이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 1999.6.23. 「지방공기업법」 제76조에 따라 ‘A’으로 설립되어 국가, 지방자치단체, 공공단체로부터 대행 또는 위탁받은 각종 시설관리업무를 수행하다가 2017.12.29. ‘B’로 조직이 변경되었다.
나. 청구법인은 경기도 C장(이하 “C”라 한다)과 공영주차장ㆍ교통정보센터ㆍ문화센터ㆍ지하도상가ㆍ충전소 등 C 공공시설물의 관리에 대한 위ㆍ수탁계약을 체결하고 관련 관리업무를 수행하였으며 이에 따라 C로부터 위탁사업비를 수령하였다.
다. 청구법인은 C로부터 수령한 위탁사업비를 매출액으로 회계처리하여 수익으로 인식(2017～2020사업연도)하거나, 위탁사업비 전액을 수입금액에 포함하여 법인세를 신고(2021사업연도 이후)하였으나, 해당 용역의 제공 전부를 부가가치세 면세대상으로 보고 별도의 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.
라. 국세청장은 2022.10.24.부터 2022.11.11.까지 처분청에 대한 정기 종합감사를 실시하여, 청구법인이 2021년 중 수행한 C 위탁사업 중 ① 공영주차장 등 관리ㆍ운영 사업, ② 레포츠센터 등 관리ㆍ운영 사업, ③ 부천역 지하도상가 관리ㆍ운영 사업(부동산 임대사업, 위 사업들 관련 용역을 이하 “쟁점용역”이라 한다)은 「조세특례제한법 시행령」 제106조 제8항 단서에서 규정하는 부가가치세가 면제되지 아니하는 사업으로 보아, 2023.3.21. 쟁점용역의 위탁사업비 상당액 OOO원(공급가액 OOO원)에 대해 용역의 공급시기를 2021년 제2기로 보아 관련 부가가치세 과세표준과 세액을 경정할 것을 처분청에 통지하였다.
마. 처분청은 2023.7.3.부터 2023.10.21.까지 청구법인의 2017년부터 2021년까지의 과세기간에 대한 부가가치세 일반세목별조사를 실시하여 ＜표1＞ 기재와 같이 쟁점용역의 위탁사업비에 대하여 ＜표2＞ 기재와 같이 2017년 제2기～2021년 제2기 부가가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.
＜표1＞ 쟁점사업비 구체적 내역
○○○
＜표2＞ 부가가치세 경정ㆍ고지 내역
○○○
바. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.2. 심판청구를 하였다.
사. 처분청은 2025.8.19. 이 건 처분을 직권으로 취소하는 내용의 감액경정을 하였다.
2. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
3. 이 건 심판청구의 적법여부
이 사건 처분 중 청구법인이 취소를 구하는 부분에 대하여 처분청이 2025.8.19. 이를 직권으로 취소하는 내용의 감액경정을 한 사실이 확인되고, 청구법인의 심판청구는 심리일 현재 이미 그 효력이 소멸하여 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 청구의 이익이 없어 부적법하다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 국세기본법
제55조[불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.
제65조[결정] ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우
나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우
다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우
라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우
마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
제80조의2[심사청구에 관한 규정의 준용] 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다.
(2) 국세기본법 시행령
제52조의2[각하 결정 사유] 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우
2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우
3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우