이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.11.2. 주식회사 A의 B2B/ICT 사업부문을 물적분할하여 신규 설립되었다.

나. 청구법인은 물적분할 과정에서 분할계획서상 승계대상 부동산 목록에 기재된 내용에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 분할법인(주식회사 A)으로부터 대구광역시 북구 등에 소재한 사업용 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 승계받아 2020.11.2. 취득하면서 감정평가액을 기준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점부동산의 감정가액 및 장부가액

(단위 : 원)

○○○

다. 이후 청구법인은 2024.4.24. 등에 쟁점부동산의 취득가격을 장부가격으로 경정하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청들은 2024.6.19. 등에 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 물적분할을 원인으로 취득한 쟁점부동산의 취득세 과세표준은 감정가액이 아닌 장부가액으로 보아야 한다.

(가) 「지방세법」 제10조 제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.”고 규정하면서, 같은 조 제5항 제3호에서는 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 경우에는 설령 신고가액이 시가표준액보다 적더라도 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하여 법인장부에 기재된 가액이 있는 경우 이를 시가표준액보다 우선하여 취득세 과세표준으로 삼도록 하고 있다.

(나) 조세심판원은 이러한 규정취지를 고려하여 ① 특별히 그 취득가액을 조작하였다거나, 명백한 착오로 인하여 오기되었다고 인정되지 아니한 이상 그 장부상의 가액은 실제의 취득가액을 나타내는 것이라 할 것인 점, ② 물적분할 당시 작성된 청구법인의 법인장부상 가액의 신빙성을 배제할만한 특별한 사정 내지 정황은 확인되지 아니하는 점, ③ 감정가액은 이를 법인장부에 계상하지 아니한 이상 「지방세법」 제10조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조 제3항 제2호에서 규정하고 있는 법인장부에 따라 증명되는 취득가액으로 보기는 어려운 점 등을 근거로 법인장부에 기재된 취득가액을 취득세 과세표준으로 보아야 한다고 결정(조심 2021지5755, 2022.12.29.)하였다.

(다) 행정안전부도 “감정가액은 법인이 작성한 장부의 객관성을 입증하는 수단에 불과하므로 특별한 사정이 없는 한 감정가액 자체를 과세표준으로 삼을 수는 없으며, 물적분할을 원인으로 기업회계기준 등 관련 규정에 따라 정당하게 장부가액으로 기재하였다는 점이 인정된다면 이를 「지방세법 시행령」제10조 제5항 제3호에 따른 법인장부로 확인되는 사실상 취득가액으로 볼 수 있다”고 회신하였다(부동산세제과-3447, 2021.12.23.).

(2) 비적격 물적분할의 경우 시가를 기준으로 취득 자산의 가액을 산정하여야 한다는 처분청 의견은 조세법률주의에 반한다.

(가) 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호는 「법인세법」 제46조 제2항의 적격 분할로 자산을 취득한 경우에는 장부가액을 기준으로 하되, 그 외 분할의 경우에는 해당 자산의 시가를 기준으로 취득가액을 산정하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 부동산을 취득한 원인이 비적격 물적분할이므로 「법인세법 시행령」 제72조 제2항에 따라 시가를 기준으로 취득가액을 산정하여야 한다는 의견이나, 「지방세법」제10조 제5항 제3호 등 물적분할로 인한 부동산 취득을 과세하는 규정이 존재하는 이상 단순히 「법인세법」상 물적분할의 적격 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 「법인세법」 규정을 유추적용하는 것은 법률의 체계에 반하여 납세자의 권리를 부당하게 침해하는 해석이다.

(다) 설령 처분청 의견에 따라 「법인세법」 규정을 유추적용하더라도 시가를 기준으로 취득가액을 산정하는 것은 기존의 해석과 모순된다.

「법인세법」 제46조 제1항은 제46조의3에 기재된 “분할”에서 물적분할은 제외한다고 명시하고 있다. 즉, 물적분할은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호 가목의 적격 분할에 해당할 여지가 없으므로 적격 여부와 관계없이 ‘그 밖의 경우’로 보아 해당 자산의 시가가 취득가액이 되어야 하는 것이다.

따라서 물적분할의 경우에는 적격 여부와 무관하게 취득가액을 산정하여야 하는 이상, ① 단순히 비적격임을 이유로 위 3호 가목이 적용되지 않는다고 본 처분청의 의견은 법적 근거가 없는 주장에 불과하고, ② 적격 물적분할에 대하여 장부가액을 취득가액으로 산정하여야 한다고 본 기존 조세심판원 결정례(조심2021지5755, 2022.12.29.) 및 유권해석(부동산세제과-3447, 2021.12.23.)의 결론과 이 건의 결론이 달라질 하등의 이유가 없다.

나. 처분청 의견

(1) 물적분할을 원인으로 취득한 쟁점부동산의 취득세 과세표준은 장부가액이 아닌 감정가액으로 보는 것이 타당하다.

(가) 「지방세법 시행령」 제18조 제3항 제2호에서 취득가격이 증명되는 법인장부를 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서로 규정하고 있으며, 대법원은 “판결문ㆍ법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 입증되는 가격이라고 하더라도 그것이 당해 물건에 관한 ‘사실상의 취득가격’에 해당하지 아니하는 경우에는 이를 취득세의 과세표준으로 삼을 수 없다”고 판시(대법원 2013.10.24. 선고 2013두11680 판결)하면서, “법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다”고 판시(대법원 1993.4.27. 선고 92누15895 판결)하였다.

(나) 따라서 청구법인의 관련법령에 따라 법인장부가액을 취득세 과세표준으로 인정하여야 한다는 주장은 이유가 없다.

(2) 청구법인은 비적격 물적분할로 설립되었으므로 적격 물적분할과 달리 시가를 기준으로 취득 자산의 가액을 산정하여야 한다.

(가) 「법인세법 시행령」 제72조 제2항은 자산의 취득가액을 규정하면서, 적격분할의 경우 장부가액, 그 밖의 경우에는 시가를 자산의 취득가액으로 규정하고 있다.

(나) 처분청은 비적격 분할의 경우 자산의 취득가액을 시가로 인정하고 있는 위 법인세법 관련 규정을 참조한 것일 뿐, 이 건 취득세 과세표준에 있어「지방세법」 제10조 및 「지방세법 시행령」 제18조 규정에 따라 사실상의 취득가액에 부합하는 감정평가액을 취득세 과세표준으로 삼은 것이므로, 「지방세법」이 아닌 「법인세법」 규정에 따라 시가를 기준으로 취득자산의 가액을 산정하였기에 조세법률주의에 반한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

(다) 청구법인이 청구주장의 근거로 제시한 조세심판원 결정례(조심 2021지5755, 2022.12.29.) 및 행안부 유권해석(부동산세제과-3447, 2021.12.23.)은 모두 적격분할의 사례로 비적격분할인 이 건에 원용하기에 부적절하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

물적분할을 원인으로 취득한 쟁점부동산의 취득세 과세표준을 장부가액으로 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인의 경정청구 내역 등은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 경정청구 내역 등

(단위 : 원)

○○○

(나) 일반기업회계기준 제32장(동일지배거래)에는 “새로운 기업은 이전받은 사업에 대하여 분할한 기업의 장부금액으로 인식”한다고 정하고 있고, K-IFRS에서는 이와 관련한 내용이 확인되지 아니한다.

＜표3＞ 일반기업회계기준(일부발췌)

분할의 회계처리

32.15 기업은 자신의 사업 전부나 일부 사업을 분할하여 새로운 기업에 이전할 때 자산의 장부금액으로 이전한다. 새로운 기업은 이전받은 사업에 대하여 분할한 기업의 장부금액으로 인식하고, 이전대가로 발행한 주식의 액면금액과의 차이는 적절한 자본항목으로 반영한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

「지방세법」 제10조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조 제3항 제2호에서 ‘법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득’의 경우 사실상의 취득가격에 의하여 취득세 과세표준을 산정하도록 규정하고 있는데, 법인의 장부가액이라는 이유만으로 사실상 취득가격에 부합하는지와 관계없이 무조건 이를 과세표준으로 할 것은 아니지만, 「지방세법」 제10조 제5항 제3호가 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 삼게 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있기 때문인바(대법원 1993.4.27. 선고 92누15895 판결, 같은 뜻임), 법인의 장부가액이 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있는 경우에는 신고가액에 우선하여 이를 과세표준으로 할 것이다(대법원 2017.1.12. 선고 2015두45380 판결, 같은 뜻임).

처분청은 청구법인의 장부가액을 쟁점부동산의 취득가격으로 보기 어렵다는 의견이나, 청구법인은 분할 당시 작성된 분할법인의 장부에 기재된 가액을 승계하여 청구법인의 장부가액으로 기재하였고, 이는 회계기준 및 분할법인과의 합의 등에 따른 것이어서 그 가액의 신빙성을 부인하기는 어려운 점, 감정평가액을 법인장부에 계상하지 아니한 이상 그 감정평가액이 법인장부에 따라 증명되는 취득가액에 해당한다고 보기는 어려워 보이는 점(조심 2021지5274, 2022.12.5., 같은 뜻임), 취득가격은 취득물건의 객관적 가치를 평가하는 것이 아니라 매매계약 등 그 거래의 원인이 되는 계약 등을 기초로 산정하거나 취득에 소요된 직·간접 비용에 따르는 것이라서 분할법인과의 합의에 기반한 장부가액이 감정평가액보다 쟁점부동산의 취득가격에 부합하는 가액으로 보이는 점(조심 2023지5383, 2024.11.21., 같은 뜻임), 사업을 포괄적으로 양수하는 경우에 있어서는 각 자산별로 그 대금이 지급되는 형태가 아니라서 당사자 간의 합의에 따라 해당 자산의 취득가격을 산정하거나 이를 안분할 수밖에 없고, 이러한 합의나 안분 방식이 조세회피 목적에서 비롯되었다거나 통념에 반하는 것이 아닌 이상, 이렇게 평가된 장부가액을 부인하기는 어려운 점(조심 2023지3717, 2025.7.9., 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청들이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것)

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. (단서 생략)

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31343호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등) ③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. (단서 생략)

(3) 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것)

제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세) ① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. (후단 생략)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 "적격분할"이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식인 경우(분할합병의 경우에는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할신설법인등의 주식인 경우 또는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인의 주식인 경우를 말한다)로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 분할신설법인등이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

제46조의2(분할 시 분할신설법인등에 대한 과세) ① 분할신설법인등이 분할로 분할법인등의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 분할법인등으로부터 분할등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 분할법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 분할신설법인등이 승계할 수 있다.

제46조의3(적격분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례) ① 적격분할을 한 분할신설법인등은 제46조의2에도 불구하고 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제46조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

(4) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것)

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

3의2. 물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식등의 경우: 물적분할한 순자산의 시가