이유
1. 처분개요

가. 청구법인(수익사업을 하지 않는 비영리법인)은 2022.2.4. 서울특별시 광진구 OOO(전용면적 52.52㎡, 이하 “이 건 주택”이라 한다)를 취득한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제13조의2 제1항 제1호에서 규정하고 있는 중과세율(1천분의 120, 법인의 주택 취득)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2024.1.18. 이 건 주택을「지방세법 시행령」제28조의2 제12호에서 규정하고 있는 사원에 대한 임대용 주택으로 보아 취득세 중과 대상에서 제외하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.1.22. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.15. 이의신청을 거쳐 2024.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 주택을 담임목사의 사택으로 사용하고자 취득하였으나, 그 규모가 담임목사가 가족들과 거주하기에는 너무 협소함에 따라 이를 부목사에게 사택으로 제공(무상임대)하기로 하고, 그에 따른 취득세 등을 신고.납부하였다.

(2) 청구법인의 부목사인 AAA은 2022.2.9.부터 2023.10.29.까지 이 건 주택에 주민등록을 두고 거주하였고, 그 후임인 BBB(AAA을 포함하여 이하 “이 건 부목사들”이라 한다)는 2023.12.14.부터 현재까지 이 건 주택에 주민등록을 두고, 이 건 주택을 사택으로 사용(거주)하고 있다.

(3)「지방세법 시행령」제28조의2 제12호에서 “사원”에 대해 별도로 정의하고 있지는 아니하나 일반적으로 사원이란 회사에 근무에 하는 사람 등을 말한다고 할 것인데, 교회의 부목사는 담임목사의 추천으로 노회의 허락을 받아 청구법인이 채용(청빙)하여 청구법인과 사역(근로)계약을 체결한 후, 청구법인의 지시를 받아 담임목사를 보좌하면서 예배 및 선교활동 등을 하고 있으므로 이 건 부목사들은 청구법인의 사원에 해당한다.

(4) 청구법인은 이 건 부목사들에게 근로에 대한 대가로 매월 급여(AAA OOO원, BBB OOO원)를 지급한 후 소득세를 원천징수하고 있고, 국민연금과 유사한 총회연금의 일부를 부담하고 있으며, 이 건 부목사들이 퇴직하는 경우 관련 법령과 사역(근로)계약에 따라 퇴직금을 지급하고 있다.

(5) 이 건 부목사들은 청구법인에게 채용된 사원(종업원)의 지위에서 담임목사를 보좌하는 것일 뿐 담임목사에게 채용되거나 종속된 것이 아님에도 처분청이 이 건 부목사들을 청구법인의 사원이 아닌 특수한 지위에 있는 종교인으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 부목사들과 근로(사역)계약서를 작성한 후 매월 급여를 지급하고 있고, 소득세 신고와 국민연금과 유사한 총회연금의 부담하고 있으며, 퇴직 시에는 퇴직금을 지급하고 있으므로 이 건 부목사들은 청구법인의 사원에 해당한다고 주장한다.

(2) 그러나, 청구법인이 부목사를 채용(청빙)하려면 한국기독교 장로회 북노회(이하 “이 건 노회”라 한다)로부터 승인을 받아야 하는데, 이 건 노회에서 부목사의 채용을 승인하지 않을 수도 있으므로 청구법인에게 부목사 채용과 관련한 최종적인 권한이 있다고 보기 어렵고, 청구법인은 이 건 부목사들에게 매월 일정한 사례금을 지급하고 있으나 이는 근로에 대한 대가라기 보다는 영리활동을 하지 못하는 이 건 부목사들에게 목회 활동에 따른 사례비 또는 생활보조비 등으로 지급한 것이라고 보는 것이 타당하다(대법원 2020.7.9. 선고 2020다225473 판결).

(3) 또한, 이 건 부목사들은 청구법인으로부터 받은 사례비에 대해 근로소득이 아닌 종교인 소득(기타소득)으로 하여 소득세 신고를 하고 있을 뿐만 아니라 BBB의 경우 청구법인의 근로자가 아니라는 이유로 직장 가입자가 아닌 지역가입자로 하여 국민연금과 건강보험에 가입하였고, 고용보험과 산업재해보상보험에는 가입조차 하지 않았음을 볼 때, 이 건 부목사들을「지방세법 시행령」제28조의2 제12호에서 규정하고 있는 사원에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 주택을 청구법인이 사원(부목사)에게 제공하는 임대용 주택으로 보아 취득세 중과 대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인(한국기독교장로회 능동교회)은「부동산등기법」제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단으로,「지방세법」제13조의2 제1항에서 규정하고 있는 법인에 해당한다.

(나) 청구법인은 2022.1.9. AAA을 부목사로 청빙(채용)하기로 결의하고, 2022.2.4. 이 건 주택(서울특별시 광진구 OOO)을 취득한 후 2022.2.8. AAA과 이 건 주택의 임대차계약(계약기간 : 부목사 재임기간, 임대료 : 무상)을 체결하였으며, AAA은 2022.2.9. 이 건 주택으로 주민등록을 전입하였다.

(다) 청구법인은 2022.1.15. AAA과 아래와 같이 사역(근로)계약을 체결하고, 같은 날 이 건 노회에 AAA의 청빙 청원서를 제출하였다.

○○○

(라) 청구법인은 2022.1.31.부터 2022.12.31.까지 AAA에게 OOO원을 지급하고, 2023.2.28. AAA의 소득을 종교인 소득(기타소득)으로 하여 과세관청(국세청 및 지방자치단체, 이하 같다)에 소득세 신고를 하였다.

(마) AAA은 2023.10.29. 청구법인의 부목사 지위를 사임하고, 이 건 주택에서 퇴거(주민등록 전출) 하였으며, 청구법인은 2023.10.31. AAA에게 퇴직금 OOO원을 지급하고, 과세관청에 그 퇴직금에 대한 소득세 신고를 하였다.

(바) 청구법인은 2023.12.10. BBB와 사역(근로)계약 체결하였는데, 사례비를 제외한 나머지 내용은 AAA과 체결한 계약서의 내용과 동일한 것으로 나타난다.

(사) BBB는 청구법인과 이 건 주택에 대한 임대차계약을 체결하고 2023.12.14. 이 건 주택으로 주민등록을 전입하고 이 건 심리일 현재 거주하고 있는 것으로 나타난다.

(아) 이 건 부목사들은 지역 가입자로 하여 국민연금과 건강보험에 가입하였고, 고용보험 및 산업재해보상보험에는 가입하지 않은 것으로 나타난다.

(자) 청구법인의 대리인인 CCC 세무사는 2025.2.19. 개최한 조세심판관회의에 출석하여 이 건 부목사들은 사실상 재산을 소유하고 있지 않아 국민연금과 건강보험의 경우 지역가입자로 가입하는 것이 유리한데, 근로소득으로 소득세를 신고하게 되면, 직장가입자가 되어 납부하여야 할 국민연금과 건강보험이 늘어나게 되어, 부득이하게 이 건 부목사들에게 지급한 사례비를 근로소득이 아니라 기타소득으로 구분하여 소득세를 신고하였다고 진술하였다.

(2)「지방세법」제13조의2 제1항 제1호에서 법인이 주택을 취득하는 경우 그 취득세율을 1천분의 120으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 제1항을 적용할 때 주택의 범위 포함 여부, 세대의 기준, 주택 수의 산정 방법 등 필요한 세부 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제28조의2 제12호에서 사원에 대한 임대용으로 직접 사용할 목적으로 취득하는 주택으로서 1구의 건축물의 연면적(전용면적을 말한다)이 60㎡ 이하인 공동주택에 대하여는「지방세법」제13조의2 제1항의 취득세 중과세율을 적용하지 않는다고 규정하고 있다.

또한,「지방세법」제74조 제8호 및 같은 법 시행령 78조의3 제1항에서 ‘종업원’ 이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원과 급여의 지급 여부와 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와의 계약에 따라 해당 사업에 종사하는 사람을 말한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인이 취득하는 주택에 대한 취득세 중과 예외를 규정한「지방세법 시행령」제28조의2 제12호에서 ‘사원’에 대해 별도로 정의하고 있지는 않으나 그 범위에는「지방세법」제74조 제8호 및 같은 법 시행령 제78조의2 제1항에서 규정하고 있는 종업원 뿐만 아니라 사단법인 등의 구성원도 포함된다고 볼 수 있는 점,

청구법인은 이 건 부목사들과 사역(근로)계약을 체결한 후 그 사역에 따른 급여를 지급하고, 부목사들이 퇴직하는 경우 관련 법령과 사역 계약에 따라 퇴직금을 지급하고 있으며, 이 건 부목사들의 소득을 기타 소득으로 하여 소득세를 신고하고 있음을 볼 때 청구법인과 이 건 부목사들은 직접적인 고용관계에 있다고 볼 수 있으므로

이 건 주택은 청구법인이 사원인 이 건 부목사들에게 임대용으로 제공하는 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것인바, 처분청이 이 건 주택을「지방세법」제13조의2 제1항 제1호에서 규정하고 있는 취득세 중과 대상으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조의2[법인의 주택 취득 등 중과] ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」제13조에 따른 법인으로 보는 단체,「부동산등기법」제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

⑤ 제1항부터 제4항까지 및 제13조의3을 적용할 때 주택의 범위 포함 여부, 세대의 기준, 주택 수의 산정방법 등 필요한 세부 사항은 대통령령으로 정한다.

제74조[정의] 주민세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

8. “종업원”이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다.

(2) 지방세법 시행령

제28조의2[주택 유상거래 취득 중과세의 예외] 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

12. 사원에 대한 임대용으로 직접 사용할 목적으로 취득하는 주택으로서 1구의 건축물의 연면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하인 공동주택. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택은 제외한다.

가. 취득하는 자가 개인인 경우로서「지방세기본법 시행령」제2조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계인 사람에게 제공하는 주택

나. 취득하는 자가 법인인 경우로서「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주에게 제공하는 주택

다. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 않거나 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 주택

제78조의3[종업원의 범위] ① 법 제74조 제8호에서 “대통령령으로 정하는 사람”이란 제78조의2에 따른 급여의 지급 여부와 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와의 계약에 따라 해당 사업에 종사하는 사람을 말한다. 다만, 국외근무자는 제외한다.

② 제1항에 따른 계약은 그 명칭ㆍ형식 또는 내용과 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와 한 모든 고용계약으로 하고, 현역 복무 등의 사유로 해당 사업소에 일정 기간 사실상 근무하지 아니하더라도 급여를 지급하는 경우에는 종업원으로 본다.