이유
1. 처분 개요

가. 청구법인은 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 장애인 의무고용률 미달을 이유로 2019년에 2018년도분 장애인고용부담금 합계 OOO원을 납부하였다.

나. 청구법인은 당초 2019사업연도 법인세 신고 시에 이를 손금불산입 세무조정 하였다가 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금에 해당하지 아니하므로 손금에 산입하여야 한다며 2019사업연도 법인세에 대하여 2025.3.28. 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입대상인 공과금에 해당한다고 보아 2025.5.22. 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 주장하는 장애인고용부담금의 손금산입 여부에 관한 법인세법령의 개정 경과는 다음과 같다.

(가) 「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 대통령령으로 정하는 공과금은 원칙적으로 손금불산입의 대상으로 규정하고 있었고, 해당 법률의 위임을 받은 같은 법 시행령(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항의 각 호로 손금에 산입되는 공과금 항목을 열거하였는데, 장애인고용부담금도 열거된 손금에 산입되는 항목에 속하였다.

(나) 그런데 헌법재판소는 공과금은 사업경비의 성격이 있으므로 손금으로 산입되는 것이 원칙임에도 법률이 이를 원칙적으로 손금불산입하고 별도로 열거한 항목을 손금산입하는 것은 실질적 조세법률주의에 위반되며 납세자 권리 보호를 할 수 없는 불합리한 결과를 가져올 수 있다는 취지로 위헌결정(헌법재판소 1997.7.16. 선고 96헌바36 결정)을 하였고, 이후 「법인세법 시행령」은 기존의 손금산입되는 공과금 항목의 열거방식에서 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지 제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 개정되었다.

(다) 위헌결정의 취지는 공과금은 사업경비의 성격이 있으므로 원칙적으로 손금에 산입되며, 손금산입 열거방식이 아닌 손금불산입 열거방식이 납세자 보호에 더 유리하다는 것으로서, 이에 따라 손금산입이 가능한 공과금의 범위는 위헌결정과 「법인세법 시행령」 개정 이전과 비교하였을 때 더 넓어졌다고 보아야 한다.

(라) 다만, 기획재정부는 2018년 2월 장애인고용부담금은 ‘의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’이라는 유권해석을 제시하였고, 본 유권해석에 따라 청구법인은 장애인고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 신고하고 있다.

(2) 근래 타사가 제기한 소송에서 장애인고용부담금은 의무 불이행에 따라 부과된 공과금으로 ‘제재(制裁)로서 부과된 공과금’에 해당하지 않는다고 판시하였다.

(가) 2011년 11월 타사는 장애인고용부담금을 손금으로 인정해줄 것을 경정청구하였고, 이와 관련한 후속 소송에서 1심 및 2심에서 모두 원고 승소하였는데,

후속 소송에서 재판부는 일관되게 장애인고용부담금이 ‘법령에 따른 의무 불이행’에 대하여 부과된 공과금이라고 하더라도 그 의무 불이행에 대한 제재로서 부과된 것이라고 보기 어렵다고 판시하였으며 현재 대법원 상고심이 진행되고 있다.

(나) 후속 소송의 판결문에 따르면, 공과금은 사업경비의 성격을 가지므로 손금으로 산입되는 것이 원칙이므로 어느 공과금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 제시하는 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 해당 규정의 문언에 따라 엄격하게 해석할 필요가 있다고 하였다.

(다) 재판부는 장애인고용부담금은 그 부과의 근거가 되는 장애인고용법에 따라 의무고용률에 미달하는 장애인을 고용하는 사업주는 법령이 정한 부담금을 납부해야 한다고 규정하고 있으므로 ‘법령에 따른 의무의 불이행’의 요건은 충족한다고 보았지만,

장애인고용부담금은 처벌 등의 징벌적 목적의 부과가 아닌 장애인 고용 촉진을 주된 목적으로 하는 유도적ㆍ조정적 (특별)부담금의 성격이 강하다고 언급한 헌법재판소의 결정례(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정)를 인용하였으며 장애인을 고용한 사업주의 추가 부담(작업설비 등의 개선 등)을 장애인을 고용하지 않은 사업주가 함께 분담하는 사업주의 공동갹출금 취지라고 보았다.

(라) 또한 장애인 고용 의무 불이행에 대한 형사처벌 등의 엄격한 제재가 없는 것을 보면 타 법령상 의무와 비교하여 규범력이 강하다고 보기 어려운 점을 제시하며 ‘제재로서 부과되는지 여부’ 요건에 대하여 제재로서 부과되는 것으로 보기 어렵다는 결론을 내렸다.

나. 처분청 의견

우리나라는 장애인 고용의무제도, 즉 할당제를 채택하고 있는데, 장애인고용법 제33조에서 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 하며 납부기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니한 때에는 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다고 규정하고 있다.

한편, 어떠한 공과금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 「행정법」상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 등 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단하여야 한다(서울고등법원 2020.1.31. 선고 2019누35635 판결, 같은 뜻임).

장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제29조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점을 고려한다면, 청구법인의 장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호의 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금’으로 봄이 타당하다.

기획재정부는 장애인고용부담금을 「법인세법」상 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 해석(법인세제과-145, 2018.2.21.)하고 있는 점, 장애인고용법에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금이므로 이는 의무불이행에 대한 제재로 보는 것이 타당해 보이는 점 등으로 미루어 보아 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 장애인고용법 제33조에 따라 장애인 의무고용률 미달을 이유로 2019년에 2018년도분 장애인고용부담금 합계 OOO원을 납부하였고, 당초 2019사업연도 법인세 신고 시에 손금불산입 세무조정 하였다.

(2) 이후 청구법인은 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금에 해당하지 아니한다는 취지로 2019사업연도 법인세에 대하여 2025.3.28. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.5.22. 이를 거부하였다.

(3) 장애인고용부담금 관련 법인세법령의 개정 연혁은 아래와 같다.

＜장애인 고용부담금 관련 법인세법령 개정 연혁＞

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 장애인고용부담금이 처벌 등의 징벌적 목적의 부과가 아닌 장애인 고용 촉진을 주된 목적으로 하는 유도적ㆍ조정적 (특별)부담금의 성격이 강하며 제재로서 부과되는 공과금으로 보기 어렵다고 주장하나,

「법인세법」상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 판결)이며, 이때 어떠한 공과금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제·개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바(서울고등법원 2020.1.31. 선고 2019누35635 판결, 같은 뜻임),

장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점, 장애인고용부담금은 장애인고용법 제33조에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로서, 이는 「법인세법」 제21조 제5호의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보아 손금불산입 대상으로 보는 것이 장애인고용법 취지에 맞다고 보이는 점(조심 2025서222, 2025.2.24. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 볼 때, 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 장애인고용부담금을 「법인세법」제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금으로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "공과금"(公課金)이란 「국세징수법」에서 규정하는 강제징수의 예에 따라 징수할 수 있는 채권 중 국세, 관세, 임시수입부가세, 지방세와 이와 관계되는 강제징수비를 제외한 것을 말한다.

(2) 법인세법

(가) 1998.12.28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것

제16조 (손금불산입) 다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

5. 대통령령이 정하는 공과금

(나) 2024.12.31. 법률 제20613호로 일부 개정되기 전의 것

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(3) 법인세법 시행령(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 일부 개정되기 전의 것)

제25조 (공과금의 범위) ①법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각호의 것(특별회비를 제외한다)을 제외한 공과금을 말한다.

32. 장애인고용촉진등에관한법률에 의하여 납부하는 장애인고용부담금

(4) 장애인고용촉진 및 직업재활법

제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다.

제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 "의무고용률"이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설·장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.

⑨ 고용노동부장관은 사업주가 납부한 부담금이 실제 납부하여야 할 부담금을 초과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 초과한 금액에 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 산정한 금액을 가산하여 환급하여야 한다.

⑩ 부담금은 대통령령으로 정하는 대로 분할 납부를 하게 할 수 있다. 이 경우 분할 납부를 할 수 있는 부담금을 제5항에 따른 납부 기한에 모두 납부하는 경우에는 그 부담금액의 100분의 5 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액을 공제할 수 있다.

⑪ 제4항에 따른 도급의 기준, 그 밖에 부담금 감면의 요건·기준 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다.

제37조(독촉 및 체납처분) ① 고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다.

② 고용노동부장관은 제1항에 따라 독촉을 하는 경우에는 독촉장을 발부하여야 한다. 이 경우에는 10일 이상의 납부 기간을 주어야 한다.

③ 제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.

(5) 부담금관리 기본법

제2조(정의) 이 법에서 “부담금”이란 중앙행정기관의 장, 지방자치단체의 장, 행정권한을 위탁받은 공공단체 또는 법인의 장 등 법률에 따라 금전적 부담의 부과권한을 부여받은 자(이하 “부과권자”라 한다)가 분담금, 부과금, 기여금, 그 밖의 명칭에도 불구하고 재화 또는 용역의 제공과 관계없이 특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전지급의무(특정한 의무이행을 담보하기 위한 예치금 또는 보증금의 성격을 가진 것은 제외한다)를 말한다.

제3조(부담금 설치의 제한) 부담금은 별표에 규정된 법률에 따르지 아니하고는 설치할 수 없다.

■ 부담금관리 기본법 [별표]

이 법에 따라 설치하는 부담금(제3조 관련)

67. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조에 따른 장애인 고용부담금