이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 AAA지역주택조합(이하 “이 건 조합”이라 한다)으로부터 경기도 광주시 OOO(이하 “이 건 아파트”라 한다)의 신축공사를 수급한 시공사로서, 이 건 조합이 청구법인에게 공사대금 채권 등의 변제에 갈음하여 이 건 조합이 보유한 미분양 아파트 중 148채(이하 “이 건 대물변제아파트”라 한다)의 소유권을 이전하기로 하는 계약(이하 “이 건 대물변제 계약”이라 한다)을 체결하고, 2018.11.22. 및 2018.12.12. 이 건 대물변제아파트를 취득하였으며, 2018.11.28. 및 2018.12.19. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2019년∼2023년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 이 건 대물변제아파트를 소유하고 있는 것으로 보아 재산세 OOO원, 지역자원시설세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 2024.4.4. 이 건 조합이 청구법인을 상대로 이 건 대물변제 계약은 무효에 해당하므로 이 건 대물변제아파트 중 10채의 아파트에 대한 소유권이전등기를 말소하라는 취지의 소송에서 청구법인이 일부 패소(대법원 OOO 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)하였음을 이유로, 2024.6.21. 쟁점판결의 취지상 청구법인의 이 건 대물변제아파트 전체의 취득이 원인무효로 확정되었으므로 이 건 대물변제아파트와 관련하여 기 납부한 취득세, 재산세 등을 환급해달라는 취지로 「지방세기본법」제50조 제2항에 따른 후발적 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 쟁점판결에 따르면 이 건 대물변제아파트 중 10채만 청구법인의 소유권이전등기가 원인무효로 판단되었고, 나머지 138채의 아파트(이하 “쟁점아파트”라 한다)에 대한 판결은 존재하지 아니하므로 쟁점아파트 부분은 후발적 경정청구 대상에 해당하지 않는다고 보아, 이 건 대물변제아파트 중 10채에 해당하는 취득세 등 합계 OOO원, 재산세 등 합계 OOO원을 환급하고, 2024.8.19. 쟁점아파트 부분에 대한 나머지 경정청구는 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 경정청구를 하게 된 경위를 설명하면 다음과 같다.

(가) 청구법인은 ‘OOO’라는 브랜드로 아파트를 시공하는 종합건설법인으로, 2015년 3월경 이 건 조합과 이 건 아파트 신축공사에 대한 도급계약을 체결하였고, 2018년 준공하였으나 분양률이 저조하여 조합으로부터 공사대금의 수취가 지연되었다.

(나) 이에 청구법인과 이 건 조합은 2018년 11월 및 12월에 청구법인이 이 건 조합에 대하여 가지고 있는 공사대금 채권 OOO원 및 이 건 조합이 금융권에 변제해야 할 중도금 등 대출금액 OOO원 총 OOO원의 변제에 갈음하여 이 건 대물변제아파트의 소유권을 이전받기로 하는 이 건 대물변제 계약을 체결하고, 소유권이전등기를 받은 다음 처분청에 취득세 및 재산세 등을 납부하였다.

(다) 그런데, 새로 취임한 이 건 조합의 조합장이 이 건 대물변제 계약이 조합총회를 거치지 않아 무효라는 취지의 소송을 제기하였는데, 소송비용 부담을 이유로 이 건 대물변제아파트 중 10채에 대해서만 소송을 제기하였다. 청구법인은 2024.4.4. 쟁점판결을 통하여 최종 일부패소로 확정되었는데, 대법원은 쟁점판결에서 조합총회 결의가 없었으므로 이 건 대물변제 계약 자체가 무효라는 취지로 판단하였다.

(라) 이에 청구법인은 2024.6.25. 처분청에 이 건 대물변제아파트의 취득으로 인하여 발생한 취득세 및 재산세 등을 환급해달라는 후발적 경정청구를 하였으나, 처분청은 이 건 대물변제아파트 중 10채에 대해서만 환급하고, 쟁점아파트의 경우 쟁점판결의 판단 대상이 아니라는 취지로 청구법인의 경정청구를 거부한 것이다.

(2) 그러나, 쟁점판결에 의하면 이 건 대물변제 계약이 무효라는 사실이 확정되었으므로, 이 건 대물변제아파트 중 10채 뿐만 아니라 쟁점아파트의 취득 또한 무효라 할 것이므로, 처분청의 거부처분은 위법하다.

(가) 이 건 조합은 이 건 대물변제아파트 총 148채 중 10채에 대해서만 소송을 제기하였으나, 이는 소송비용을 아끼기 위한 것일 뿐이고, 쟁점판결의 취지가 조합총회를 거치지 않고 이 건 대물변제 계약을 체결한 것에는 절차상 흠결이 있으므로, 이에 따른 소유권이전등기 또한 모두 무효라는 취지이므로, 쟁점판결의 효력은 쟁점아파트에 대해서도 영향이 있다 할 것이다.

(나) 처분청 의견대로 판결의 취지를 고려하지 않고 판결대상인 10채에 대해서만 환급한다면, 청구법인이 이 건 조합에게 후발적 경정청구를 목적으로 쟁점아파트에 대해서도 동일한 소를 제기해달라고 요청해야하는 주객전도의 상황이 발생할 것이다. 그리고 별도의 법적조치를 취한 후에도 청구법인이 다시 처분청에 후발적 경정청구를 청구하고 인용하는 등 불필요한 법률·행정비용이 발생할 수밖에 없다.

(다) 그리고, 처분청 입장에서도 궁극적으로 환급할 수밖에 없는 취득세 및 재산세 등을 뒤늦게 환급할 경우 환급가산금만 증가되며, 정당한 재산세 납세의무자인 이 건 조합에게 재산세를 다시 부과하지 못하는 기간 동안 제척기간이 경과하는 문제도 발생할 수 있다.

(라) 따라서 쟁점판결에 따라 이 건 대물변제 계약이 무효로 확인된 이상 청구법인 명의의 쟁점아파트에 대한 소유권이전등기 역시 무효로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점판결 내용에는 이 건 대물변제아파트 중 10채에 국한하여 판결이 확정되었고, 쟁점아파트에 대한 소송 및 판결은 없으므로 쟁점판결만으로는 쟁점아파트에 대한 후발적 경정청구 대상에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서, 청구법인은 쟁점아파트에 대한 후발적 경정청구를 제기할 권한이 없으므로, 청구법인의 후발적 경정청구에 대한 처분청의 거부처분은 청구법인의 권리 또는 이익을 새로이 침해하는 것이 아닌 민원 회신의 성격에 불과하여 불복청구대상으로서의 처분성을 인정하기 어렵다 할 것인바, 이 건 심판청구는 부적법한 심판청구에 해당한다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점판결에 따라 청구법인의 쟁점아파트 취득은 원인무효에 해당하므로, 취득세 등을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인과 이 건 조합은 다음과 같이 이 건 대물변제 계약을 체결한 것으로 확인된다.

1) 이 건 조합은 2018.11.22. OOO원의 채무 등을 변제하기 위하여 이 건 대물변제아파트 중 91채의 아파트 소유권을 청구법인에게 이전하기로 계약을 체결하고, 2018.11.26. 청구법인에게 소유권이전등기를 경료하였다.

2) 이 건 조합은 2018.12.12. 6,118,272,000원의 채무 등을 변제하기 위하여 이 건 대물변제아파트 중 57채의 아파트 소유권을 청구법인에게 이전하기로 계약을 체결하고, 2018.12.12. 청구법인에게 소유권이전등기를 경료하였다.

(나) 청구법인은 이 건 대물변제아파트를 취득함에 따라 2018.11.28. 취득세 등 합계 OOO원을, 2018.12.19. 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 이 건 조합은 2020.1.7. 청구법인을 상대로 조합총회의 결의를 거치지 아니한 이 건 대물변제 계약은 무효에 해당하므로, 이 건 대물변제아파트 중 10채에 대한 소유권이전등기를 말소해달라는 소송을 제기하였다.

(라) 수원지방법원 성남지원 제2민사부는 OOO 판결을 통하여 아래와 같이 이 건 대물변제 계약은 무효에 해당한다고 판단하였으며, 이는 2024.4.4. 쟁점판결을 통하여 대법원에서 최종 확정되었다. 다만 이 건 조합이 이 건 대물변제아파트 중 10채에 대해서만 소송을 제기한 결과 위 판결 주문에는 청구법인은 이 건 조합에 대하여 이 건 대물변제아파트 중 10채에 대하여 소유권이전등기를 말소하라는 취지로 판단되었다.

＜수원지방법원 성남지원 OOO 판결 내용 중 발췌＞

나. 본안에 관한 판단

1) 이 사건 대물변제 계약의 효력에 대한 판단

가) 원고 조합 총회 결의의 필요 여부

(1) 주택조합이 주체가 되어 신축 완공한 건물로서 조합원 외의 일반인에게 분양되는 부분은 조합원 전원의 총유에 속하며, 총유물의 관리 및 처분에 관하여 주택조합의 정관이나 규약에 정한 바가 있으면 이에 따르고 그에 관한 정관이나 규약이 없으면 조합원 총회의 결의에 의하여야 하며, 그와 같은 절차를 거치지 않은 행위는 무효라고 할 것이다.

(2) 위 법리에 비추어 살피건대, 아래에서 살피는 바와 같이 원고 조합 규약 등은 원고 조합 총회 결의 없이 이 사건 대물변제 계약을 체결하는 것을 허용하는 규정으로 해석하기 어렵고, 원고 조합 규약, 원고와 피고의 공사도급계약서에 달리 이를 허용하는 조항이 없는데, 이 사건 대물변제 계약에 관하여 원고 조합 총회의 결의가 있었다고 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 이 사건 대물변제 계약은 무효라고 할 것이다.

(마) 청구법인은 2024.6.21. 쟁점판결을 근거로 후발적 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.8.19. 이 건 대물변제아파트 중 10채에 대해서는 취득세 및 재산세 등을 환급결정하였으나, 쟁점아파트에 대해서는 거부처분을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점판결에는 쟁점아파트에 대한 판단이 포함되어 있지 아니한바, 쟁점판결은 후발적 경정청구의 대상에 되는 판결에 해당하지 아니한다 할 것이고, 처분청이 쟁점아파트와 관련된 취득세 및 재산세 등을 환급하지 아니한다는 통지는 불복의 대상이 되는 처분이 아닌 민원회신에 불과하다 할 것이므로, 이에 대한 심판청구는 부적법하여 각하되어야 한다는 의견이다.

그러나, 「지방세기본법」제50조 제2항 제1호는 후발적 경정청구 사유로 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 소송의 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”를 규정하면서, 제3호에서 이와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유를 규정하고 있고, 이에 위임을 받은 같은 법 시행령 제30조 제2호에서 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우”를 규정하면서, 제4호에서 이에 준하는 사유가 있는 경우 후발적 경정청구를 제기할 수 있다고 규정하고 있는바, 쟁점판결에 따라 이 건 대물변제 계약이 무효로 확정된 이상 청구법인의 취득세 신고·납부 및 재산세 등의 부과처분의 근거가 된 청구법인의 쟁점아파트의 취득행위 또한 무효로 확정되었으므로, 위 규정에 따라 청구법인은 후발적 경정청구를 제기할 수 있고(조심 2022서5402, 2022.11.21. 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점판결의 확정일인 2024.4.4.로부터 90일 내인 2024.6.21. 후발적 경정청구를 제기하였으므로 이는 「지방세기본법」제50조 제2항에 따른 적법한 후발적 경정청구에 해당한다고 할 것이다.

또한, 쟁점판결에 따라 이 건 대물변제 계약이 원인무효로 확정된 이상, 위 계약에 터잡아 이루어진 청구법인의 쟁점아파트의 취득 역시 무효로 확정되었다 할 것인바, 청구법인의 쟁점아파트 취득이 원인무효인 이상 청구법인은 당초부터 쟁점아파트를 취득·보유한 사실이 없어 쟁점아파트에 대한 취득세 및 재산세 등의 납세의무가 성립될 수 없으므로(조심 2022지491, 2023.7.19. 같은 뜻임), 처분청이 청구법인의 쟁점아파트에 대한 취득세 및 재산세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 발생하였을 때

(2) 지방세기본법 시행령

제30조(후발적 사유) 법 제50조 제2항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정(更正)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

(3) 민법

제275조(물건의 총유) ① 법인이 아닌 사단의 사원이 집합체로서 물건을 소유할 때에는 총유로 한다.

② 총유에 관하여는 사단의 정관 기타 계약에 의하는 외에 다음 2조의 규정에 의한다.

제276조(총유물의 관리, 처분과 사용, 수익) ① 총유물의 관리 및 처분은 사원총회의 결의에 의한다.

② 각 사원은 정관 기타의 규약에 좇아 총유물을 사용, 수익할 수 있다.