이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1994.3.16. 개업하여 소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하는 법인으로, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 고용노동부장관에게 납부한 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 2019∼2023사업연도 법인세 신고를 하였다가, 장애인 고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않는다고 보아 2024.6.26. 이를 손금산입하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.8.23. 이를 거부하였다.

＜표1＞ 청구법인의 장애인 고용부담금 납부내역

(단위 : 원)

나. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.11. 심판청구를 제기하였다.

1. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

장애인 고용부담금은 의무의 불이행 등에 대한 제재로서 부과되는 공과금이 아니라 장애인 고용촉진 등을 위한 재원을 마련하기 위한 부담금으로 보아야 하므로 처분청이 이를 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

(1) 「법인세법」 제21조 제5호는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금의 경우 손금에 산입하지 않는다고 규정하고 있는데, 장애인 의무고용률을 준수하지 못하는 사업주가 납부하여야 하는 장애인 고용부담금의 경우 장애인고용의무제도의 실효성 확보수단으로 사업주의 공동갹출금에 해당하고, 실제로 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금 또는 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 지급하는 고용장려금의 재원으로 사용되고 있는바, 이는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 유도적ㆍ조정적 부담금이고, 따라서 「법인세법」 제21조 제5호의 손금으로 불인정되는 공과금이 아니다.

(2) 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결에서는 장애인 고용부담금의 성격, 「법인세법」 개정연혁, 사회적 필요성 및 입법과정에서의 논의 존재 여부, 기존 판결 등을 모두 고려하여 장애인 고용부담금이 ‘제재’로서 부과되는 공과금에 해당하지 아니한다고 판단하였다.

나. 처분청 의견

「법인세법」 제21조 제5호는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금의 경우 손금에 산입하지 않는다고 규정하고 있는데, 장애인 고용부담금은 장애인고용법의 의무고용률을 준수하지 못함에 따라 부과된 것으로 위 규정에 따른 공과금에 해당하고, 기획재정부는 위와 동일한 해석을 내리고 있으며, 조세심판원 또한 최근 장애인 고용부담금을 손금불산입 대상으로 판단(조심 2021서711, 2021.8.6.)하였으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

1. 심리 및 판단

가. 쟁점

장애인 고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부

가. 관련 법률

(1) 법인세법(2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것)

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5.법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법

제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 청구법인의 2019~2023사업연도 법인세 신고내역과 같은 기간에 대한 경정청구 내역은 아래 ＜표2＞와 같은바, 총 OOO원의 환급을 청구한 것으로 나타난다.

＜표2＞ 법인세 신고내역 및 경정청구 내역

(단위 : 원)

(나) 처분청이 2024.8.23. 청구법인에 송부한 경정청구 처리결과 통지서에 의하면, 처분청은 장애인고용법 제33조 제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인 고용부담금은 법령에 따른 의무불이행에 대해 부과되는 공과금으로 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입 대상에 해당한다고 보아 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

(다) 장애인 고용부담금 관련 기획재정부의 법령해석(법인세제과-145, 2018.2.21.) 주요내용은 아래와 같다.

장애인고용법 제33조 제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인 고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 공과금에 해당되는 것임. 다만, 동 예규는 회신일 이후 장애인 고용부담금을 신고ㆍ납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임.

(1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 장애인 고용부담금이 제재로서 부과되는 공과금이 아니므로 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나,

공과금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 정하고 있는 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금”에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제ㆍ개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바,

장애인고용법에서 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인 고용부담금을 납부하도록 규정하고 있어, 이는 의무불이행에 대한 제재로서 「법인세법」 제21조 제5호에 정하는 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 보는 것이 합리적이라 할 것인 점, 장애인 고용부담금의 손금산입 관련 유권해석이 변경된 이후 청구법인이 이를 신뢰하여 2019~2023사업연도에 대한 법인세 신고 시 스스로 장애인 고용부담금을 각 손금불산입한 점 등을 고려하면, 장애인 고용부담금을 손금산입 대상으로 보기는 어렵다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2024서529, 2024.8.8. 외 다수, 같은 뜻임).

1. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.