이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1980.5.15.「사립학교법」에 따라 설립된 학교법인으로, 2004.12.1. a(당시 청구법인의 감사)으로부터 출연받은 토지(서울특별시 종로구 OOO외 2필지, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 수익사업에 사용하다가 2014.1.28. b㈜에게 OOO원에 양도함에 따라 유형자산 처분이익 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 발생하였다.

청구법인은 쟁점금액을 고유목적사업준비금(이하 “쟁점준비금”이라 한다)으로 설정하여 손금에 산입한 후 정기예금에 예치하고, 비영리사업회계로 전출하였으며, 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 고유목적사업준비금과 상계하여 2013.3.1.~2014.2.28.사업연도(이하 “2014사업연도”라 한다) 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 2023년 공익법인 개별검증 대상으로 청구법인을 선정하여 납세협력의무 및 세법상 의무사항 준수 여부 등에 대해 검증을 실시한 결과, 청구법인이 쟁점준비금을 5년이 지난 2018.3.1.~2019.2.28.사업연도(이하 “2019사업연도”라 한다) 종료일 이후에도 계속하여 현금성 자산으로 운용하고 있는 것을 확인하였고, 이를 고유목적사업에 사용하지 않은 것으로 판단하여 2023.12.6. 쟁점금액을 익금에 산입하고 그 이자상당액 OOO원(이하 “이자상당액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 2019사업연도 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)의 과세예고통지를 하였다.

다. 청구법인은 이와 관련하여 제기한 과세전적부심사결정에서 ‘납세의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 있음’을 이유로 과소신고·납부불성실가산세 OOO원을 감면받았고, 처분청은 2024.3.4. 청구법인에게 이자상당액을 가산하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.17. 이의신청을 거쳐, 2024.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점금액을 비영리사업회계에 전출하였으므로 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다.

(가)「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 후단은 「사립학교법」에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우, 비영리사업에 지출한 것으로 한다고 규정하고 있으며, 이는 교육의 공공성을 고려하여 교육사업에 대한 재원 공급을 촉진하기 위한 것으로, 학교법인의 비영리사업회계가 「사립학교법」에 따라 고유목적사업 외 용도로 사용되는 것을 제한할 수 있는 관리청의 허가 등의 행정ㆍ법률적 장치가 있음을 고려한 것이다.

(나) 쟁점준비금은 쟁점토지가 「도시 및 주거환경 정비법」에 따른 ‘수용’으로 불가피하게 양도됨에 따라 발생한 것이며, 청구법인은 쟁점준비금을 학교운영이라는 고유목적사업에 지출하기 위해 지속적으로 OOO(이하 ‘관리청’ 이라 한다)에 사용처분 허가를 요청하였으나, 허가가 나지 않아 정기예금으로 예치한 것이고,

이와 별도로 학교운영을 위해 학부모 납입금, 수익용 기본재산에서 발생한 이자, 설립자 개인 출연금 등으로 조달한 OOO원 이상의 현금을 매년 지출해 온 점 등을 감안할 때 해당 전출은 명목상 전출이 아닌, 학교법인의 운영자금으로 지출된 것으로 보아야 한다.

(다) 국세청은 장기간에 걸쳐 지속적으로 관련 유권해석에서 「사립학교법」에 의하여 설립된 학교법인의 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산 시, 「법인세법」제29조의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계로 전출하는 경우, ‘전출시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것’이라는 내용의 유권해석(법인 46012-2406, 1999.6.25. 외 다수)을 제시해왔고, ‘공익법인 세무안내’ 책자에서도 수익용기본재산토지를 매도하여 6개월 이상 수익용기본재산으로 정기예치하고, 그 운용소득을 직접 고유목적사업에 사용하는 경우 이를 고유목적사업준비금으로 사용한 것으로 해석한다고 기재하고 있었던 바, 청구법인은 처분청의 공적인 견해표명을 신뢰하여 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계로 전출하면서 정기예금에 예치하고 그 이자수익을 고유목적사업에 사용하고 있었던 것으로, 청구법인의 정당한 신뢰는 보호되어야 한다.

(라) 대법원(2013.3.28. 선고 2012두690 판결)에서 학교법인 등의 경우 비영리사업회계로 전출할 당시에 수익사업에 사용하도록 용도가 예정되어 있었는지 여부와 실제로 자산을 수익사업에 사용하였는지 여부에 따라 비영리사업회계로 전출금이 명목상 전출에 해당하는지 여부를 판단하고 있는 바, 청구법인이 비영리사업회계로 전출할 당시 수익사업에 사용할 목적이 없었으며, 고유목적사업에 지출하고자 하였으나 관리청의 미승인으로 정기예금에 예치한 것임을 감안할 때 쟁점준비금은 명목상 전출이라 볼 수 없다.

(2) 청구법인이 쟁점준비금을 고유목적사업에 지출하지 않은 것은 ‘관리청 불허’라는 행정상 불가피한 사유 때문이었고, 관련 법령 및 처분청의 유권해석ㆍ세무안내 책자 등을 신뢰한 것에 기인한 것으로 청구법인이 그 의무를 불이행한 것에 대한 정당한 사유가 존재하므로 납부세액에 이자상당액을 가산하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점준비금을 비영리사업회계 중 법인회계의 일반업무회계로 전출하였다는 사실만으로 고유목적사업에 지출되었다고 볼 수 없고, 고유목적사업준비금 손금산입 후 5년이 지난 시점까지 실제 학교법인 운영자금 등으로 사용되지 않았다면 쟁점준비금은 익금산입하여야 한다.

(가) 청구법인은 쟁점토지 매각대금 OOO원을 수익용 기본재산(정기예금)으로 증자하였음을 관리청에 보고하면서, 아래와 같이 학교법인 회계 중 법인회계의 수익사업회계에서 교비회계가 아닌 일반업무회계로 전입 처리하였다.

(나) 「법인세법」제29조는 비영리법인이 수익용 자산(처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 않는 경우 포함)을 처분하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당하며, 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 우선 손금으로 인정하고, 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 익금에 산입하도록 규정하여 고유목적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하고 있다.

(다) 청구법인은 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 후문의 규정에 따라 고유목적사업준비금을 정기예금으로 예치하고 비영리사업회계로 전출 시점에 고유목적사업에 지출한 것으로 주장하고 있으나,

「법인세법」제29조의 입법취지에 비추어 비영리사업회계로 전출된 고유목적사업준비금은 위 시행규칙에 불구하고 향후 고유목적사업에 사용되어야 하는 것으로 그 용도가 한정되어 있으며, 동 제도의 취지는 실제 고유목적사업에 사용하였는지 여부를 불문하고 영구적으로 법인세 부담을 면제해주는 것이 아닌, 일시적인 세부담 완화를 위한 과세이연임이 명확하다.

대법원 판례 및 조세심판원 결정에서도 고유목적사업준비금은 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련하지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되는 것이 아닌, 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는데 그 입법취지가 있다(조심 2021인2375 2022.9.14., 대법원 2017.8.18. 선고 2017두48611 판결, 참조)고 하였고,

수원지방법원(2016.7.20. 선고 2015구합69509 판결)에서도 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 후문은 「법인세법」제113조에 따라 구분경리의 방법에 관한 사항을 구체적으로 정한 것으로, 구분경리 원칙 내지 방법을 정한 것에 불과하고, 위 규정에 의하여 「법인세법」제29조의 적용을 배제하고 실제 사용 여부와 무관하게 고유목적사업에 사용한 것으로 해석할 수 없다고 판시하였다.

(라) 공익법인은 「상속세 및 증여세법」상 아래와 같이 의무적으로 지켜야 할 사항이 있고, 위반할 경우, 운용소득 미사용 금액에 대한 가산세와 기부금 미사용 금액의 증여세 과세문제가 발생할 수 있어 기부금 및 운용소득 등을 학교운영을 위해 사용한 것은 쟁점준비금에 우선하여 사용되었다고 볼 수 없다.

관리청의 허가 여부는 법인세 과세에 영향을 미치지 않으며, 청구법인이 쟁점금액을 비영리사업회계 전출 시점부터 정기예금을 통해 이자수익을 창출한 것은 「법인세법」제4조 제3항 제2호에 열거되어 있는 수익사업에 해당하고, 쟁점금액을 사업연도 종료일부터 5년이 되는 날까지 정기예금으로 운용하는 것이 확인되는 점 등은 명목뿐인 전출에 해당한다.

청구법인이 학교운영비 등의 명목으로 받은 기부금 및 운용소득은 쟁점준비금과는 별도의 수입으로, 직접 공익목적에 사용하고 있음을 결산서류 공시 및 출연재산보고서를 통해 명확히 밝히고 있고, 쟁점준비금은 정기예금에 예치되어 관리청의 허가 없이는 사용이 불가한 것으로, 고유목적사업에 사용하지 않은 것으로 보는 것이 타당하다.

또한 청구법인의 2013.12.27. 제251회 이사회 회의록에도 수익사업을 개시하기 전까지 쟁점토지 매각대금 전액을 은행에 현금으로 예치하여 수익용 기본재산으로 운영한다고 한바, 청구법인은 결국 쟁점금액을 수익사업에 사용할 의도가 있었다고 보여진다.

＜제 251회 이사회 회의록(일부 발췌)＞

(마) 청구법인이 신뢰해왔다고 주장하는 국세청 유권해석은 「상속세 및 증여세법」관련 규정이며, 처분청은 청구법인과 유사한 상황인 경우에 대해 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 없다는 해석사례를 지속적으로 안내하였다.

국세청 ‘공익법인 세무안내’ 책자에 수록된 수익용기본재산 토지를 매도하여 6개월 이상 수익용기본재산(정기예금)으로 예치하고 그 운용소득을 고유목적사업에 사용한 경우 공익목적사업에 사용하는 것으로 해석하는 것은 「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제4호에 따른 증여세 부과와 관련된 것으로, 「법인세법」상의 고유목적사업준비금 사용의무와는 별개라는 점과 이 사건과 유사한 아래의 해석사례를 2012년부터 수록하여 지속적으로 안내해 왔으며, 이는 다수의 심판례(조심 2013중3164 2013.10.22. 외 다수)에서도 확인된 내용이다.

(바) 고유목적사업준비금을 비영리사업회계 전출 시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 간주한다면, 고유목적사업준비금으로 고유목적사업이 아닌 수익용 자산 등을 취득할 경우 법인세 등을 추징하게 되어 있으나, 아래와 같이 수익용 자산 취득 전까지 학교법인의 비영리사업회계 정기예금으로 자금을 운용하는 경우, 아래 ＜표1＞과 같이 해당 자산의 취득시기에 따라 부과제척기간이 달라지고, 이에 따른 처분청의 과세 가능 여부가 달라져 과세 형평성 문제가 발생할 수 있다.

＜표1＞ 수익용자산 취득시기에 따른 부과가능 여부

(2) 「법인세법」제29조 제7항은 고유목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 법인세에 이자상당액을 가산하여 납부하도록 규정하고 있을 뿐, 감면에 관한 내용은 없어 고유목적사업준비금의 익금산입 사유가 해소되지 않는 이상 이자상당액을 납부세액에 가산한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점금액을 고유목적사업준비금으로 설정하고 비영리회계로 전출하였으나, 사용하지 아니한 경우에도 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점금액을 고유목적사업에 사용하지 아니하여 법인세에 가산된 이자상당액에 대하여 부득이한 사유로 보아 감면할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2014사업연도에 고유목적사업준비금을 손금계상하고, 쟁점준비금을 비영리사업회계로 전출한 경위는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2004.12.1. 쟁점토지를 출연받아 수익사업에 사용하여 오다가 쟁점토지가 수용됨에 따라 2013.12.27. 이사회 의결 및 2014.1.17. 관리청의 허가를 받아 2014.1.28. 양도한 후 처분이익인 쟁점금액을 고유목적사업준비금으로 설정 및 손금산입하고, 정기예금에 예치하여 비영리사업회계로 전출하였으며, 현재까지 정기예금에 예치 중인 것으로 확인된다.

＜2013.12.27. 이사회 회의록 중 일부 발췌＞

＜2014.1.17. 관리청 허가 공문＞

(나) 청구법인은 2014.2.18. 쟁점토지의 처분이익을 수익용기본재산 현금으로 증자보고하였다.

(2) 청구법인의 2014∼2023학년도 법인전출금 현황 및 출연재산보고서상 연도별 기부금 수입ㆍ지출 및 운용소득 내역은 아래 ＜표2＞ㆍ＜표3＞과 같다.

＜표2＞ 2014∼2023학년도(2014.3.1.∼2023.10.31.) 청구법인 전출금 현황

(단위 : 천원)

＜표3＞ 출연재산보고서상 연도별 기부금 수입ㆍ지출 및 운용소득 내역

(단위 : 천원)

(3) 청구법인의 2014사업연도 법인세 신고 내용은 다음과 같다.

＜고유목적사업준비금조정명세서(갑)＞

＜고유목적사업준비금조정명세서(을)＞

＜수입금액조정명세서＞

＜손익계산서＞

(4) 처분청의 부과내역은 다음과 같다.

(가) 처분청은 쟁점준비금을 고유목적사업에 사용하지 않은 것으로 보아, 2023.12.6. 2019사업연도 법인세 OOO원(과소신고ㆍ납부불성실 가산세 OOO원 및 이자상당액 OOO원 포함)을 과세예고통지하였다.

(나) 청구법인은 이에 대해 2023.12.7. 과세전적부심사청구를 하였으며, 처분청은 「법인세법 시행규칙」제76조 제4항 후문의 해석상 오인의 소지가 있어 청구법인이 납세의무를 이행하지 못한데 정당한 사유가 있다고 판단하여 2024.2.14. 2019사업연도 법인세 중 가산세 합계 OOO원을 적용하지 아니하는 것으로 청구주장을 일부채택하였다.

＜과세전적부심사청구 결정서 가산세 판단 부분＞

(다) 이에 따라 처분청은 2024.3.4. 신고ㆍ납부불성실가산세 OOO원을 제외하고, 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였으며, 처분청이 청구법인에게 고지한 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 2019사업연도 법인세 고지 내역

(단위 : 천원)

(5) 그 밖에 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점① 관련, 국세청이 발간하는 ‘공익법인 세무안내’ 책자에서는 아래와 같이 안내하였다.

① 2010년 공익법인 세무안내

② 2013년 공익법인 세무안내

③ 2014년 공익법인 세무안내

④ 2019ㆍ2023년 공익법인 세무안내 일부 발췌

현재까지 비영리사업회계에 전출한 경우만으로는 「법인세법」제29조 제2항의 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 없다는 취지의 유권해석(법규법인 2010-164, 2010.6.9.)을 해오고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①ㆍ②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액을 쟁점준비금으로 설정하고 비영리사업회계로 전출한 것만으로도 고유목적사업에 지출한 것으로 보아야 하므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 「법인세법」 제29조의 쟁점준비금의 손금산입 규정은 쟁점준비금으로 설정하고 고유목적사업에 사용하도록 5년의 유예기간을 주어 일시적인 세부담 완화를 위한 과세이연 성격으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점금액을 쟁점준비금으로 설정하고 비영리사업회계에 전출하였으나 영구적으로 고유목적사업에 사용하는 것으로 해석되지 아니한 이상 5년의 경과기간 동안 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우에는 고유목적사업에 지출하였다고 보기 어려워 그 추징사유가 발생하였다고 볼 수 있는 점(조심 2024인2132, 2024.8.7., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다만, 청구법인이 쟁점금액을 쟁점준비금으로 설정하여 비영리사업회계로 전출하고 고유목적사업에 사용하기 위하여 관리청의 허가를 요청하였음에도 관리청의 불허로 고유목적사업에 전혀 사용하지 못하고 있다고 주장하고 있고, 쟁점금액이 수익사업에 사용되지 아니한 점, 청구법인이 쟁점금액을 쟁점준비금으로 설정하여 비영리사업회계로 전출할 당시에 관련 법령의 해석이나 세무안내 등에 오인의 소지가 있어 청구법인의 납세의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있다고 과세전적부심사 단계에서 가산세 감면을 인정한 사실이 있는 점, 쟁점금액을 관리청의 불허(不許)로 부득이하게 고유목적사업에 사용하지 않았거나 못하였음에 따라 익금에 산입되는 잔액에 대한 이자상당액을 법인세에 가산하도록 하는 것은 청구법인이 5년의 기간 동안 고유목적사업에 사용하지 못한 결과 처분청이 당초 부과하였던 가산세와 유사한 제재적 성격이 있으므로, 처분청이 과세전적부심사 단계에서 가산세 감면을 인정한 사실에 비추어 볼 때 관리청의 불허로 부득이하게 고유목적사업에 사용하지 못하여 익금에 산입되는 고유목적사업준비금 잔액에 대하여는 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하지 않도록 하는 것이 오히려 타당한 법령의 적용으로 보이는 점, 당초 고유목적사업에 사용하려던 상당액을 설립자 개인출연금으로 지출한 사실이 확인되는 상황에서 고유목적사업준비금에서 5년 동안 발생한 이자상당액 전체를 법인세에 가산하여 납부하도록 하는 것은 청구법인에게 가혹하다고 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구법인에게 법인세에 가산하여 부과한 이자상당액 OOO원을 제외하여 2019사업연도 법인세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법(2014.1.1., 법률 제12166호로 개정된 것)

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다)

⑤ 제4항 제4호 및 제5호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령(2014.2.21., 대통령령 제25194호로 개정된 것)

제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

⑦ 법 제29조 제5항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

(3) 법인세법 시행규칙(2013.9.30., 기획재정부령 제362호로 개정된 것)

제76조(비영리법인의 구분경리) ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전출한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

(4) 상속세 및 증여세법(2014.1.1., 법률 제12168호로 개정된 것)

제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

개정된 것)

제38조(공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리) ④ 법 제48조 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우”란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 해당 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다.

(6) 국세기본법 (2010.1.1., 법률 제9911호로 개정된 것)

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(7) 조세특례제한법(2014.1.1., 법률 제12173호로 개정된 것)

제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일(제7호바목 및 제9호의 경우에는 2015년 12월 31일) 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가. 「사립학교법」에 따른 학교법인

(8) 사립학교법

제28조(재산의 관리 및 보호) ① 학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다.

※ 법인세법 기본통칙 113-156…3(비영리법인의 잉여금의 범위)

① 규칙 제76조 제4항의 규정에서 ¨잉여금¨이라 함은 이미 법인세가 과세된 소득(법 및 조세특례제한법에 의하여 비과세되거나 익금불산입된 금액을 포함한다)으로서 수익사업부문에 유보되어 있는 금액을 말한다.

② 규칙 제76조 제4항의 규정을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다.

1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조의 규정에 의하여 손금산입된 금액(같은조 제2항 후단의 금액을 포함한다)

2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액

3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)

4. 자본의 원입액