이유
1. 처분개요

가. 청구인은 아래 ＜표＞와 같이 2023.6.28. A 등에 경기도 고양시 OOO 소재 토지 330㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 외 5필지 합계 4,425㎡를 합계 OOO원에 수용을 원인으로 양도하고, 2023.8.7. a에게 경기도 고양시 OOO 소재 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 OOO원에 매매를 원인으로 양도한 후 쟁점토지의 양도로 발생하는 소득을 「소득세법」제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 양도소득으로 보아 2023.8.22. 2023년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

＜표＞ 청구인이 2023.6.28., 2023.8.7. 양도한 토지 및 주택

OOO

나. 처분청은 쟁점토지의 경우 쟁점주택과 분할된 후 양도되어 이를 1세대1주택에 부수되는 토지로 볼 수 없다는 이유로 쟁점토지의 양도차익 OOO원를 과세대상 양도소득으로 보아 2024.1.17. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.2.8. 이의신청을 거쳐 2024.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 A 등에 수용을 원인으로 양도될 당시 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 주택의 부수토지로, 단지 쟁점토지가 쟁점주택과 함께 수용되지 않았다는 이유로 비과세를 배제한 것은 위법.부당한 것이며 처분청이 제시하는 「소득세법 시행령」제154조 제1항 제2호 가목은 쟁점토지의 과세 근거규정으로 볼 수 없다.

(가) 청구인은 주택과 그 부수토지에 해당하는 쟁점주택과 쟁점토지를 취득하여 보유하였고, 1세대1주택 비과세 요건을 모두 충족하던 중 해당 지역이 2020.3.6. 고양창릉공공주택지구로 지정되었다. 이에 쟁점토지는 2023년 7월 수용되었으나, 사업시행자인 A 등의 사정으로 쟁점주택의 수용 일정은 늦춰지게 되었다.

(나) 그러던 중 a가 쟁점주택을 매수하겠다는 요청을 하였는바, 쟁점주택이 언제 수용될지 알 수 없었던 청구인은 쟁점토지의 수용으로 인해 사실상 경제적 가치가 상실된 쟁점주택을 신속히 정리하고자 2023.8.7. 쟁점주택을 OOO원에 양도하였고, 이후 쟁점주택은 2024.1.5. A 등에 소유권이 이전되었다.

(다) 처분청이 이 건 과세처분의 근거규정으로 제시하고 있는 「소득세법」제89조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제154조 제1항, 같은 항 제2호 가목은 1세대1주택 비과세에 따른 보유기간과 거주기간의 예외를 규정한 것으로 수용되어 1세대1주택을 양도하는 경우 보유.거주기간을 충족하지 않더라도 양도소득세를 비과세하는 한편, 수용되고 남은 잔존 주택과 부수토지도 5년 이내에 양도하게 되는 경우 이를 1세대1주택 비과세 대상으로 인정하겠다는 취지의 규정으로, 이미 수용당시에 보유.거주기간 요건을 충족한 쟁점주택과 쟁점토지에 대하여 1세대1주택 비과세를 제외하는 규정으로 볼 수 없다. 따라서 1세대1주택 비과세 요건을 모두 갖춘 주택과 그 부수토지 중 부수토지가 먼저 수용이 되고, 그 이후 건물에 해당하는 주택이 매매를 원인으로 양도되었다고 하더라도, 그 토지가 1세대1주택의 부수토지임이 명백한 이상 이를 1세대1주택 비과세 대상에 해당하지 않는다고 볼 어떠한 이유나 근거도 없다.

(라) 구체적으로, 「소득세법」제89조의 규정을 보면 같은 법 시행령 제154조에서 규정하는 1세대1주택의 범위에 있는 주택과 그 부수토지에 대하여는 양도소득세를 비과세하도록 하고 있는바, 쟁점토지 수용 당시 쟁점토지와 쟁점주택은 「소득세법 시행령」제154조 제1항 본문에 따른 보유기간과 거주기간을 모두 충족하고 있었으므로 주택건물이 철거되거나 존재하지 않는 이상 쟁점토지는 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 부수토지임이 분명하고, 수용권자의 사정으로 쟁점주택이 함께 수용되지 아니하였다고 하여 쟁점토지를 1세대1주택 비과세 적용대상이 아니라고 볼 하등의 이유가 없다.

(마) 토지와 건물은 별개의 부동산이나, 1세대1주택자에 대한 양도소득세를 비과세하는 취지는 “주택은 주거생활의 기초가 되는 것이므로 양도소득을 얻거나 투기할 목적없이 단지 거주에 공할 목적으로 보유한 주택을 양도하는 경우에는 비과세함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주는데 있다.”고 할 것인바, 쟁점토지는 청구인의 보유 의사와 무관하게 공공주택지구 지정에 따라 수용되었고, 청구인의 의사와 전혀 무관하게 A 등의 사정으로 동시에 수용되지 않은 상태에서 부수토지인 쟁점토지만 먼저 수용이 되었다는 이유로 비과세를 배제하는 것은 납세자의 재산권을 부당히 침해하는 결과가 되는 것이다.

(바) 또한 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 주택과 그 부수토지를 동일인에게 양도하는 것이나 수인에게 분필하여 동시에 양도하는 경우에는 그 경제적 실질이 동일한 것이므로(국심 1995서1542, 1995.10.10.) 주택과 그 부수토지를 동시에 양도하는 경우나, 토지를 먼저 양도하고 건물을 나중에 양도하는 경우는 그 경제적 실질이 동일한 것이어서 동시에 양도하는 경우에는 비과세하고 부득이한 사정에 따라 시차를 두고 양도하는 경우에는 과세한다면 납세자를 부당히 차별하는 것이 되어 평등의 원칙에 반할 뿐 아니라, 국민의 법 감정과도 배치되는 결과를 초래한다.

(사) 더욱이 대법원 1992.5.12. 선고 92누1889 판결은 종전의 주택이 공공사업 시행으로 인해 철거됨에 따라 부득이 나대지로 남게 된 부수토지를 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 규정을 적용하는 것이 「국세기본법」제18조 제1항의 세법해석기준에 합치되는 것이라고 판시한바, 조세심판원도 도시계획사업 시행으로 인해 주택이 수용됨에 따라 나대지 상태로 존재하게 된 부수토지를 양도하는 경우 이를 1세대1주택 비과세대상이라고 보는 것이 타당하다고 결정(국심 1999중1385, 1999.11.19.)한바 있다. 하물며 이 건은 쟁점토지 수용 당시 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 상태였고, 주택 또한 존재하고 있었기 때문에 쟁점주택과 쟁점토지가 동시에 수용되지 않았다거나 시차를 두고 사업시행자가 아닌 자에게 양도되었다는 이유를 들어 쟁점토지의 양도를 1세대1주택 비과세대상이 아니라고 하는 것은 1세대1주택 비과세규정의 취지에도 맞지 않을 뿐만 아니라, 「국세기본법」제18조 제1항에도 반한다.

(2) 설령 「소득세법 시행령」제154조 제1항 제2호 가목의 규정을 이 건에 적용하더라도, 쟁점토지의 양도는 1세대1주택 비과세 대상에 해당한다.

(가) 쟁점토지는 그 전부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “토지보상법”이라 한다)에 따라 협의매수.수용되었고, 그로부터 5년 이내에 잔존주택인 쟁점주택이 양도되었다.

(나) 「소득세법 시행령」제154조 제1항 본문 단서 및 제2호 가목의 규정을 모아서 살펴보면, 주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 토지보상법에 의해 협의매수.수용되는 경우에는 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않고, 양도소득세 비과세 대상인 1세대1주택의 양도로 보면서, 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지는 비과세 대상인 1세대1주택의 양도에 포함하는 것으로 본다는 것이다.

(다) 처분청은 해당 규정을 해석함에 있어 ‘주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 토지보상법에 의해 협의매수.수용되는 경우’를 ‘주택의 전부와 함께 부수토지의 전부 또는 일부가 수용’되거나, ‘주택의 일부와 함께 부수토지의 전부 또는 일부가 수용’되는 경우만으로 한정하여 해석하고 있다. 또한 ‘수용일로부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지’를 동일한 사업시행자에게 양도하는 경우만으로 한정하여 해석하고 있다.

(라) 그러나 해당 규정을 유추 또는 확장해석하지 않고 법문언 그대로 해석하여 보면, 쟁점토지의 수용은 ‘그 부수토지 전부가 수용’된 것에 해당하거나 ‘주택 및 그 부수토지의 일부가 수용’된 것에 해당하는 것이고, 쟁점건물은 ‘수용일로부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지’에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 따라서 쟁점토지의 양도에 대해 1세대1주택 비과세를 배제할 수는 없는 것이고, 이 규정 어디에도 잔존주택이 동일한 수용권자에게 수용되는 것을 전제하고 있다고 볼만한 문언은 없다.

(마) 「소득세법 시행령」제154조 제1항 제2호 가목은 1세대1주택 중 일부가 수용되고 남은 잔존 물건이 비과세 요건을 갖추고 있지 않더라도 동 물건이 5년 이내에 양도된다면, 최초 수용 당시와 동일한 조건으로 비과세 혜택을 부여하겠다는 규정인바, 하물며 이 건과 같이 수용 당시 쟁점주택이 이미 보유 및 거주요건을 갖추고 있음에도 토지만 먼저 수용되었다는 이유로 양도소득세과 과세된다면, 비과세 규정의 취지에 어긋나는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 토지가 먼저 양도된 이상 이를 1세대1주택 비과세대상으로 볼 수 없다.

(가) 「소득세법 시행령」제154조 제1항 제2호 가목, 제155조 제1항 후단에서 ‘주택 및 그 부수토지’란 ‘주택과 그 부수토지’로 해석함이 타당하고, ‘잔존주택 및 그 부수토지’란 ‘잔존주택 또는 그 부수토지’로 해석하는 것이 타당하다.

(나) 「소득세법 시행규칙」제72조 제2항 전문은 주택의 부수토지가 먼저 분할양도되었다면, 이를 비과세되는 주택의 부수토지로 보지 않는다고 정하고 있고, 같은 항 후단은 ‘주택 및 그 부수토지’(‘주택과 그 부수토지’를 의미함)의 일부가 토지보상법에 의해 수용된 경우 나머지 잔존주택 및 부수토지도 일정기한 내 양도한 경우라면 1세대1주택 비과세대상에 포함되는 것으로 보고 있다.

(다) 따라서 「소득세법」제89조 제1항 제3호에서 주택과 이에 딸린 토지가 함께 양도될 때 1세대1주택 비과세규정이 적용되는 것을 함께 감안한다면, 토지가 먼저 양도(수용되는 경우를 포함)되고, 주택이 나중에 양도되는 경우 먼저 양도한 토지는 비과세되는 주택의 부수토지에서 제외되는 것으로 보는 것이 타당하다.

(2) 청구인이 제시하는 조세심판원 선결정례(조심 2019중1668, 2019.7.3.)는 보상금을 지급할 예산이 부족하여 부득이하게 토지와 주택을 따로 수용한 것으로 청구인은 A의 예산 부족 등을 이유로 한 일방적 결정을 따른 것이 아니라 자발적 의사에 따라 제3자에게 쟁점주택을 별도로 양도한 것이므로 청구인의 경우에 원용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 부수토지였던 쟁점토지를 수용을 원인으로 양도한 후 쟁점주택을 타인에게 매매를 원인으로 양도한 경우 쟁점토지를 주택의 부수토지로 보아 1세대1주택 비과세규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것)

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

제155조(1세대1주택 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 가목 및 같은 항 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

(3) 소득세법 시행규칙

제72조(1세대1주택의 특례) ② 영 제154조 제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.

(4) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지와 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 쟁점토지와 쟁점주택을 합계 OOO원에 2016.11.24. 매매를 원인으로 취득하였다가 2023.8.8. 쟁점토지를 A 등에 수용을 원인으로 소유권을 이전하였고, 2023.8.7. 쟁점주택을 OOO원에 a에게 매매를 원인으로 소유권을 이전하였으며, a는 2024.1.5. 쟁점주택을 A 등에 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 양도차익 OOO원을 비과세 양도차익으로 하여 2023.8.22. 2023년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고, 쟁점주택의 양도에 관한 양도소득세 신고는 하지 아니하였다.

(3) 쟁점토지의 양도일이 2023.6.28.이라는 점에 관하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없는 것으로 나타난다.

(4) 처분청이 제출한 청구인의 2023년 귀속 종합소득세 신고서에 의하면, 청구인은 a에게 쟁점주택 관련 이축권을 OOO원에 양도한 후 이를 기타소득으로 보아 2024.5.31.에 2023년 귀속 종합소득세를 신고.납부하였다.

(5) 처분청은 A에 쟁점토지와 쟁점주택이 시차를 두고 A 등에 수용된 이유를 질의하였는바, 처분청이 제출한 2024.3.25.자 A의 ‘부동산 수용 관련 확인사항 요청 회신문’의 주요 내용은 아래와 같다.

국토교통부고시 제2020-245(2020.3.6.)호로 지구지정 고시된 고양창릉 공공주택지구에 편입된 지장물의 손실보상과 관련하여 아래와 같은 사항을 통보하오니 참고하여 주시기 바랍니다.

부동산 소재지

피수용자

확인사항

예산 부족 등의 사유로 토지만 선(별도) 수용 여부

쟁점토지

청구인

예산 부족으로 인한 토지 선수용은 없었으며, 지장물 조사 및 평가 일정으로 인한 기간 차이임

쟁점주택

a

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 1세대1주택 비과세규정의 취지.목적, 「소득세법 시행령」제154조 제1항 제2호 가목, 「소득세법 시행규칙」제72조 후단을 고려할 때, 쟁점주택의 부수토지였던 쟁점토지를 수용을 원인으로 양도한 후 쟁점주택을 5년 이내에 양도하였다면 쟁점주택을 주택의 부수토지로 보아 1세대1주택 비과세규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 다음의 사정들에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵고, 처분청이 쟁점토지의 양도가 1세대1주택 비과세규정의 적용대상이 아니라고 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결).

(나) 「소득세법」제89조 제1항 제3호는 같은 호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택과 이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 발생하는 소득에 대한 소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이는 주택과 그 부수토지를 함께 양도하는 경우를 상정하고 있는 것으로 「소득세법 시행규칙」제72조 제2항 전문도 같은 취지로 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 항 후단도 ‘주택 및 그 부수토지’의 일부가 함께 토지보상법 등에 따라 협의매수.수용되는 경우에 한정하여 1세대1주택 비과세를 적용할 수 있도록 하고 있는 것으로 보인다.

(다) 토지와 건물은 별개의 과세물건으로 쟁점토지가 A 등에 수용되는 거래와 청구인이 쟁점주택을 a에게 양도하는 거래는 서로 다른 별개의 거래에 해당하는 반면, 이를 경제적 실질이 같은 하나의 거래로 볼 만한 특별한 사정도 존재하지 않는다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.