이유
1.처분개요

가.청구인은 1996.2.28. 취득한 경기도 평택시 OOO 전 1,652㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2023.4.7. 및 2023.7.10. 양도가액 합계 OOO원에 양도한 후 쟁점토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당하는 것으로 보아「조세특례제한법」제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나.처분청은 양도일 현재 쟁점토지가 농지에 해당하지 아니한 것으로 확인하여 쟁점토지를 「조세특례제한법」제69조의 감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2024.11.7. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1) 청구인은 1996년 쟁점토지를 취득하여 8년 이상 쟁점토지 인근에서 거주하면서 과수 경작에 쟁점토지를 활용하였던 사실이 청구인의 주민등록 내역, 농지원부, 쟁점토지 관할 지방자치단체장의 재산세 과세현황 등을 통해 확인되는바, 쟁점토지는 「조세특례제한법」제69조의 8년 이상 자경감면 요건을 충족한 농지에 해당한다.

(2) 처분청은 쟁점토지의 양도일 당시 쟁점토지가 농지가 아니었다는 사유로 「조세특례제한법」제69조의 8년 이상 자경감면 적용을 배제하였는데, 쟁점토지는 양도일 당시 일시적 휴경농지에 해당할 뿐, 농지라는 사실에는 변동이 없으므로 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.

(가) 대법원은 일시적 휴경상태에 있는 농지에 대하여 ‘공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 비과세 대상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이나, 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경상태하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것이다’라고 판시(대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결)하였고, 조세심판원도 위와 같은 사안에 대하여 ‘여러 사정에 비추어 그와 같은 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보이는 경우에는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것’이라고 결정(조심 2017전3015, 2017.10.11.)하였는바, 농경장애의 원인이 제거된다면 다시 농경지로 이용될 수 있는 일시적 휴경상태에서 양도된 경우 농지의 양도로 보는 것이 타당하다.

(나) 이 건의 경우 청구인이 2017년경 폐암진단 및 수술을 받아 일시적으로 쟁점토지를 경작하지 못하였던 것일 뿐, 2019년경 이후 쟁점토지를 경작한 사실이 인근 주민 확인서 등을 통해 확인되는 점, 2023년 5월경까지 청구인의 사위가 쟁점토지에서 과수 경작을 하였고, 2019년 10월경 쟁점토지와 연접토지의 소유자가 실시한 도로개발 공사과정에서 쟁점토지 일부 경계면이 훼손되는 재산상 피해가 있었으나, 나머지 부분에서는 정상적으로 과수 경작이 진행되었으며, 처분청도 쟁점토지에 대한 현장조사 당시 연접 토지의 도로개발 공사로 인해 과수원 일부가 훼손된 피해사실이 있으나 배나무 6그루가 존재한다고 인정하고 있어 야산 형태가 아닌 과수원의 형태를 갖추고 있었던 점, 쟁점토지가 국토지리정보원의 항공사진에도 농지 이외 다른 용도로 사용된 적이 없는 것이 나타나, 농지로서의 기능을 회복하기 어려운 정도의 형상이 변화하거나 복구불능의 장애가 존재하지도 아니한 상황에서 농경장애의 원인이 제거된다면 그 즉시 과수원으로 이용될 수 있는 상태라는 명확히 확인되는 점 등을 종합적으로 고려할 때 단순히 처분청의 조사 당시 쟁점토지에 대한 경작이 이루어지지 않았다는 사실만으로 쟁점토지가 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 쟁점토지에 대하여 「조세특례제한법」제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 감면적용을 배제한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경한 농지로서 양도일 현재 일시적 휴경상태인 농지였다고 주장하나, 쟁점토지의 위성사진상 쟁점토지에 묘지가 소재한 것으로 확인되는 등 농지로서 관리가 되어 있지 않은 것으로 나타나고, 쟁점토지에 대한 현장확인 결과 수풀이 무성한 나대지로 확인되었으며, 일시적 휴경의 경우 법률상의 사유로 강제 휴경되는 경우나 도로개설에 따른 진출입로를 위한 강제적인 농지사용 등 휴경상태에 이를 수 밖에 없는 특별한 사정 등이 있어야 하나, 단순히 연접 토지의 도로 개설공사로 인해 쟁점토지 중 일부가 훼손되었다는 이유로 쟁점토지 전체가 불가피한 사정에 따라 일시적 휴경상태에 있었다고 인정하기도 어려우므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵고, 이 건 처분은 정당하다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

쟁점토지가 양도일 현재 농지에 해당하므로 「조세특례제한법」제69조의 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구인은 1996.2.28. 쟁점토지 취득 후 2023.4.7. 및 2023.7.10. 쟁점토지를 제3자에게 양도하였다.

＜표1＞ 쟁점토지 등기사항전부증명서(일부 발췌)

○○○

(나) 쟁점토지 관할 지방자치단체장은 쟁점토지에 대하여 2020년 귀속 재산세 부과시 쟁점토지의 사실상 현황을 나대지로 보아 종합합산 과세대상 토지로 분류하였으나, 청구인이 쟁점토지 관할 지방자치단체장에게 연접 토지 개발로 인해 쟁점토지가 훼손되어 당초 용도인 과수원으로 사용되지 못하였다는 주장으로 이의제기를 하자 당초 쟁점토지의 현황인 과수원을 기준으로 쟁점토지를 분리과세 대상토지로 변경하여 재산세를 감액 결정하였고, 이후 쟁점토지의 사실상 현황을 ‘전’으로서 분리과세대상토지에 해당하는 것으로 보아 2023년 귀속 재산세를 부과한 것으로 확인된다.

＜표2＞ 쟁점토지 관할 지방자치단체장 공문회신 내역

○○○

(다) 처분청은 청구인이 8년 이상 재촌.자경한 사실은 인정하되, 쟁점토지 양도일 당시 쟁점토지가 사실상 나대지 상태에 해당하였던 것으로 보아 「조세특례제한법」제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제하여 이 건 부과처분을 하였다.

＜표3＞ 쟁점토지에 대한 양도소득세 조사종결보고서

○○○

(2) 청구인은 쟁점토지가 양도일 현재 일시적 휴경 상태에 있는 농지였으므로 「조세특례제한법」제69조의 자경농지 요건을 충족하였다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다.

(가) 청구인은 쟁점토지와 연접한 토지 소유자가 진행한 도로 개설 공사 등으로 인해 쟁점토지의 일부가 훼손되어 연접토지 소유자를 상대로 2021.1.6. 쟁점토지상 배나무 소실 등에 대한 손해배상청구소송을 제기하였고, 위 소송이 2023.8.3. 청구인 패소로 확정되었으나, 관할 지방자치단체장도 쟁점토지와 연접한 토지의 공사로 인해 쟁점토지가 훼손된 사실을 인정하였고, 그러한 사유로 쟁점토지의 양도일 당시 일시적 휴경상태에 있었던 것이라고 주장하면서 손해배상청구소송 소장, 당시 쟁점토지 훼손 현장 사진 및 쟁점토지 관할 지방자치단체장의 진정서 회신문을 제출하였다.

＜표4＞ 쟁점토지 관할 지방자치단체장의 진정서 회신

○○○

＜표5＞ 손해배상청구소송 소장

○○○

(나) 청구인은 청구인이 2019년 폐암 수술 이후 청구인의 사위 등이 쟁점토지를 양도일까지 경작하였다는 사실을 확인하고 있으므로 양도일 당시에도 쟁점토지가 농지에 해당하였다고 주장하면서 사실확인서 등을 제출하였다.

＜표6＞ 사실확인서

○○○

(3) 우리 원 담당자가 2025.6.27. 실시한 현장조사에 의하면, 쟁점토지의 경우 현재 소유자가 쟁점토지에 농막을 설치하고 농작물을 경작 중인 상태로 확인되었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 양도일 현재 쟁점토지가 농지에 해당한다고 보기 어려우므로 「조세특례제한법」제69조의 자경농지에 대한 감면규정을 적용할 수 없다는 의견이나, 청구인이 1996년 이후 쟁점토지 인근에서 계속 거주하면서 쟁점토지를 과수원으로 계속 사용하여 8년 이상 재촌.자경한 것으로 보이고, 2020년 이후 쟁점토지가 일부 훼손되어 연접 토지 소유자에 대한 손해배상청구소송을 제기하면서 피해 대상물을 보전하기 위해 일시적으로 휴경하던 중 이를 제3자에게 양도한 것으로 보이며, 쟁점토지의 관할 지방자치단체장도 2020년 이후에도 쟁점토지의 현황을 농지로 보아 재산세를 부과한 것으로 확인되는 점, 농지의 현상을 상실한 상태가 일시적인 것에 불과하여 농지로서의 원상회복이 용이하게 이루어질 수 있다면 그 토지는 여전히 「농지법」에서 말하는 농지에 해당하는 한편, 농지가 형질변경이나 전용으로 현실적으로 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도, 그 현상변경의 정도와 주변토지의 이용상황 등에 비추어 농지로 회복하는 것이 불가능하지 않다면 그 변경 상태는 일시적인 것에 불과하다고 보아야 할 것이고, 농경의 장애원인이 제거된다면 다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보여지는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이며, 그와 같은 휴경상태 하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것인바(대법원 2015.3.12. 선고 2013도10544 판결, 같은 뜻임), 우리 원이 이 건 심판청구일 이후 쟁점토지에 대한 현장확인을 실시한 결과 쟁점토지가 농작물이 경작되고 있는 농지로 사용되고 있는 것으로 확인되므로, 쟁점토지의 양도일 당시 쟁점토지가 훼손되어 영구적으로 농지로 사용할 수 없는 상태가 아닌 농경의 장애원인이 제거된다면 다시 농경지로 이용될 수 있는 휴경 상태에서 양도된 것으로 보이므로 쟁점토지의 양도는 농지의 양도에 해당한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 「조세특례제한법」제69조의 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정 적용을 배제하여 청구인에게 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1)조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2)조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우 : 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제27조(농지의 범위등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.