이유
1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 김씨의 종파 중 하나인 OOO의 하위 종중이다.

나. 청구인은 2018.2.13. OOO근린공원 조성사업을 위한 협의취득(토지수용)을 원인으로 종중재산인 충청남도 논산시 연무읍 OOO 임야 6,665㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 충청남도 논산시에 양도하고 토지보상금 OOO원을 취득하였으며, 이에 대하여 2019.5.31. 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구인은 2024.1.30. 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호에 따라 법인으로 의제되고, 토지보상금은 「법인세법」 제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 비과세대상에 해당한다는 사유로, 양도소득세 OOO원의 환급을 경정청구하였으나, 처분청은 2024.4.30. 청구인이 이 건 토지 양도 당시에 「국세기본법」 제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받은 사실이 없다는 이유로, 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호에 따라 법인으로 의제된다.

(가) 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호를 보면, 주무관청의 “허가” 또는 “인가”를 받거나 주무관청에 “등록”한 사단, 재단, 그 밖의 단체는 법인으로 의제하여 「법인세법」을 적용한다고 되어 있다. 그런데 「민법」 제32조는 “학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다”고 규정하고 있으므로, “허가”는 애초에 비법인 사단 또는 재단과는 무관하다. 허가를 받으면 그로써 법인의 요건을 갖추게 되므로, 비법인을 전제로 한 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호의 적용대상이 될 수 없고, 주무관청이 비법인 사단 또는 재단을 “허가”하는 것도 애초에 불가능하기 때문이다.

(나) 결국, 「국세기본법」 제13조 제1항의 적용에 있어 문제는 “주무관청”이 어디이고, “인가” 또는 “등록”이 구체적으로 어떤 절차인지이나, 통상 이러한 문제는 쟁점이 되지 않는다. “인가” 또는 “등록” 신청권이 있으면 행정규칙이 그 신청 양식을 제공하고, 여기서 어느 행정기관에 이를 제출하는지까지도 명시하기 때문이다. 「국세기본법」 제13조 제1항 제2호의 경우에도 시행규칙에서 「법인으로 보는 단체의 승인신청서」란 양식을 법정하고, 이를 세무서장에게 제출하도록 정하고 있으므로, 「국세기본법」 제13조 제1항 제2호의 요건을 득하기 위한 절차와 주무관청을 분명히 알 수 있다.

(다) 반면, 청구인과 같은 종중이 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호의 요건을 충족하기 위해 어떠한 “인가” 또는 “등록”을 어느 “주무관청”에 해야 하는지 전혀 규정하고 있지 않다. 결국 이 요건을 득하기 위해 어느 행정기관에 어떤 절차를 마쳐야 하는지 전혀 알 수 없다. 국민에게 신청권이 분명히 존재함에 불구하고 국가가 이를 위한 절차 또는 양식을 마련하지 아니하였다고 해서 그로 인한 불이익을 국민에게 돌려서는 아니되므로, 국민이 합리적인 범위에서 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호가 정하는 취지에 부합하는 절차를 마쳤다면 해당 요건을 갖추었다고 평가할 수밖에 없다.

(라) 법원도 “조합설립동의서와는 달리 대표조합원선임동의서의 경우에는 법정의 서식이 없는 점, 「도시정비법」 제36조는 지장 등 엄격한 방식을 요구하는 동의에 대하여 한정적으로 열거하고 있는데, 대표조합원 선임의 동의는 기재되어 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 추진위원회가 정한 방식에 맞게 대표조합원선임동의서가 작성·제출되어 다수의 토지등소유자를 대표하는 1인을 대표자로 지정하는 의사만 표시되면 족하다 할 것이다”고 판시한 바 있고(서울행정법원 2020.11.20. 선고 2019구합73055 판결), 이 판결은 상급심에서 그대로 유지되었다(서울고등법원 2022.7.6. 선고 2020누69092 판결, 대법원 2023.8.18. 선고 2022두51901 판결).

(마) 그렇다면, 결국 ① 행정 실무상 유사 업무를 어디에서 처리해 왔는지, ② 법률상 법인이 아닌 단체의 법인성을 인정하는 “인가” 또는 “등록”으로 인정되는 절차가 무엇이 있는지 참고하여야 하는데, 현재 종중을 법인으로 설립하기 위한 “허가”는 기초자치단체를 소관부서로 하고 있으며, 「부동산등기법」 및 「법인 아닌 사단ㆍ재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정」에 따른 “등록”이 「국세기본법」 제13조 제1항 제2호 외 사실상 유일한 비법인에 법인성을 인정하는 법적 절차이다. 이를 종합하면, 기초자치단체에 부동산등기용 등록번호를 신청하여 부여받는 경우, 이를 「국세기본법」제13조 제1항 제1호에서 말하는 주무관청으로부터의 인가 또는 주무관청에 대한 등록으로 인정함이 타당하다.

(바) 청구인은 이 건 임야 양도일 이전인 2016.11.11. 충청남도 논산시장으로부터 부동산등기용 등록번호(111620-343****)를 부여받았고, 청구인의 이름(등록명칭)과 위 등록번호로 이 건 임야에 대한 소유권 등기를 마쳤다.

(2) 토지보상금은 「법인세법」 제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 비과세 대상이다.

(가) 「법인세법」은 비영리법인이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 처분하고 취득한 수입을 과세대상에서 제외하고 있다.

(나) “종중은 공동선조의 분묘수호와 제사 및 종중원 상호간의 친목을 목적으로 구성되는 종족의 자연적 집단”이다(대법원 1988.9.6. 선고 87다카514 판결). 정관에 해당하는 청구인의 종규(1992.3.15. 제정)를 보면, 선조의 향사(享祀)와 묘소(墓所) 관리가 그 목적으로 명시되어 있고, 이 건 임야에는 청구인의 목적에 따라 선조의 묘소가 모셔져 있었으며, 종원들이 모여 제사를 지내고 친목 활동을 하였다. 따라서 이 건 임야는 「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에서 말하는 ‘정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산’에 해당하며, 법원 역시 선산을 종중의 고유목적사업에 직접 사용하는 자산이라고 판단하고 있다(대법원 2017.2.15. 선고 2016두57014 판결 등).

(다) OOO김씨 OOO는 종중 소유 부동산을 종원들에게 명의신탁하여 관리하고 있었는데, 청구인이 분파되어 나오게 되면서 이 건 임야도 청구인에게 넘어오게 되었다. 한편, 청구인의 상위 종중인 OOO는 2016.5.3. 법인으로 보는 단체로 승인받았고 OOO가 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 처분하고 취득한 수입은 과세 대상에서 제외되었다.

나. 처분청 의견

(1) 종중은 공동선조의 분묘의 보존, 제사의 이행, 종원간의 친선ㆍ구조 및 복리증진을 도모하는 권리능력 없는 사단인 가족단체로 사단법인과 달리 등기하지 못하고 법인격이 없는 단체에 해당한다.

(2) 종중은 「국세기본법」 제13조 제1항에 따라 주무관청의 허가나 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체에 해당하지 아니한다.

(3) 청구인이 주장하는 있는 문화체육관광부의 위임을 받아 지방자치단체에서 관리하고 있는 비영리법인(중중 포함)은 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익을 목적으로 하는 단체만 해당하며, 「부동산등기법」 제49조 및 「법인 아닌 사단ㆍ재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정」에 따라 등록번호를 부여하는 것은 등기 관리를 효율적으로 하기 위한 것이므로, 등록번호를 부여받은 것만으로는 주무관청에 등록한 것으로 볼 수 없다.

(4) 청구인이 제출한 분묘현황과 토지보상금 사용내역에 의하면, 청구인이 이 건 토지를 종중의 묘지(선산)로 사용하고 토지보상금을 종중의 고유목적사업비로 사용한 것으로 보인다. 그러나 청구인은 「국세기본법」 제13조 제1항에 따라 주무관청의 허가나 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단에 해당하는 법인이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체에 해당하지 아니하고, 이 건 토지 양도 당시에는 「국세기본법」 제13조 제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받은 사실이 없으므로 제2항 각 호에서 정한 일정한 요건을 갖추었는지 여부와 관계없이 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호의 당연 의제법인에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체 등) ① 법인(「법인세법」 제2조 제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

(2) 국세기본법 시행령 제8조(법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등) ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(「법인세법」 제2조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 그 밖에 필요한 사항

(3) 소득세법 제2조(납세의무) ③ 「국세기본법」 제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로, 그 밖의 경우에는 1비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 소득구분에 따라 해당 단체의 각 구성원별로 이 법 또는 「법인세법」에 따라 소득에 대한 소득세 또는 법인세[해당 구성원이 「법인세법」에 따른 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)인 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다]를 납부할 의무를 진다.

1. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있고 해당 구성원별로 이익의 분배비율이 확인되는 경우

2. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있지 아니하나 사실상 구성원별로 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우

(4) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

(5) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2011.8.25. 관할세무서에 「소득세법」 제2조 제3항의 개인으로 보는 단체로 등록하여 고유번호증을 발급받았으며(OOOOOO종중, 308-80-1****), 2016.11.11. 충청남도 논산시장으로부터 부동산등기용 등록번호(111620-343****)를 부여받았다.

(2) 이후, 청구인은 2023.11.3. 「국세기본법」 제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인을 받았다.

(3) 한편, 청구인의 분묘현황 자료에 의하면, 이 건 토지에는 묘지 6기(인중공 3세, 인중공 6세, 인중공 7세)가 있고, 충청남도 논산시의 분묘 및 지장물 보상비 관련자료에도 같은 내용이 기재되어 있으며, 토지보상금의 지출내역을 보면, 대종회(OOO김씨OOO종중) 운영자금 대여, 임원판공비, 양도소득세, 정기예금 등 청구인의 고유목적사업비로 사용된 것으로 나타난다

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 「국세기본법」 제13조 제1항 제2호 외에는 「부동산등기법」 및 「법인 아닌 사단ㆍ재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정」에 따른 “등록”이 종중의 법인성을 인정하는 유일한 법적 절차이므로, 지방자치단체로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받은 경우에는 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호의 당연 의제법인에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 부동산등기용 등록번호는 등기권리자의 동일성 확인과 등기사무의 편의 등을 위한 제도에 불과하므로 종중이 부동산등기용 등록번호를 부여받았다는 사정만으로는 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호 소정의 ‘법령에 의하여 주무관청에 등록한 단체’에 해당한다고 볼 수 없고(대법원 2010.12.23. 선고 2008두19864 판결, 같은 뜻임), 청구인이 이 건 토지 양도일 현재 「국세기본법」 제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인을 받은 사실도 없으므로, 처분청에서 청구인이 「국세기본법」 제13조의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니한다고 보고 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.