이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.5.1. 개업하여 플라스틱 재생원료 제조업을 영위하는 법인사업자로, 2022년 제1기 부가가치세 과세기간 중 B가 대표자로 있는 A(개인사업자로 이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 총 공급가액 OOO원 상당의 매입세금계산서 5매를 수취한 후, 해당 과세기간에 대한 부가가치세 확정신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였고, 2022사업연도 법인세 신고시 공급가액 상당액을 손금에 산입하였다.

나. 쟁점거래처의 사업장 관할인 김천세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 2023.5.25.부터 2023.10.12.까지 쟁점거래처의 2022년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 세무조사(조세범칙 전환)를 실시하여, 쟁점거래처가 청구법인에게 발행·교부한 상기 매출세금계산서를 포함, 총 공급가액 OOO원의 가공매출세금계산서를 교부하고, 총 공급가액 OOO원의 가공매입세금계산서를 수취한 사실을 확인한 후, 실행위자인 쟁점거래처의 대표자 B를 즉시 고발하고, 관련 가공거래 자료를 처분청 등에 통보하였다.

다. 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 매입세금계산서 중 거래증빙이 제출된 2매를 제외한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 가공자료로 보아, 2024.12.12. 청구법인에게 2022년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하고, 법인소득금액 계산상 손금불산입·대표자상여처분한 OOO원(공급대가, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 소득금액변동통지하였다.

라. 청구법인은 위 처분 중 법인세 부과처분과 소득금액변동통지에 불복하여 2025.1.9. 이의신청을 거쳐 2025.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서 거래는 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 일치하지는 않으나 실물이 동반된 정상거래에 해당하므로 쟁점금액을 법인소득금액계산상 손금에 산입하여야 하고, 상여처분에서 제외하여야 한다.

(가) 청구법인은 플라스틱 성형재료 제조업을 영위하는 법인으로 주로 재활용 수집상들로부터 원재료를 구매하고 있는데, 2022년에는 코로나로 인하여 진단키트 수요가 급증하면서 특히 원재료 수급의 어려움이 있었을 뿐만 아니라 고정거래처 외의 경우는 주로 중개상을 통하여 거래가 이루어졌고, 중개상은 자기의 영업목적상 공급처를 노출하지 않는 경우가 일반적이었는바, 쟁점세금계산서 관련 매입거래도 중개상인 C(010-7525-***)의 소개로 진행되었고, 거래명세표(2022.1.8. 건은 공급자 표시가 없었고, 2022.1.18. 건은 D 관련 거래명세표였으나 D이 쟁점거래처에 공급하는 거래명세표도 함께 있었기에 크게 의심하지 않음)에 따라 실물을 받고 중개인이 알려준 공급자의 계좌로 대금을 이체하였다.

(나) 쟁점거래처와의 매입세금계산서 거래가 가공거래라는 처분청의 의견에 따라 청구법인은 중개상 C을 통해 거래 관련 운송증빙을 제출하였는데, 처분청은 당해 운송증빙상 상차지가 쟁점거래처의 사업장이 아닌 D의 사업장이고, 해당 운송에 대한 세금계산서의 공급받는자도 D이므로 가공자료의 부인 근거가 되지 않는다고 하였으나, 실제 공급자로 보이는 D의 대표자 E이 쟁점세금계산서 거래의 중개자인 C의 모친인 사실에 비추어 볼 때 청구법인이 D의 실제 공급사실은 인지하지 못한 상황에서 중개자인 C이 실제 D의 공급에 대하여 쟁점거래처에서 쟁점세금계산서를 발행하게 했던 것으로 보이고, 이는 D이 2022.1.18.자로 청구법인에게 2022.1.21.자 거래상당액의 세금계산서를 발행하였다가 취소한 이력으로도 확인된다 할 것이다.

또한 공급자인 쟁점거래처에 대한 세무조사시 확인된 금융자료를 보더라도 청구법인이 쟁점거래처에 매입대가로 지급한 금액 중 일부가 현금인출된 거래가 있긴 하지만 청구법인 또는 청구법인의 대표자 등 관계인에게 되돌아온 흔적이 전혀 없는 것으로 보아 쟁점세금계산서 거래가 가공이 아님을 알 수 있다.

(다) 처분청은 쟁점세금계산서 거래관련 운송증빙이 실제 실물거래와 관련된 증빙인지 여부를 특정할 수 없다고 하였는데 해당 거래일자에 거래명세표상 원재료가 운송된 화물증빙, 그것도 운송업자가 제출한 것도 아니고 공용화물앱에서 확인된 증빙임에도 그것을 인정할 수 없다고 하면 청구법인에게는 너무도 가혹한 처분이므로 부당한 것이다.

특히 아래 ＜표1＞의 청구법인의 2022년 1월 중 매입거래처의 사업장 소재지 현황을 보면, 청구법인이 제출한 운송증빙상 상차지인 경상북도 성주군 OOO과 동일한 소재지의 거래처는 쟁점세금계산서 거래의 매입처인 쟁점거래처와 D 뿐인 것만 보아도 해당 운송증빙이 쟁점세금계산서 거래와 관련되었다고 볼 수 있다.

＜표1＞ 청구법인의 2022년 1월 매입거래처 사업장 소재지 현황

○○○

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 수수된 가공세금계산서에 해당하므로 쟁점금액을 손금불산입하고 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

(가) 쟁점거래처는 조세범칙조사 결과, 2022년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 실물거래 없이 거짓세금계산서 OOO원을 발급하고 거짓세금계산서 OOO원을 수취한 사실이 확인되어「조세범처벌절차법」에 따라 고발된 사업자이다.

조사관서에서 실시한 쟁점거래처의 조사종결보고서에 의하면 청구법인의 쟁점세금계산서 거래대금이 쟁점거래처로 입금된 후 현금으로 출금되거나 타인 계좌로 전액 출금되는 형태가 반복되어 자료상 금융거래 형태를 취하고 있는 점이 인정되어 쟁점세금계산서 거래가 실물이 동반되지 아니한 가공거래로 확정된 바 있다.

납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래가 재화나 용역의 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다 할 것인바(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결, 서울고등법원 2012.8.30. 선고 2011누39013 판결 등 참조), 청구법인은 쟁점세금계산서 거래와 관련하여 화물운송차주의 확인서, 공용화물 앱의 화물등록상세내역 등 운송증빙을 제출하였으나, 제출한 증빙만으로 쟁점세금계산서 거래가 실제 실물이 동반된 거래인지 여부를 확인하기 어렵고, 청구법인은 운송업자의 세금계산서 발행내역 및 D의 세금계산서 발행 후 취소내역을 근거로 실물의 공급자가 D이라고 주장하나, D은 기존에 청구법인과 거래하던 업체로 해당 내역이 쟁점세금계산서 거래와 관련된 것인지 여부를 판단하기 어려워 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(나) 청구법인은 물량 부족으로 인해 매입처를 물색하던 중 지인을 통해 쟁점거래처와 거래하였고, 확인 결과 D에서 실제 매입하였다고 주장하나, D은 기존에 청구법인과 거래하던 업체로 청구법인이 기존 거래처가 실제 매입처인 사실을 알지 못한 상태에서 쟁점세금계산서 거래를 하였다는 청구주장은 일반적인 상거래 통념으로 납득하기 어렵다.

또한 쟁점세금계산서 거래가 위장거래에 해당하는지 여부는 해당 거래가 실제 있었던 거래임을 전제로 하여야 하는데, 실제 거래가 있었던 것인지 여부가 불분명하므로 위장거래에 해당한다고 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서 공급가액 상당액의 매입이 실제 있었으므로 이를 손금산입하고 상여처분에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(4) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) 국세통합전산망 조회자료에 의하여 확인되는 청구법인의 2022사업연도 법인세 신고내역과 처분청의 이 건 법인세 경정결의 내역은 아래 ＜표2＞와 같고, 처분청은 동 법인세 부과처분과는 별도로 법인세 과세표준의 차액(가공매입 해당 공급가액)인 OOO원에 부가가치세를 더한 쟁점금액을 청구법인 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하였다.

＜표2＞ 법인세 신고내역 및 처분청 경정결의 내역

○○○

(나) 청구법인과 쟁점거래처, 청구법인이 실제 매입처라고 주장하는 D의 사업자등록 기본사항 내역은 아래 ＜표3＞과 같은바, 쟁점거래처와 D은 동일 면단위 지역에 소재한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 청구법인 등 사업자등록 기본사항 내역

○○○

(다) 청구법인이 2021년∼2022년 중 쟁점거래처와 D으로부터 수취한 매입세금계산서 수취내역은 아래 ＜표4＞와 같은바, 2022년 제1기 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래처 외에 D으로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 6매를 수취한 것으로 나타난다.

＜표4＞ 2021년∼2022년 중 청구법인의 매입세금계산서 수취내역

○○○

(라) 청구법인이 2022년 제1기 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래처로부터 수취한 매입세금계산서의 세부내역은 아래 ＜표5＞와 같은바, 처분청은 청구법인으로부터 소명자료를 받아 이 가운데 2022.3.7. 및 2022.4.28. 작성된 세금계산서는 정상거래로, 나머지 3건의 쟁점세금계산서는 가공세금계산서로 판단하였다.

＜표5＞ 2022년 제1기 쟁점거래처 수취분 매입세금계산서 내역

○○○

(2)쟁점거래처 사업장 관할인 조사관서의 조사담당자가 2023년 10월 작성한 쟁점거래처에 대한 세무조사 종결보고서에 의하면, 쟁점거래처가 2022년 제1기 부가가치세 과세기간 중 청구법인에게 발행·교부한 매출세금계산서를 포함하여 총 공급가액 OOO원의 가공매출세금계산서를 교부하였고, 총 공급가액 OOO원의 가공매입세금계산서를 수취하였다 하여 실행위자인 쟁점거래처의 대표자 B를 즉시 고발하고, 조사를 종결한 것으로 나타난다.

(3)쟁점거래처 조사종결 보고서에 첨부된 쟁점거래처의 금융거래자료 중 청구법인 관련 자료의 주요내용은 아래 ＜표6＞과 같고, 이를 요약하면 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표6＞ 쟁점거래처 금융거래자료 중 청구법인 관련 내역

○○○

＜표7＞ 청구법인 금융자료 요약표

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(4) 청구법인이 2022년 제1기 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래처로부터 수취한 매입세금계산서가 실물이 동반된 정상적인 세금계산서라고 주장하며 처분청에 제시한 증빙내역 요약표의 내용은 아래 ＜표8＞과 같은바, 이 가운데 처분청은 구분 ①∼③에 해당하는 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 판단하였다.

＜표8＞ 전체 매입세금계산서 관련 증빙내역

○○○

(5)또한, 청구법인은 쟁점세금계산서 거래와 관련하여 아래 ＜표9＞와 같이 세부증빙내역을 제출하였는바, 이 중 2022.1.8.자 거래명세서에는 공급자가 기재되어 있지 아니하거나 공급자가 D, 공급받는자가 쟁점거래처로 되어 있고, 2022.1.18.자 거래명세서에는 공급자가 D, 공급받는자가 청구법인으로 되어 있으며, 화물차주 F이 2024.10.8. 작성한 확인서에는 자신이 2022.1.9. 청구법인 소재지까지 화물을 운송한 사실이 있다고 기술한 것으로 나타나고, 2022.1.18.자 화물등록상세내역에는 화물차주 OOO이 D 사업장 소재지에서 상차하여 청구법인 사업장까지 화물을 하차한 것으로 나타난다.

＜표9＞ 쟁점세금계산서 3매 관련 세부증빙내역

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(6)청구법인은 자신이 D의 실제 실물 공급사실을 인지하지 못한 상황에서 중개자인 C이 실제 D의 공급에 대하여 쟁점거래처로 하여금 쟁점세금계산서를 발행하게 했던 것으로 보이고, 이에 따라 D이 2022.1.18.자로 청구법인에게 쟁점세금계산서 중 2022.1.21.자 거래상당액(공급가액 OOO원)의 세금계산서를 발행하였다가 취소한 이력이 있다고 주장하며, 그 증빙으로 D이 2022.1.18.자로 청구법인을 공급받는자로 하여 작성(공급가액 OOO원)하였다가 수정(전액감액) 작성한 전자세금계산서 2매를 제시하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점세금계산서 거래가 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 일치하지는 않으나 실물이 동반된 정상거래에 해당하므로 쟁점금액을 법인소득금액계산상 손금에 산입하여야 하고, 상여처분에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 실제 매입처로 주장하는 D은 같은 과세기간에 재화의 거래가 이루어진 바 있는 기존 거래처로 쟁점세금계산서 거래를 D이 아닌 쟁점거래처 명의로 행할 합리적인 이유가 없어 보이는 점, 쟁점거래처에 대한 조세범칙조사 결과에서 쟁점거래처가 청구법인에게 가공의 쟁점세금계산서를 발행·교부한 것으로 조사되었고, 쟁점세금계산서를 포함한 다수 가공거래 혐의로 수사기관에 고발된 점, 쟁점거래처 금융거래자료 중 청구법인 관련 내역을 보면, 청구법인으로부터 입금된 거래대금이 즉시 현금으로 출금되거나, 타인 계좌로 전액 출금되는 형태가 반복되어 전형적인 위장금융거래로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서 거래를 가공거래로 보아 법인세를 부과하고 상여처분액에 대하여 소득금액변동통지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.