범위에서 그 처리기간을 연장할 수 있으며, 이 경우 그 사유와 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.

⑤ 기획재정부장관은 제4항에 따라 조세추징면제여부를 확인한 때에는 그 사실을 행정안전부장관ㆍ국세청장ㆍ관세청장 및 해당 외국인투자기업의 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장에게 통보해야 한다.

(3) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 기획재정부장관의 조세감면결정통보서에 의하면, 청구법인은 2008.12.30. 조특법 제121조의2 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제116조의2 제3항에 따라 외국인투자에 대한 조세감면 결정을 받았고, 이후 2018.1.22.자 유상증자분에 대한 조세감면 결정까지 총 6건의 조세감면 결정을 받은 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2023년 8월경 기획재정부장관에게 청구법인이 영위하는 ‘리튬이차전지 분리막 기술’이 조특법상 감면대상인 신성장동력산업에 해당하는지에 대하여 ‘감면대상 사전확인 신청’을 하였고, 기획재정부장관은 2023.8.29 조특법 제121조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제116조의2 제2항에 따른 ‘신성장동력산업기술을 수반하는 사업’에 해당한다고 통보하였다(대외경제총괄과-2093).

(다) 청구법인 및 B의 감사보고서에 의하면, 일본국법인 A는 청구법인과 B의 주식을 각각 100% 보유하고 있었으나, 2023.7.31. 청구법인의 발행주식 70%를 대한민국 내 또다른 100% 자회사인 B에 양도한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 2023년 9월경 기획재정부장관에게 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 추징면제사유에 해당하는지에 대하여 확인신청을 하였고, 기획재정부장관은 2023.12.20. 아래와 같이 조세추징 면제사유에 해당되지 않는다고 통보하였다(대외경제총괄과-3190).

＜조세추징 면제사유 미해당 통보 공문 및 조세추징 면제여부 확인서＞

제목 : 조세추징 면제사유 미해당 통보

1. 귀 사는 2008.12.23. 조세감면결정을 받은 후 국세 및 지방세를 감면받았으나 2023.7.31. 외국투자가인 A가 귀 사의 지분 70%를 대한민국 법인 B 주식회사에 양도함에 따라 조세특례제한법 제121조의5 제1항 제4호, 제2항 제3호, 제3항 제2호에 의한 조세추징 사유가 발생하였습니다.

2. 이와 관련하여 귀 사가 동 법 시행령 제116조의10 제3항에 의거 ’23년 9월 우리 부에 제출한 조세추징면제여부 확인신청에 대하여 동 시행령 제116조의10 제4항에 따라 관계부처와 협의를 거친 결과, 동 법 제121조의5 제5항 제5호 및 동 시행령 제116조의10 제2항 제1호에 의한 조세추징 면제사유에 해당하지 않음을 붙임과 같이 확인하고 이를 통보합니다.

붙임 : 조세추징 면제여부 확인서 1부

【조세추징 면제여부 확인서】

3. 조세추징 면제사유 미해당 근거

조세추징 면제여부 검토

조세추징 면제기준 충족 여부

ㅇ 당초 신성장동력산업기술 수반사업으로 조세감면을 받아 그 감면목적을 달성했던 경우에만 조세추징 면제규정을 적용하는 것이 타당

- 신청법인은 신성장동력산업기술 수반사업이 아닌 외투지역 입주기업으로서 조세감면결정을 받았기 때문에 적용되는 조세감면의 유형.목적.조건이 다르며,

- 주식양도로 인하여 발생한 추징금 일체는 조특법 제121조의2 제1항 제1호 ‘신성장동력산업기술’ 수반사업으로서 감면받은 세액이 아님

ㅇ 아울러, 조세특례제한법 제121조의2 제6항에 의거 ‘조세감면 내용변경’을 통해 감면유형 변경이 가능하나, 신청법인은 감면유형을 변경하지 않음

- 신성장동력산업기술 수반사업을 영위하였다는 이유로 사후적으로 추징면제를 인정해준다면 법령이 형해화 될 수 있음

조세특례제한법 제121조의5 제5항 제5호 및 동법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 기준을 충족하지 않음

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 행정청의 어떤 행위가 항고소송의 대상이 될 수 있는지의 문제는 추상적.일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우 행정처분은 행정청이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위라는 점을 염두에 두고, 관련 법령의 내용과 취지, 그 행위의 주체·내용·형식·절차, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익과의 실질적 견련성, 그리고 법치행정의 원리와 당해 행위에 관련한 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정하여야 한다(대법원 2010.11.18. 선고 2008두167 판결, 같은 뜻임).

청구법인은 조특법 제121조의5 제5항 및 같은 법 시행령 제116조의10 제2항 제1호에서 ‘기획재정부장관의 조세추징면제여부 확인’을 받도록 정하고 있고, 기획재정부장관이 그 결정내용을 국세청장 등에게 통보하도록 규정하고 있으며, 그에 따라 부과처분 등의 불이익 예상되는 점 등을 고려할 때 쟁점통지가 불복의 대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점통지가 있다고 하여 곧바로 청구법인의 법률상 지위에 변동을 가져온다고 볼 수 없고, 집행기관이 쟁점통지의 내용에 구속되어 반드시 그 내용대로 처분하여야 할 법률상의 의무가 발생한다고 단정하기도 어려운 점, 집행기관은 쟁점통지의 유무 등에 관계 없이 감면세액을 추징할 수 있어 보이고 납세자는 집행기관의 부과처분 또는 경정청구 거부처분이 있는 때에 이를 대상으로 하여 불복을 제기할 수 있는 점 등에 비추어 쟁점통지는 불복의 대상이 되는 처분으로 보기 어려우므로 이에 대한 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 조특법 제121조의5 제1항 제4호 및 제3항 제2호에서 외국투자가가 조특법에 따라 소유하는 주식 등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우에는 감면받은 세액을 납부하여야 한다고 규정하고 있다.

청구법인은 모회사(일본국법인)가 청구법인의 발행주식을 또다른 100% 자회사에 양도(현물출자)하였으므로 청구법인에 대한 외국투자가의 실질적 지배력에 차이가 없으므로 추징대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 법령에서는 ‘외국투자가가 소유주식 등을 내국법인 등에 양도한 경우’를 추징대상으로 규정하고 있고 이는 외국투자자본의 이탈을 고려한 것으로 보이며, 청구법인의 주장처럼 자회사를 통한 간접적인 주식보유현황이나 기타 실질적 지배력의 유무까지 고려하고 있다고 보기는 어려운 점, 쟁점거래의 결과 청구법인에 대한 외국인투자비율이 감소되었고 이는 외국인투자에 대한 조세감면의 목적에 반한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점거래가 조세추징대상에 해당하지 않는다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 조특법 제121조의5 제5항 제5호 및 같은 법 시행령 제116조의10 제2항 제1호에 의하면, 조특법 제121조의5 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 “조세감면의 목적을 달성하였다고 인정되는 경우로서, 조특법 제121조의 제1항 제1호에 따라 신성장동력산업기술을 수반하는 사업에 투자한 외국투자가가 그 감면사업 또는 소유주식 등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에게 양도한 경우로서 해당 기업이 그 성장동력산업기술을 수반하는 사업에서 생산되거나 제공되는 제품 또는 서비스를 국내에서 자체적으로 생산하는데 지장이 없다고 기획재정부장관이 확인하는 경우에는 감면된 세액을 추징하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인바(대법원 2002.7.26. 선고 2000두4378 판결 외 다수, 같은 뜻임), 조특법령에서 외국인투자에 대한 감면제도는 일반적으로 각 유형별로 적용기준, 적용혜택 등을 달리 정하고 있는 것을 감안할 때 조특법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 조세추징 면제대상은 조특법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 감면을 적용받은 외국투자가로 한정하여 해석함이 자연스러워 보이는 점, 조특법에서 정하고 있는 외국인투자기업의 감면신청규정은 단순한 협력의무를 규정한 것이 아니라 외국인투자기업의 감면을 위한 필요적 절차규정이어서 감면신청을 하기 이전의 기간에 대한 감면은 허용될 수 없고(대법원 2004.10.27. 선고 2003두12035 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 이 건과 관련하여 조특법 제121조의2 제1항 제2호의 감면을 신청하여 적용받았을 뿐, 같은 항 제1호의 감면은 신청한 사실이 없는 점 등에 비추어 조특법 제121조의5 제5항 제5호 및 같은 법 시행령 제116조의10 제2항 제1호의 조세추징 면제대상에 해당하지 않는다고 보아 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 처분 등은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 청구세액

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