이유
1. 처분개요

가. A과 그의 배우자 B(이하 A과 합하여 “청구인들”이라 한다) 및 C(A의 아들)은 2000.12.13. 서울특별시 강남구 OOO 토지 337.2㎡를 각각 지분 1/3씩 취득한 후 2001.9.21. 지하 1층∼지상 5층의 주거시설 및 근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 보유하다가 2020.11.23. D에게 총 OOO 원에 양도하였다.

나. 청구인들은 양도일 현재 쟁점건물의 주택면적이 주택외면적보다 크므로 쟁점건물 전부를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제(80%)를 적용하여 2021.2.1. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원으로 각각 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 처분청은 2023.8.7.∼2023.9.5. 기간 동안 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점건물 지하 1층(이하 “쟁점창고”라 한다)이 2019.8.19. 제2종 근린생활시설에서 창고시설로 용도변경된 사실을 확인하고, 쟁점건물의 주택 면적이 주택외면적을 초과하여 쟁점건물 전부를 주택으로 볼 수 있는 기간이 2019.8.19.(용도변경일)부터 2020.11.23.(양도일)까지이므로 청구인들은 쟁점건물 전부에 대하여 주택 보유기간이 2년 이상이어야 하는 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도일 현재 2년 이상 주택으로 사용한 2층과 4층은 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제(2층 : 64%, 4층 : 80%)를 적용하고, 나머지 쟁점창고를 포함한 주택외의 부분은 1세대 1주택 비과세를 부인하고 장기보유특별공제(30%)를 적용하여 2024.3.8. 청구인들에게 2020년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(청구인 A OOO원, 청구인 B OOO원)을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2024.3.15. 이의신청을 거쳐 2024.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

쟁점창고는 공부상 2019.8.19. 근린생활시설에서 창고로 용도변경되었으나, 실제로는 2015년 6월경부터 누수로 인해 임대 및 사용이 불가능한 공간이었으므로 쟁점건물 전부를 주택으로 볼 수 있는지를 판단함에 있어 2015년 6월경부터 쟁점창고 면적은 주택면적과 주택외 면적으로 안분계산해야 하고, 그에 따라 쟁점건물은 2015년 6월경부터 전부 주택인 것으로 보아야 한다.

(1) 쟁점창고는 PC방으로 임대하고 있었으나 지상 하수관 누수로 지하가 침수되어 2013년 7월 이후는 임대가 불가능하였으며, 2015년 보드게임방으로 임대하였으나 3개월 후 임차인이 무단폐업하였고, 그 후 이 건 양도일까지 불용 가구(침대 및 책상) 보관장소로 사용하였다.

(2) 청구인들은 2018년 7월에 E건축사사무소에 용도변경 신청을 의뢰하였고, 건축사사무소에서 현지답사와 건축설계도를 작성하여 2018.11.2.6. 관할구청에 용도변경을 신청하였으며, 관할구청은 현지답사 후 2019.8.19. 용도를 변경한 것으로, 청구인들은 사실상 양도일(2020.11.23.)로부터 2년 5개월 전에 용도변경 신청을 의뢰한 것이며, 공인중개사가 ‘쟁점창고는 근린생활시설로 사용이 불가능하므로 용도변경을 하지 않으면 계약해지가 되거나 위약금을 변상해야 한다’고 조언을 해주어 용도변경을 하게 된 것으로, 쟁점창고의 전기 사용량을 통해 쟁점창고는 7년 이상 폐쇄된 장소였음을 확인할 수 있다.

(3) 쟁점창고는 침수로 인하여 근린생활시설로서는 기능이 상실된 공간이며 건물지반이 약화되어 전문가들로부터 재건축 권유를 받았으나, 청구인들은 쟁점건물을 매도하기로 결정하였고 매수인은 쟁점건물을 매수한 후 쟁점건물을 철거하면서 지하1층을 없애고 지상으로만 신축하였다는 사실에 비추어 볼 때 지하1층의 상태를 알 수 있다.

나. 처분청 의견

청구인들이 제출한 자료만으로는 용도변경일 이전의 공부상 용도(근린생활시설)를 부인하기는 어려우므로, 용도변경일 이후의 기간에 대해서만 쟁점창고의 면적은 쟁점건물의 주택면적과 주택외면적으로 안분계산하여야 한다.

(1) 「소득세법」 제88조는 주택이란 허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하며, 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다고 규정하고 있는바, 청구인들이 제출한 자료만으로는 쟁점창고가 2015년 6월경부터 창고로 용도변경 된 2019.8.19.까지(이하 “쟁점기간”이라 한다) 사실상 주거용으로 사용되었다고 보기 어려우므로 쟁점기간 쟁점창고는 공부에 따라 근린생활시설로 보아야 한다.

(2) 따라서, 쟁점건물은 공부상 용도에 따라 당초 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택이었다가 2019.8.19. 용도변경으로 인해 주택면적이 상가면적보다 큰 겸용주택이 된 경우에 해당하므로, 쟁점건물 전체를 하나의 주택으로 보아 주택의 면적이 주택 외의 면적보다 큰 상태로 보유한 기간을 통산하였을 때 그 보유기간은 1년 3개월(2019.8.19.∼2020.11.23.)로 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례의 보유기간 요건(2년)을 충족하지 못하므로 비과세 대상에 해당하지 않으며, 양도일 현재 2년 이상 주택으로 사용한 2층, 4층에 대해서만 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것이 타당하다.

(3) 처분청은 비과세대상 2층 주택은 주택 보유기간 8년 4개월로 64%의 장기보유특별공제율을 적용하였고, 비과세대상 4층 주택은 주택 보유기간 19년 1개월로 80%의 장기보유특별공제율을 적용하였으며, 주택 외의 부분에 대해서는 30%의 장기보유특별공제율을 적용하여 양도소득세를 경정ㆍ고지하였으므로, 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점기간 동안 쟁점창고의 실용도는 공용창고였으므로 쟁점건물 전부를 주택으로 보아 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제154조(1세대1주택의 범위) ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점건물의 공부상 용도변경 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점건물의 공부상 용도변경 현황

(나) 쟁점창고를 소재지로 한 사업자등록 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점창고를 소재지로 한 사업자등록 내역

(다) 청구인들이 제출한 쟁점창고의 전기 사용량은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점창고의 전기사용량

구 분

2013년

2014년

2015년

2016년

2017년

2018년

2019년

2020년

1월

835

1

3

4

8

4

1

3

2월

901

2

32

5

3

4

2

1

3월

603

5

4,745

3

6

3

1

1

4월

461

32

2,909

4

8

3

1

2

5월

855

12

1,406

4

6

5

2

1

6월

828

15

68

6

8

10

4

4

7월

243

5

7

10

5

28

4

3

8월

1

3

0

76

7

7

3

8

9월

0

3

14

96

21

8

3

8

10월

0

3

11

55

28

3

3

1

11월

1

3

6

17

7

5

5

3

12월

1

3

4

10

3

1

1

1

계

4,729

87

9,205

290

110

81

30

36

(단위 : kWh)

(라) 청구인들은 공인중개사와 건물관리인이 작성한 확인서를 제출하였고, 확인서의 내용은 아래 ＜표4＞ 및 ＜표5＞와 같다.

＜표4＞ 공인중개사 확인서

＜표5＞ 건물관리인 확인서

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 용도변경일(2019.8.19.) 이전에는 쟁점창고의 공부상 용도가 근린생활시설이었으므로 창고로 용도변경 된 이후의 기간(2019.8.19.∼2020.11.23.)에 대해서만 쟁점창고의 면적을 주택면적과 주택외 면적으로 안분계산하여야 하고, 그렇다면 쟁점건물은 1세대 1주택 비과세 요건(보유기간 2년)을 충족하지 못한다는 의견이나, 쟁점건물의 지하층은 2017.3.31. 보드게임방이 폐업한 것으로 나타나고, 그 이후 용도변경일(2019.8.19.)까지 지하층을 임대한 사실 또는 지하층을 사업장 소재지로 한 다른 사업자가 존재하는 사실이 확인되지 않고, 지하층의 전력 사용량은 2017년 3월부터 양도일이 속하는 2020년 11월까지 기간 동안 월 전력 사용량은 최저 1kWh에서 최고 96kWh에 불과하며, 공인중개사 및 건물관리인이 지하층은 누수로 인하여 임대가 불가능한 공간이었다고 일관되게 진술하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 2017.4.1.∼2019.8.18. 기간 동안 지하층의 공부상 용도는 근린생활시설이라고 하더라도 그 실제 용도가 명확하지 않으므로 동 기간 동안 쟁점건물의 주택 여부 판단 시 지하층의 면적은 용도별 면적 비율대로 안분하는 것이 타당하다 할 것이고, 그렇다면 동 기간 동안 쟁점건물은 주택의 면적이 주택외의 면적보다 더 큰 경우에 해당한다 할 것이어서, 결국 「소득세법 시행령」 제154조 제3항에 따라 그 전부를 주택으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 동 기간 동안 쟁점건물 전부를 주택이 아닌 것으로 보아 쟁점건물에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 부인하고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.