이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2009.12.9. 서울특별시 동대문구 OOO의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 합쳐서 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 임대사업을 영위하다가 2022.5.20. 쟁점부동산을 양도하였고, 2022.8.1. 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부(분납)하였다.

나. 청구인은 쟁점부동산의 양도가 「조세특례제한법」 (이하 “조특법”이라 한다) 제97조의9 제1항에 따른 공공매입임대주택의 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례 적용대상에 해당하는 것으로 보아 2023.9.13. 기 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구(경정청구세액 : 2022년 귀속 양도소득세 OOO원)를 제기하였으나, 처분청은 2023.11.14. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.11.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조특법 제97조의9 및 「지방세특례제한법」(이하 “지특법”이라 한다) 제31조의5의 입법 취지를 살펴보면, 정부(국토교통부)에서는 2022년 이전부터 공공전세주택을 시장에 조속히 공급하기 위해 민간사업자 지원을 강화해 왔다. 특히, 2021년 4월 30일 민간사업자가 도심 내 양질의 부지를 확보하여 신축주택 공급을 확대할 수 있도록 ① 대출보증 특약상품, ② 공공택지 분양 우대, ③ 세제 혜택 등 다양한 혜택을 제공하는 것으로 하여 민간매입약정 사업을 홍보하였다.

이와 관련하여 서울주택도시공사는 서울시민의 주거안정 및 주거비 부담완화를 위해 서울특별시 소재 다세대 등 건축예정주택을 임대공급 목적으로 매입(이하 “주택매입사업”이라 한다)하고 있고, LH공사 역시 사회주택 공급확대 및 지역사회 활성화를 위해 ‘민간매입약정형 사회주택’을 공급하고 있다.

이러한 사업을 지원할 목적으로 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 10을 경감하도록 지특법 제31조의5가 신설되었으며, 아울러 민간사업자가 동 사업을 위한 토지를 원활히 공급받을 수 있도록 조특법 제97조의9 제1항에 따라 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설한 자에게 2022.12.31.까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하고 있다.

공공주택사업자의 매입약정 프로세스를 보면, 서울주택도시공사를 비롯한 공공주택사업자는 사전 공시한 임대주택을 안정적으로 공급하기 위하여 사업내용에 대한 홍보를 온오프라인을 통해 진행해왔다. 이러한 사업은 여러 단계를 거치게 되는데 그중에서 가장 중요한 부분이 사업 수행을 위한 토지 소유권 확보이다.

아무리 좋은 입지에 있는 토지이고 서울주택도시공사가 매수하기 적정한 감정가액이 책정되어 매입심의를 통해 매입약정이 체결되었더라도 민간사업자가 토지 소유권 확보에 실패할 경우 매입약정 체결단계에 이르기까지 들어간 행정력의 낭비일 뿐만 아니라 기한 내 공급하기로 한 임대주택 공급 물량에도 차질이 있을 수 밖에 없다. 이에 서울주택도시공사는 공공임대주택을 공급할 의향이 있는 민간사업자와 매입약정 체결 전 예측 가능한 공급임대주택의 확보와 원활한 사업진행을 위해 토지소유권 확보 등 일정 요건을 갖출 것을 요구하고 있다.

민간사업자는 행정처리 절차상 부동산 취득 시점이 매입약정 보다 선행할 수 밖에 없는 상황이나, 부동산 취득시점의 차이로 감면 적용 여부가 달라진다면 정부가 추진한 공공전세 및 매입임대주택 신축 활성화 방안의 일환으로 홍보한 세제 혜택을 믿고 부동산을 양도한 청구인에게 신의를 저버리는 것으로 주택건설사업자가 주택매입약정 사업용 부동산을 취득하여 공공주택사업자가 요구하는 절차에 따라 주택 매입약정 사업용으로 일정 기한 내 사용되었다면 부동산 취득 순서에 관계 없이 양도소득세를 경감하여야 한다. 따라서, 해당 부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 세제혜택을 부여하는 것이 합리적이다(조심 2022지1848, 2023.8.24., 참조).

나. 처분청 의견

조특법 제97조의9 제1항에 따르면 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “공공매입임대주택”이라 한다)을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다]와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다. 이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다]에게 2024.12.31.까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.”라고 규정되어 있다.

그러나, 청구인과 주택건설사업자(매수인 A) 간의 매매계약에 따른 쟁점부동산 양도일(2022.5.20.) 이후인 2022.10.20.에 공공주택사업자와 주택건설사업자 간의 매입약정이 체결된 사실이 서울주택도시공사 공문회신(OOO, 2023.3.22.)으로 확인되므로 이러한 조특법상 특례요건이 충족되었다고 보기 어렵다.

청구인은 주택건설사업자(매수인 A)와 공공주택사업자 간의 매입약정 체결이 양도일 이후에 이루어졌다 하더라도 사업용으로 일정기간 내 사실상 사용이 되었으므로 위 특례규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 거주자가 「공공주택 특별법」에 따라 공공매입임대주택을 건설할 자와 공공매입임대주택을 건설하고 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정하고 있으므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 양도가 조특법 제97조의9 제1항에 따른 ‘공공매입임대주택’ 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례 적용대상에 해당하는 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 양도일(2022.5.20.) 이후에 이 건 공공매입임대주택 사업약정이 체결(2022.10.20.)된 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다.

(가) 쟁점부동산에 대한 매매계약서를 살펴보면 청구인은 2022.3.15. 쟁점부동산을 A에게 OOO원에 양도하기로 하는 부동산 매매계약(잔금일 : 2022.5.20.)을 체결하였는데, 해당 매매계약의 특약사항 4.에 “본 계약의 매입목적은 매수인이 건물 멸실 후 공공임대주택 신축용으로 매입하는 것 (중략)”으로 되어 있다.

(나) 쟁점부동산과 관련한 신축예정주택 매매이행약정서(2차)에 의하면 쟁점부동산 매수인 A는 2022.10.20. 서울주택도시공사와 쟁점부동산에 대해 신축예정주택(2차) 매매이행 약정(매입유형 : 국토부 청년)을 체결한 것으로 나타난다.

(다) 처분청은 2023.11.9. 청구인에게 아래와 같은 사유로 이 건 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

조특법 제97조의9는 공공주택사업자와 주택건설사업자 간 토지에 대한 공공매입임대주택을 건설하기로 약정을 체결한 자에게 양도하는 토지에 한하여 적용하는 것이나 청구인의 경우 매입약정이 체결되기 전 양도한 토지에 해당한다.

(라) 착공신고필증을 살펴보면 서울특별시 동대문구청장은 2022.11.14. A에게 쟁점부동산 위치한 대지에서의 착공신고필증[허가(신고)일자) : 2022.8.26., 착공예정일자 : 2022.10.18.]을 교부한 것으로 되어 있다.

(마) 쟁점부동산에 위치한 토지에 신축된 건물 등기사항전부증명서를 보면 A는 2024.1.17. 해당 부동산에 대한 소유권보존등기를 접수하였고, 2024.1.26. 매매를 원인으로 2024.2.7. 서울주택도시공사에게 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(바) 청구인이 제출한 쟁점부동산 매매계약서 관련 특약사항에 따르면 ‘잔금 시 매매금액과는 별도로 건물분 부가가치세를 매수인이 지급하고 매도인은 세금계산서를 발급하기로 한다’고 기재되어 있고, 처분청의 심리자료 등에 따르면 쟁점부동산 양도가액 중 건물의 양도가액을 구분하여 부가가치세가 신고된 것으로 나타난다.

(사) 이 건 감면규정(조특법 제97조의9)이 신설될 당시의 개정세법 해설 내용 등은 아래와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 제97조의9 제1항에 따르면 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다. 이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다]에게 2022년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있는바, 처분청은 쟁점부동산이 양도될 당시 매수인과 서울주택도시공사와 별도의 매입약정이 없으므로 조특법 제97조의9 제1항에 따른 공공매입임대주택의 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 쟁점부동산에 대한 매매계약서(2022.3.15.)상 특약사항 4.를 살펴보면 “본 계약의 매입목적은 매수인이 건물 멸실 후 공공임대주택 신축용으로 매입하는 것”으로 기재되어 있는 등 쟁점부동산은 공공임대주택의 건설을 목적으로 양도된 것으로 보이고, 실제로 이후 쟁점부동산의 매수인 A는 2022.10.20. 서울주택도시공사와 쟁점부동산에 대한 매매이행의 약정을 체결한 후 2022.11.14. 서울특별시 동대문구청장으로부터 쟁점부동산이 위치한 토지에서의 착공신고필증을 교부받아 2024.1.17. 건물을 신축하여 2024.2.7. 서울주택도시공사에게 소유권을 이전한 것으로 나타나는 점, 조특법 제97조의9의 감면규정은 ‘신축매입 주택 등의 약정을 통한 임대주택의 공급 확대 및 서민주거생활 안정지원’에 그 입법목적이 있다 할 것인데 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 비록 매수인과 서울주택도시공사와의 매입약정이 없었다 할지라도 청구인이 매수인에게 쟁점부동산을 양도하기로 2022.3.15. 계약하였는데 이미 앞서 언급한 바와 같이 해당 매매계약서상 양도거래의 목적이 ‘공공임대주택 신축용’으로 되어 있고, 이후 매수인은 2022.10.20. 서울주택도시공사와 쟁점부동산에 대한 매매이행 약정을 체결하는 등 단기간에 필요한 절차가 이루어진 것으로 나타나므로 조특법 제97조의9의 양도소득세 과세특례 규정에 대한 입법 취지 등을 고려할 때 양도소득세 감면을 적용하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

다만, 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 참조)인바, 조특법 제97조의9 제1항에서 과세특례 대상은 토지로 규정하고 있고, 청구인도 쟁점부동산의 양도와 관련하여 건물의 양도가액을 구분하여 부가가치세를 신고한 것으로 보이며, 조특법 제97조의9에 대한 개정세법 해설 내용 등에 따르면 토지의 양도로 발생된 소득에 대하여 해당 과세특례를 적용하도록 하면서 토지와 건물이 함께 양도되었는데 토지와 건물의 양도가액 등의 구분이 불분명한 경우에는 「소득세법」을 준용하여 안분계산하도록 되어 있는 점 등에 비추어 쟁점건물의 양도는 조특법 제97조의9 제1항에 따른 양도소득세 과세특례 적용대상으로 보기는 어렵다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(2) 국세기본법 시행령

제25조의3(경정 등의 청구) ① 법 제45조의2 제1항ㆍ제2항 및 제5항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 하려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 결정 또는 경정 청구서를 제출해야 한다.

1. 청구인의 성명과 주소 또는 거소

2. 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액

3. 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액

4. 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유

5. 그 밖에 필요한 사항

(3) 국세기본법 시행규칙

제12조의2(경정 등의 청구) 영 제25조의3에 따른 결정 또는 경정의 청구는 별지 제16호의2서식의 과세표준 및 세액의 결정(경정) 청구서에 최초의 과세표준 및 세액신고서 사본과 경정청구 사유를 객관적으로 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 하여야 한다.

(4) 조세특례제한법

제97조의9(공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례) ① 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "공공매입임대주택"이라 한다)을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 "공공주택사업자"라 한다)와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다. 이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다]에게 2022년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 사람은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 세액감면 신청을 하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 토지를 양도받은 날부터 3년 이내에 해당 토지에 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 공공주택사업자에게 양도하지 아니하는 경우 주택건설사업자는 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

④ 제1항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조 제3항을 준용하여 이자상당가산액을 납부하여야 한다.

⑤ 제1항에 따른 감면 대상 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 공공주택 특별법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공공주택”이란 제4조제1항 각 호에 규정된 자 또는 제4조제2항에 따른 공공주택사업자가 국가 또는 지방자치단체의 재정이나 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 “주택도시기금”이라 한다)을 지원받아 이 법 또는 다른 법률에 따라 건설, 매입 또는 임차하여 공급하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

가. 임대 또는 임대한 후 분양전환을 할 목적으로 공급하는 「주택법」 제2조 제1호에 따른 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택(이하 “공공임대주택”이라 한다)

나. 분양을 목적으로 공급하는 주택으로서 「주택법」 제2조 제5호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(이하 “공공분양주택”이라 한다)

1의2. “공공건설임대주택”이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하여 공급하는 공공임대주택을 말한다.

1의3. “공공매입임대주택”이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다.

1의4. “지분적립형 분양주택”이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하거나 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공분양주택으로서 주택을 공급받은 자가 20년 이상 30년 이하의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 동안 공공주택사업자와 주택의 소유권을 공유하면서 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유 지분을 적립하여 취득하는 주택을 말한다.

1의5. “이익공유형 분양주택”이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하거나 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공분양주택으로서 주택을 공급받은 자가 해당 주택을 처분하려는 경우 공공주택사업자가 환매하되 공공주택사업자와 처분 손익을 공유하는 것을 조건으로 분양하는 주택을 말한다.

2. “공공주택지구”란 공공주택의 공급을 위하여 공공주택이 전체주택 중 100분의 50 이상이 되고, 제6조 제1항에 따라 지정ㆍ고시하는 지구를 말한다. 이 경우 제1호 각 목별 주택비율은 전단의 규정의 범위에서 대통령령으로 정한다.

2의2. “도심 공공주택 복합지구”란 도심 내 역세권, 준공업지역, 저층주거지에서 공공주택과 업무시설, 판매시설, 산업시설 등을 복합하여 조성하는 거점으로 제40조의7에 따라 지정ㆍ고시하는 지구를 말한다. 이 경우 제1호 각 목별 주택비율은 대통령령으로 정한다.

3. “공공주택사업”이란 다음 각 목에 해당하는 사업을 말한다.

가. 공공주택지구조성사업 : 공공주택지구를 조성하는 사업

나. 공공주택건설사업 : 공공주택을 건설하는 사업

다. 공공주택매입사업 : 공공주택을 공급할 목적으로 주택을 매입하거나 인수하는 사업

제4조(공공주택사업자) ①국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다.

1. 국가 또는 지방자치단체

2. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사

3. 「지방공기업법」 제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사

4. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관

5. 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 100분의 50을 초과하여 출자ㆍ설립한 법인

6. 주택도시기금 또는 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 전부(도심 공공주택 복합사업의 경우에는 100분의 50을 초과한 경우를 포함한다)를 출자(공동으로 출자한 경우를 포함한다)하여 「부동산투자회사법」에 따라 설립한 부동산투자회사

② 국토교통부장관은 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자와 「주택법」 제4조에 따른 주택건설사업자를 공동 공공주택사업자로 지정할 수 있다. (중략)