이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.6.9. 부산광역시 서구 OOO 소재 전용면적 40㎡ 이하인 공동주택 42개호(이하 “이 건 주택”이라 한다)를 OOO주택재개발정비사업조합(이하 “이 건 조합”이라 한다)으로부터 취득한 후, 이 건 주택을 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 공동주택으로 하여,「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제31조 제2항 및 같은 법 제177조의2에 따라 취득세의 100분의 85를 감면받고, 그 나머지 100분의 15에 해당하는 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 규정하고 있는 임대사업자에 해당하지 아니함에도 이 건 주택에 대한 취득세 등을 감면하였다고 보아, 2024.1.16. 청구법인에게 이 건 주택의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제13조의2 제1항에서 규정하고 있는 중과세율(법인의 주택 취득, 1천분의 120)을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 조합은 2019.8.30. 이 건 주택을 임대 목적물로 하여 건설임대사업자로 등록하고, 2021.1.22. 처분청으로부터 이 건 주택의 사용승인을 받았다.

(2) 청구법인은 2021.10.18. 이 건 조합의 임대사업자 지위를 포괄양수하는 계약 체결한 후 2022.6.9. 이 건 주택을 취득하고, 2022.7.4. 이 건 주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제43조 제2항에 따른 “건설장기일반민간임대주택”으로 하여 임대사업자등록(변경)을 하였다.

(3) 따라서, 청구법인은「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 규정하고 있는 임대사업자로서 장기일반민간임대주택(8년)인 이 건 주택을 임대하고 있으므로 이 건 주택에 취득세 등을 면제하여야 한다.

(4) 대법원 2006.8.25. 선고 2006다14103 판결에서 임대사업자가 건설임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하였다고 하여 그 임대주택의 성격이 건설임대주택에서 매입임대주택으로 변경되는 것은 아니라고 판결하였고, 그 이후에도 동일하게 판결(2020.12.24. 선고 2020두48352 판결)하고 있으며, 국토교통부도 건설임대주택을 다른 임대사업자가 포괄양수하는 경우 계속하여 건설임대주택으로 유지된다고 해석하고 있다(민간임대정책과-346, 2021.1.20.).

(5)「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 임대주택에 대한 취득세 감면 범위를 규정하면서 2020.7.11. 이후「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록 신청을 한 경우 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 취득세 감면 대상에서 제외한다고 규정하고 있다.

(6)「지방세특례제한법」제31조에서 취득세 감면이 배제되는 임대주택은 장기일반민간임대주택 중 민간매입아파트만 해당하므로 임대사업자가 건설한 장기일반민간임대주택의 경우에는 아파트에 해당하는지 여부에 관계 없이「지방세특례제한법」제31조에 따라 취득세를 면제해야 할 것이므로 처분청이 이 건 주택을 장기일반민간임대주택 중 민간매입아파트로 보아 이에 대한 취득세 면제를 거부하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 행정안전부는 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 이는 장기일반민간임대주택 중 매입한 아파트를 임대하는 것이므로 해당 주택은 취득세 감면 대상에 해당되지 않는다고 해석하였다(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.).

(2) 청구법인이「민간임대주택에 관한 특별법」제43조에 따라 이 건 조합으로부터 임대사업자의 지위를 포괄적으로 승계받았고, 청구법인의 임대사업자 등록증에도 민간건설주택으로 등록되어 있다고 하더라도 청구법인이 이 건 주택을 건설하지 않았다는 사실은 다툼이 없다.

(3) 한편,「민간임대주택에 관한 특별법」제43조 제2항에서 임대주택을 포괄양수도 하도록 한 것은 임대주택 공급을 통한 서민의 주거생활 안정과 임차인 보호를 위한 것일 뿐 임대주택에 대한 취득세 감면을 전제로 한 것이 아니고, 건설임대주택을 다른 임대사업자가 포괄 양수하는 경우 계속하여 건설임대주택으로 유지된다는 국토교통부의 질의회신을「민간임대주택에 관한 특별법」의 주무관청인 국토교통부의 입장으로 이를 근거로 사실상 매입한 임대아파트를 건설한 것으로 보아 취득세를 감면할 수는 없다고 할 것이다.

(4) 따라서, 이 건 주택은 「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 규정하고 있는 장기민간매입주택 중 아파트에 해당하여, 취득세 감면대상이 아니므로 처분청이 당초 취득세 감면을 취소하고, 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 주택을「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.9.10. 전북특별자치도 전주시 OOO를 본점소재지로 하고, 부동산 임대 및 매매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 이 건 조합은 2019.8.30. 이 건 주택을 임대목적물로 하여 건설임대주택사업자등록을 하고, 2021.1.22. 처분청으로부터 이 건 주택의 신축에 따른 사용승인을 받았다.

(다) 청구법인은 2021.1.22. 임대사업자 등록(OOO)을 한 후, 2022.6.9. 이 건 주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제43조 제2항에 따라 포괄양수(취득)하고, 2022.7.4. 임대사업자 변경 등록(이 건 주택을 임대목적물에 추가)을 하였다.

(라) 청구법인은 2022.8.8. 이 건 주택을「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택으로 하여 그 산출세액의 100분의 85를 감면받고, 취득세 등 OOO원(최소납부세액)을 신고.납부하였다.

(마) 처분청은 민간매입아파트인 이 건 주택을 분양받은 청구법인은「지방세특례제한법」제31조에서 규정하고 있는 임대사업자에 해당하지 않음에도 이 건 주택에 대해 취득세 등을 면제하였다고 보아 2024.1.16. 청구법인에게 이 건 주택의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여, 이 건 취득세 등 OOO원을 부과.고지하였다.

(바) 청구법인이 제출한 임대사업자등록증을 보면, 이 건 주택은 장기일반민간임대주택(8년)으로서 주택 구분은 건설이고, 주택 유형은 아파트인 것으로 나타난다.

(2)「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 2020.7.11. 이후「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 신청한 자가 장기일반민간임대주택 중 아파트(민간매입임대주택)를 임대하는 경우 취득세 감면대상이 되는 임대사업자로 보지 않는다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제1호에서 제1항의 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 전용면적 60㎡ 이하 공동주택(취득 당시 가액이 3억원 이하)에 대해서는 2024.12.31.까지 취득세를 면제(100분의 85 감면)한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인의 임대사업자등록증에서 장기일반민간임대주택(8년)인 이 건 주택의 주택 구분을 건설로 기재하고 있고, 청구법인은 이 건 주택을 취득하면서 이 건 주택의 임대인의 지위(권리와 의무)를 포괄양수한 것으로 보아, 청구법인이 취득한 이 건 주택은 건설임대주택으로 볼 수 있는 점,

「민간임대주택에 관한 특별법」제43조 제2항에서 임대주택을 양수하는 자가 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하도록 하였는바, 이는 임차인의 지위와 권리(임대차 기간, 분양전환 시 분양가격의 산정 방법 등) 뿐만 아니라 임대인의 지위(건설임대)와 권리도 그대로 승계된다고 볼 수 있는 점,

아울러, 행정안전부는 청구법인과 같은 임대사업자가 재개발조합 등이 건축한 임대주택을 포괄양수해서 임대목적물로 등록한 경우 그 포괄양수인도 임대사업자에 해당하고, 해당 주택은「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택에 해당한다고 해석한 점(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.) 등에 비추어,

이 건 주택은「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택으로서 취득세 감면 대상에 해당한다고 할 것임에도 처분청이 청구법인을 임대사업자가 아닌 것으로 보아, 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제31조[임대주택 등에 대한 감면] ①「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다.(이하 생략)

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만,「지방세법」제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나.「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

7. “임대사업자”란「공공주택 특별법」제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조[임대사업자의 등록] ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

제43조[임대의무기간 및 양도 등] ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.