이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1996.7.1. 설립되어 “A”라는 등산전문브랜드로 등산화, 등산의류 등을 제조·판매하는 자기자본 OOO원을 초과하는 영리법인으로, 2017사업연도는 각 소득 중 「법인세법」제52조 제2항에 따라 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 미환류소득에 100분의 10을 곱하여 세액을 산출, 2018사업연도부터 2021사업연도의 경우 각 사업연도의 소득 중 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제100조의32 제2항에 따라 임금 등으로 환류하지 아니한 미환류소득에 100분의 20을 곱하여 세액을 산출하여 아래 ＜표1＞과 같이 2017사업연도부터 2021사업연도까지의 각 미환류소득에 대한 법인세로 납부하였고,

＜표1＞ 각 사업연도의 미환류소득 법인세 납부액

나. 이후 청구법인은 근로자 중 ① 전기에 퇴사한 근로자는 제외하고, ② 당기에 퇴사한 근로자는 당해 사업연도와 직전 사업연도의 각 임금지급 월수가 서로 동일하지 아니한바, 전기의 임금지급 월수를 조정하여 ‘임금증가금액’을 재산정하여야 한다고 주장하며 각 사업연도의 미환류소득에 대한 법인세를 잘못 납부하였다 하여 2023.1.30. 처분청에 아래 ＜표2＞와 같이 2017사업연도부터 2021사업연도까지의 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고,

처분청은 청구법인의 경정청구 중 직전 사업연도에 퇴사한 근로자(이하 “직전 사업연도 퇴직자”라 한다)는 ‘임금증가금액’ 산정 시 제외되어야 한다는 청구를 인정하여 환급하였으나, 당해 사업연도에 퇴사한 근로자(이하 “당해 사업연도 퇴직자”라 한다)의 ‘임금증가금액’ 산정 시 사업연도 사이의 월수 조정이 필요하다는 내용의 청구에 대해서는 2023.3.31. 아래와 같이 경정을 거부하였다.

＜표2＞ 청구법인의 경정청구 및 처분청의 경정현황

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 기업소득 환류세제 관련 법령의 문언상, 미환류소득 산정과정에서 당해 사업연도 퇴직자의 ‘임금증가금액’은 당해 사업연도에 근로를 제공한 월수를 기준으로 직전 사업연도의 월수를 조정하는 방식에 의하여 계산되어야 하므로, 이를 간과하고 이루어진 이 건 처분은 위법하다.

(가) 기업소득 환류세제 하에, 구「법인세법」은 내국법인의 각 사업연도 소득의 일부에서 일정한 ‘임금증가금액’, 투자 합계액, 배당 합계액 등을 공제함으로써 미환류소득을 산정하고, 이에 대해 법인세를 부과하도록 정하고 있는데, 법령상 ‘임금증가금액’은 ‘상시근로자’의 해당 사업연도 근로소득의 합계액으로서 ‘직전 사업연도 대비 증가한 금액’을 의미한다. 다시 말해, 직전 사업연도와 비교하여 당해 사업연도에 근로소득 합계액이 얼마나 증가하였는지에 따라 ‘임금증가금액’이 산정되어야 하는데, 당해 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도와 당해 사업연도에 근로제공 월수가 동일하지 아니하므로(특별한 사정이 없는 이상 직전 사업연도의 근로제공 월수가 당해 사업연도의 근로제공 월수보다 언제나 많게 된다), 비교결과가 왜곡되지 않도록 비교가능성을 확보하는 차원에서 각 사업연도의 월수를 동일하게 조정한 상태에서 근로소득 합계액을 비교하여야 할 것이다.

(나) 국세청도 마찬가지로, ‘임금증가금액’ 산정 시 당해 사업연도와 직전 사업연도의 비교가능성 확보의 취지에서 사업연도 변경으로 인하여 당해 사업연도와 직전 사업연도의 월수가 달라진 경우, 당해 사업연도의 근로소득 합계액과 직전 사업연도의 근로소득 합계액을 단순 비교하는 것이 아니라, 당해 사업연도 근로소득 합계액과 당해 사업연도의 월수에 맞추어 조정된 직전 사업연도 근로소득 합계액[(직전 사업연도 근로소득 합계액 ÷ 직전사업연도 월수) × 당해 사업연도 월수]을 비교함으로써, 비교대상 사업연도의 월수를 동일하게 조정해야 한다고 판단한 바 있다(사전-2016-법령해석법인-0578, 2017.1.17.). 동일한 문제의식에서, 조특법상 ‘전기 대비 당기에 증가한 금액’ 산정이 필요한데 그 산정방식을 법령에서 구체적으로 정하고 있지 아니한 경우에도, 유권해석으로써 ‘당기와 전기의 비교가능성’을 확보하는 방식에 의하도록 하고 있다. 예컨대, 조특법 제10조는 일정한 연구.인력개발비에 대한 세액공제 관련하여 ‘전기 대비 당기에 증가한 금액‘을 공제대상으로 정하면서 비교.산정방식을 구체적으로 규정하고 있지 아니하고 유권해석을 통하여 그 방식을 구체화하고 있는데, 직전 과세연도 대비 연구.인력개발비 증가액을 계산함에 있어서 비교가능성 확보 차원에서 직전 과세연도의 개월 수를 해당 과세연도의 개월 수로 환산하는 월수 조정 방식에 의하도록 하는 것이 국세청의 입장이다(기준-2019법령해석법인-0652, 2020.2.3. 참조).

(다) 당해 사업연도에 퇴직함으로 인하여 당해 사업연도와 직전 사업연도의 월수가 달라진 경우 ‘임금증가금액’ 산정 시, 위 국세청 유권해석처럼 당해 사업연도의 월수를 기준으로 직전 사업연도의 월수를 조정하는 방식에 의하는 것이, 실제 발생한 소득을 근로제공 시간에 따라 조정하는 것에 불과하여 더 합리적이다. 정리하면, 법인세 과세대상인 미환류소득 산정 시 고려되는 ‘임금증가금액’을 계산하는 과정에서, 당해 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도와 당해 사업연도에 각 근로를 제공한 월수가 동일하지 아니하므로, 비교결과를 왜곡하지 아니하고 비교가능성을 확보하기 위한 차원에서 당해 사업연도의 근로제공월수를 기준으로 직전 사업연도의 근로제공월수를 조정하는 방식으로 근로소득 증가액을 반영하는 것이 타당하다.

(2) (예비적 청구) 당해 사업연도 퇴직자는 미환류소득 산정과정에서 ‘임금증가금액’ 계산 시 고려되는 대상근로자의 범위에 포함되지 않는다고 해석하여 당해 사업연도 퇴직자에게 지급한 임금은 임금증가액에서 제외하여 산정하는 것이 타당하다.

(가) 관련 법령상 ‘임금증가금액’은 임원 등 일정한 자를 제외하고 ‘「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자’인 ‘상시근로자’의 해당사업연도 근로소득의 합계액으로서 ‘직전 사업연도 대비 증가한 금액’을 의미하는바, 과거 ‘근로계약’을 체결한 사실은 인정되더라도 퇴직함으로써 근로를 더 이상 제공하지 아니하는 당해 사업연도 퇴직자의 경우에는 「근로기준법」상의 ‘근로자’에 해당한다고 보기 어렵다. 더욱이, (1) 각 사업연도 종료일 기준 미환류소득을 대상으로 하여 법인세 납세의무가 발생하고 (2) ‘상시근로자’ 수가 각 사업연도의 월말을 기준으로 하여 산정된다는 점을 고려하더라도, 각 사업연도의 월말 내지 각 사업연도 말일 현재 근로계약이 유지되고 있지 않는 퇴직자는 ‘상시근로자’에 포함되지 않는 것으로 해석하여야 한다.

(나) 나아가, 2014.12.23.자 「법인세법」개정으로 마련된 ‘기업소득 환류세제’는 세계경제 회복세의 둔화, 내수부진 등으로 경제 여건이 좋지 않은 상황에서 ‘경제 활성화’ 등을 목적으로 도입되었고, 기업소득과 가계소득 간의 ‘선순환’을 유도하기 위하여 도입된 것이라는 점을 고려하면, ‘임금증가금액’ 산정 과정에서 고려되는 대상 근로자는 (1) 당해 사업연도의 기업소득 발생에 온전히 기여한 근로자로서 (2) 계속기업의 전제 하에 해당 기업의 이윤창출에 계속적으로 기여할 수 있는 근로자로 한정되어야 할 것인바, 당해 사업연도 퇴직자는 위 (1) 및 (2)의 요건을 모두 충족하지 못하여 고려될 수 없다.

(다) 과세당국은 ‘직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 사업연도와 직전 사업연도의 임금총액에서 모두 제외하는 것임’이라고 판단하여(기획재정부 법인세제과-349, 2022.8.31.), 직전 사업연도 퇴직자는 ‘상시근로자’에 해당하지 아니함을 전제로 그의 근로소득이 ‘임금증가금액’ 산정 시 고려되어서는 안 된다는 해석을 분명히 한바 있는데, 위 에서 말씀드린 관련 법령의 문언 및 입법취지에 비추어 보면, 직전 사업연도 퇴직자에 대하여만 위와 같은 해석이 적용될 수 있다고 보기는 어렵다.

(라) 결국, 관련 법령의 문언과 입법취지, 관련 행정 해석 등을 종합하면, 당해 사업연도 퇴직자는 ‘임금증가금액’ 계산 시 고려되는 ‘상시근로자’의 범위에 포함되지 않는다고 해석함이 타당하므로 당해 사업연도 퇴직자에 지급한 임금금액은 제외하여 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 당해 사업연도에 퇴직한 근로자의 직전연도 임금을 당해 사업연도 근무월수로 환산하여 임금증가금액을 계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 다음과 같은 사유로 타당하지 않다.

(가) 미환류소득 법인세 산정시 차감하는 임금증가금액은 조특법 시행령 제100조의32 제9항과 같이 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 기업소득이 기업 내 유보되지 않고 사회에 환류될 수 있도록 하기 위한 미환류소득세제의 도입 취지상, 직전 사업연도 대비 증가한 금액의 의미는 당해 사업연도에 지급한 근로소득의 합계액과 직전 사업연도에 지급한 근로소득의 합계액을 비교하여 증가한 금액을 의미하는 것이지, 퇴직자 개개인의 임금증가금액을 환산한 월수로 비교 산정하는 것이 아니다.

(나) 청구법인은 당해 사업연도 퇴직자의 직전 사업연도의 임금에 대한 월수 조정을 해야한다고 주장하나, 그러한 경우 당해 사업연도 임금증가금액을 산정함에 있어 직전 사업연도와 당해 사업연도의 근무 월수가 같지 않은 모든 상시 근로자의 임금을 환산조정을 해야 할 것이고,

청구법인의 논리대로라면 아래 예시한 ＜표3＞과 같이 월 급여는 직전 사업연도 대비 OOO원이 증가했고, 당해 사업연도 퇴사자와 신규 입사자가 모두 있어 실질 근로자수는 동일한 경우에도 실제 발생한 임금증가는 OOO원이나 OOO원의 임금이 증가된 것으로 계산되는 등 해당 기업의 임금총액의 실질적인 증가가 없음에도 전년 대비 임금증가금액이 과도하게 산정되어 기업소득의 사회 환류라는 입법취지에 부합하지 않게 되므로 처분청의 논리와 같이 임금증가금액은 아래 ＜표4＞와 같이 산정하는 것이 타당하다.

＜표3＞ 청구법인 주장 임금증가금액 계산(예시)

＜표4＞ 실제 임금증가금액 계산(예시)

(다) 청구법인이 제시한 예규(사전-2016-법령해석법인-0578, 2017.1.17.)는 내국법인의 사업연도가 변경됨에 따라 직전 사업연도(6개월)와 당해 사업연도(12개월)의 월수가 상이하여 미환류소득 계산시 적정한 임금증가금액을 구하기 위해 근로소득 합계액을 월수로 조정한 것으로, 퇴직자 인별로 퇴직일이 속하는 해당연도의 월수로 직전연도 근무월수를 환산하여 임금증가금액을 산정해야 한다는 청구법인의 주장과는 사실관계가 전혀 달라 위 예규를 적용할 여지가 없다.

(라) 기업소득환류세제는 기업의 소득이 투자.임금 등을 통해 가계의 소득으로 흘러들어가는 선순환 구조를 유도하기 위한 것으로, 기업소득에서 공제하는 임금총액 계산 시 근로자의 인별로 직전연도 대비 임금 증가액이 아닌 기업소득환류세제를 적용받는 해당 기업이 직전 연도와 비교하여 당해 연도에 상시 근로자에게 지급한 임금을 기준으로 그 증가액을 구하는 것이 제도의 취지에 부합한다.

(2) 당해 사업연도 퇴직자는 미환류소득 산정 시 ‘임금증가금액’이 계산되는 상시 근로자에 해당한다.

(가) 청구법인은 기업소득 환류세제의 입법 취지 등으로 볼 때 당해 사업연도 퇴직자는 퇴직한 사업연도부터 상시 근로자에 해당하지 않는다고 주장하나, 미환류소득 계산 시 상시근로자 판단에 대한 준용 규정인 조특법 시행령 제100조의32 제8항 및 제26조의4 제2항을 보면, ‘대통령령으로 정하는 상시 근로자’란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외(임원, 근로계약 기간이 1년 미만인 근로자 등)한 자를 말하는 것으로서, 근로계약을 체결한 근로자 중 각 호(임원, 단기근로계약, 친족 여부 등)에 해당하지 아니한 자를 상시근로자로 인정하고 있다.

(나) 기획재정부(법인세제과-312, 2016.3.30.)는 ‘기업의 미환류소득에 대한 법인세’ 계산방법으로 ‘13. 퇴직직원이 발생하게 되는 경우,「법인세법 시행령」제93조 제9항의 “근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”은 퇴직 직원의 퇴직 사업연도 중 발생한 근로소득은 근로소득 합계액 산정 시 포함하는 것임’으로 회신하여 미환류소득 산정시 퇴직 직원이 퇴직한 당해 사업연도의 상시근로자에 포함되는 것으로 명확히 해석하고 있고, 국세청은 ‘상시근로자의 해당 사업연도 임금증가금액을 산정함에 있어 해당 사업연도에 퇴직한 상시근로자의 퇴직월 임금(퇴직월의 1일부터 퇴직일까지의 임금을 말함)은 임금지급액에 포함하는 것(서면-2023-법규법인-0390, 2023.4.3.)’으로 회신하여 미환류소득 계산 시 당해 사업연도 퇴직자의 임금을 포함하는 것임을 지속적으로 표명하고 있다.

(다) 청구법인은 ‘상시근로자’의 범위를 각 사업연도 월말 내지 각 사업연도 말일을 기준으로 근로계약이 계속 유지되고 있는 경우로 보아야 하므로 당해 연도 퇴직자는 상시근로자가 아니라고 주장하나, 미환류소득 산정시 공제되는 ‘임금증가금액’은 상시근로자의 해당 사업연도 근로소득의 합계액으로서 ‘직전 사업연도 대비 증가한 금액’이고, 해당 사업연도 근로소득 합계액은 해당 사업연도 시작일부터 종료일까지의 대상근로자의 근로소득 합계액을 의미하므로 해당 사업연도 중 퇴직한 직원의 근로소득을 포함하는 것이 타당하며,

청구법인이 주장의 근거로 제시한 (기획재정부 법인세제과-349, 2022.8.31.)은 직전 사업연도 퇴직자는 ‘당해 사업연도 기준’ 상시근로자가 아니므로 ‘당해 사업연도 임금증가금액 산정 시’ 직전 사업연도 임금지급액에서 제외한다는 의미인데, 청구법인은 이를 당해 사업연도 퇴직자 또한 당해 사업연도의 상시근로자에 해당하지 않는다고 확장하여 해석하였다.

(라) 또한 신규입사자가 있는 경우 직전 사업연도의 임금이 존재하지 않더라도 당해 사업연도 임금증가금액 계산 시 신규 입사자의 임금을 포함해 계산하고 있으므로, 당해 사업연도 퇴사자에 대해서도 직전 사업연도와 비교한 당해 사업연도의 임금증가금액을 온전히 반영해야 하고, 청구법인의 주장대로 당해 사업연도 퇴직자의 임금을 제외하면 임금증가금액이 과다하게 계산되어 미환류소득세의 도입 취지에 반하는 결과가 초래되는바, 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적) 미환류소득 산정시 당해 사업연도 퇴직자의 ‘임금증가금액’은 당해 사업연도 근로제공 월수를 기준으로 직전 사업연도 월수를 조정하여 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적) 미환류소득 산정 시 당해 사업연도 퇴직자는 ‘임금증가금액’이 계산되는 상시 근로자의 범위에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

[2017사업연도 귀속분]

(1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것)

제56조(기업의 미환류소득에 대한 법인세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호가목부터 라목까지의 규정에 따른 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나의 방법을 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 해당 사업연도(2017년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60에서 100분의 80 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액

나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액에 다음의 계산 방법으로 산출된 금액을 합계한 금액

1) 해당 사업연도 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 해당 사업연도의 상시근로자에 대한 임금증가금액에 100분의 50을 곱한 금액

2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년 상시 근로자(이하 이 조에서 "청년상시근로자"라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년상시근로자 수보다 증가한 경우에는 해당 사업연도의 청년상시근로자에 대한 임금증가금액에 100분의 50을 곱한 금액

⑨ 제1항부터 제8항까지를 적용할 때에 투자 합계액, 임금증가금액, 상시근로자 수 또는 청년상시근로자 수의 계산방법 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)

제93조 (기업의 미환류소득에 대한 법인세) ⑧ 법 제56조 제2항 제1호 나목 1)·2) 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 상시근로자"란 「조세특례제한법 시행령」 제26조의4 제2항에 따른 상시근로자를 말한다.

⑨ 법 제56조 제2항 제1호 나목에 따른 임금증가금액은 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득(제19조 제16호에 따라 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액 또는 금품으로서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 포함하며, 해당 법인이 손금으로 산입한 금액에 한정한다)의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다.

⑩ 제8항에 따른 상시근로자 수의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제26조의4 제3항을 준용한다.

⑪ 법 제56조 제2항 제1호 나목 2)에서 "대통령령으로 정하는 청년 상시 근로자"란 「조세특례제한법 시행령」 제27조의4 제2항에 따른 청년 상시근로자를 말한다.

⑫ 제11항에 따른 청년 상시근로자 수의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제27조의4 제5항 제1호 나목을 준용한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)

제26조의 4(근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ② 법 제29조의4 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 상시 근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)를 말한다.

1. 「법인세법 시행령」 제20조 제1항 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 임원

2. 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 금액이 1억2천만원 이상인 근로자

3. 기획재정부령으로 정하는 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 친족관계인 근로자

4. 「소득세법 시행령」 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하는 근로자

5. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(다만, 근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)

6. 「근로기준법」 제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자

[2019·2021사업연도 귀속분]

(4) 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것)

제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다.

가. 대통령령으로 정하는 중소기업

나. 대통령령으로 정하는 비영리법인

다. 제104조의31 제1항 및 「법인세법」 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 “미환류소득”이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 “초과환류액”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 “기업소득”이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액

나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액

1) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우

가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우: 상시근로자 임금증가금액

나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우: 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액

2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서 “청년정규직근로자”라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우: 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액

3) 해당 사업연도에 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서 “정규직 전환 근로자”라 한다)가 있는 경우: 정규직 전환 근로자(청년정규직근로자는 제외한다)에 대한 임금증가금액

2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법

(5) 조세특례제한법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것)

제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ⑧ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 상시근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 자는 제외한다.

1. 제26조의4 제2항 제1호 및 제3호부터 제6호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자

2. 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 금액이 8천만원 이상인 근로자. 다만, 해당 과세연도의 근로제공기간이 1년 미만인 근로자의 경우에는 해당 근로자의 근로소득의 금액을 해당 과세연도 근무제공월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 기준으로 판단한다.

⑨ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에 따른 임금증가금액은 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득(「법인세법 시행령」 제19조 제16호에 따른 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액 또는 금품으로서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 포함하며, 해당 법인이 손금으로 산입한 금액에 한정한다)의 합계액(이하 이 조에서 “임금지급액”이라 한다)으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다.

⑩ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1) 나)에 따른 기존 상시근로자 임금증가금액과 신규 상시근로자 임금증가금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 제2호에 따라 계산한 금액은 해당 연도 상시근로자 임금증가금액을 한도로 한다.

1. 기존 상시근로자 임금증가금액: 해당 연도 상시근로자 임금증가금액에서 제2호에 따라 계산한 금액을 뺀 금액

2. 신규 상시근로자 임금증가금액: (해당 연도 상시근로자 수 - 직전 연도 상시근로자 수) × 해당 연도에 최초로 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 상시근로자(근로계약을 갱신하는 경우는 제외한다)에 대한 기획재정부령으로 정하는 임금지급액의 평균액

⑪ 제8항 및 제10항에 따른 상시근로자 수의 계산은 제26조의4 제3항을 준용한다.

⑫ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 2)에서 “대통령령으로 정하는 청년정규직근로자”란 제26조의5 제3항에 따른 청년 정규직 근로자를 말한다. 이 경우 청년 정규직 근로자 수의 계산은 제26조의5 제8항 제1호를 준용한다.

⑬ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 3)에서 “근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자”란 제26조의4 제13항에 따른 정규직 전환 근로자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 기업소득환류세제 개요와 청구법인의 현황은 아래와 같다.

(가) 기업 소득의 일정액을 투자.임금증가.배당 등에 사용하지 않는 경우 법인세를 과세하는 기업소득환류세제는 2015년 「법인세법」상 신설되어 2017년 일몰 종료되면서, 조특법으로 이관하여 ‘투자.상생협력촉진세제’로 신설되었다.

(나) 청구법인은 1996.7.1. 설립되어 “A”라는 등산전문브랜드로 등산화, 등산의류, 등산용품 등을 제조 및 판매하는 자기자본이 OOO원을 초과하는 일반 영리법인으로 미환류소득에 대한 법인세, 조특법상 투자·상생협력촉진세 적용대상에 해당한다.

(다) 기업소득에서 공제하는 임금증가금액은 임원, 고액연봉자, 최대주주 및 그 친족 등을 제외한 직원의 전년대비 근로소득 증가액으로 청구법인은 법인세를 신고하면서 당해 사업연도에 퇴직한 근로자의 경우 당해 연도 퇴직일까지의 임금과 직전 연도 임금을 각 사업연도 임금총액에 포함하여 임금증가금액을 계산하여 위 ＜표1＞과 같이 미환류소득에 대한 법인세를 납부하였다.

(2) 청구법인의 법인세 신고 및 경정청구 등 현황은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 청구법인과 당초 근로계약을 체결한 근로자 중 전기에 퇴사한 경우에는 이를 제외하고 ‘임금증가금액’을 산정하여야 하고, 당기에 퇴사한 경우에는 당해 사업연도의 근로제공월수와 직전 사업연도의 근로제공월수가 동일하지 아니하므로 이를 반영하여 월수 조정에 의하여 ‘임금증가금액’을 산정하여야 하는데도, 이를 간과하여 ‘임금증가금액’을 잘못 계산한 채 2017사업연도부터 2021 사업연도까지의 법인세를 과다하게 납부하였다 하여, 이에 관한 경정청구를 위 ＜표2＞와 같이 제기하였다.

(나) 처분청은 청구법인의 경정청구 중 직전 사업연도 퇴직자에 관한 부분은 인용하여 환급하였고, 당해 사업연도 퇴직자에 관한 경정청구는 이를 거부하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 당해 사업연도 퇴직자의 임금증가금액은 당해 사업연도의 근로제공 월수를 기준으로 직전 사업연도의 월수를 조정하는 방식으로 산정되어야 한다고 주장하나,

미환류소득 산정 시 공제되는 임금증가금액은 상시근로자의 해당 사업연도 근로소득의 합계액으로 직전 사업연도 대비 증가한 금액이 포함되고, 해당 사업연도 근로소득 합계액은 해당 사업연도 시작일부터 종료일까지의 근로소득 합계액이라 할 것인 점, 청구법인의 산정방식에 의하는 경우 위의 ＜표3＞과 같이 기업의 고용증대나 임금총액에 실질적인 증가가 없음에도 당해 사업연도 퇴직자의 급여환산만으로 직전 사업연도 대비 임금이 증가하는 것으로 산정되는 결과가 되어 기업소득 환류세제 제도의 입법취지에 부합해 보이지 않는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2023부6882, 2024.12.27. 같은 뜻임).

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 당해 사업연도 퇴직자는 상시근로자의 범위에서 제외하여야 한다고 주장하나,

당해 사업연도에 퇴직자가 발생하게 되는 경우 「법인세법 시행령」제93조 제9항의 “근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”에는 퇴직자의 퇴직 사업연도 중 발생한 근로소득을 포함하는 것(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30., 같은 뜻임)인 점, 청구주장과 같이 상시 근무하다가 퇴직한 퇴직자를 상시근로자 수에서 제외하거나 이들에게 지급한 급여를 제외되는 급여로 볼 수 있는 근거가 없고, 당해 사업연도에 새로이 입사한 자는 당해 사업연도의 근로자 수 및 급여에 포함시키는 방식으로 산정하고 있어 당해 사업연도의 퇴직자를 제외하는 경우 비교가능성 측면에서도 타당하지 않은 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2023부6882, 2024.12.27. 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.