이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2022.2.8. 세종특별자치시 전동면 OOO 토지(1,226㎡, 이하 “쟁점농지”라 한다)를 공공용지의 협의 취득을 원인으로 국토교통부에 소유권을 이전하였고, 2022.4.30. 농지대토에 대한 양도소득세 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 광주지방국세청장은 2024년 4월 세종세무서장에 대한 업무종합감사를 실시한 결과, 쟁점농지의 양도에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제70조 및 같은 법 시행령 제67조 제3항에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건에 해당하지 아니한다는 내용의 감사 지적을 하였고, 처분청에 과세자료가 통보되었다.

다. 이에 따라 처분청은 2024.9.20. 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 쟁점농지가 조특법 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건에 해당한다는 내용으로 2024.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점농지 1,226㎡ 중 756.88㎡는 보유기간 9년 1개월 동안 청구인이 쟁점농지에서 거주하면서 직접 경작하였으므로 조특법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당한다. 대전광역시 유성구청장이 발행한 농지원부에 의하면, 쟁점농지 중 세종특별자치시 전동면 OOO(답 520㎡, 2015.7.20. 현재), 같은 리 OOO(전 570㎡, 2015.7.20. 현재) 합계 1,090㎡를 자경으로 경작한 것으로 기재되어 있고, 청구인이 농지원부 작성을 위한 농지 경작 면적 신청 당시 주유소 허가 요건을 충족하기 위하여 주유소 예정 면적을 제외한 농민 조합원 자격요건인 1,000㎡를 기준으로 신청하면서 농지원부에 1,090㎡만 표기하였다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점농지 경작 사실은 아래와 같다.

(가) 청구인은 쟁점농지의 취득일(2012.12.28.)부터 양도일(2022.2.8.)까지 들깨, 고구마, 감자 등 밭작물을 경작하였고, 5년 전부터는 쟁점농지를 포함하여 연접한 같은 리 OOO에 블루베리 전용농장을 운영하였다.

(나) 2012.9.15.부터 2021.7.9.까지 OOO에서 비료, 농업자재 등을 구입한 ‘거래자별매출상세내역’이 확인되는데, 이는 청구인이 쟁점농지를 경작하였다는 사실을 의미한다.

(다) 청구인이 쟁점농지를 경작하였던 사실은 쟁점농지의 항공사진에서도 확인된다.

(라) 세종특별자치시장이 발행한 개발행위(변경)허가증에는 쟁점농지에 공작물 설치(옹벽 높이 3m, 길이 121m)를 허가 받은 사실이 확인되는데, 농업정책과의 허가조건은 “농지의 경사가 고르지 못해서 안전한 농업경영을 위하여 공작물(보강토옹벽)을 설치하는 것이므로 「농지법」 제34조에 따른 농지전용 협의 대상은 아니고, 공작물 설치 후 성실하게 영농에 종사하여야 한다”라고 되어 있다.

(3) 쟁점농지는 보유기간이 9년 1개월(취득일 2012.12.28., 양도일 2022.2.28.)이고, 청구인은 쟁점농지에서 8년 이상 재촌ㆍ자경을 하였으므로 쟁점농지의 양도에 대하여 조특법 제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여야 한다.

(가) 청구인은 쟁점농지의 양도에 대하여 양도소득세를 신고할 당시 쟁점농지 외의 양도소득세 신고와 연계되어 대토농지를 취득하면서 단순 착오에 의하여 조특법 제70조 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하였으나, 실제는 조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다.

(나) 청구인은 쟁점농지의 보유기간 동안 농업 이외에 사업소득이나 근로소득 등 타직군에 종사한 사실이 없고, 쟁점농지를 보유하고 있는 동안 연접 지역인 대전광역시 유성구, 세종특별자치시 전동면, 충청남도 천안시에서 거주하였다.

(다) 쟁점농지는 양도 당시 농지에 해당하고, 농지원부ㆍOOO의 거래자별매출상세내역ㆍ경작사실확인서ㆍ항공사진에는 청구인이 쟁점농지의 보유기간 동안 자경하였다는 사실을 확인할 수 있다. 다만, 쟁점농지 취득 당시 주유소 운영할 목적이었으므로 농지원부에는 경작 면적을 일부 축소신고하여 경작면적이 실제 면적보다 작게 표시되어 있다.

(4) 「농지법」 제2조 제2호에서는 “농업인이란 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다”고 규정하면서 같은 법 시행령 제3조에는 “대통령령으로 정하는 자란, 1천 제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는자”로 규정하고 있는 바, 청구인은 「농지법」에 따른 농업인에 해당하고, 농지원부를 신청하여 농업인으로 등록하여 다른 소득 없이 8년 이상 농업에 종사하였다. 당초 쟁점농지를 주유소 경영을 위하여 취득하였다고 하여 농업인에 해당하지 아니한다고 볼 수 없다.

(5) 국토지리정보원 및 OOO 등 항공사진에서 쟁점농지 취득 당시에는 휴경농지였고, 청구인이 2014년까지 고추, 감자, 들깨 등을 경작하다가, 쟁점농지의 경계가 불분명하고 농지경작을 위하여 성토작업이 필요하다고 보아 경계석 공사 및 옹벽공사를 진행하였으며, 공사일 전후 자두나무, 블루베리, 약초나무 등을 식재하여 양도일까지 계속하여 경작한 사실이 항공사진에서 확인된다.

(6) 청구인은 처분청의 부과처분 이후 쟁점농지를 방문하여 쟁점농지 외곽 경계지역으로 자두나무 15그루, 블루베리 15그루, 약초나무 25그루 정도가 생존해 있는 것을 확인하였는데, 그 중 자두나무를 절단하여 나이테를 확인한 바, 생육기간이 약 12년 정도인 것으로 확인된다. 또한 양도일 전후로 자두나무 약 200그루를 충청남도 공주시 OOO에 이식하였고, 블루베리 500그루는 세종특별자치시 OOO에 이식하여 현재까지 재배하고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점농지를 양도하면서 2022년 귀속 양도소득세 신고 시 조특법 제70조 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하였으나, 광주지방국세청장의 감사 결과, 쟁점농지가 대토감면 요건에 부합하지 아니한다고 보았다.

(2) 청구인은 감사기간 중에는 조특법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 대해서는 주장하지 아니하였고, 이 건 심판청구에 이르러 주장하였는데, 이에 대한 처분청 의견은 아래와 같다.

(가) 청구인은 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당한다는 증빙으로 ‘농지자경사실확인서’와 ‘경작사실확인서’를 제출하였으나, ‘경작사실확인서’에는 인적 사항이 불분명하고, 확인서 작성한 이들의 주소지는 쟁점농지 소재지가 아닌 대전광역시, 충청남도 공주시인 것으로 이를 신뢰하기 어려우며, 확인서만으로 청구인이 쟁점농지를 실제 자경하였음을 입증하였다고 볼 수 없다.

(나) 청구인은 쟁점농지를 자경하였다는 증빙으로 ＜표2＞와 같이 농협의 ‘거래자별매출상세내역’과 거래명세표 등을 제출하였는데, 청구인이 제출한 거래자별매출상세내역을 살펴보면, 2013년부터 2022년 쟁점농지 양도 시까지 매입이 총 24번 있었고, 이 중 개 사료와 냉장고 바지의 매입을 제외하면 총 12번의 매입이 있었던 것이며, 거래명세표와 전자세금계산서는 2017.5.8. 이후 거래분으로 확인되는바, 청구인이 제출한 증빙만으로 쟁점농지를 8년이상 자경하였다고 보기 어렵다.

＜표2＞ 거래자별매출상세내역

○ OOO

○ OOO

(다) 청구인은 쟁점농지 취득 당시 휴경농지였고, 청구인이 취득한 후부터 고추, 감자, 들깨 등을 경작하다가 2014년 초 농지 경작을 위하여 경계석 공사 및 옹벽공사를 진행하였고, 공사일 전후 자두나무, 블루베리, 약초 나무 등을 식재하여 양도일까지 경작하였음이 항공사진에서 확인된다고 주장하나, 항공사진만으로는 쟁점농지에서 8년이상 경작을 하였는지 여부가 불분명하다.

(라) 청구인은 광주지방국세청장의 감사 이후, 쟁점농지에 있는 자두나무를 절단하여 나이테를 확인하였을때, 생육기간이 12년으로 확인된다고 주장하나, 청구인이 제출한 사진만으로는 자두나무가 쟁점농지에서 식재한 나무 인지 여부가 확인되지 아니하고, 설령 청구인이 식재하였다고 하더라도 몇 년생 나무를 식재하였는지 등이 확인되지 아니하여 이 것 만으로는 쟁점농지를 8년이상 자경하였다고 볼 수 없다.

(3) 청구인은 쟁점농지 1,226㎡ 중 756.88㎡를 자경하였다고 주장하나, OOO(476㎡) 일부 413.88㎡는 청구인이 2018년 OOO 항공사진으로 임의로 면적을 산정한 것으로 청구주장을 신뢰하기 어렵다.

(4) 조특법에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하기 위해서는 청구인이 자경사실을 적극적으로 입증하여야 하는데, 청구인이 제출한 경작사실확인서는 사인 간에 임의로 작성이 가능한 것이고, OOO에서 구입한 농약 및 비료를 구입한 횟수와 양만으로 쟁점농지를 자경하였다고 보기 어려우며, 항공사진에서도 쟁점농지의 자경여부가 불분명하여 조특법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지 1,226㎡ 중 756.88㎡는 8년 이상 재촌·자경 요건을 충족하였으므로 조특법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다.

② 제1항에 따라 양도하거나 취득하는 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령으로 정하는 토지의 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 양도소득세의 감면을 적용받은 거주자가 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 제1항에서 정하는 요건을 충족하지 못하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 감면받은 양도소득세를 납부하여야 한다.

⑤ 제1항에 따라 감면받은 양도소득세를 제4항에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금”이란 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 농지이양은퇴보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑥ 「소득세법」 제89조 제1항 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

⑧ 법 제69조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우”란 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업ㆍ폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 「소득세법」 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ① 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 대토 전의 농지 양도일 현재 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 해당 호의 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주하고 있는 자로서 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속ㆍ증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

(3) 농지법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농지”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 「초지법」에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.

나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지

2. “농업인”이란 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다.

(4) 농지법 시행령

제3조(농업인의 범위) 법 제2조 제2호에서 “대통령령으로 정하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

2. 농지에 330제곱미터 이상의 고정식온실ㆍ버섯재배사ㆍ비닐하우스, 그 밖의 농림축산식품부령으로 정하는 농업생산에 필요한 시설을 설치하여 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하는 자

3. 대가축 2두, 중가축 10두, 소가축 100두, 가금(家禽: 집에서 기르는 날짐승) 1천수 또는 꿀벌 10군 이상을 사육하거나 1년 중 120일 이상 축산업에 종사하는 자

4. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 자

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 쟁점농지를 양도하면서 2022년 귀속 양도소득세 신고 시 조특법 제70조 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하였으나, 광주지방국세청장은 청구인이 취득한 새로운 농지가 조특령 제67조 제3항 제1호 및 제1호의 요건에 부합하지 아니하므로 이를 부인할 것을 감사지적하였고, 이에 따른 처분청의 양도소득세 경정내역은 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구인의 양도소득세 신고내역과 처분청의 경정내역

(단위 : 원, %)

(나) 청구인의 쟁점농지는 공공용지의 협의취득을 원인으로 국토교통부로 소유권이전되었고, 청구인이 대토를 위하여 새로 취득한 농지내역은 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구인이 쟁점농지 양도내역 및 새로운 농지를 취득한 내역

○ 쟁점농지 양도내역

○ 새로운 농지 취득내역(대토)

(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

조특법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제1항은 8년 이상 농지 소재지 인근에 거주하면서 해당 농지를 경작한 자에 대하여 양도소득세 감면을 적용하도록 규정하고 있고, 이러한 감면 규정의 취지는 농촌의 균형발전을 지원하기 위해 자경농민에게 조세정책상 특혜를 주는 것으로, 그 특례 규정은 엄격하게 해석하여야 하며, 자경사실에 대한 입증책임은 청구인에게 있다 할 것이다.

청구인은 쟁점농지 1,226㎡ 중 756.88㎡는 청구인이 8년 이상 쟁점농지 소재지에서 거주하면서 직접 경작한 농지를 양도한 것이므로 조특법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여야 한다고 주장한다.

그러나 청구인이 쟁점농지에서 자경하였다는 증빙으로 제출한 거래자별매출상세내역을 보면, 비료 등의 구매 횟수나 금액 정도가 미미하여 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다고 보기 어려운 점, 묘목 등의 거래명세표와 전자세금계산서는 2017년도 이후 거래 분과 관련된 자료들이고, 쟁점농지에 대한 항공사진, 인터넷 사진, 경작사실확인서 만으로는 자경사실 여부를 확인하기 어려운 점, 달리 청구인의 8년 자경사실을 입증할 만한 구체적ㆍ객관적인 증빙이 부족한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.