벤처기업 등 출자에 따른 소득공제 시 벤처기업인증일 이전 출자일이 속하는 과세연도 귀속으로 적용시기를 변경ㆍ선택할 수 있는지 여부

예규·판례

벤처기업 등 출자에 따른 소득공제 시...

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심판청구

조심 2025서0596

생산일자 2025-10-22

AI 요약

요지

벤처기업 및 투자 여부는 관할 부처인 중소벤처기업부가 인증해 주고 있고, 그 인증 시점에서야 비로소 벤처기업(혁신성장유형)에 속하는 것으로 볼 수 있는데, 인증일이 속하는 과세연도 전의 출자ㆍ투자일이 속하는 과세연도 시점의 투자는 벤처기업 상태에서의 투자가 아니므로 원칙상 소득공제를 소급적용하기 어려움

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2022.7.1. 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 25억원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 출자(이하 “쟁점출자”라 한다)하였고, 쟁점법인은 2022년 당시에는 벤처기업에 해당하지 아니하였으나, 2023.3.29. 중소벤처기업부장관으로부터 벤처기업(혁신성장유형)으로 인증받았다.

나. 청구인은 2023.5.31. 2022년 귀속 종합소득 과세표준 및 세액 신고를 하면서, ‘소득공제시기변경신청서’를 제출하여 소득공제신청서상 ⑨ 투자금액란에 OOO원을 기재한 후, ⑫ 공제금액란에는 OOO원으로 기재하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제16조에 따른 ‘벤처기업 등 출자에 따른 소득공제’를 받지 아니하였고, 2023.6.1. 조특법 제16조 제1항 및 제3항 규정에 따라 쟁점금액의 소득공제 적용시기를 2022년 귀속으로 변경(선택)하여 2022년 귀속 종합소득 과세표준 및 세액신고서상 소득공제에 OOO원을 적용하여야 한다며 경정청구를 하였으며, 2023.6.9. 국세청에 서면질의를 신청하였고, 2023.6.26. 경정청구를 취하하였다.

다. 이후 청구인은 2024.3.19. 당초 경정청구와 같은 내용으로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.5.21. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.29. 이의신청을 거쳐 2024.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조특법 제16조 제1항에 따른 소득공제를 선택하는 규정의 해석은 다음과 같다.

(가) 조특법 제16조 제1항에 따르면, 소득공제를 선택하는 아래와 같이 2017.12.19. 기존 “출자일”기준에서, 제3항의 규정 신설로 “인증일”기준으로 신설하였다가, 제3항이 2019.12.31. 삭제되었고, 현재는 다시 “출자일” 기준으로 소득공제를 받을 수 있도록 하여 투자자의 선택권을 확대하였다.

출자ㆍ투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도)부터 : 2017.12.19. 신설 → 2019.12.31. 삭제

(나) 위 선택하는 규정의 “출자ㆍ투자일이 속하는 과세연도(시작점)” 및 “투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도(종료점)”를 해석하는 데 있어, 「개인투자조합 등록 및 투자확인서 발급규정」(이하 “투자확인서 발급규정”이라 한다) 제20조에 따르면, 선택하는 규정의 출자ㆍ투자일(시작점)은 “자본금 증자 변경일 또는 사채 발행일”로 고정되어 있고, 종료점도 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지로 고정되어 있다.

이는 제3항의 삭제(2019.12.31.)와 함께 “출자ㆍ투자일” 기준으로 소득공제시기를 명확히 하려는 입법 취지에 따라 이루어졌기 때문이다.

(다) 따라서, 소득공제는 “출자ㆍ투자일”(시작점)부터 “출자ㆍ투자 후 2년”이 되는 날(종료점)까지의 기간 중 하나의 과세연도를 선택하여 받을 수 있다.

(2) 조특법 제16조 제1항의 2019.12.31. 개정 이후 변화는 다음과 같다.

(가) 2019.12.31. 법 개정을 통해 “제3항의 벤처기업 인증일이 속하는 과세연도”라는 문구가 선택하는 규정에서 삭제되고, 이에 관한 원칙 규정에 추가되었고, 이로 인해 선택하는 규정의 소득공제 시작점이 “출자ㆍ투자일 기준”으로 고정됨에 따라 “인증일 기준”으로 고정하는 것이 법적으로 불가능해졌다.

(나) 2019.12.31. 개정 이후, 선택하는 규정에서는 출자ㆍ투자일을 기준으로 출자ㆍ투자일이 속하는 과세연도부터 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 중 1개를 선택하여 소득공제를 받을 수 있게 되었으며, 이는 제3항의 신설과 관계없이 사실상 2014년 당시의 “출자ㆍ투자일 기준”으로 회귀한 것이다.

(다) 다만, 소득공제를 원칙인 “인증일”이 속하는 사업연도에서도 공제를 받을 수 있지만, 투자자의 선택권을 보장하기 위하여 선택하는 규정의 소득공제시기 변경신청서를 통해 “출자ㆍ투자일 기준”으로 소급하여 공제받을 수 있도록 정비되었다.

(라) 만약, 처분청 의견대로 “인증일 기준”으로 공제를 허용하려 했다면, 2019.12.31. 법률을 “원칙(인증일)”과 “선택(출자ㆍ투자일)”으로 구분하여 개정의 필요성이 없었을 것이고, 또한 개정 당시 선택하는 규정에도 “출자ㆍ투자일(제3항 인증일 포함)”이라는 문구를 삽입하거나 “인증 이후 2년 이내” 적용 가능성을 명확히 규정했어야 할 것이다.

(마) 그러나 이러한 문구가 포함되지 않았으므로, 법 개정은 투자자의 선택권을 보장하려는 방향으로 이루어진 것으로 보는 것이 합리적이다.

(3) 2020.2.11. 개정된 조특법 시행령 제14조 제7항에 따르면, 2020년 소득공제시기의 변경신청서를 도입하였다.

(가) 2020.2.11. 신설된 소득공제시기 변경신청서 작성지침에 따르면, ① (시작점 : 출자ㆍ투자일 기준) : 19번 : “출자(투자) 과세연도”란은 10번 및 16번의 “출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도”로 정의되어 있는데, 투자확인서 발급규정 제20조에 따르면, 투자일(시작점)은 “자본금 증자 변경일”로 규정하고 있다.

또한 ② (종료점 : 출자ㆍ투자 후 2년 기준) : “소득공제 변경신청 과세연도”란은 “출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도”(종료점) 중 1과세연도를 선택하도록 규정하고 있다.

(나) 이로 인해, 시작점과 종료점 모두 “출자ㆍ투자일” 기준으로 고정되었으므로, 과거 논란이 되었던 “인증일” 기준의 해석 여지가 완전히 사라졌다.

(다) 결론적으로 소득공제시기 변경신청서 도입으로 인해, 소득공제 적용 시점이 투자자는 출자ㆍ투자일이 속하는 과세연도부터 출자ㆍ투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 기간 중 1개 과세연도를 선택하여 소득공제를 받을 수 있게 되었다.

(4) 조특법 제16조 제1항의 선택 규정은 출자ㆍ투자일을 인증일로 보게 된다면 사후관리 규정과 충돌된다.

(가) 사후관리 규정(조특법 제16조 제2항)에 따르면, 출자ㆍ투자일(예 : 2022.7.1.)을 기준으로 3년 이내에 사후관리가 종료(2025.6.30.)된다.

(나) 소득공제를 “인증일 기준”으로 설정할 경우, 인증일(예 : 2024년)부터 인증 후 2년 이내 과세연도까지(2026년) 소득공제가 가능해져 사후관리 종료(2025.6.30.) 이후에도 혜택을 받을 수 있게 되는데, 이는 사후관리 종료 이후인 2026년까지 소득공제를 받을 수 있어 사후관리 규정과도 충돌할 수 있다.

(다) 출자ㆍ투자일 기준의 사후관리 규정은 사후관리 종료일 이전에 투자자금을 회수하면 소득공제 받았던 금액에 대하여 추징을 하도록 규정하고 있다.

투자자금 회수 시 소득공제를 받은 금액에 대하여 추징을 목적으로 하는데, 소득공제를 받지 않은 상태(2026년 공제)에서 사후관리 위반(2025.6.30. 이전)으로 추징 사유가 발생할 수 없는 구조이므로 출자ㆍ투자일 기준으로 정한 사후관리 규정은 사문화된다.

따라서, 사후관리 규정은 소득공제시기와 일치하여 규정한 것이므로 출자ㆍ투자일 기준으로 보는 것이 입법 취지에 부합한다.

(라) 다음과 같이 동일한 투자 상황에서도 인증 시점에 따라 소득공제 가능 기간에 차이가 발생한다.

이는 투자자 간의 형평성를 저해하고, 인증 시점에 따라 불공평한 혜택을 받을 수 있는 상황을 초래한다.

(마) 위 투자사례에서 소득공제 기준을 인증일(2024년) 기준으로 사용할 경우, 벤처기업의 인증 시점을 의도적으로 조작하여, 소득공제 혜택을 최대한 받으려는 시도가 발생할 수 있다.

인증일 기준으로 공제하면, 사후관리 규정과 충돌하고, 사후관리 규정의 효력을 사문화시키며, 투자자 간의 형평성 문제가 발생하고, 인증시점에 따라 불공평한 혜택을 받을 수 있으며, 벤처기업의 인증 시점을 의도적으로 조작하려는 시도가 발생할 여지가 생기면서, 초기 투자를 장려하려는 제도의 목적을 훼손하게 된다.

따라서, 이러한 문제를 방지하려면, 출자ㆍ투자일 기준으로 하여 소득공제를 하여야 사후관리 규정의 목적과 일치하게 되는 것이다.

(5) 법적안정성과 실질과세 원칙 준수 차원에서도 출자ㆍ투자일 기준으로 해석하는 것이 타당하다.

(가) 출자ㆍ투자일 기준의 장점는 다음과 같다.

1) 조특법 제16조에서 소득공제 기산점 (시작점)과 종료점을 “출자ㆍ투자일” 및 “출자ㆍ투자 후 2년 이내”로 고정하는 것은 투자자가 세제 혜택을 사전에 명확히 예측할 수 있는데, 이는 투자자의 법적 안정성을 보장하고, 투자환경의 신뢰도를 높인다.

2) 출자ㆍ투자일 기준은 세법의 실질과세 원칙과 수익비용 대응 원칙에 부합하고, 이는 투자자가 실제로 투자한 연도에서 혜택을 받을 수 있도록 하여 투자와 관련된 비용과 소득공제를 적절히 대응할 수 있게 한다.

3) 출자ㆍ투자일 기준은 법인설립 당시 벤처기업이 될 수 없는 상태에서 투자한 것이므로, 이후 인증받은 경우 투자자가 초기 단계에서 출자ㆍ투자를 쉽게 결정할 수 있도록 하여, 벤처기업의 성장을 촉진하는 데 도움이 된다.

(나) 인증일 기준의 문제점은 다음과 같다.

1) 소득공제 기산점(시작점)과 종료점을 “인증일” 및 “인증 후 2년 이내”로 설정하는 것은 사후관리 규정과의 충돌로 행정적 혼란을 초래하고 재무분석 왜곡과 법적 분쟁 증가를 초래할 가능성이 높다.

2) 인증일 기준은 재무분석을 왜곡할 수 있고, 법적 분쟁의 가능성을 높이며, 이는 투자자와 정부 간의 불필요한 갈등을 초래할 수 있다.

(6) 조특법 제16조의 입법 취지는 개인이 초기 창업자금에 투자하도록 장려하고, 투자리스크를 완화를 목적으로 2019.12.31. 이후 “출자ㆍ투자일 기준”으로 회귀하여, 투자자의 선택권을 확대하기 위하여 도입한 것이다.

(가) 이 선택하는 규정은 2014년 당시 “출자ㆍ투자일” 기준으로 적용하던 방식에서 ‘제3항’이 2017.12.19. 신설되면서 “인증일” 기준으로 도입되었다가. 다시 ‘제3항’이 2019.12.31. 삭제되면서, 다시 “출자ㆍ투자일” 기준으로 회귀를 통해 벤처기업의 초기 자금 조달을 용이하게 하여 성장을 지원하고자 개인투자자들에게 투자 당시부터 소득공제 혜택을 제공하고자 개정한 것이다.

(나) 이로 인해, 소득공제 기산점과 종료점이 “출자ㆍ투자일”을 기준으로 고정되었고, “투자 후 2년 이내 과세연도” 중 하나를 선택하여 받을 수 있도록 변경되었으며, 이는 “출자ㆍ투자일” 기준으로 돌아가 투자자의 선택권을 다시 보장한 것이다.

(다) 만약, 처분청 의견대로 선택하는 규정을 “인증일이 속하는 과세연도” 및 “인증 후 2년 이내의 과세연도”로 한정할 경우, 인증 시점에 따라 소득공제 가능 기간이 달라져 형평성이 훼손되고, 사후관리 기간이 종료된 이후에도 소득공제가 가능해져 사후관리 규정과 충돌하면서 행정적 혼란을 초래하며, 인증 시점을 조작하려는 시도가 발생할 가능성이 있어 재무분석을 왜곡하고 법적 분쟁을 유발할 수 있다.

(라) 이러한 이유로 조특법 제16조 및 같은 법 시행령 제14조 제7항에 따라, 2020.2.11. 도입된 소득공제시기 변경신청서 작성지침은 “출자ㆍ투자일 기준(자본금 증자변경일)”으로 소득공제 시작점과 종료점을 명확히 고정하였다.

이는 더 이상 “출자ㆍ투자일” 및 “출자ㆍ투자 후”의 의미를 추가로 논할 필요가 없음을 의미한다.

결론적으로, 선택하는 규정의 소득공제 기산점(시작점 : 출자ㆍ투자일) 및 종료점(출자ㆍ투자 후 2년 이내)이 고정되어 있으므로 조특법 제16조 및 같은 법 시행령 제14조 제7항에 따라 문구 그대로 엄격히 해석하여 “출자ㆍ투자일 기준”으로 적용하는 것이 제도 안정성과 공정성을 유지하며 초기 창업 투자의 활성화를 위한 가장 적절한 방안이다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법 제16조 제1항은 거주자가 2022.12.31.까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업등에 출자하는 경우 출자한 금액 중 OOO원 이하는 100분의 100, OOO원 초과분부터 OOO원 이하분까지는 100분의 70, OOO원 초과분은 100분의 30을 종합소득에서 공제 가능하고, 거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득에서 공제가 가능하고, 제3항은 출자 당시에는 벤처기업이 아니더라도, 출자일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 벤처기업에 해당되는 경우 소득공제가 가능하도록 규정하고 있다.

위 규정을 보면, 벤처기업에 해당되는 날이 속하는 과세연도를 기준으로 소득공제가 가능하다고 되어 있다.

(2) 대법원은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조)고 판시하였다.

(3) 청구인은 2022.7.1. 쟁점법인에 25억원을 출자하였고, 쟁점법인은 2023.3.29. 벤처기업 인증을 받았으므로 출자일인 2022.7.1.부터 2년 이내에 벤처기업 인증을 받은 경우에 해당되고, 조특법 제16조 제1항에서는 최초 출자 시 벤처기업이 아니더라도 출자일부터 2년 이내에 벤처기업으로 인증받은 경우 벤처기업 인증을 받은 연도(2023과세연도)부터 출자 등에 대한 소득공제를 받을 수 있다고 명백하게 규정하고 있으므로 2023년이 소득공제 적용 대상에 해당된다.

(4) 출자일이 속한 2022년 귀속 종합소득세의 납세의무는 과세기간이 끝나는 때인 2022.12.31.이고, 쟁점법인은 2022.12.31.까지 벤처기업으로 인증받지 아니하였다.

(5) 만약 청구인의 주장을 받아들이게 된다면, 이미 성립한 납세의무에 대하여 조세법률에 따라 근거 없이 임의로 소득공제를 적용하게 되는 문제가 발생된다.

(6) 따라서 이 건의 경우 세법 적용의 과세기간 기준이 되는 납세의무 성립일(2022.12.31.)에는 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액이 초과되지 아니하였으므로 감액 경정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

벤처기업 등 출자에 따른 소득공제 시 벤처기업인증일(2023.3. 29.) 이전 출자일(2022.7.1.)이 속하는 2022년 귀속으로 적용시기를 변경ㆍ선택할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 이 건 경정청구와 거부처분에 대한 사항은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2024.3.19. 아래 ＜표1＞과 같이 2022년 귀속 종합소득 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 하였다.

＜표1＞ 경정청구 내용

(나) 처분청은 2024.5.21. 다음과 같은 사유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 쟁점법인의 기본사항과 청구인의 출자내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점법인은 2021.3.29. 대전광역시 유성구 OOO를 소재지로 하여 개업하였다.

(나) 아래 ＜그림＞과 같이 벤처기업확인서(2023.3.29.) 및 중소벤처기업 벤처확인종합관리시스템에 의하면 쟁점법인은 2023.3.29. 혁신성장유형으로 벤처기업 인증(유효기간 : 2023.3.29.~2026.3.28.)을 받았다.

(다) 청구인은 2022.7.1. 쟁점법인에 OOO원을 출자하였다.

(라) 중소벤처기업부장관이 2023.5.30. 발급한 쟁점법인의 ‘출자ㆍ투자 확인서’에 의하면, 아래 ＜표2＞와 같이 출자금 내역이 확인된다.

＜표2＞ 재무제표상 출자금 내역

(단위 : 원)

(마) 청구인이 제출한 ‘소득공제 신청서, 출자 또는 투자 확인서, 소득공제시기 변경신청서’는 다음과 같다.

1) 청구인이 2024.3.19. 처분청에 제출한 ‘소득공제신청서’에 의하면, 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점법인에 출자(투자) 금액이 확인된다.

＜표3＞ 출자(투자)금액 명세

(단위 : 백만원)

2) 중소벤처기업부장관이 2023.5.30. 발급한 출자자 청구인에 대한 ‘출자 또는 투자확인서’에서는 아래 ＜표4＞와 같이 출자금액 명세가 확인된다.

＜표4＞ 출자(투자)금액 명세

(단위 : 백만원)

3) 청구인이 2023.6.1. 처분청에 제출한 ‘소득공제 시기 변경신청서(2023.5.31.)’에 의하면, 아래 ＜표5＞와 같이 소득공제 변경 신청내역이 확인된다.

＜표5＞ 출자 또는 투자에 소득공제 변경신청 내역

(3) 조특법 제16조와 같은 법 시행령 제14조의 주요 개정 사항은 다음과 같다.

(가) 조특법 제16조 제1항, 제3항의 개정내용은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 조특법 제16조 제1항 및 제3항의 개정내용

(나) 위 소득공제 변경 신청 등과 관련하여 조특법 시행령 제14조 제6항, 제7항의 개정내용은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 조특법 시행령 제14조의 개정내용

(다) 위 (가), (나)의 개정내용과 관련하여 ‘2017ㆍ2019년 간추린 개정세법 해설책자(기획재정부 발간)’의 내용은 다음과 같다.

(라) 기획재정부장관이 2019.7.26. 공고한 조특법 일부개정법률(안) 입법예고(기획재정부 공고 제2019-151호, 2019.7.26.) 내용은 다음과 같다.

(4) 소득공제 변경 시기와 관련하여 기획재정부 및 국세청 예규는 다음과 같다.

청구인은 위 예규 중 ‘사전-2021-법령해석소득-1697(2021.11.24.)’은 이에 대하여, 인증일 전 출자ㆍ투자일이 속하는 과세연도로 소급하여 조특법 제16조의 소득공제를 선택ㆍ적용 가능하다는 해석이라고 주장한다.

(5) 청구인은 다음과 같이 조특법 제16조 제1항 등의 해석 관련 자료를 제출하였다.

(가) 국세청 상담센터에서 관련 내용의 상담내용(청구인의 상담은 아님)은 다음과 같다.

＜소득공제 적용 경정청구 질의ㆍ응답＞

(나) 국무회의를 통하여 2019년 세법개정안이 확정되었고, 이와 관련하여 기획재정부의 보도자료(2019.8.27.) 내용은 다음과 같다.

(다) 청구인은 소득공제시기 변경신청서를 제출하며, 다음과 같이 설명하였다.

(라) ‘투자확인서발급시시스템’의 사용자 매뉴얼은 다음과 같다.

(6) 처분청은 2025.4.12. 및 2025.10.16. 조세심판관회의에 참석하여, 2022년 귀속으로 종합소득공제를 적용받아야 한다는 사유를 설명하였고, 이후 관련된 자료를 제출하였다.

(가) 청구인의 2021~2023년 귀속 종합소득 과세표준 및 세액 신고서의 주요 내용은 아래 ＜표6＞과 같고, 그 중 투자가능액은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표6＞ 종합소득금액 및 산출금액 내역

(단위 : 백만원)

＜표7＞ 투자가능액 및 투자한 금액

(단위 : 백만원)

(나) 청구인의 쟁점투자 경위에 대한 진술내용은 다음과 같다.

(7) 벤처기업의 투자 및 세제 혜택과 관련한 관련 법령은 다음과 같다.

(가) 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제14조 제1항에서는 “국가나 지방자치단체는 벤처기업을 육성하기 위하여 「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」, 그 밖의 관계 법률로 정하는 바에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 등록면허세 등을 감면할 수 있고”, 제25조 제1항에서는 “벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있으며”, 제2항에서는 “그 확인 요청에 대하여 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다”고 규정하고 있다.

(나) 「벤처투자촉진에 관한 법률 시행령」 제45조 제1항에서는 “「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」 등 조세에 관한 법률로 정하는 바에 따라 소득세 등을 감면받으려는 개인 또는 개인투자조합의 업무집행조합원은 중소벤처기업부장관에게 투자실적의 확인을 요청할 수 있고”, 제2항에서는 “중소벤처기업부장관은 제1항에 따라 투자실적의 확인을 요청받으면 그 투자실적을 확인하여 투자확인서를 발급해야 한다.”고 규정하고 있다.

(다) 위 (나)와 관련하여, 중소벤처기업부장관이 고시한 투자확인서 발급규정 제24조 제1항에서 “영 제45조에 따라 소득세를 감면 받고자 하는 개인은 투자한 「조세특례제한법 시행령」 제14조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업의 대표자를 통하여 지방중소벤처기업청장에게, 그리고 개인투자조합은 업무집행조합원이 중소벤처기업부장관(“확인기관의 장”)에게 투자확인서(전자문서를 포함한다) 발급을 신청할 수 있고”, 제5항에서는 “확인기관의 장은 별지 제10호 서식에 따른 출자 또는 투자확인서를 발급해야 한다.”고 규정하고 있다.

(라) 한편, 투자확인서 발급규정 제25조(2020.11.10. 전부 개정되기 전의 제20조) 제1항 제1호에서는 “출자 또는 투자확인서 발급 시 벤처기업 등에 대한 투자일자의 적용시기는 피투자벤처기업 등의 등기부등본상 증자일자”로 규정하고 있다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 투자시점부터 실질상 벤처기업이었으나, 인증시점이 늦어진 경우 인증 전의 실질 투자 시점으로 소득공제 시기를 소급하여 선택 적용하도록 하는 것이 입법 취지 및 납세자 권리구제 측면에서 부합하므로 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장하나,

조특법 시행령 제14조 제6항 제2호를 보면, 소득공제를 받고자 하는 거주자는 소득공제신청서에 ‘출자ㆍ투자 확인서(중소벤처기업부장관이 위임한 자 등 발급)’를 발급받아 이를 첨부하여 종합소득 과세표준 관할 세무서장에게 신청하여야 하고, 제7항을 보면 공제시기의 변경을 신청하려는 경우에는 출자 또는 투자확인서를 발급받을 때 투자조합관리자등(중소벤처기업부장관이 위임한 자 등)에게 변경신청서를 제출해야 한다고 규정하고 있는바,

벤처기업 및 투자 여부는 관할 부처인 중소벤처기업부가 인증해 주고 있고, 그 인증 시점에서야 비로소 벤처기업(혁신성장유형)에 속하는 것으로 볼 수 있는데, 인증일이 속하는 과세연도 전의 출자ㆍ투자일이 속하는 과세연도 시점의 투자는 벤처기업 상태에서의 투자가 아니므로 원칙상 소득공제를 소급적용하기 어려운 것으로 보이는 점,

소득공제 변경 신청서 도입 취지는 소득공제 시기가 불분명하여 연말정산 간소화 서비스가 제공되지 못해 납세자가 불편을 겪는 점을 개선한 것으로, 이는 인증일 이후 2년 내 다른 과세연도로 소득공제를 정할 수 있도록 미리 선택하라는 취지로 볼 수 있는 점,

기획재정부(금융세제과-220, 2023.7.4.)는 조특법 제16조 제1항의 적용 시 벤처기업 인증 시점을 과세연도 변경 기산점으로 해석하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 소득세법

제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 소득세ㆍ법인세 : 과세기간이 끝나는 때.

(2) 조세특례제한법

(가) 2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것

제16조(벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제) ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2025년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 종합소득금액에서 공제(거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액에서 공제)한다. (단서 생략)

1. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 “벤처기업투자신탁”이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우

3. 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조 및 제16조의5에서 “벤처기업등”이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우

4.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업등에 투자하 는 경우

5. 창업ㆍ벤처전문사모집합투자기구에 투자하는 경우

6.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제117조의10에 따라 온라 인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업의 지분증권에 투자하는 경우

② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제1항 제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

2. 제1항 제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우

3. 제1항 제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

③ 제1항에 따른 소득공제는 투자 당시에는 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하지 아니하였으나, 투자일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 경우에도 적용한다. ＜신설 2017.12.19.＞

④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(나) 2019.12.31. 법률 제16835호로 일부 개정된 것

제16조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제) ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2020년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 종합소득금액에서 공제(거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액에서 공제)한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 소재ㆍ부품전문투자조합에 출자하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 “벤처기업투자신탁”이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우

3.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합에 출자 한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조 및 제16조의5에서 “벤처기업등”이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우

4.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업등에 투자하 는 경우

5. 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구에 투자하는 경우

1. 제1항 제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

2. 제1항 제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우

3. 제1항 제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(다) 2017.12.19. 법률 제15227호로 일부 개정된 것

제16조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제) ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2020년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 공제한다. (단서 및 각 호 생략)

(라) 2017.12.19. 법률 제15227호로 일부 개정되기 전의 것

제16조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제) ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2017년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호 또는 제4호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 1천500만원 이하분은 100분의 100, 1천500만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 50, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 공제한다. (단서 및 각 호 생략)

③ 삭제 ＜2006.12.30.＞

(3) 조세특례제한법 시행령

(가) 2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것

제14조(벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제) ① 법 제16조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁”이란 다음 각호의 요건을 갖춘 신탁(이하 이 조에서 “벤처기업투자신탁”이라 한다)을 말한다. (각 호 생략)

③ 법 제16조 제1항 제3호에서 “벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우”란 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제8호에 따른 개인투자조합(이하 이 조에서 “개인투자조합”이라 한다)이 거주자로부터 출자받은 금액을 해당 출자일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 이 조 및 제14조의5에서 “벤처기업등”이라 한다)에 같은 법에 따라 투자하는 것을 말한다.

1. 벤처기업

2. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2 제1항 제2호다목에 따른 기업

3. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 개인투자조합으로부터 투자받은 날(법 제16조의5의 경우에는 산업재산권을 출자받은 날을 말한다)이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 법 제10조 제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비를 3천만원 이상 지출한 기업. 다만, 직전 과세연도의 기간이 6개월 이내인 경우에는 법 제10조 제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비를 1천 5백만원 이상 지출한 중소기업으로 한다.

4. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제2조 제8호의3 다목에 따른 기술신용평가업무를 하는 기업신용조회회사가 평가한 기술등급(같은 목에 따라 기업 및 법인의 기술과 관련된 기술성ㆍ시장성ㆍ사업성 등을 종합적으로 평가한 등급을 말한다)이 기술등급체계상 상위 100분의 50에 해당하는 기업

④ 제3항에 따라 벤처기업등에 투자한 경우 소득공제를 적용받을 수 있는 투자액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

{거주자가 개인투자조합에 출자한 금액 × (개인투자조합이 벤처기업등에 투자한 금액 ÷ 개인투자조합의 출자액 총액)}

⑥ 법 제16조에 따른 소득공제를 받고자 하는 거주자는 기획재정부령이 정하는 소득공제신청서에 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제11호에 따른 벤처투자조합(이하 “벤처투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 벤처기업투자신탁의 집합투자업자 또는 그 투자신탁을 취급하는 금융회사, 같은 법에 따른 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구의 업무집행사원, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제27조에 따라 중소벤처기업부장관의 위임을 받은 자 또는 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합(이하 “전문투자조합”이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 “투자조합관리자등”이라 한다)로부터 기획재정부령으로 정하는 출자 또는 투자확인서(이하 이 조에서 “출자 또는 투자확인서”라 한다)를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각 호의 구분에 따른 날까지 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

1.「소득세법」 제73조의 규정이 적용되는 거주자는 당해 연도의 다 음 연도 2월분의 급여 또는 사업소득을 받는 날(퇴직 또는 폐업을 한 경우에는 당해 퇴직 또는 폐업한 날이 속하는 달의 급여 또는 사업소득을 받는 날)

2. 제1호외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한

⑦ 법 제16조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 공제시기의 변경을 신청하려는 경우에는 거주자가 제6항에 따라 출자 또는 투자확인서를 발급받을 때(법 제16조 제1항 제2호에 해당하는 투자의 경우에는 해당 수익증권에 투자하는 때를 말한다) 투자조합관리자등에게 기획재정부령으로 정하는 소득공제시기 변경신청서를 제출해야 한다. ＜신설 2020.2.11.＞

⑧ 투자조합관리자등은 법 제16조 제2항의 규정에 의한 추징사유가 발생한 경우에는 기획재정부령이 정하는 출자지분등변경통지서를 제6항의 규정에 의하여 당해 거주자가 소득공제를 신청한 원천징수의무자ㆍ납세조합, 국세청장 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 있는 경우에는 출자지분등 변경통지서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (각 호 생략)

⑨ 제8항에 따라 출자지분등 변경통지서를 제출받은 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장은 지체없이 해당 거주자가 법 제16조 제1항에 따라 공제받은 소득금액에 대한 세액(출자지분 또는 투자지분의 이전ㆍ회수나 수익증권의 양도ㆍ환매와 관련된 분에 한한다)에 상당하는 금액을 추징해야 한다.

(나) 2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부 개정된 것

제14조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제) ⑥ 법 제16조에 따른 소득공제를 받고자 하는 거주자는 기획재정부령이 정하는 소득공제신청서에 「중소기업창업 지원법」에 의한 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업창업투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 한국벤처투자조합(이하 “한국벤처투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 벤처기업투자신탁의 집합투자업자 또는 그 투자신탁을 취급하는 금융회사, 같은 법에 따른 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구의 업무집행사원, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제27조에 따라 중소벤처기업부장관의 위임을 받은 자 또는 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합(이하 “전문투자조합”이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 “투자조합관리자등”이라 한다)로부터 기획재정부령으로 정하는 출자 또는 투자확인서(이하 이 조에서 “출자 또는 투자확인서”라 한다)를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각 호의 구분에 따른 날까지 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

2. 제1호 외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한

(다) 2018.2.13. 대통령령 제28636호로 일부 개정된 것

제14조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제) ⑥ 법 제16조에 따른 소득공제를 받고자 하는 거주자는 기획재정부령이 정하는 소득공제신청서에 「중소기업창업 지원법」에 의한 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업창업투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 한국벤처투자조합(이하 “한국벤처투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 벤처기업투자신탁의 집합투자업자 또는 그 투자신탁을 취급하는 금융회사, 같은 법에 따른 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구의 업무집행사원, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제27조에 따라 중소벤처기업부장관의 위임을 받은 자 또는 「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 따른 소재ㆍ부품전문투자조합(이하 “소재ㆍ부품전문투자조합”이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 “투자조합관리자등”이라 한다)로부터 기획재정부령이 정하는 출자 또는 투자확인서를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각 호의 구분에 따른 날까지 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

1.「소득세법」 제73조의 규정이 적용되는 거주자는 당해 연도의 다 음 연도 1월분의 급여 또는 사업소득을 받는 날(퇴직 또는 폐업을 한 경우에는 당해 퇴직 또는 폐업한 날이 속하는 달의 급여 또는 사업소득을 받는 날)

2. 제1호 외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법

제14조(조세에 대한 특례) ① 국가나 지방자치단체는 벤처기업을 육성하기 위하여 「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」, 그 밖의 관계 법률로 정하는 바에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 등록면허세 등을 감면할 수 있다.

제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인) ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4 제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 “벤처기업확인위원회”라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

③ 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업 확인의 투명성을 확보하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인된 벤처기업에 관한 정보를 공개할 수 있다. (단서 및 각 호 생략)

(5) 벤처투자촉진에 관한 법률 제1조(목적) 이 법은 벤처투자에 필요한 사항을 정하여 창업기업, 중소기업, 벤처기업 등에 대한 투자를 촉진하고 벤처투자 산업을 육성함으로써 중소기업 등의 건전한 성장기반 조성을 통한 국민경제의 균형 있는 발전에 기여함을 목적으로 한다.

(6) 벤처투자촉진에 관한 법률 시행령 제45조(투자확인서의 발급) ①「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」 등 조세에 관한 법률로 정하는 바에 따라 소득세 등을 감면받으려는 개인 또는 개인투자조합의 업무집행조합원은 중소벤처기업부장관에게 투자실적의 확인을 요청할 수 있다.

② 중소벤처기업부장관은 제1항에 따라 투자실적의 확인을 요청받으면 그 투자실적을 확인하여 투자확인서를 발급해야 한다. 이 경우 투자실적의 확인을 위하여 개인이나 개인투자조합이 투자한 벤처기업등에 자료 제출을 요청할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 투자실적의 확인절차 등에 관하여 필요한 사항은 중소벤처기업부장관이 정하여 고시한다.

(7) 개인투자조합 등록 및 투자확인서 발급규정

(가) 2021.9.17. 중소벤처기업부고시 제2021-65호로 일부 개정된 것

제24조(투자확인서 신청 및 발급) ① 영 제45조에 따라 소득세를 감면 받고자 하는 개인은 투자한 「조세특례제한법 시행령」 제14조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "벤처기업등"이라 한다)의 대표자를 통하여 지방중소벤처기업청장에게, 그리고 개인투자조합은 업무집행조합원이 중소벤처기업부장관(이하 "확인기관의 장"이라 한다)에게 투자확인서(전자문서를 포함한다) 발급을 신청할 수 있다.

② 벤처기업등의 폐업 등의 사유로 투자확인서 발급의뢰가 곤란한 경우에는 개인이 직접 확인기관의 장에게 신청할 수 있다.

④ 「조세특례제한법」 제16조 제1항 각 호 외의 부분에 따라 공제시기의 변경을 신청하려는 경우에는 제1항에 따라 투자확인서를 발급받을 때 같은 법 시행령 제14조에 따른 기획재정부령으로 정하는 소득공제시기 변경신청서를 제출해야 한다.

⑤ 확인기관의 장은 별지 제10호 서식에 따른 출자 또는 투자확인서를 발급해야 한다.

제26조(투자일자의 산정기준) 출자 또는 투자확인서 발급시 벤처기업등에 대한 투자일자의 적용기준은 다음 각 호와 같다.

1. 개인 또는 개인투자조합의 투자일자는 피투자벤처기업등의 등기부등본상의 증자일자

2. 예비벤처기업의 투자일자는 당해 기업의 최초 법인등기 일자

(나) 2017.8.30. 중소벤처기업부고시 제2017-7호로 일부 개정된 것

제20조(투자일자의 산정기준) 투자확인서 발급시 벤처기업등에 대한 투자일자의 적용기준은 다음 각 호와 같다.

1. 개인 또는 조합의 투자일자는 피투자벤처기업등의 등기부등본상의 증자일자

2. 예비벤처기업의 투자일자는 당해 기업의 최초 법인등기일자