이유
1. 원처분 개요

청구인은 서울특별시 성동구 OOO가 OOOOO 지상에 상가건물신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 청구외 OOOO건설주식회사에 도급을 주고 동 공사의 선급금 50,000,000원 및 1차중도금 50,000,000원과 2차중도금 100,000,000원을 지급하고 공급가액 200,000,000원으로 기재된 세금계산서를 93.6.18자로 교부받아 93년 제1기분 부가가치세 20,000,000원을 환급세액으로 신고하였다.

처분청은 청구인이 93.4.26 지급한 선급금 50,000,000원에 대해서 93.6.18 매입세금계산서를 교부받은 것은 사실과 다른 세금계산서라고 하여 이에대한 매입세액 4,545,454원을 공제하지 아니하고 신고한 매입세액 중에서 15,001,000원만을 93.8.27 환급하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.10.19 심사청구를 거쳐 94.2.3 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

처분청이 선급금 50,000,000원에 대한 매입세액 4,545,454원을 사실과 다른 세금계산서에 대한 매입세액이라고 하여 불공제한 것은 거래사실이 확인되는 공사대에 대하여 공제하지 아니한 처분으로 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

청구인이 교부받은 세금계산서중 선급금 해당액은 공급시기후에 교부받은 세금계산서로 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 93.4.26 선금 50,000,000원을 지급하였으나 93.6.18 다른 중도금과 함께 공급가액을 200,000,000원으로 하여 교부받은 세금계산서중 선금 50,000,000원에 대한 매입세액 4,545,454원을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분이 정당한지를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제9조

제2항에서 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다고 규정하고

같은법시행령 제22조

제2호에서 완성도기준지급·중간지급등의 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 그 용역의 공급시기로 보도록 규정하고 있어서 용역의 공급시기는 대금의 실질적인 수수시기와는 달리 대가의 각 부분을 받기로 한 때임을 알 수 있다.

다. 청구인이 93.4.26 지급한 선금 50,000,000원이 계약금이 아니고 선급금인지를 보면 청구인과 OOOO건설주식회사와 93.4.24 작성한 민간건설공사 표준도급계약서의 어디에도 계약금에 관한 별도의 규정이 없고, 반면 동 계약서 제6조 제1항에서는 선금의 용도는 계약목적외에 사용할 수 없으며 노임지급 및 자재확보에 우선 사용토록 하고 같은조 제2항에서 선금은 기성부분의 대가를 지급할 때마다 “선금정산액 = 선금액 × 기성부분의 대가 / 계약금액”이라고 규정하고 있고, 특약사항으로 기성고 지급방법에는 “선금 50,000,000원, 지하층슬라브 타설후 50,000,000원, 골조완료시 100,000,000원, 조적공사완료시 100,000,000원, 준공후 10일이내 74,000,000원”으로 규정하여 위 선금 50,000,000원은 계약금이 아니라 정해진 공사기간내에 공사의 완공을 추진하기 위한 착수금내지 자금지원 목적으로 지급하기로 한 것이라 보여진다.

위 선금 50,000,000원을 착수금 또는 자금지원 목적으로 지급한 것으로 볼 경우 선금의 지급시기 및 정산방법에 관하여 위 계약서 제6조와 특약사항의 내용이 각각 상이하나 양자의 경우 특약사항이 우선 적용되는 것이고 이 건과 같이 중간지급조건부 계약의 경우 위 선금 50,000,000원의 공급시기는 1차중도금 지급시기인 93.6.18이 된다(국심 85중2091, 86.3.6 같은 뜻).

그러하다면 청구인이 교부받은 세금계산서 금액중 선금 50,000,000원에 대한 부분은 공급시기에 적법하게 교부된 세금계산서이므로 처분청이 사실과 다르다고 하여 위 선금에 해당하는 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 부당하다고 판단된다.

따라서 청구인의 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.