이유
1. 처분개요

가. A 주식회사는 골판지 및 종이상자의 제조·판매업을 목적으로 하여 2019.10.15.에 설립된 법인으로, 2019.11.29. B 주식회사(이하 “구 C”이라 한다)의 주식 90%를, 2019.11.30.～2020.11.13. 기간 동안 나머지 주식 10%를 취득한 후, 아래 ＜표1＞과 같이 「지방세법」 제7조 제5항에 따른 과점주주 간주취득세(이하 “이 건 제①취득세 등”이라 한다)를 신고.납부하였다.

＜표1＞ A 주식회사의 과점주주 취득세 신고.납부 내역

○○○

나. A 주식회사는 2020.12.24. 구 C을 흡수합병하면서 법인명을 B 주식회사(이하 “신 C”이라 한다)로 변경하였고, 합병 당시 취득한 부동산 등에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 취득세 등(이하 “이 건 제②취득세 등”이라 한다)을 신고.납부하였다.

＜표2＞ 신 C(구 A 주식회사)의 합병에 따른 부동산의 취득에 대한 취득세 등의 신고.납부 내역

○○○

다. 청구법인은 1993년에 설립되어 식품용 포장용기 제조판매업 등을 주요 사업으로 하고 있는 법인으로, 2021.12.28. 신 C(구 A 주식회사)을 흡수합병함으로써 신 C의 권리 및 의무를 승계하였다.

라. 청구법인은 2024.4.15. 처분청에 신 C이 납부하였던 이 건 제①취득세 등과 이 건 제②취득세 등은 동일한 부동산 등의 취득에 대한 취득세를 이중납부한 것이므로 이 건 제②취득세 등의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.6.13. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 신 C은 2019년 11월부터 2020년 11월까지 구 C의 주식을 100% 취득하여 과점주주 간주취득세(이 건 제①취득세 등)을 부담하였고, 이후 2020년 12월 구 C을 합병하면서 구 C이 소유하였던 부동산 등을 취득하고 취득세(이 건 제②취득세 등)를 신고.납부하였다.

「지방세법」상 과점주주 지위의 취득은 실제 그 취득세 과세대상 자산의 취득과 동일한 것으로 의제하고 있고, 대법원과 조세심판원에서도 이러한 입법 취지에 따라 과점주주 취득세를 부담한 후 실제 취득대상 물건의 취득세를 부담할 경우 이는 이중과세에 해당하는 것으로 명확히 판시하고 있다.

따라서, 신 C이 합병으로 취득한 구 C의 부동산 등에 대하여 신고·납부한 취득세 과세표준에서 동일한 물건에 대해 이미 납부한 과점주주 취득세 과세표준 상당액 부분은 차감하여 과세표준과 세액을 각각 OOO원으로 경정하는 것이 타당하며, 이러한 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 거부처분은 취소되어야 한다.

(2) 대법원과 서울고등법원은 취득세와 등록세(취득관련분)를 통.폐합한 개정규정의 취득세가 실질적으로 과거 「지방세법」의 취득세와 등록세(취득관련분)의 과세대상을 그대로 유지하여 합산하기 위한 입법자의 의도가 있었던 것으로 인정하더라도, 취득세 납세의무가 성립하는 경우에는 등기가 없더라도 취득세를 부담할 수 있으나, 이와 달리 취득세 납세의무가 성립하지 않고 등기가 이루어진 경우에는 과거 등록세에 해당하는 취득세 납세의무를 부여하는 것은 문언상 타당하지 않다는 취지로 판결하였는바(대법원 2018.4.10. 선고 2017두35684 판결 등),

신 C의 경우 2019년과 2020년에 걸쳐 구 C의 지분을 100% 취득함으로써 구 C이 소유한 부동산을 별도의 등기, 등록 없이 실제 취득한 것으로 간주하여 간주취득세 납세의무를 부담하였고, 이후 2020년 구 C과의 합병에 따른 등기, 등록만이 이루어졌을 뿐 합병으로 인해 구 C 부동산에 대한 새로운 취득이 이루어진 바가 없으므로, 이와 같이 취득세 납세의무가 없는 회사의 합병에 따른 등기, 등록에 대해서도 과거 개정 전 등록세에 해당하는 취득세 납세의무를 부여해야 한다는 처분청의 주장은 전술한 대법원 판결에 반하는 잘못된 주장에 해당한다.

나. 처분청 의견

취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 세법이 정한 취득행위 자체를 과세객체로 하므로(대법원 2004.12.24. 선고 2003두7453 판결, 같은 뜻임) 과세요건으로서의 취득행위가 인정되는 한 납세의무는 성립한다.

과점주주 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지 않았더라도 임의 처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 재산의 주식 비율만큼 취득을 의제하여 과세한 것이고 법인합병에 따른 취득세는 존속법인 또는 신설법인이 상법상 합병이라는 절차를 통해 소멸한 피합병법인으로부터 자산양도(현물출자)를 받아 그 재산의 완전한 소유권을 취득함에 따라 과세한 것이다.

이 건 제①취득세 등은 신 C이 2019.11.29.부터 2020.11.13. 기간 중 4회에 걸쳐 구 C의 주식을 취득하여 과점주주가 되어 「지방세법」 제7조 제5항에 의거 취득세 납세의무가 발생하여 이를 신고.납부한 것이고, 이 건 제②취득세 등은 법인을 합병함에 따라 구 C의 소유부동산을 취득한 것에 대해 이를 신고.납부한 것으로 이 건 제①취득세 등과 이 건 제②취득세 등은 그 과세근거와 과세기준일 등이 서로 다른 별개의 취득세 신고납부 대상에 해당된다고 판단된다.

또한 과점주주 간주취득세는 등기.등록을 요하는 취득이 아니기에 「지방세법」 제15조 제2항에 따라 중과기준세율(2%)만을 적용하도록 규정하고 있으며, 적격합병에 따라 부동산을 취득하는 경우에는 등록만을 필요로 하는 취득으로서 같은 조 제1항에 따라 무상취득세율(3.5%)에서 중과기준세율(2%)을 뺀 세율(1.5%)만을 적용하도록 규정하고 있으므로 이 건 제①취득세 등과 이 건 제②취득세 등을 이중과세로 볼 수 없다 할 것인바 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

피합병법인의 주식을 취득하여 과점주주가 됨에 따라 피합병법인 소유의 부동산에 대하여 간주취득세를 신고.납부한 합병법인이 이후 피합병법인을 합병함에 따라 부동산을 실제 취득하게 되는 경우 취득세 납세의무가 존재하는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) A 주식회사는 2019.11.29. 구 C의 주식 90%를, 2019.11.30.～2020.11.13. 기간 동안 나머지 주식 10%를 취득한 후, 이 건 제①취득세 등을 신고.납부하였다.

(나) A 주식회사는 2020.12.24. 구 C을 흡수합병하면서 법인명을 B 주식회사(신 C)로 변경하였고, 합병 당시 구 C으로부터 취득한 부동산 등에 대하여 이 건 제②취득세 등을 신고.납부하였다.

(다) 이 건 제①취득세 등과 이 건 제②취득세 등의 취득세 과세대상에 해당하는 부동산 등은 동일하고, 이 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(라) 청구법인은 2021.12.28. 신 C(구 A 주식회사)을 흡수합병함으로써 신 C의 권리 및 의무를 승계하였다.

(마) 청구법인은 2024.4.15. 처분청에 이 건 제①취득세 등과 이 건 제②취득세 등은 동일한 부동산 등에 대한 취득세를 이중납부한 것이므로 이 건 제②취득세 등의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2024.6.13. 위 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

처분청은 과점주주의 간주취득과 실제 합병에 따른 취득은 그 내용을 달리하여 별개의 취득세 과세대상에 해당하므로 이중과세에 해당하지 않는다는 의견이다.

그러나, 「지방세법」 제7조 제5항에서 “법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으므로, A 주식회사가 구 C의 주식을 취득함과 동시에 「지방세법」상 구 C이 소유하고 있었던 부동산을 취득한 것으로 간주된다고 할 것이다.

따라서, A 주식회사가 2021.12.28. 구 C을 합병함으로써 ‘민사법적’ 의미에서 실제 부동산의 소유권을 취득하게 된다고 하더라도, 「지방세법」상 A 주식회사가 이미 취득하여 소유하고 있는 것으로 간주된 부동산을 2021.12.28. 다시 취득한 것으로 볼 수는 없다고 봄이 타당하고, 「지방세법」제7조 제1항은 취득세는 부동산등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으므로, A 주식회사와 같이 「지방세법」상 부동산을 취득하였다고 볼 수 없는 경우에는 취득세 납세의무가 성립할 여지가 없다고 할 것이다.

위와 같은 지방세법령 규정의 내용들을 고려하면, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 그럼에도 불구하고 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2021지2347, 2022.10.6. 등, 같은 뜻임).

따라서, 청구법인에게 2020.12.24. 부동산 취득에 따른 취득세 납세의무가 존재한다는 전제 하에 처분청이 청구법인에게 한 이 건 취득세 등의 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

19. "중과기준세율"이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

3. 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.

(2) 지방세특례제한법

제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.