이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.12.29. 인천광역시 서구 OOO 외 3필지 토지상에 항만시설(창고)용 건축물 11,140.36㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 증축하여 취득한 후, 2024.2.6. 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따른 기부채납용 부동산 등에 대한 감면(50%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은 2024.7.10. 처분청에 쟁점건축물은 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따른 감면대상이 아닌 것으로 보아 기 감면된 취득세 등 합계 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였다.

다. 청구법인은 2024.11.1. 처분청에 쟁점건축물의 취득이「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상이라는 이유로 기납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.11.20. 쟁점건축물의 취득은 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따른 취득세의 50% 감면대상에 해당하는 것으로 보아 청구법인이 신고납부한 세액의 50%에 해당하는 취득세 등 합계 OOO원을 감액경정하고, 나머지는 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2002.1.23. 항만관리업, 항만하역업 등을 목적으로 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 의하여 설립되었다.

청구법인은 2003.2.18., 2020년 9월에 대한민국 정부와 체결한 ‘OOO 민간 제안사업실시 협약’ 및 ‘변경실시협약’에 의하여, 해양수산부에 부두시설을 준공한 후 기부채납하고, 50년간 이를 무상으로 사용할 수 있는 관리운영권을 취득하였다.

또한, 2020년 9월 대한민국 정부와 체결한 ‘변경실시협약’에 근거하여 해양수산부로부터 항만시설 사용료를 징수하는 사업 외에 추가로 ‘경미한 수익성사업’(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 수행하는 권한을 승인받았다.

이 건 사업의 조건은 청구법인의 비용으로 쟁점건축물을 신축하고, 30년간 사용한 후 국가에 기부채납하며, 정부에 운영기간 동안 발생한 순수익의 30%를 납부하는 것이다.

(2) 「지방세법」(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항은 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산을 비과세하도록 규정하고 있었으나, 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 등에는 「지방세특례제한법」제73조의2에 따라 취득세를 50% 감면하는 내용으로 개정되었다.

행정안전부는 개정세법 해설서에서 그 개정취지를 국가재산과의 교환하거나 장기무상 사용권을 제공받는 등 반대급부를 조건으로 기부채납하는 경우까지 비과세를 적용하는 것은 적절하지 않으므로 개선한 것이라고 밝힌바 있다.

대법원은 유상사용에 해당하는 지 여부에 대하여, 어떤 명목으로든 당해 자산의 사용에 대하여 대가가 지급되는 경우를 말하고, 그 사용이 대가적 의미를 갖는다면 그 사용기간의 장단이나 그 대가의 지급이 1회적인지 또는 정기적이거나 반복적인 것인지를 묻지 않는다고 판결하였다(대법원 1993.9.14. 선고, 92누15505 판결 등, 같은 뜻임).

행정안전부 또한 지방자치단체가 빈집정비사업의 형식으로 철거비용을 지급하고 해당 토지의 무상사용 기간 내에 토지소유자가 설정된 지상권의 해제를 요구한 사례에서, 철거비용을 회수하는 점을 근거로 사업비 지급으로 인하여 토지소유자에게 발생한 이익은 토지사용에 대한 대가로서의 의미를 가진다고 유권해석하였다(지방세운영과-576, 2012.2.21.).

이와 같이 명목에도 불구하고, 당해 재산의 사용에 대하여 직ㆍ간접적으로 대가적 관계가 있는 금액을 지급한 경우에는 유상사용에 해당하고, 따라서 수익을 배분하는 것을 내용으로 하는 경우에도 유상계약으로 보는 것이 타당하다.

(3) 청구법인은 국가에 쟁점건축물을 사용하기 위한 반대급부로서 이 건 사업에서 발생한 수익의 30%를 지급하는 것이므로, 이는 대가적 관계에 있는 것으로 보는 것이 타당하고, 따라서 청구법인은 쟁점건축물의 사용권을 무상으로 제공받은 경우에 해당하지 않는다.

(4) 처분청은 ‘변경실시협약’ 제5조 제1항에서 ‘본 사업시설’의 무상사용을 규정하고 있다는 이유로 쟁점건축물은 「지방세법」제9조 제2항에 따른 비과세 대상이 아니라는 의견이나, ‘변경실시협약’ 제2조 제1항에서 ‘본 사업시설’은 ‘변경실시협약’에 따라 건설되는 부두시설 및 운영시설이라고 규정하고 있으므로, ‘변경실시협약’이 아닌 이 건 사업에 따라 신축된 쟁점건축물은 이에 해당하지 않는다.

(5) 청구법인은 기부채납 대상물의 사용권을 유상으로 제공받았으므로, 쟁점건축물의 취득은「지방세법」제9조 제2항 본문에 따른 비과세 대상에 해당하고, 따라서 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」제9조 제2항은 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그러한 경우 취득세를 과세하지 않겠다는 것으로써, 위 조항에 따라 취득세가 비과세 되기 위해서는 부동산을 취득할 당시에 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 하는 것이다(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결 등, 같은 뜻임).

이 건 사업의 승인조건 제3항에서는 “동 사업으로 인한 시설물은 본 사업 운영기간이 만료됨과 동시에 국가에 무상 귀속을 원칙으로 하며, 사업시행자는 주무관청의 판단하에 필요시 사업시행자 부담으로 자진철거 등 원상회복하여야 합니다”라고 규정하고 있고, 이에 대하여 해양수산부에서도 처분청에 “해당 건축물의 처분에 관한 내용은 부두의 관리운영권이 종료되는 2058년에 결정되므로 사용승인일 현재 확정된 바가 없음”이라고 회신한 바 있다.

이는 이 건 사업의 운영기간 만료 시에 해양수산부에 쟁점건축물의 무상귀속이나 원상회복을 선택할 수 있는 권한을 유보하고 있는 것으로서, 청구법인이 이를 취득할 당시에 해양수산부에 귀속될 것이 확정되지 않았다는 것에 대한 방증이다.

따라서 쟁점건축물은 청구법인이 취득할 당시에 해양수산부에 귀속될 것이 사실상 확정되지 않았으므로, 쟁점건축물의 취득은 「지방세법」제9조 제2항의 비과세 대상에 해당하지 않는다.

(2) 이 건 사업 승인조건의 근거가 되는 ‘변경실시협약’에 의하면, 그 순수익은 제44조 제4항에서 본사업인 ‘OOO 민간투자사업’의 사용료수입에 포함하도록 규정하고 있고, 제42조 제2항에서 사용료수입이 추정사용료수입의 일정기준에 미달하거나 초과하는 경우 그 부족분을 보전하거나 그 초과분을 환수하도록 규정하고 있다. 또한 이 건 사업 승인조건 제5항 단서에서도 수익공유는 사업시행자의 실제 사업수입이 협약상 추정 사용료 수입에 미달하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있다.

이처럼 이 건 사업의 순수익은 쟁점건축물, 나아가 이 건 사업에만 국한된 것이 아니라, 본 사업인 ‘OOO 민간투자사업’의 전체 사용료수입에 포함되어 초과운영수입 환수액 결정에 반영되므로, 이 건 사업의 순수익 공유조건을 단지 쟁점건축물의 사용대가라고 보기 어렵다.

해양수산부도 처분청에 이 건 사업 승인조건 제5항에서 규정한 정부의 수익공유는 부두전체의 운영 수익이 당초 실시협약상 추정 수익을 초과하는 경우 쟁점건축물의 사용에 따른 순수익을 30(정부) : 70(사업시행자)의 비율로 공유함을 의미한다고 답변함으로써, 쟁점건축물의 사용대가가 아니라는 사실을 확인한바 있다.

(3) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 검토하면, 쟁점건축물은 청구법인이 취득할 당시에 해양수산부에 귀속될 것이 확정되지 않았고, 설령 확정되었다 하더라도 청구법인이 쟁점건축물을 기부채납하는 대가로 그 무상사용권을 제공받은 경우에 해당하므로 「지방세법」제9조 제2항의 비과세 대상에 해당하지 않는다.

따라서 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건축물의 취득은 「지방세법」제9조 제2항의 비과세 대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인과 해양수산부가 2020년 9월 체결한 OOO 민간제안사업 ‘변경실시협약’ 주요내용은 아래 ＜표1＞과 같고, 사업시행자인 청구법인에게 본 사업이외에 해양수산부장관이 인정하는 기타 경미한 수익성사업을 수행할 수 있는 권한이 부여된 사실이 나타난다.

＜표1＞ 변경실시협약 주요내용

○○○

(나) 청구법인이 2022.11.30. 해양수산부에 제출한 문서에 의하면, 기타 경미한 사업 시행계획 및 쟁점건축물 증축계획은 아래 ＜표2＞와 같고, 쟁점건축물을 화물용도로 사용하여 약 OOO원의 수입을 발생시키는 것이 주요내용이다.

＜표2＞ 기타 경미한 사업시행 계획 주요내용

○○○

(다) 해양수산부 문서(OOO)에 의하면, 해양수산부가 청구법인에게 아래 ＜표3＞의 내용을 조건으로 하여 이 건 사업을 승인한 사실이 나타나고, 우리 원 담당자가 2025.6.24. 해양수산부에 해당 내용을 문의한 결과 쟁점건축물은 원칙적으로 사업종료 이후에 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따라 국가에 귀속되나, 승계할 사업자가 없는 등의 경우 등에는 청구법인의 부담으로 이를 원상회복하게 한다고 답변하였다.

＜표3＞ 이 건 사건 사업 승인조건 주요내용

○○○

(라) 이 건 심판청구와 관련하여 인천광역시가 해양수산부로 질의 및 회신받은 문서 주요내용은 아래＜표4＞과 같다.

＜표4＞ 인천광역시 질의 및 해양수산부 회신문 주요내용

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제9조 제2항에서 국가에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하면서, 그 제2호에서 국가 등에 귀속등의 반대급부로 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우를 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점건축물은 취득 당시에 국가에 귀속될 것이 확정되지 않았고, 기부채납의 대가로 무상사용권을 제공받았으므로 비과세 대상이 아니라는 의견이다.

그러나, 이 건 사업 승인조건 제3항에서 동 사업으로 인한 시설물은 본 사업 운영기간이 만료됨과 동시에 국가 무상귀속을 원칙으로 하고, 사업시행자는 주무관청의 판단하에 필요시 사업시행자 부담으로 자진철거 등 원상회복하여야 한다고 규정하고 있는바,

청구법인 입장에서는 취득 당시에 쟁점건축물을 국가에 무상귀속해야 하는 의무가 확정된 것으로 보이고, 예외적으로 해양수산부의 판단으로 청구법인에게 원상회복할 의무를 부여한 것을 청구법인이 쟁점건축물을 국가에 귀속하지 않아도 되는 근거라고 보기 어려우며, 해양수산부가 처분청에 회신한 내용은 쟁점건축물 취득시기에 그 귀속이 아닌 처분이 확정되었는지 여부에 대한 답변으로 보이는 점,

‘변경실시협약’ 제4조 제1항 제1호에서는 본 협약 및 실시계획에 따라 본 사업을 시행하는 권한을, 같은 항 제5호에서는 해양수산부장관이 인정하는 기타 경미한 수익성 사업을 수행할 수 있는 권한을 부여하는 것을 별도로 규정하고 있고, 이 건 사업 승인조건 제4항에서 사업시행자는 매년도 회계감사보고서상에 이 건 사업과 본 사업을 별도로 구분하여 그 내역을 관리하도록 규정하고 있으며, 이 건 사업 승인조건 제5항에서 기타 경미한 수익성 사업의 순수익에 대한 수익공유는 30(정부) : 70(사업시행자)로 규정하고 있는바,

본 사업과 기타 경미한 수익성사업은 구분된 별도의 사업으로 보이고, 청구법인이 본인의 비용으로 쟁점건축물을 취득하였고 그 소유자임에도 불구하고, 정부에 이 건 사업 순수익의 30%를 제공하는 것은 쟁점건축물을 화물보관 용도로 사용하면서 국가에 이에 대한 대가를 지급하는 것으로 보이는 점,

다만, 이 건 사업 승인조건 제5항 단서에서 사업시행자의 실제 사업수입이 협약상 추정 사용료 수입에 미달하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정한 것은 본 사업에서 보장받은 사용료 수익에 미달하여 청구법인이 국가로부터 부족분을 보전받아야 하는 경우에 ‘변경실시협약’ 제44조에 의하여 이 건 사업수익을 본 사업의 사용료 수입에 포함시켜 그 보전분과 상계하기 위한 것으로 보이고, 이는 국가에 이 건 사업의 순수익을 지급하는 방식에 대한 차이일뿐 청구법인이 국가에 이 건 사업으로부터 발생한 순수익의 일부를 지급한다는 실질은 동일한 것으로 보이는 점 등에 비추어,

청구법인은 쟁점건축물을 국가(해양수산부)에 무상귀속시킬 것이 확정된 상태에서 취득하여 쟁점건축물에 대한 취득세는 비과세대상으로 보이고, 쟁점건축물에서 발생하는 수익금의 일부를 국가에 제공하는 것으로 확인되어 기부채납 등의 대상물인 쟁점건축물의 무상사용권을 제공받은 경우로 볼 수 없어 취득세 비과세 제외대상으로 보기도 어려우므로, 처분청에서 쟁점부동산이 취득세 등의 비과세대상이 아닌 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법

제9조(비과세) ① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 「지방자치법」 제176조제1항에 따른 지방자치단체조합(이하 “지방자치단체조합”이라 한다), 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(2) 지방세특례제한법(2023.3.4. 법률 제19228호로 개정된 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

2. 2021년 1월 1일부터 2024년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 제1항의 경우 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 감면된 취득세를 추징한다.

(3) 사회기반시설에 대한 민간투자법

제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용ㆍ수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되는 방식

5. 민간부문이 제9조에 따라 사업을 제안하거나 제12조에 따라 변경을 제안하는 경우에 해당 사업의 추진을 위하여 제1호부터 제4호까지 외의 방식을 제시하여 주무관청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식

6. 그 밖에 주무관청이 제10조에 따라 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식