이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 엘리베이터ㆍ에스컬레이터의 제조, 판매, 설치 및 관련 유지보수를 영위하는 법인으로, 당초 2018사업연도 및 2019사업연도(2019.4.1.~2020.3.31.) 법인세 신고시에는 「조세특례제한법」 제27조의7 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 청년 등 상시근로자의 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제액(이하 “쟁점세액공제액”이라 한다) 산정시, 증가한 청년 등 상시근로자 증가인원 수를 전체 상시근로자의 증가인원 수를 한도로 하여 계산(예시 : 아래 ＜표1＞의 2018사업연도와 같이 청년 등 상시근로자 증가인원 수가 36명이라 하더라도 전체 상시근로자 증가인원 수가 34.17명일 경우 증가인원 수를 34.17명으로 계산)하였으나,

2024.1.31. 처분청에 한도 적용 없이 증가한 청년 등 상시근로자 증가인원 수 전체에 대해 세액공제를 적용하는 것으로 하여 2018~2020사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구(아래 ＜표1＞, ＜표2＞참고)를 하였다.

＜표1＞ 청구법인의 고용증대인원 내역

(단위 : 명)

＜표2＞ 청구법인의 경정청구 내역

(단위 : 명, 원)

1) 당초신고시 청구법인은 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 세액공제액을 산정

2) 2019사업연도 및 2020사업연도의 경우 전년도의 2차연도 세액공제액과 합산한 금액임(2020사업연도는 2019사업연도의 세액공제 합계금액)

나. 처분청은 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 쟁점규정 및 기획재정부의 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.) 등에 따르면 쟁점세액공제액의 산정은 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 계산하도록 규정되어 있다는 이유로 2024.4.1. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 쟁점규정은 내국인의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 규정하면서, 제1호에서 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다, 이하 “쟁점한도규정”이라 한다)에 400만원을 곱한 금액으로 규정하고 있다.

(가) 쟁점한도규정은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)이 2019.12.31 법률 제16835호로 개정되면서 생긴 것으로, 쟁점한도규정을 적용하여 청년 정규직 근로자의 증가한 인원 수를 계산함에 있어 부칙 제1조는 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 부칙 제2조는 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다고 규정하고 있다. 즉, 법인세에 관한 개정규정인 쟁점규정은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 청년 정규직 근로자의 증가한 인원 수를 계산함에 있어 전체 상시근로자의 증가한 인원 수를 한도로 하여 계산하도록 규정하고 있는 것이다.

(나) 조세법률주의에 따라 특별한 사정이 없는 한 문언대로 해석하여야 하는바, 관련 조특법 규정 및 부칙에 따를 때 쟁점규정은 청년 정규직 근로자의 증가한 인원 수를 계산함에 있어 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 하여 계산하도록 규정하고 있어, 2020년 1월 1일 이전에는 쟁점한도규정이 적용되지 않는 것으로 해석하는 것이 명확해 보인다.

(다) 따라서 개정된 쟁점규정은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 적용되는 것이므로 청구법인의 경정청구 대상기간 중 2018~2019사업연도에는 적용되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하고, 세액공제 대상 상시근로자 인원 수의 산정에 있어 납세자에게 다소 불리하게 개정된 쟁점규정을 2018~2019사업연도에 대해서도 적용하는 것으로 해석할 경우 소급과세금지의 원칙을 위배할 소지가 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이다.

(2) 쟁점한도규정의 해석과 관련하여 국세청(법인-1503, 2020.11.19.)은 조특법 제29조의7(법률 제16835호, 2019.12.31.) 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용함에 있어 제1항은 부칙 제1조와 제2조에 따라 이 법 시행일인 2020년 1월 1일 이후에 개시하는 과세연도부터 적용하는 것으로 답변하였으나, 2022년 5월 기획재정부는 쟁점한도규정은 2020년 1월 1일 전 개시하는 과세연도에도 적용된다고 하여 국세청의 의견과 반대되는 회신을 하였다(조세특례제도과-322, 2022.5.4.). 그러나 조세심판원은 쟁점한도규정을 2019년도에도 적용할 수 있는지 여부와 관련하여 2023년 5월 및 7월 두 차례에 걸쳐 쟁점한도규정은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 적용되는 것이라고 명확하게 결정(조심 2023부443, 2023.5.17., 조심 2023부6839, 2023.7.21.)하였다.

(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.

(가) 처분청은 고용증대세액공제는 신규 근로자의 인건비 일부를 지원하는 제도로서, 전체 고용증가 인원에 비례하여 지원되는 것이 타당하다는 의견이나, 쟁점세액공제는 기업의 신규 근로자 고용을 촉진하면서 특히 청년 등 근로자의 고용에 대하여 더 많은 인센티브를 주기 위하여 제정된 법률로서, 법조문상으로 청년 등과 청년 등외 상시근로자 증가인원을 별도로 구분하고, 구분된 인원에 대하여 각각 상이한 금액을 공제하도록 규정하고 있다.

＜표3＞ 고용증대세액공제 고용증가 1인당 공제금액

(단위 : 만원)

(나) 이는 기업의 고용을 장려하되, 특히 청년 등 근로자를 고용할 경우에 더 높은 가중치를 두어 세액을 공제 받게 함으로써 청년 등 고용을 촉진하기 위한 제도인 것으로 이해되고, 청년 등과 청년 등외를 별도로 구분하여 세액공제 금액을 산정하도록 하는 법조문의 체계를 보건데, 당초 규정에 명확하게 청년 등 증가인원수에 한도규정을 두지 않은 한 법조문상의 계산식에 의하여 공제를 하는 것이 타당한 것으로 사료 된다.

(다) 또한 처분청은 비슷한 입법취지인 중소기업 사회보험료 세액공제에도 한도규정이 있는 점을 근거로 쟁점세액공제에도 한도규정이 있는 것이 타당하다는 의견이지만, 중소기업 사회보험료 세액공제는 중소기업만이 적용대상인 점, 기업이 실제로 부담한 사회보험료 중 일부를 지원하는 것이므로 납부한 금액 이상으로 세액공제가 발생하지 않도록 금액에 한도를 두는 것이 불가피한 점, 2012년부터 한도 규정이 이미 명시적으로 존재하였던 점 등 쟁점세액공제와 구체적인 측면에서 상당한 차이가 있다.

(라) 처분청은 2019년의 쟁점한도규정 관련 개정은 기존에도 적용되던 사항의 명확화를 위한 개정이라는 의견이나, 조세법률주의에 따라 특별한 사정이 없는 한 문언대로 해석하여야 하는바, 관련 법률 및 부칙에 따를 때 쟁점규정은 청년 정규직 근로자의 증가인원을 계산함에 있어 2020년 1월 1일 이후부터 전체 상시근로자의 증가인원을 한도로 하여 계산하도록 규정하고 있어, 2020년 1월 1일 이전에는 쟁점규정이 적용되지 않는 것으로 해석하는 것이 명확해 보인다. 그러므로 쟁점규정이 새롭게 생긴 것은 당연히 인정되는 내용을 확인하는 규정이 아니라 조세경감을 제한하고자 하는 정책적인 목적이 있는 창설적 규정으로 해석하는 것이 타당하다.

(3) 쟁점규정에 대한 청구법인의 추가 의견은 다음과 같다.

(가) 고용증대 세액공제 규정은 “해당 과세연도”의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 “해당 과세연도”와 “해당 과세연도”의 종료일부터 1년 또는 2년이 되는 날이 속한 과세연도까지 “해당 과세연도”의 고용 증가에 대한 공제금액을 1차연도부터 2차 또는 3차연도까지 공제하는 것이므로 고용증대 세액공제 개정규정의 적용시기는 “해당 과세연도” 즉, 고용이 증가한 사업연도를 기준으로 개정규정 적용 여부를 판정함이 문언상 타당할 것으로 판단되고,

고용증대 세액공제 규정은 해당 사업연도, 즉 1차 연도가 고용증가라는 공제요건을 충족한 경우 1차 연도와 동일한 공제금액을 2차 또는 3차연도까지 계속 공제하는 일종의 기간 공제제도이므로 고용증대 세액공제 개정규정의 적용시기도 단순히 공제시기가 속한 사업연도가 아니라 고용증가라는 당초 공제요건을 충족한 사업연도를 기준으로 판정하는 것이 고용증대 세액공제 제도의 입법취지에도 부합하는 점을 고려할 때,

한도규정을 명문화한 고용증대 세액공제 개정규정을 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다는 의미는 2020.1.1. 이후 개시하는 해당 과세연도에 상시근로자 수가 증가한 경우, 즉, 2020사업연도의 고용 증가인원에 대해 1차연도 공제를 적용하는 경우에는 개정규정을 적용하고 2019사업연도 이전의 고용 증가인원에 대해 2차연도 공제를 적용하는 경우에는 종전규정을 적용하여 한도규정의 적용을 배제하는 것이 고용증대 세액공제 개정규정과 부칙의 문언에 부합한다.

(나) 감면요건(청년등 상시근로자의 증가)의 원인행위(신규 채용 등에 다른 청년등 상시근로자의 증가)는 개정 전 조특법의 시행 당시인 2019사업연도에 이루어졌고, 이러한 원인행위는 2019사업연도에 이미 완료되어 감면요건까지 모두 충족되어 있었으므로, 개정 전 규정이 유지되었다면 청구인은 2020사업연도에 당연히 세액공제를 적용받을 수 있었다.

개정 전 쟁점규정은 “다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[괄호 내 생략]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세 또는 법인세에서 공제한다”고 규정하고 있었으므로, 납세자로서는 ‘해당 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도’(2020사업연도)에 당연히 세액공제를 받을 수 있다는 기대를 가질 수 있으며, 이는 보호되어야 하는 수준의 기대로 볼 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 고용증대세액공제는 신규 근로자의 인건비 일부를 지원하는 제도로서 전체 고용증가 인원에 비례하여 지원되는 것이 타당하고, 전신인 청년고용증대세액공제와 비슷한 입법취지로 도입된 중소기업사회보험료 세액공제에서도 전체 상시근로자 증가인원 수를 한도로 계산되었다.

(2) 2019년 세법 개정시 쟁점규정의 개정은 기존에도 적용되던 사항의 명확화를 위한 개정임을 명시하고 있다.

＜표4＞ 쟁점규정 관련 개정세법 해설

가. 개정취지

○ 고용증대세제의 합리적 운용

나. 개정내용

종 전

개 정

□ 고용증대세제

○ (공제액) 전년보다 고용증가시 1인당 연간 일정금액 공제

(단위 : 만원)

구 분 중소기업 중견 기업 대기업 수도권 지방 청년* 상시 1,100 1,200 800 400 청년 외 상시 700 770 450 -

* 15세 이상 29세 이하인 사람

□ 세액공제 금액 명확화 및 사후관리 기준 변경

○ 각 공제금액(청년/청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 함을 명시

(이하 생략)

다. 적용시기 및 적용례

○ (사후관리) 2020.1.1. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용

(추징세액) 2020.2.11. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청년 등 상시근로자의 고용증대세액공제액 계산시 「조세특례제한법」 제29조의7 제1항 제1호에 규정된 쟁점한도규정(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 계산)은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

② 2019사업연도에 성립된 고용증대세액공제액을 2020사업연도에 추가로 공제(2차 공제)하는 경우에 쟁점한도규정이 적용되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정된 것)

제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “청년등상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

＜부칙＞

제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정되기 전의 것)

제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2019.12.31. 대통령령 제30285호로 일부개정된 것)

제26조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ⑤ 법 제29조의7 제2항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 제1호의 금액(해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제29조의7 제1항에 따라 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다)에서 제2호의 금액을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 본다)으로 하며, 이를 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 법 제29조의7 제1항에 따라 공제받은 과세연도(2개 과세연도 이상 연속으로 공제받은 경우에는 공제받은 마지막 과세연도로 하며, 이하 이 조에서 "공제받은 과세연도"라 한다) 대비 해당 과세연도의 상시근로자 및 청년등 상시근로자 감소 인원에 법 제29조의7 제1항 각 호의 구분에 따른 금액을 곱한 금액

2. 공제받은 과세연도 대비 직전 과세연도의 상시근로자 및 청년등 상시근로자 감소 인원에 법 제29조의7 제1항 각 호의 구분에 따른 금액을 곱한 금액(공제받은 과세연도가 직전 과세연도인 경우에는 영으로 본다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 국세청 예규(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19.)의 내용은 아래 ＜표4＞와 같은바, 동 예규는 기획재정부의 해석 변경으로 삭제된 것으로 나타난다.

＜표5＞ 국세청 예규(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19.)의 내용

[제목]

고용증대세액공제의 증가한 상시근로자의 인원수 한도 규정 적용시기

[요지]

「조세특례제한법」 제29조의7(법률 제16835호, 2019.12.31.) 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용함에 있어 제1항은 부칙 제1조와 제2조에 따라 이 법 시행일인 2020년 1월 1일 이후에 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것임.

[회신]

「조세특례제한법」 제29조의7(법률 제16835호, 2019.12.31.) 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용함에 있어 제1항은 부칙 제1조와 제2조에 따라 이 법 시행일인 2020년 1월 1일 이후에 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것입니다.

[관련법령]

조세특례제한법 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)

1. 사실관계

○ △△회계법인(이하 ‘질의법인’이라 함)은 2019년 과세연도의 상시근로자 증가인원에 대해 고용증대세액공제를 적용받고자 함

2. 질의내용

○ 질의법인이 조세특례제한법 제29조7(법률 제16835호, 2019.12.31.) 제1항에 개정 반영된 ‘증가한 상시근로자의 인원수 한도’ 규정의 적용시기 질의

(이하 생략)

(2) 처분청은 기획재정부의 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4. 등) 등에 따라 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

＜표6＞ 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.)의 내용

[제목]

고용증대세액공제액 산정시 한도규정 적용시기

[요지]

고용증대세액공제액 산정시 한도규정은 2020.1.1. 전 개시하는 과세연도에도 적용되는 것임

[질의]

「조세특례제한법」 제29조의7(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것)제1항에 따른 “증가한 상시근로자의 인원수 한도” 규정이 2020.1.1. 전 개시하는 과세연도에도 적용되는지 여부

1안) 한도규정 적용

2안) 한도규정 적용되지 않음

[회신]

귀 질의의 경우 1안이 타당함

[관련법령]

조세특례제한법 제29조의7

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①, ②에 대하여 살피건대, 처분청은 청년 등 상시근로자의 고용증대세액공제 계산에 있어 청년 등 상시근로자의 증감 인원 수와 청년 등 외 상시근로자의 증감 인원 수를 통산하여 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 계산하여야 한다는 의견이나,

2018·2019사업연도 당시 「조세특례제한법」 제29조의7 제1항은 ‘증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다’는 내용을 규정하고 있지 아니하고, 개정된 법률 부칙 제1조(시행일)는 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하였으며, 제2조(일반적 적용례) 제1항은 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있어 개정된 법률은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 2018·2019사업연도 상시근로자의 증감 인원 수를 산정하여 청구법인의 2018·2019사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2023부443, 2023.5.17., 조심 2023부6839, 2023.7.21. 같은 뜻임).

다만, 개정된 법률 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분에 대하여는 개정된 법률이 적용되는 것이고, 2020.3.13. 기획재정부령 제776호로 개정된 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제10호의8 서식 “고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서”의 작성방법에서도 2차년도 및 3차년도 세액공제액 계산 시 각 공제금액(청년/청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 한다고 기재되어 있으므로, 이 건 처분 중 처분청이 개정된 법률에 따라 쟁점세액공제액을 계산하여 청구법인의 2020사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2024중4737, 2024.11.21. 같은 뜻임).

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.