이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.1.26. 해상화물(LNG) 운송사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 주주는 A(이하 “쟁점공사”라 한다), B 주식회사, C 주식회사, D 주식회사이다.

나. 청구법인은 2008년경 조선소에서 선박 4척을 인수 후 쟁점공사와 러시아 사할린, 호주, 미국 등에서 연간 350～400만톤의 LNG를 쟁점공사의 LNG 생산기지에 수송하는 내용의 LNG 전용선 수송계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, 위 수송계약에 따라 선박을 운영하여 LNG를 쟁점공사의 LNG 생산기지에 수송하고 쟁점공사에 운임을 청구하고 있다.

다. 청구법인은 LNG 수송 운임 청구 시 자본비 중 선박원금에 대해 2008년 제2기에 세금계산서(공급가액 OOO원, 매출세액 OOO원)를 쟁점공사에게 발급하였고, 선박경비, 운항비, 운영비용에 대해서는 「부가가치세법」제23조 제1항에 따른 선박에 의한 외국항행용역의 공급에 대한 대가로 보아 영세율세금계산서 공급가액으로 기재하여 영세율 세금계산서를 발급하였으나, 자본비 중 이자수익(이하 “쟁점이자수익”이라 한다)은 부가가치세 면세 또는 비과세 대상으로 보아 영세율세금계산서 공급가액에 포함하지 않았다.

라. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.20.부터 2024.10.26.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 쟁점이자수익 역시 영세율 적용대상인 외국항행용역의 공급에 대한 대가에 해당함에도 영세율세금계산서 공급가액에 누락되었다는 이유로, 2019년 제2기 ～ 2024년 제1기 과세기간 중 발급된 영세율세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 공급가액이 사실과 다르게 적힌 세금계산서로 보아 「부가가치세법」제60조 제2항 제5호의 세금계산서기재불성실가산세 OOO원을 부과하는 내용의 세무조사결과통지를 하였고, 이후 처분청은 2025.1.23.과 2025.2.5. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO원(세금계산서기재불성실가산세 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제1기분 OOO원, 2022년 제2기분 OOO원, 2023년 제1기분 OOO원, 2023년 제2기분 OOO원, 2024년 제1기분 OOO원)을 경정ㆍ고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하여야 하므로, 세금계산서기재불성실가산세 대상이 아니다.

(가) 「부가가치세법」제60조 제1항은 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트를 가산세로 부과한다고 규정하고 있으나, 같은 항 단서 규정과 같은 법 시행령 제108조 제3항은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 같은 법 제60조 제2항 제5호에 따른 ‘사실과 다른 세금계산서’로 보지 아니한다고 정하고 있다.

(나) 대법원은 “세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 거래사실에 관한 증빙서류로서 세금계산서에 필요적 기재사항을 사실대로 기재하도록 한 것은 결국 거래사실의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 기재사항 중 일부가 사실과 일치하지 아니한다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인만 되면 위 가산세를 납부시키지 아니하겠다는 데에 있다”고 판시하였다(대법원 1987.9.8. 선고 87누573 판결, 같은 뜻임).

(다) 위 규정과 대법원 판례 태도를 종합하면, 청구법인이 영세율매출세금계산서 공급가액에 쟁점이자수익을 과소 기재한 것은 쟁점이자수익이 영세율 적용 대상인 외국항행용역에 해당하는 수송운임에 해당하는지, 면세(비금융업자 금융리스 이자 면세)에 해당하는지에 대하여 판단 착오 또는 과실로 세법을 잘못 적용한 것에서 기인하므로, 처분청이 청구법인에게 세금계산서기재불성실가산세를 부과하기 위해서는 세금계산서의 다른 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 미루어 보더라도 거래사실 자체가 확인이 불가능해야 할 것이다.

(2) 영세율세금계산서의 공급가액에 과소 기재된 쟁점이자수익은 영세율 세금계산서의 임의적 기재사항으로, 당초 부가가치세 신고 시 제출한 영세율 첨부서류 및 조사청의 세무조사 시 청구법인이 제출한 수송계약서로 확인이 가능하여, “세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우”에 해당하므로, 세금계산서기재불성실가산세 대상이 아니다.

(가) 청구법인이 발급한 영세율세금계산서상 임의적 기재사항인 ‘종목’란에는 외항화물운송이라고 기재되어 있고, ‘품목’란에는 해상운임(Ocean Freight)이라고 기재되어 있으며, ‘비고’란에 LNG 수송 선박명이 기재되어 있어 청구법인이 쟁점공사에게 LNG 수송 외국항행용역을 공급한 거래사실을 분명히 확인할 수 있다.

(나) 대법원은 상기 87누573 판례에서 “세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 거래사실에 관한 증빙서류로서 세금계산서에 필요적 기재사항을 사실대로 기재하도록 한 것은 결국 거래사실의 진실을 담보하기 위한 것이므로, 그 기재사항 중 일부가 사실과 일치하지 않더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인만 되면 세금계산서기재불성실가산세를 납부시키지 아니하여야 한다”고 판시하였는바, 누락된 공급가액 그 자체가 세금계산서상 비고란 등 다른 임의적 기재사항에 반드시 기재되어야만 가산세를 부과할 수 없다는 처분청의 의견과는 다르다고 할 것이다.

(다) 청구법인이 발급한 영세율세금계산서의 경우 세금계산서 품목, 비고에 기재된 사항만으로도 청구법인이 LNG 외국항행용역을 쟁점공사에게 공급했다는 거래사실이 명백히 확인되므로, 거래사실의 진실 담보는 충분히 달성되었고, 쟁점이자수익은 당초 부가가치세 신고 시 함께 제출한 영세율 첨부서류인 외화입금증명서에 빠짐없이 기재되어 있으므로, 거래사실은 물론 공급가액의 완전성도 입증되었다.

(라) 이밖에 아래와 같이 「부가가치세법」기본통칙, 관련 판례, 예규 등도 비록 필요적 기재사항이 착오 또는 과실로 사실과 다르게 기재되어 있더라도, 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 해석 및 판시하고 있다.

1) 부가가치세법 기본통칙(60-108…5), 같은 법 집행기준(60-0-19)은 영세율이 적용되는 거래에 대하여 일반세금계산서를 발급하여 필요적 기재사항인 부가가치세가 과다하게 기재된 경우에도 조세탈루 사실이 없다면, 가산세를 적용하지 않는다고 규정하고 있다.

2) 대법원도 일반 세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율세금계산서를 발급한 결과, 처음 발급한 영세율세금계산서의 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액에 관하여 착오가 있어 사실과 다르게 적혔으나, 공급자에게는 세금계산서기재불성실가산세를 과세하지 않고, 공급받는 자에게는 사후적으로 발급받은 일반세금계산서를 근거로 매입세액공제를 인정한 바 있다(대법원 2013.10.17. 선고 2010두12972 판결, 대법원 2017.4.13. 선고 2016두64159 판결, 같은 뜻임).

3) 조세심판원도 다른 필요적 기재사항인 작성일자, 공급자 등을 잘못 적었더라도 거래사실이 확인됨을 이유로 가산세를 배제한 사례가 여럿 있다.(조심2013중1306, 2014.1.24. 등)

(마) 청구법인은 쟁점이자수익을 영세율세금계산서 공급가액에서 누락하여 영세율과세표준도 과소신고하였으나, 처분청은 외화입금증명서를 제출한 경우에는 가산세를 부과하지 않는다는 기획재정부 해석(부가가치세제과-444, 2009.6.26.)에 따라 영세율과세표준과소신고 가산세를 과세처분하지 않았는바, 외화입금증명서에 따라 금액적 거래사실이 확인되면, 영세율 과세표준과소신고가산세 부과대상이 아닌 것처럼, 세금계산서기재불성실가산세도 제외하는 것이 타당하다.

(바) 처분청은 세금계산서기재불성실가산세 감면은 정당한 사유가 존재하여야 하나 법령의 부지, 착오 등은 정당한 사유에 해당하지 않아 청구법인에 대한 가산세 부과처분이 정당하다는 의견이나, 「부가가치세법」상 세금계산서기재불성실가산세는 「국세기본법」제48조에 따른 정당한 사유가 있어야만 감면이 되는 가산세가 아니고, 「부가가치세법」에 따라 거래사실이 확인되는 경우에는 가산세의 일부 감면이 아니라 가산세 자체를 부과하지 않겠다는 것이므로, 처분청의 의견은 부당하다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 「부가가치세법 시행령」제108조 제3항은 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에만 적용되어야 하는 것이나, 쟁점세금계산서의 오류기재사항은 착오나 과실에 해당하지 아니하며 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항을 보아도 거래사실이 확인되지 아니한다.

(가) 청구법인은 세무조사 중 쟁점이자수익을 실제 리스용역의 제공이 아님에도 쟁점공사와 리스회계 합의를 근거로 부가가치세 과세대상이 아닌 면세용역으로 보아 세금계산서를 의도적으로 발급하지 않았다며 아래 ＜표1＞과 같이 소명하였다.

＜표1＞ 청구법인 세무조사 중 소명서(부분 발췌)

○○○

(나) 또한 청구법인과 쟁점공사는 리스회계처리 합의 시 자본비 총액에 대하여 세금계산서를 발행하기로 한 것이 아래 ＜표2＞와 같이 확인됨에도 쟁점이자수익을 누락하여 쟁점세금계산서를 발행하였다.

＜표2＞ 금융리스 회계처리 합의서(일부 발췌)

○○○

(다) 쟁점공사는 2020년 제1기 및 제2기에 수취한 전자세금계산서 발급목록을 조회한바, 청구법인의 주주 등을 포함한 다른 해운회사로부터 아래 ＜표3＞과 같이 자본비 중 이자상당액에 대해 세금계산서를 수취한 것이 확인된다.

＜표3＞ 쟁점공사의 자본비 관련 세금계산서 수취 내역

○○○

(라) 세금계산서 발행법인 중 B 주식회사는 청구법인의 최대주주로 쟁점공사와 자본비에 대하여 동일하게 금융리스회계를 적용하였음에도 자본비 이자상당액에 대하여 세금계산서를 발행한 점, 청구법인의 대표이사를 포함한 임원은 쟁점공사 출신으로 쟁점금액이 세금계산서 발행대상이므로 발행 의무가 있다는 것을 알지 못한 것을 정당화할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것에 무리가 있다고 볼 사유가 없다고 할 것이다.

(마) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것이나(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결, 같은 뜻임),

법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2009.4.23. 선고 2009두3873 판결, 같은 뜻임), 법률의 적용대상에 대한 착오나 법령의 부지도 정당한 사유에 포함된다면, 과세관청은 세법상 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 징수하는 각종 가산세도 부과할 수 없다는 측면에서 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 쟁점세금계산서의 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로는 거래사실이 확인되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

(가) 쟁점세금계산서는 쟁점계약의 수송운임 중 선박 자본비 및 자본비 이자를 제외한 선박경비·운항비·운영비용의 합계액을 공급가액에 기재한 것으로 다른 필요적.임의적 기재사항을 보아도 자본비 이자상당액을 포함한 실제 운임대가에 대한 거래사실을 확인할 수 없다고 할 것이다.

(나) 쟁점세금계산서는 명백하게 공급가액이 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 청구법인 주장대로 착오에 해당한다면 「부가가치세법」제32조 제7항에 따라 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서 발급 대상일 뿐이고,

「부가가치세법 시행령」제70조 제6항에 따라 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우를 제외하고 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 수정발행하여야 하나 이를 해태한 것일 뿐, 「부가가치세법 시행령」제108조 제3항의 가산세 감면의 사유에 해당하지 않는다고 할 것이다.

(다) 청구법인이 제시한 대법원 판례(대법원 2013.10.17. 선고 2010두12972 판결, 대법원 2017.4.13. 선고 2016두64159 판결)는 영세율세금계산서와 일반세금계산서 발행의 착오로 인하여 수정세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받기 위하여 경정청구한 사안으로서, 필요적 기재사항 등의 착오에 대한 판례로 볼 수 없고, 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정례도 세금계산서 수정발행의 절차가 생략된 경우의 세금계산서의 기재불성실 여부에 대해 결정한 것으로 본 사안의 판단 근거로는 부적정하다.

(라) 쟁점세금계산서의 기재 오류는 착오 사유에 해당하지 아니하고 다른 기재사항을 보아도 진실한 공급가액을 확인할 수 없으며, 조세심판원도 과세 용역을 면세로 잘못 인식하여 세금계산서 과소 발행한 사안에서 가산세 부과가 정당하다 결정한 바 있다(조심 2022서7023, 2023.3.15., 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

세금계산서기재불성실가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2006년 해상화물(LNG)운송 사업을 영위할 목적으로 설립되었고, 현재 청구법인의 주주 현황은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 주주 현황

(단위 : 주, %)

주주명

소유 주식수

지분율

B 주식회사

180,000

36

쟁점공사

140,000

28

C 주식회사

90,000

18

D 주식회사

90,000

18

합계

500,000

100

(나) 청구법인은 2008년경 쟁점공사와 아래 ＜표5＞와 같이 총 4건의 LNG 전용선 수송계약을 체결하였다.

＜표5＞ LNG 전용선 수송계약

○○○

(다) 청구법인과 쟁점공사 간 수송계약상의 운임 구성요소는 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ LNG 전용선 수송계약 제6조 운임

운임의 구성요소

①

당해 계약년에 지불될 예정인 본선(LNG전용선)건조를 위하여 선주로부터 차입한 계약선가, 건조중이자, 금융수수료 및 승출비가 포함된 총금융액과 그에 대한 이자 및 본선의 건조 취득부대비용을 포함하는 자본비의 총액

②

당해 계약년에 지불될 예정인 본선에 대한 선박경비의 총액

③

당해 계약년에 지불될 예정인 본선에 대한 운항비 총액

④

당해 계약년에 수송자(청구법인)에게 지불될 수송자 운영비용의 총액

(라) 청구법인은 운임 중 자본비에 해당하는 선박 총금융액 상당액에 대해 2008년 제2기에 일반세금계산서(공급가액 OOO원, 매출세액 OOO원)를 쟁점공사에게 발급하였고, 운임 중 선박경비, 운항비, 운영비용에 대해서는 영세율세금계산서를 발급하였으나, 쟁점이자수익에 대해서는 영세율세금계산서상 공급가액에서 제외하였다.

(마) 과세기간별 영세율세금계산서 공급가액에서 누락된 쟁점이자수익 금액과 부과고지한 세금계산서기재불성실가산세는 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 과세기간별 세금계산서기재불성실가산세 내역

○○○

(바) 처분청은 쟁점계약과 관련한 계약서, 금융리스 회계처리 합의서, 세금계산서 수취 내역 등을 제출하였다.

(2) 청구법인이 제시한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점공사에게 LNG 수송 외국항행용역을 공급한 거래사실을 확인할 수 있다며, 아래 ＜표8＞과 같이 영세율전자세금계산서를 제출하였다.

＜표8＞ 영세율전자세금계산서

○○○

(나) 청구법인은 당초 부가가치세 신고 시 함께 제출한 영세율 첨부서류인 외화입금증명서에서도 쟁점이자수익 금액이 기재되어 있어 거래사실은 물론 공급가액 자체도 확인된다며, 아래 ＜표9＞와 같이 수송운임청구서와 외국환 입금(예치) 확인서를 제출하였다.

＜표9＞ 수송운임청구서와 외국환 입금확인서

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서의 오류기재사항은 착오나 과실에 해당하지 아니하며 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항을 보아도 거래사실이 확인되지 않는다는 의견이나,

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이고(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임), 「부가가치세법」제60조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제108조 제3항은 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우에 해당하나, 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하는바,

쟁점세금계산서에는 필요적 기재사항인 공급가액과 관련하여 착오 또는 과실로 쟁점이자수익만큼 기재가 누락되었으나, 나머지 필요적 기재사항인 공급받는 자의 등록번호와 작성연월일은 제대로 기재되어 있는 가운데, 임의적 기재사항인 종목(외항화물운송), 품목(Ocean Freight), 비고(선박 이름 : ‘OOO’)란의 기재사항으로 보아 쟁점계약과 관련한 세금계산서로 볼 수 있고, 청구법인은 부가가치세 신고 시 영세율 과세표준 첨부서류로 외국환입금확인서 등을 제출하였고, 그 서류에 쟁점이자수익이 포함되어 있어 처분청이 별다른 주의를 기울지지 않아도 청구법인과 쟁점공사 사이의 쟁점계약과 관련한 거래사실이 확인된다고 볼 수 있는 점, 청구법인이 쟁점이자수익을 영세율세금계산서상 공급가액에서 누락하기는 하였으나 그로 인해 청구법인이 부담하여야 할 부가가치세가 탈루되었다거나, 거래상대방의 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 한 것으로 보이지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점세금계산서에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서기재불성실가산세를 적용하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 부가가치세법

제60조 【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

제23조 【외국항행용역의 공급】① 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

② 제1항에 따른 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국항행사업자가 자기의 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 포함한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제108조【가산세】③ 법 제32조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제60조 제2항 제5호에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

* 부가가치세법 집행기준

60-0-19 【영세율 거래에 대해 부가가치세액을 적어 세금계산서를 발급한 경우 과세 방법】

영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준과 납부세액을 신고ㆍ납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하므로 공급자는 세금계산서 발급불성실가산세를 적용하지 아니하고, 공급받은 자는 해당 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제한다.

* 부가가치세법 기본통칙

60-108…5【영세율이 적용되는 거래에 대하여 일반세금계산서를 발급한 경우 가산세 적용】

사업자가 구매확인서를 발급받았음에도 (영세율)수정세금계산서를 발급하지 아니한 경우로서 당초 발급한 세금계산서(10%)에 따라 신고ㆍ납부를 이행한 경우에는 해당 거래에 대하여 법 제60조 제2항 및 제6항의 가산세를 적용하지 아니한다.