이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2001.10.24. 설립되어 서울특별시 OOO에 부동산신탁 및 부동산 관련 자산관리 업종을 영위하고 있는 사업자이다.

나. ㈜A(이하 “A”라 한다)는 2006.4.11. 서울특별시 OOO번지 일대 토지 132,379㎡(이하 “쟁점사업부지”라 한다)에서 OOO 도시개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하기 위해 설립된 OOO로 2006.7.12. OOO 도시개발구역 도시개발사업조합(도시개발구역 내 토지소유자들이 설립한 조합으로 이하 “이 건 조합”이라 한다)으로부터 쟁점사업의 시행업무대행 용역(이하 “이 건 대행용역”이라 한다)을 위탁받아 2006년 7월경 쟁점사업부지 중 89,198㎡(2013.5.24. 토지거래허가구역에서 지정 해제되었고, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 매입하였고, 쟁점토지의 소유자들과 매매계약을 체결하면서 2006.7.3. 위탁자를 쟁점토지의 소유자(매도인)로, 수익자를 A로, 수탁자를 청구법인으로 각 지정하는 부동산처분신탁계약을 체결하여 쟁점토지의 매매대금을 지급하였으며, 청구법인은 위 신탁계약에 따라 2006.7.12. 쟁점토지에 관하여 「신탁법」상 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기를 경료하였다.

다. A는 쟁점토지가 토지거래허가구역에서 지정해제된 2013.5.24.을 취득일로 하여 2014.10.6. 쟁점토지를 「조세특례제한법」(이하 「조세특례제한법」을 “조특법”이라 하고, 「조세특례제한법 시행령」을 “조특법 시행령”이라 한다) 제104조의19 제1항(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따라 「법인세법」 제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인의 주택건설용 토지 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획(이하 “쟁점사업계획”이라 한다)의 승인을 받을 토지로 보아, 2015년 종합부동산세 신고 시 쟁점토지에 대한 종합부동산세 과세표준 합산배제로 신고하였다.

A 관할 과세관청인 강남세무서장은 A가 쟁점토지의 취득일로부터 5년 이내에 쟁점사업계획 승인을 받지 못하였으므로 조특법 제104조의19 제3항(이하 “쟁점추징규정”이라 한다)에 따라 감면받은 종합부동산세액과 이자상당액 등을 추징하여야 한다고 보아 A에게 2016년 귀속분부터 2020년 귀속분까지 종합부동산 합계 OOO원과 농어촌특별세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였으며,

A는 2020.6.29. 2015년 귀속분 종합부동산세 등 부과처분에 대하여, 2020.10.29. 및 2021.2.9. 2016년부터 2020년 귀속분 종합부동산세 등 부과처분에 대하여 각 심판청구를 제기[조심 2020서2585 및 2021서506·2048(병합)]하였다.

우리 원은 2015년 귀속분 종합부동산세 등 심판청구(조심 2020서2585)에 대하여 2022.2.16. 기각결정을 하였고, A가 행정소송을 제기하였는바, 법원(서울행정법원 2023.9.8. 선고, OOO 판결)은 쟁점토지에 관하여 수탁자의 지위에 있지 아니한 A는 구 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1항 단서 제3호에 따라 쟁점토지에 관한 종합부동산세 납세의무자가 아니라고 판단(국패)하였고, 강남세무서는 위 판결에 대한 항소를 포기하였으며, 우리 원은 나머지 2016년부터 2020년 귀속분 종합부동산세 등[2021서506·2048(병합)] 심판청구에 대하여 법원과 동일한 취지로 2024.3.18. 인용결정을 하였다.

라. 강남세무서장은 행정소송 및 우리 원의 결정에 따라 A에 대한 2015년~2020년 귀속 종합부동산세 등 부과처분을 취소한 후 청구법인 관할인 처분청에 위 과세자료를 통보하였고, 2020.6.1. 기준 청구법인으로 신탁등기 된 종합합산토지(서울특별시 OOO 외 OOO개 물건 및 주택 1개 물건, 이하 “쟁점토지1”이라 한다)에 대하여 위탁자별로 종합부동산세액 재계산하였으며, 2024.8.13. 청구법인에게 위탁자 OOO명 중 ‘감면후공시가액 OOO 이상자’ OOO명에 대한 2020년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원, 농어촌특별세 합계 OOO원(총 OOO원)을 결정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점사업과 관련하여 청구법인에게 종합부동산세 등이 부과된 경위는 아래와 같다.

(가) 쟁점사업의 시행자는 이 건 조합이고, 쟁점사업의 주택건설업자는 도시개발구역 내 토지소유자로서 이 건 조합의 조합원이자 이 건 조합으로부터 도시개발사업의 시행업무대행을 위탁받은 A로, A는 주택건설업자이자 쟁점사업의 시행대행자로 쟁점사업부지 및 그 지상의 건물 취득, 공동주택 등의 신축 및 분양, 공동주택 등의 관리운영에 관련된 사업, 부대사업 일체에 관한 업무를 수행하고 있고, 2006.7.6. 쟁점사업에 소요되는 토지매입대금, 사업비용 등을 조달하기 위하여 OOO은행 등으로 구성된 대주단으로부터 자금을 파입하는 OOO 대출약정을 체결하였으며, 시공사인 B 주식회사(이하 “B”이라 한다)와 주식회사 C(이하 “C”이라 한다)은 위 채무에 대한 공동채무인수약정을 하였다.

(나) A는 2006.7.12. 대출약정으로 조달한 자금으로 쟁점사업부지의 토지를 취득하면서 일부는 직접 소유권을 취득하였으나 나머지 대부분의 토지는 쟁점사업의 원활한 진행을 위하여 토지소유자(매도인)를 위탁자, 청구법인을 수탁자, A를 수익자로 하는 부동산처분신탁계약을 체결한 후 신탁을 원인으로 청구법인에게 소유권이전등기를 하였다. 이후 쟁점사업부지 일대가 2013.5.24. 토지거래허가구역에서 지정해제됨에 따라 A는 2013.7.18. 서울특별시 서초구청장에게 자기 취득토지에 관하여 취득세를 신고하였다.

(다) A는 2014년경 자기가 취득한 토지에 대한 종합부동산세와 관련하여 A가 「법인세법」제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인으로서 조특법 제104조의19 제1항의 주택건설사업자에 해당하고, 주택건설사업자가 취득한 토지는 주택건설사업자가 주택건설을 위하여 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받을 토지에 해당하므로 조특법 시행령 제104조의19 제1항에 따라 쟁점토지를 종합부동산세 과세표준의 합산배제대상으로 신고하였으며, 강남세무서장은 2020.11.26. 쟁점토지가 취득한 날로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 토지에 해당하여 종합부동산세 합산배제대상에 해당하지 않는다고 보아 A에 2020년 귀속분 종합부동산세 및 농어촌특별세를 결정·고지(이하 “종전부과처분”이라 한다)하였다.

(라) A는 종전부과처분에 대하여 쟁점토지를 취득한 날로부터 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한데 정당한 사유가 존재한다는 이유로 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2024.3.18. 구 「지방세법」(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1항 단서 제3호에 따르면 「신탁법」에 따라 수탁자 명의로 등기된 신탁재산의 경우 수탁자에게 납세의무가 있으므로, 종합부동산세 등의 납세의무자는 청구법인이고 단지 수익자에 불과한 A는 종합부동산세의 납세의무를 부담하지 않는다고 보아 인용 결정[조심 2021서506·2048(병합), 2024.3.18., 이하 “쟁점심판결정”이라 한다]을 하였다.

(마) 강남세무서장은 쟁점심판결정에 따라 종전부과처분을 취소하고 납세의무자로 결정된 청구법인에 대한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 강남세무서장이 통보한 과세자료에 따라 감면후공시가액 OOO원 이상인 위탁자 OOO명에 대하여 2020년 귀속 종합부동산세 등을 부과하였다.

(2) A가 주택건설 사업계획승인을 받지 못한 데 정당한 사유가 존재함에도 처분청은 정당한 사유에 대한 고려없이 청구법인에게 종합부동산세를 부과하였으므로 이 건 처분은 위법하다.

(가) 이 건은 A가 조특법 제104조의19 제1항 제4호, 및 「법인세법」 제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인으로서 주택건설사업자에 해당하는 점, 쟁점토지2는 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 해당하는 점, A는 쟁점토지2를 취득한 날부터 5년 이내 주택사업계획의 승인을 받지 못하였다는데 처분청과 다툼이 없으나, A가 쟁점토지2를 취득한 이래 사업계획승인을 받기 위하여 계속 노력을 다하였음에도, 2008.8.27. 제13차 서울특별시 도시계획위원회가 당초 A와 청구법인이 전혀 예상할 수 없었던 내용의 심의결과(수정가결)를 통지함에 따라 쟁점사업 진행에 큰 장애가 발생하였고, 이로 인해 A의 주요 주주이자 쟁점사업의 시공사인 B 및 C이 각 법정관리에 들어가는 등 쟁점사업이 진행될 수 없는 불가항력적인 사정이 발생하였는바, A가 쟁점토지2에 대한 사업계획승인을 받지 못한데 A에게 책임을 돌릴 수 없는 ‘정당한 사유’가 존재한다.

(나) 법원은 설령 주택건설사업자가 해당 토지를 취득한 날로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우라도 그 원인이 주택건설사업자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유로 인한 것일 때에는 당초 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 판결(부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결, 대법원 2018.10.12. 선고 2018두47929 심리불속행 판결)하였다.

그럼에도 강남세무서장은 A가 사업계획승인을 받지 못한데 정당한 사유가 있는지 여부에 대하여 고려하지 아니한 채 종전부과처분을 하였고, 쟁점심판결정으로 종전부과처분이 취소되자 처분청은 청구법인에게 조특법 제104조의19 제3항 및 같은 법 시행령 제104조의18 제2항 및 제3항의 감면세액 등을 추징하는 처분을 하였다.

(3) 주택건설사업자가 주택건설을 위하여 토지를 취득한 후 5년 이내에 귀책사유 없이 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못하였다면, 그 토지는 종합부동산세 과세표준의 합산대상에서 제외되어야 한다.

(가) 조특법 제104조의19 제1항 제4호 및 제3항은 주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보하여야 하고 사업계획승인에 3~5년이 걸리는 점을 감안하여 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통하여 종합부동산세를 감면하되, 그 취득일로부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간이라 볼 수 있는 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자 상당 가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 아니하도록 하는데 그 취지가 있다.

대법원은 양도소득세, 취득세, 등록세, 중과세 등이 문제된 사안에서, 납세자에게 귀책사유가 없다면 세법에서 ‘정당한 사유’를 명문으로 규정하고 있는지 여부와 관계없이 면제된 세금을 추징할 수 없다고 판시(대법원 1994.9.13. 선고 94누4141 판결 등)하고 있고, 이 사건의 경우에도 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 이 사건 주택건설사업자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유에 있는 경우라면 감면된 종합부동산세액 등을 추징할 수 없다할 것이다.

(나) 대법원 판례에서 추징예외 사유로 인정한 정당한 사유는 법령에 의한 금지·제한 등 주택건설업자가 마음대로 할 수 없는 외부적사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무 판단 시 입법취지를 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단(대법원 2002.12.6. 선고 2002두8398 판결 등, 참조)하여야 하는바, A가 진지한 노력을 다하였음에도 유예기간을 넘길 수밖에 없었던 사실상의 장애, 자금사정의 악화, 영업부진 등 사업관계자의 경영난에 따른 법정관리 등의 사정 역시 포함되어야 할 것이다.

(다) 이 건에서 A는 2006년경 대출약정을 통하여 B 및 C의 지급보증을 조건으로 OOO은행 등 금융회사로부터 OOO원의 대출을 받고, 쟁점사업부지를 직접 또는 처분신탁의 형태로 매수하기 시작하였으며, 쟁점사업의 최초 사업계획은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다) 및 같은 법 시행령이 정하는 용적률을 반영하여 제1종 전용주거지역인 30%는 단독주택으로, 제2종 전용주거지역인 70%는 5~7층 높이의 아파트가 공존하는 주거단지를 신축·분양하는 것을 전제로 수립되었고, 이 건 조합은 2007.5.10. 위의 사업계획내용을 포함하여 서울특별시 서초구청장에게 도시개발구역지정 제안을 제출하였으며, 서초구청과 서울특별시의 도시계획과는 제2종 전용주거지역이 용적률 제한(120% 이하)에 따라 7층 이하의 공동주택으로 건설될 수 있다는 전제하에 사전협의를 진행하였는데, 이러한 건축물의 높이에 관한 사항은 국토계획법의 용적률 제한에 관한 규정과 다른 도시개발사례에 비추어 충분히 가능하다고 예상하는 상황이었다.

이후 제9차 서울특별시 도시계획위원회는 2008.5.21. 당초 쟁점사업계획(단독주택 및 5~7층의 아파트 분양계획)의 범위 안의 5~7층의 층고를 전제로 심의를 진행하였으나, 공동주택 용지의 높이는 최고 5층 이하로 계획하고 단독주택용지의 1필지 면적이 과도하다는 등의 사유를 들어 심의를 보류하였고, 이에 A는 쟁점사업계획을 전면 수정할 수 밖에 없었는데, 제13차 서울특별시 도시계획위원회는 2008.8.27. 돌연 위와 같은 심의내용을 수정하여 “공동주택 건립을 위한 집단환지는 불허하고, 2003년 용도지역 변경 당시 제출된 계획(개별환지, 3층 이하)의 범위 내에서 개발 계획을 수립하기 바람”이라고 의결하였다.

(라) 이와 같이 예상치 못한 행정관청의 입장변경으로 쟁점사업의 계획에 차질이 발생하여 A는 당초 5층의 아파트 중심의 사업계획을 단독주택을 중심으로 하는 사업으로 전면 수정할 수밖에 없었고, 2008년 9월 다른 도시개발사업과의 형평성 및 신뢰보호원칙에 위배된다는 점을 들어 서울특별시에 위 의결사항에 대한 재심의를 요청하였으나, 서울특별시는 제13차 도시계획위원회의 수정가결안에 따라 2009.3.19. 제2009-104호(2009.3.19.)로 도시개발구역 지정 및 개발계획수립 고시를 하였다.

(마) 위와 같은 사정으로 A의 주요 주주이자 시공사인 B과 C 역시 사업성을 재검토해야 했고, 대출약정에 따른 채권의 이행기가 도래하였으며, B은 2011.4.12. 쟁점사업 중단에 따른 경제적 부담을 이기지 못하여 법정관리(1차)를 신청하였는데 이러한 B의 법정관리신청은 쟁점사업의 대출약정기한의 이익상실 사유에 해당하였고, C 역시 OOO원의 채무를 변제할 여력이 없어 2011.4.15. 법정관리를 신청하였으며, B과 C을 대신하여 쟁점사업에 새로운 시공자로 참여할 업체를 찾는 것은 실질적으로 불가능한 상황이었고, 이러한 사정은 언론기사(OOO)에서도 확인된다.

이렇듯 A는 조특법 제104조의19 제3항이 정하는 유예기간 내에 사업계획승인(내지 실시계획인가)을 받지 못하였으나, 그 원인은 소규모의 자본금만을 보유한 상태로 이 사건 사업의 시행을 대행하는 A의 책임으로 돌릴 수 없는 ‘정당한 사유’로 인한 것이었으므로, 쟁점토지2의 토지의 수탁자인 청구법인에게 종합부동산세 등을 추징할 수 없다.

(바) A는 쟁점사업계획을 3층 이하의 연립주택형태로 수정하여 분양가가 상승하였고, 마침 2015년 이후 부동산 가격이 상승하여 새로은 사업성 검토를 바탕으로 D, E 등이 구성한 컨소시엄의 투자로 설정된 신탁형 집합투자기구인 ‘OOO’(신탁업자 : E, 집합투자업자 : F운용, 이하 ‘이 사건 펀드’라 한다)가 2019년경 공매절차를 통하여 이 사건 대출약정에 따른 대출금 및 그 담보에 관한 권리 일체를 양수하면서 다시 사업이 진행되었으며, 결국 유예기간 5년(2018.5.23.)이 도과한 직후인 2021.3.4. 사업계획승인을 받게 되었다.

(사) 조특법 제104조의19의 종합부동산세 감면의 취지는, ‘주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 이를 방지하기 위함’에 있고, 조특법 제104조의19 제3항이 유예기간인 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 그 동안 감면한 종합부동산세 등을 추징하는 것은, 조세감면의 효과가 다른 목적으로 사용되는 것을 방지하기 위함인 것이지 이 사건 사업과 같이 다소 지연되기는 하였으나 결국 당초 사업시행자 등이 사업계획에 따라 사업을 완결 짓는 경우에까지 과세부담을 지우기 위한 것이 아니며,

법원은 “원고가 자신의 귀책사유가 아닌 외부적인 사정으로 사업계획승인을 받지 못하였지만 이후 사업계획승인을 받아 당초 예정한 주택건설사업을 시행하고 있는 이 사건에서 원고에 대하여 조세특례제한법 제104조의19 제3항에 따라 종합소득세를 추징하지 않는다고 하여 종합부동산세 추징의 입법취지(과중한 종합부동산세 부과로 인한 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승요인으로 작용하는 것을 막고자 함)에 반한다고 단정하기 어렵다”고 판시(부산고등법원 2017누23384 판결, 대법원 2018.10.12. 선고 2018두47929 심리불속행판결로 확정)하였다.

A가 비록 이 사건 사업에 대한 실시계획인가를 유예기간 내에는 받지 못하긴 하였으나 가능한 모든 진지한 노력을 다함에 따라 결국 그로부터 얼마 지나지 않은 기간 내에 사업계획대로 사업계획승인을 받아낸 이 사건의 경우에도 이 사건 부과처분과 같은 과세처분이 그대로 과세처분으로 이어지게 된다면, 이는 다수에게 보금자리를 마련하여 주는 주택건설사업의 목적 및 그에 대한 조세지원정책의 취지에 반할뿐만 아니라 납세의무자에게 필요 이상의 과도하게 가혹한 조세부담을 지우게 된다.

(4) 청구법인의 항변내용은 아래와 같다.

(가) 처분청은 청구법인이 금융업 및 부동산 관련 자산관리를 주업으로 하는 신탁회사로 쟁점감면규정 각 호에 해당하는 요건을 갖추지 못하였다는 의견이나, 청구법인은 대한주택건설협회 홈페이지에서 확인되는 바와 같이, 「주택법」에 따른 주택건설사업자로 등록되어 있으므로 쟁점감면규정 각 호의 요건을 충족였으므로 쟁점감면규정의 사업자 요건을 갖추었다.

(나) 처분청은 A가 2015년 귀속 종합부동산세 부과처분에 대해 심판청구를 제기하면서 ‘쟁점토지의 취득일로부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 정당한 사유가 있다’고 주장하였으나 조세심판원이 위 심판청구를 기각하였다(조심 2020서2585, 2022.2.16.)는 점을 들어 ‘정당한 사유’의 존부에 대하여 조세심판원의 결정이 있었다는 의견이나,

조세심판원은 위 조심 2020서2585 결정에서, 조특법 제104조의19에서는 추징의 예외규정을 두고 있지 않다는 이유로 A의 심판청구를 기각한 것일 뿐, 추징에 관한 예외규정이 없더라도 ‘정당한 사유’를 인정할 수 있는지 여부 및 A에게 ‘정당한 사유’가 존재하는지 여부에 관하여는 어떠한 구체적 판단도 하지 않았고, 더구나 A는 위 조심 2020서2585 결정 이후 2021.3.4. 사업계획승인을 받기도 하였으므로, 이 사건 각 토지를 취득한 날로부터 5년 이내에 쟁점사업에 대한 사업계획의 승인을 받지 못한데 ‘정당한 사유’가 있는지에 대한 조세심판원의 판단을 받을 실익이 있다할 것이다.

(다) 처분청은 청구법인이 정당한 사유로 제시한 사실관계가 A가 종합부동산세를 신고한 2014.10.6. 이전에 발생한 사유이므로 정당한 사유로 인정할 수 없다는 의견이나,

A는 2006년 7월경부터 쟁점사업을 시행하여 왔으므로 이 사건에서 ‘정당한 사유’를 판단함에 있어서는 종합부동산세 신고 시점인 2014.10.6. 이후에 발생한 사정뿐만 아니라 그 이전부터 존재하던 사정들도 반드시 함께 고려되어야 하고, A가 쟁점토지를 취득한 시기는 토지거래허가구역에서 지정해제되어 유동적 무효 상태가 해소된 2013.7.18. 취득세를 신고하고, 그에 따라 2014.10.6. 종합부동산세를 신고한 것인데, 유동적 무효 상태가 2013.5.24. 해소된 것은 A의 의사와는 전혀 무관한 사정에 불과하므로 종합부동산세 신고시점 이후에 발생한 사정만을 고려하여 ‘정당한 사유’ 여부를 판단하여서는 아니되고, 2006년 7월 이후 발생한 사정을 모두 고려하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점감면규정 각호의 어느 하나에 해당하는 사업자의 요건을 갖춘 법인이 아니므로 주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례 적용대상에 해당하지 아니한다.

(가) 청구법인은 A가 「법인세법」 제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인으로서 조특법 제104조의19 제1항이 정하는 주택건설사업자에 해당하고 쟁점토지는 주택건설사업자가 취득하여 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당하므로 쟁점토지를 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상으로 신고하였으며, 이에 따라 청구법인에게 과세된 이 사건 처분 역시 합산배제가 적용되어야 한다고 주장하나,

주택신축용토지의 합산배제는 과세기준일 현재 조특법 제104조의19 제1항 각 호 중 하나에 해당하는 요건을 갖춘 자가 취득일로부터 5년 이내 「주택법」상 주택건설사업계획승인을 받을 종합합산토지에 대하여 적용하는 것으로 신탁재산의 경우 수탁자가 사업을 시행하는 경우에는 그 수탁자가 조특법 제104조의19 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 갖추고, 수탁자의 취득일로부터 5년 이내 사업계획 승인을 받아야 적용할 수 있다(기획재정부 재산세제과 -1296. 2024.11.7.).

(나) 쟁점토지는 법원의 판결 등에 의하여 2020년 귀속 종합부동산세 납세의무자가 A에서 수탁자인 청구법인으로 변경되었고, 따라서 쟁점토지는 신탁재산으로 수탁자인 청구법인이 “쟁점 도시개발사업을 시행하는 시행사로 조특법 제104조의19 제1항 각호의 어느 하나 해당하는 요건을 갖춘 경우에 합산배제를 적용이 가능하다”할 것이며, 쟁점사업은 A가 사업을 시행하였고, 수탁자인 청구법인은 금융업 및 부동산 관련 자산관리를 주업으로 하는 신탁회사로 조특법 제104조의19 제1항 각호 중 해당하는 요건을 갖춘 바 없으며, 청구법인의 쟁점토지의 취득일은 청구법인이 소유권 이전등기한 2006.7.12.로 보아야 할 것이고, 2006.7.12.로부터 5년 이내에 청구법인이 사업계획 승인을 받은 바 없으며, 청구법인은 쟁점 도시개발사업을 시행하는 시행자가 아닌 신탁법인으로 쟁점감면규정상 각 호 어느 하나에 해당하는 요건을 갖춘 자가 아니므로 주택신축용 토지에 대한 과세특례를 적용받을 수 없는 종합부동산세 납세의무자이다.

(2) 쟁점추징규정에는 추징의 예외사유가 규정되어 있지 아니하므로 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세액과 농어촌특별세액을 부과한 처분은 적법하다.

(가) 청구법인은 A가 쟁점사업 관련 주택건설사업자로서 취득일인 2013.5.24.(쟁점토지의 토지거래허가구역 지정해제일)로부터 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한데 ‘정당한 사유’가 있으므로 청구법인에게 종합부동산세등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,

수탁자인 청구법인이 쟁점토지를 취득한 시점은 소유권이전 등기일인 2006.7.12.이고, 청구법인은 주택신축용토지 합산배제 요건을 적용할 수 없는 납세의무자이며, 쟁점추징규정은 “주택 건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자 상당 가산액을 추징한다”고 규정하고 있고, 이에 대한 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등의 “추징 예외사유”를 규정하고 있지 않다.

(나) 세법의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유없이 확장 해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙부합한다고 할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결)인바,

조특법 제104조의19 규정은 주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 3~5년이 걸리는 점, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 종합부동산세를 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해주되, 그 취득일로부터 사업계획 승인에 필요한 상당한 기간이라 볼 수 있는 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고, 부수적으로 주택건설 사업자가 사업수행을 게을리하지 않도록 하는데 그 취지가 있으므로 조특법 제104조의19에서 정한 “취득일로부터 5년”이란 시간은 사업계획승인에 필요한 상당한 기간이라 할 수 있고, 이 기간동안 청구법인이 사업승인을 받지 못하였으므로 이 건 부과처분은 부당하다할 수 없다.

(다) A는 강남세무서의 2015년 귀속 종합부동산세 부과처분에 불복하여 “쟁점토지의 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한정당한 사유가 있으므로 해당 부과처분은 부당하다”는 동일 쟁점으로 조세심판을 제기한 바 있으나,

조세심판원은 2022.2.16. “조특법 제104조의19는 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등 달리 추징의 예외규정을 두고 있지 아니하고, 청구법인이 취득일인 2013.5.24.로부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 이상, 감면받은 종합부동산세액 등 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다”는 이유로 기각 결정한 바 있다.

(라) 청구법인은 A가 서울특별시 도시계획위원회의 예상치 못한 수정가결과 그로 인한 시공사의 법정관리신청 등 정당한 사유가 존재하며, 쟁점 도시개발사업을 위하여 적극적으로 노력하였음을 주장하나,

서울특별시 도시계획위원회의 수정가결(당초 7층 규모의 대형아파트 건설 계획에서 3층 이하의 주택 건설로 계획수정)은 2008.8.27.에 발생하였고, 이후 수정가결안에 따라 2009.3.19. 도시개발구역 지정 및 개발계획 수립 고시를 하였으며, 시공사인 B과 C의 법정관리 신청은 각 2011.4.12. 및 2011.4.15.에 발생하는 등 A가 쟁점토지에 대한 종합합산배제 신고시점인 2014년 10월 전에 이미 사업에 차질이 발생하여 사업진행이 중단된 상태에 있었음을 알 수 있다.

(마) 청구법인은 A의 적극적인 노력으로 2019년에 이르러 새로운 투자유치를 하여 2021.3.4. 사업계획승인이 이루어져 A가 쟁점토지를 취득한 2013.5.24.부터 5년의 유예기간 기한인 2018.5.23.에서 얼마 지나지 아니한 2021.3.4. 사업계획승인을 받았다고 주장하나,

A가 쟁점사업을 위하여 토지를 매입하고 이 건 대행용역을 시작한 시기는 2006.7.12.로 사실상 취득일로부터 사업계획 승인이 이루어진 시기까지 15년 이상의 기간이 소요된바, 이 기간은 조특법상 사업계획승인 기한인 5년을 크게 상회하고 있고, 사업계획을 승인받지 못한 데 정당한 사유나 적극적인 사업진행 노력이 있었다고도 볼 수 없어 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(3) 청구법인의 항변내용에 대한 답변은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 「주택법」에 따른 주택건설사업자로 등록되어 있으므로 쟁점감면규정의 요건을 충족하였다고 주장하나,

쟁점감면규정에서 규정한 주택신축용토지 종합부동산세 합산배제규정은 ‘주택건설사업자’가 ‘주택을 건설하기 위해 취득한 토지’ 중 ‘5년 이내 사업계획승인을 받을 토지’의 요건을 갖춘 경우에 종합부동산세 합산배제를 적용할 수 있는데, 청구법인은 쟁점토지를 ‘주택을 건설하기 위해 취득’을 목적으로 취득한 것이 아닌 “부동산처분신탁계약”에 따라 ‘신탁부동산의 등기 명의를 보존 관리하고 이를 처분하여 그 처분대금을 수익자에게 교부하는 업무를 행하는 것을 목적으로 취득하였고,

신탁재산인 경우로서 수탁자가 사업을 시행하는 시행사로 쟁점감면규정 각 호의 어느 하나 해당하는 요건을 갖춘 경우에 종합부동산세 합산배제가 적용가능하다 할 것이나, 청구법인이 제출한 “도시개발사업 시행업무대행 용역 계약서”, “OOO 도시개발사업 프로젝트금융대출약정서”등에서도 확인되는 바와 같이 쟁점사업의 시행사는 A이며,

신탁재산은 그 수탁자의 취득일(2006.7.12.)로부터 5년 이내의 사업계획 승인을 받아야 적용할 수 있는 것이나 A는 취득일로부터 5년이 되는 날인 2011.7.11.까지 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받은 사실은 없고, 취득일로부터 5년이 지난 과세연도(6년차 이후)에는 처음부터 감면대상에 해당하지 아니하므로, 쟁점추징규정에 따른 정당한 사유 등을 따질 필요도 없이 쟁점토지1에 대한 2020년 귀속 종합부동산세는 합산배제대상에 해당하지 아니한다.

(나) 그럼에도 청구법인은 주택건설을 위하여 토지를 취득한 후 5년 이내에 귀책사유 없이 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못하였다면, 그 토지는 종합부동산세 과세표준의 합산대상에서 제외되어야 한다고 주장하나,

쟁점추징규정에는 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등의 “추징면제규정”을 명문으로 규정하고 있지 않고, 세법의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장 해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 없는 것은 엄격하게 해석해야 하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 다수, 같은 뜻임)하고, 조세심판원도 “조세법률주의가 엄격히 적용되는 조세법의 분야에서는 조세법령에 ‘정당한 사유’에 관한 문언 규정이 없는 경우 그 ‘정당한 사유’를 조세 감면이나 추징배제 등의 일반적인 근거사유로 보기 어렵다”라고 판단(조심 2023인3495, 2023.12.26.)하고 있는바, 쟁점추징규정에서 추징예외에 대한 규정이 존재하지 않음에도 정당한 사유를 인정하여 추징을 면제할 수는 없고, 설사 정당한 사유를 인정한다 하더라도 판례는 납세자가 전혀 통제할 수 없는 외부적 사유에 의해 매우 예외적으로 이를 인정한 것으로, 쟁점사업의 수익성 악화로 A의 주요주주이자 쟁점사업의 시공사인 B 등의 법정관리 등은 사업시행주체들 간에 발생한 내부적인 요인에 불과하여 청구법인이 주장하는 ‘정당한 사유’에 해당한다고 보기도 어려우므로 청구법인에게 종합부동산세 등을 부과한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 조특법 제104조의19 제1항 각 호의 요건에 해당한다고 볼 수 있는지 여부

② 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한데 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 일부개정되기 전의 것)

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일까지 주택건설사업자의 지위를 얻은자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2. 「주택법」제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3. 「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지 규정에 따른 사업시행자

4. 「법인세법」제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날로부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정된 것)

제104조의18(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 법 제104조의19를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초로 신고한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

② 법 제104조의19 제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다

1. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액

2. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액

③ 법 제104조의19 제3항에서 이자상당가산액이란 제2항에 따른 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 법 제104조의19 제2항에 따라 신고한 매 과세연도의 납부기한 다음날부터 법 제104조의19 제3항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

2. 1일 10만분의25

(3) 종합부동산세법

제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

(4) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 일부개정된 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

③「신탁법」에 따른 신탁재산에 속하는 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지의 합산 방법은 다음 각 호에 따른다.

1. 신탁재산에 속하는 토지는 수탁자의 고유재산에 속하는 토지와 서로 합산하지 아니한다.

2. 위탁자별로 구분되는 신탁재산에 속하는 토지의 경우 위탁자별로 각각 합산하여야 한다.

제107조(납세의무자) ① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

3. 「신탁법」에 따라 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산의 경우 : 위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자. 이 경우 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다.

(5) 법인세법

제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다

9. 제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것

가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것

나. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것

다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것

라. 「상법」이나 그 밖의 법률의 규정에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것

마. 발기인이 「기업구조조정투자회사법」 제4조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하고 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

바. 이사가 「기업구조조정투자회사법」 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니할 것

사. 감사는 「기업구조조정투자회사법」 제17조에 적합할 것. 이 경우 “기업구조조정투자회사”는 “회사”로 본다.

아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

(6) 주택법

제19조(다른 법률에 따른 인가ㆍ허가 등의 의제 등) ① 사업계획승인권자가 제15조에 따라 사업계획을 승인 또는 변경 승인할 때 다음 각 호의 허가·인가·결정·승인 또는 신고 등(이하 “인·허가등”이라 한다)에 관하여 제3항에 따른 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 사업계획의 승인고시가 있은 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 고시가 있은 것으로 본다.

9. 「도시개발법」 제3조에 따른 도시개발구역의 지정, 같은 법 제11조에 따른 시행자의 지정, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가 및 같은 법 제64조 제2항에 따른 타인의 토지에의 출입허가

(7) 도시개발법

제17조(실시계획의 작성 및 인가 등) ① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 도시개발사업에 관한 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여야 한다. 이 경우 실시계획에는 지구단위계획이 포함되어야 한다.

② 시행자(지정권자가 시행자인 경우는 제외한다)는 제1항에 따라 작성된 실시계획에 관하여 지정권자의 인가를 받아야 한다.

③ 지정권자가 실시계획을 작성하거나 인가하는 경우 국토교통부장관이 지정권자이면 시·도지사 또는 대도시 시장의 의견을, 시·도지사가 지정권자이면 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장의 의견을 미리 들어야 한다.

④ 제2항과 제3항은 인가를 받은 실시계획을 변경하거나 폐지하는 경우에 준용한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 실시계획에는 사업 시행에 필요한 설계 도서, 자금 계획, 시행 기간, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항과 서류를 명시하거나 첨부하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 A의 현황과 쟁점사업의 진행경과는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2001.10.24. 설립되어 서울특별시 OOO에 부동산신탁 및 부동산 관련 자산관리 업종을 영위하고 있는 사업자이고, A는 서울특별시 OOO 일대 132,379㎡를 취득하여 공동주택, 단독주택, 상가 및 기타 부대시설을 신축·분양하여 그 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로 2006.4.11. 설립(자본금 OOO원)된 프로젝트금융투자회사이다.

(나) A는 2006.7.12. 이 건 사업의 시행자인 이 건 조합과 환지처분업무, 사업비 조달대여, 이 건 조합이 수행할 제반 행정업무수행 및 지원, 이 건 조합이 수행할 인허가 준비 및 지원 등의 업무를 수행하는 내용의 이 건 대행용역계약을 체결하였고,

대출약정을 통하여 조달한 자금으로 2006년 7월경 이 건 사업부지내 토지소유자들과 쟁점토지를 매입하는 계약을 체결하고 그 매매대금 전액을 지급하였으며, 쟁점토지 중 일부는 직접 소유권을 취득하였으나 일부는 토지소유자(매도자)를 위탁자, 청구법인을 수탁자, A를 수익자로 하는 부동산처분신탁계약을 체결한 후 2006.7.12. 신탁을 원인으로 청구법인 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

(다) 이 건 사업부지는 2013.5.24. 토지거래허가구역에서 지정해제되었고, A는 2013.7.18. 서울특별시 서초구청장에게 쟁점토지에 관하여 취득세 신고를 하였으며, 2014.10.6. 쟁점토지를 종합부동산세 과세표준의 합산배제대상으로 신고하였다.

(라) 쟁점사업 관련 주요 진행경과는 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점사업 관련 주요 진행경과

○○○

(2) 청구법인이 쟁점사업계획 승인을 5년 이내에 받지 못한 정당한 사유가 있다는 근거로 제시한 자료는 다음과 같다.

(가) 이 건 사업부지에 대한 ‘OOO 도시개발구역 지정 및 개발계획 신청’에 따른 사전협의에 대하여 서울특별시(시설계획과)에서 서초구에 회신한 OOO 도시개발구역 지정 관련 2007.10.16.자 서울특별시 공문 내용에서는 A가 이 건 사업부지의 용도지역 변경과 함께 제1종 전용주거지역에는 2층 이하 단독주택을, 제2종 전용주거지역에는 7층 이하의 공동주택을 건축하는 것으로 계획하였던 것으로 나타난다.

(나) 서울특별시 도시계획위원회 심의결과 및 서초구의 재심의 요청 공문을 살펴보면, OOO 도시개발구역 지정과 관련하여 2008.5.21. 제9차 서울특별시 도시계획위원회 심의결과 보류되었으나, 2008.8.20. 제13차 서울특별시 도시계획위원회 심의결과 ‘공동주택 건립을 위한 집단환지는 불허하고, 2003년 용도지역 변경당시 제출된 계획(개별환지, 3층 이하)의 범위에서 개발계획을 수립하라’는 내용으로 가결되었고, 서울특별시 서초구가 2008.9.16. 이에 대하여 서울특별시 도시계획위원회에 재심의를 요청한 공문내용이 확인된다.

(다) 서울특별시 도시개발구역 지정 및 개발계획 수립 고시(2009.3.19.) 내용을 살펴보면, 서울특별시장은 위 제13차 도시계획위원회 심의결과 수정가결된 내용에 따라 2009.3.19. 도시개발구역 지정 및 개발계획 수립을 고시OOO하였다.

(라) A는 쟁점사업이 지연되던 중 시공사인 B과 C이 대출금을 변제할 여력이 되지 않아 각각 2011.4.12. 및 2011.4.15. 각 법정관리를 신청하였고, 이로 인해 사업의 진행이 거의 불가능하게 되었다고 주장하며, 동 법인들의 법정관리 사실이 기재된 2011.4.15.자 아시아경제 기사 등 관련 기사를 제출하였다.

(마) 2011.6.28.자 대출약정서 및 시공사들의 채무인수약정서를 살펴보면, B은 2011.6.28. 법정관리 신청을 철회하였고, 같은 날 청구법인 등과 대주단 사이에 대출기한 연장, 추가 합의사항 등을 정한 대출약정서가 작성되었으며, 시공사인 B 및 C은 이 건 대출약정과 관련하여 2011.6.28. 채무인수약정서를 작성하였다.

(바) 2014.12.30. 기존 대출약정에 대한 변경약정서를 살펴보면, A 등과 대주단 사이에 2011.6.28.자 대출약정의 상환기일을 2014.12.13.에서 2015.6.13.로 연장하고, 이자기간 등 일부 대출조건을 변경하는 약정을 2014.12.30. 체결한 것으로 확인된다.

(사) 쟁점사업의 재개 및 이후 진행상황을 보면, 쟁점사업은 시공사들의 법정관리 신청 등을 이유로 중단되었다가, 2019년 6월경 E, G, D 컨소시엄의 투자로 설정된 이 건 펀드가 기존 채권단이 보유한 선·후순위 채권 전체를 인수하면서 사업이 재개되어 서울특별시장은 2021.3.4. 쟁점사업 개발계획 변경에 대하여 실시계획인가 고시를 한 것으로 나타난다.

(아) 청구법인은 「주택법」에 따른 주택건설사업자로 등록되어 있다는 증빙으로 대한주택건설협회 홈페이지 조회화면을 제시하였다.

＜표2＞ 대한주택건설협회 홈페이지 조회화면

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(3) A와 관련한 우리 원의 결정 및 법원 판례는 다음과 같다.

(가) 쟁점토지에 대한 2015년 귀속 종합부동산세 등을 A에 부과한 건에 대한 심판청구 결과, 조특법 제104조의19에 달리 추징의 예외규정을 두지 아니하고 있고, 5년 이내 사업계획 승인을 받지 못하였다는 이유로 기각 결정(조심 2020서2585, 2022.2.16.)하였다.

(나) 위 조심 2020서2585, 2022.2.16. 결정에 대하여 A가 행정소송을 제기하였고, 그 결과 쟁점토지에 대한 종합부동산세 등 납세의무자를 A라고 본 처분을 위법하다고 판결하였고, 처분청은 항소를 포기하고 2015년 귀속 종합부동산세 부과처분을 직권 취소하였다.

＜표3＞ 서울행정법원 2023.9.8. 선고 OOO 판결

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(다) 쟁점토지에 대한 2016년~2020년 귀속분 종합부동산세 등을 A에 부과한 건에 대한 심판청구 결과, 쟁점토지에 대한 종합부동산세 등 납세의무자를 청구법인으로 보아 인용 결정[조심 2021서506·2048(병합), 2024.3.18.]하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 주택건설사업을 시행할 목적이 아닌 쟁점토지 관리·처분을 신탁받은 수탁자에 불과하므로 쟁점감면규정 각 호의 사업자의 요건을 갖추지 못하였다는 의견이나,

쟁점감면규정은 ‘주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산 대상에서 제외한다’고 규정하고 있고,

위 규정에서 과세표준 합산배제대상 토지의 전제요건으로 ‘주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한’으로만 규정하고 있을 뿐 그 토지의 실질 소유자 또는 납세의무자의 지위가 주택건설사업자일 것을 요구하고 있지 아니하므로 위탁자가 주택건설을 위하여 토지를 취득하고 주택건설사업자의 지위에서 주택건설사업계획승인을 받은 경우에는 수탁자인 청구법인도 쟁점감면규정의 문언상 요건을 충족하는 것으로 볼 수 있는 점,

신탁재산의 경우 종합부동산세 과세표준 합산배제 요건 충족 여부는 해당 부동산의 사실상 소유자를 기준으로 판단하여야 하므로, 쟁점토지1의 경우 수탁자인 청구법인이 아니라 위탁자인 A를 기준으로 판단하여야 할 것으로 보이는 점, 청구법인은 대한주택건설협회에 주택건설사업자로 등록되어 있는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점감면규정상 각 호의 요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지는 토지거래허가구역에서 지정해제된 2013.5.24.을 취득일로 보아야하고, 쟁점토지 취득 후 5년 내 사업계획승인을 받지 못한데 정당한 사유가 존재하므로 쟁점토지를 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외되어야 한다고 주장하나,

A는 2006.7.12. 쟁점토지를 매입한 것으로 나타나고, 청구법인은 같은 날 쟁점토지의 소유권이전등기를 경료하였으며, 토지취득일과 관련하여 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우 토지를 취득한 날은 토지거래허가구역 지정 해제일이 아니라 토지의 매매대금 잔금 지급일로 보아야 할 것인바(대법원 2025.7.16. 선고, 2023두50516 판결, 같은 뜻임), 쟁점토지의 취득일은 2006.7.12.이고, 그로부터 5년 이내에 쟁점토지에 대한 사업계획승인을 받지 못하였던 점(조심 2020서2585, 2022.2.16. 같은 뜻임),

쟁점추징규정은 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등 달리 추징의 예외규정을 두고 있지 아니하고, 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등의 정당한 사유가 있다면 추징 제외될 수 있다고 본다하더라도 이 건에서 청구법인은 서울특별시 도시계획위원회 심의 의결(2008.8.27.)과 시공사들의 법정관리신청(2011.4.12., 2011.4.15.) 등을 사업계획승인을 받지 못할 만한 외부적인 요인이라고 제시하고 있는데,

도시개발구역 지정과 관련하여 서울특별시 도시계획위원회가 공동주택 건립을 위한 집단환지를 결정했던 바가 없고, 2008.8.27. 제13차 서울특별시 도시계획위원회 심의결과 3층 이하 주택으로 개발계획을 수립하도록 결정되었는바, 공동주택 건립에서 3층이하 주택으로 변경되어 사업성이 떨어져 사업시행계획 수립에 차질이 발생하였다는 주장은 청구법인의 기대이익에 불과하여 위 도시계획위원회의 결정을 외부적인 요인으로 보기도 어려운 점,

2011.6.28. 시공사의 법정관리신청 철회 이후 2019년 9월 채권단 채권공매로 사업이 재개되기까지 청구법인이나 A가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부도 불분명하여 사업계획승인을 받지 못한 데 책임을 돌릴 수 없는 등의 정당한 사유가 있다고 보기도 어려운 점,

쟁점토지에 대한 사업계획승인일은 2021.3.4.로 토지취득일로부터 5년 이내라는 기한을 과도하게 경과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 쟁점토지1에 대하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 2020년 귀속 종합부동산세 등 부과 현황

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