이유
1.처분개요

가. 청구인은 충청남도 OOO 답 1,860㎡(이하 “쟁점토지1”이라 한다) 및 충청남도 OOO 답 3,625㎡(이하 “쟁점토지2”라 하고, 쟁점토지1과 쟁점토지2를 합하여 “쟁점토지들”이라 한다)를 1993.11.16. 부친 A(이하 “피상속인”이라 한다)으로부터 상속받아 소유하다가 쟁점토지1은 2022.12.1. B에게 OOO원에 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였으며, 쟁점토지2는 2023.5.10. C 외 1명에게 OOO원에 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구인은 2024.12.19. 쟁점토지들에서 피상속인이 8년 이상 재촌·자경하고, 피상속인 사망 후에는 청구인이 1년 이상 계속하여 재촌·자경하였다는 이유로 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 감면을 적용하여 기 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 처분청은 2025.1.23. 피상속인의 8년 재촌·자경을 인정해 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 제1의2호에 따라 쟁점토지들이 비사업용토지에 해당하지 않는 것으로 판단하고 적용세율을 달리해 경정청구를 일부 인용하였으나, 청구인의 1년 이상 자경요건은 충족되지 않는 것으로 보아 「조세특례제한법」 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 부분 경정청구를 거부(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.21. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

청구인은 OOO에서 태어나 피상속인의 사망 시까지 피상속인과 함께 거주하며 농사일을 같이 하였고, 피상속인 사망 후에도 약 8년간 쟁점토지들을 계속 경작하였다. 이러한 사실은 쟁점토지들의 명의수탁자의 자녀들이 작성한 확인서에서도 확인된다.

쟁점토지들 외에도 OOO에 소재한 ‘충청남도 OOO 답 4,704㎡’ 등을 청구인이 경작하였음이 농지대장 등에 의해서 확인되며, 청구인은 농사 외의 타 소득이 없음이 국세청에서 발급한 소득금액증명원에 의해서 확인된다.

즉, 쟁점토지들은 피상속인이 15년을 직접 경작하였고 피상속인 사망 후에는 청구인이 약 8년을 직접 경작하였으므로 「조세특례제한법」 제69조에 따라 양도소득세 감면 대상에 해당한다.

나.처분청 의견

직불금제도 시행(2005년)이후 쟁점토지들 외의 청구인 소유 토지(충남 OOO 외 1필지)에 대해서는 현재까지 청구인이 직불금을 수령하며 경작을 하고 있는 것으로 보이나, 쟁점토지들은 청구인이 아닌 종친 D(쟁점토지1 공동명의자) 및 E(쟁점토지2 공동명의자 F의 아들) 등이 직불금을 계속하여 수령하여 청구인의 경작여부가 확인되지 않고, 당초 쟁점토지들 양도에 대해 매 양도 시마다 세무대리인의 조력을 받아 충분한 검토 후에 양도소득세 신고(자경감면 적용 제외 등)를 하였을 것으로 판단되는 바, 지역 주민의 확인서 외에 당초 신고한 사항을 반증할 만한 객관적이고 합리적인 근거자료 없이 자경감면 대상이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점토지들을 상속받아 1년 이상 계속 경작한 것으로 보아 「조세특례제한법」상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 있는지 여부

나.관련 법령 :　＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 피상속인은 쟁점토지들을 취득한 후 사망(1993.11.16.)하기 전까지 쟁점토지들 소재지에 거주하면서 쟁점토지들을 8년 이상 자경한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없는 것으로 확인된다.

(나) 청구인의 출생 시부터 현재까지 주민등록초본상 주소지는 쟁점토지들이 위치한 충청남도 OOO 내인 것으로 확인된다.

(다) 쟁점토지1의 등기부상 소유자는 1978.12.30.부터 D, G, H로 기재되어 있으나(청구인은 피상속인이 명의신탁한 것이라 주장한다), 「부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법」(이하 “부동산특별조치법”이라 한다)에 근거해 등기원인을 피상속인 사망에 따른 1993.11.16.자 상속으로 하여, 2022.9.20. 위 공유자들로부터 청구인 명의로 쟁점토지1의 소유권이 이전된 것으로 나타나는바, 명의신탁되었던 쟁점토지1의 소유권이 청구인에게 이전된 것으로 확인된다.

(라) 쟁점토지2의 등기부상 소유자는 1925년부터 I 외 9인으로 기재되어 있으나(청구인은 피상속인이 명의신탁한 것이라 주장한다), 부동산특별조치법에 근거해 등기원인을 피상속인 사망에 따른 1993.11.16.자 상속으로 하여, 2022.9.20. 위 공유자들로부터 청구인 명의로 쟁점토지2의 소유권이 이전된 것으로 나타나는바, 명의신탁되었던 쟁점토지2의 소유권이 청구인에게 이전된 것으로 확인된다.

(마) 청구인은 피상속인 사망 이후에 청구인이 쟁점토지1을 경작하였다는 J(쟁점토지1의 등기부상 소유자였던 G의 아들), K(쟁점토지1의 등기부상 소유자였던 D의 아들)의 각 사실확인서를 제출하였다.

(바) 청구인은 피상속인 사망 이후에 청구인이 쟁점토지2를 경작하였다는 지역주민인 L, M, N, 서전원의 각 사실확인서를 제출하였다.

(사) 논산세무서장이 발급한 사실증명에 따르면 청구인이 1993년부터 1999년까지 및 2002년부터 2009년까지 종합소득세를 신고한 사실은 없으며 근로(연금·종교인 등)소득 연말정산 자료를 제출한 사실도 없는 것으로 확인된다(2000년 근로소득, 2001년 사업소득이 소액 신고된 내역은 존재한다).

(아) 처분청이 2024.12.27. OOO행정복지센터에서 수령한 직불금 수령내역과 국세통합전산망 조회내역에 따르면 2005년부터 2023년까지 쟁점토지들의 직불금 수령자에 청구인이 포함된 적은 없는 것으로 확인되고 그 내용은 아래 ＜표1＞, ＜표2＞와 같다.

＜표1＞ 쟁점토지1의 직불금 수령내역

○○○

＜표2＞ 쟁점토지2의 직불금 수령내역

○○○

(자) 청구인은 1988.9.18.부터 청구인 명의로 소유(청구인과 O가 각 1/2 지분 소유)한 ‘충청남도 OOO 답 4704㎡’에서 2006년부터 2023년까지 직불금을 수령한 것으로 확인되고, 1991.12.18.부터 청구인 명의로 소유한 ‘충청남도 OOO 전 1192㎡’(이하 “쟁점외토지”라 한다)에서 2005년부터 2007년까지 및 2018년부터 2023년까지 직불금을 수령한 것으로 확인된다.

(차) 청구인의 주민등록초본상 주소지(1968년 10월부터 1996년 12월까지 : 충청남도 OOO, 1996년 12월부터 현재까지 : 충청남도 OOO)에서 쟁점토지들까지 거리는 카카오맵상 직선거리 약 2.5km이며, 쟁점외토지까지는 약 5km이다.

(카) 청구인의 농지원부 주요내용(최초작성일자 : 2001.5.30.)은 아래 ＜표3＞과 같고, 소유농지현황에 쟁점토지들은 포함되어 있지 않다.

＜표3＞ 청구인의 농지원부

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점토지들을 1년 이상 자경했다고 볼 수 없다는 의견이나, 피상속인이 사망(1993년) 전까지 쟁점토지들을 8년 이상 경작한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없는 점, 청구인은 쟁점토지들이 위치한 충청남도 논산시 안에서 출생시부터 현재까지 계속하여 거주하고 있는 점, 처분청이 발급한 사실증명에 따르면 청구인이 쟁점토지들을 자경했다고 주장하는 1993년부터 1999년까지 청구인의 종합소득세 신고 사실은 없으며, 근로(연금·종교인 등)소득에 대한 연말정산 자료를 제출한 사실도 없는 점, 청구인은 주소지에서 쟁점토지들보다 직선거리 두 배 이상 더 멀리 떨어진 쟁점외토지를 경작하고 있는 것으로 농지원부 및 직불금 수령내역에서 확인되므로 주소지에서 더 가까이 위치한 쟁점토지들도 함께 경작했다고 보기에 무리가 없는 점, 쟁점토지들 인근 주민들이 작성한 청구인의 쟁점토지들 자경을 확인하는 내용의 사실확인서가 제출된 점, 처분청은 쟁점토지들의 직불금 수령인에 청구인이 기재되어 있지 않아 청구인의 경작 사실을 인정할 수 없다는 의견이나 청구인이 주장하는 경작 일시는 피상속인 사망 시인 1993년경이므로 이는 직불금 제도 시행 전이므로 청구인이 직불금 수령인으로 기재되지 않았다는 이유만으로 청구인의 주장을 배척하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 「소득세법」 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우