이유
1. 처분개요
가. 주식회사 농업회사법인 a(이하 “쟁점농업회사법인”이라 한다)은 2014년 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 “농어업경영체법”이라 한다)에 따라 설립되어 국내산 농산물과 수입산 농산물을 혼용하여 판매하고 있는 법인이고, 청구인들은 쟁점농업회사법인의 100% 지분을 소유하고 있는 자들로 2021∼2022년 기간 동안 쟁점농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득에 대하여 「조세특례제한법」(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제68조 제4항을 적용하여 분리과세 배당소득으로 소득세를 신고하였다.
나. 서울지방국세청장은 2024.6.5.∼2024.8.17. 기간 동안 쟁점농업회사법인의 대표이사인 청구인 b에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점농업회사법인이 배당한 배당소득 중 수입산 농산물의 유통.판매에서 발생한 소득의 배당으로 발생한 배당소득은 분리과세 대상이 아닌 종합소득 합산 신고 대상에 해당하는 것으로 보아, 처분청에 자료통보를 하였고, 이에 따라 처분청은 아래 ＜표1＞와 같이 청구인들에게 2021∼2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
＜표1＞ 처분 내역
(단위 : 원)
다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.3.18. 심판청구를 제기하였다.
1. 청구인들 주장 및 처분청 의견
가. 청구인들 주장
「조세특례제한법 시행령」(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 개정된 것, 이하 “개정후조특령”이라 한다) 제65조 제2항 제3호 단서(이하 “쟁점단서규정”이라 한다)는 조세특례제한법령 및 부칙의 문언, 입법연혁, 관련 쟁점에 대한 조세심판원의 결정례 등에 비추어 보면, 확인적 규정이 아닌 창설적 규정이어서 이 사건 처분의 근거가 될 수 없으므로, 이 사건 처분은 취소되어야 한다. 만약 이 사건 처분을 적법하다고 볼 경우 소급과세금지원칙에 위배되는 위헌적 결과를 초래하게 된다. 설령, 처분청의 의견대로 쟁점단서규정을 확인적 규정으로 보더라도 비과세관행이 성립하였기 때문에 이 사건 처분은 비과세관행 존중의 원칙에 위배된 위법한 처분이므로 마찬가지로 취소되어야 한다.
(1) 법령 및 부칙의 문언과 입법연혁 및 관련 쟁점에 대한 조세심판원의 결정례에 비추어 보면, 쟁점단서규정은 ‘창설적 규정’이므로 2021ㆍ2022년 귀속분에 관한 이 사건 처분의 근거가 될 수 없다.
(가) 이 사건 처분의 대상 과세기간인 2021년과 2022년에 적용되는 「조세특례제한법 시행령」(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전조특령”이라 한다) 제65조 제2항 제3호(이하 “개정전규정”이라 한다)의 문언은 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득”이다. 즉, ‘농산물’이라고만 정하고 있을 뿐 농산물의 매입처에 따라 수입농산물은 제외된다고 해석할 수 있는 어떠한 다른 문언도 규정하고 있지 않다. 수입농산물이 법인세 감면 및 배당소득 분리과세 특례 대상에서 제외된다는 해석은 쟁점단서규정이 신설된 이후에야 비로소 가능하다.
한편, 쟁점단서규정은 2024.2.29. 신설되었는데 당시 개정후조특령 부칙 제1조는 “이 영은 공포한 날부터 시행한다.”라고 규정하고 있고, 달리 쟁점단서규정에 대해서 경과규정을 두고 있지 않다. 따라서 쟁점단서규정의 적용시기는 2024.2.29. 이후임이 분명하다.
따라서, 관련 법령 문언의 해석상 쟁점단서규정은 기존에 없던 조세법률관계를 새롭게 창설하는 창설적 규정으로 보아야 한다. 이에 따라 수입농산물의 유통ㆍ판매소득이 법인세 감면 및 배당소득 분리과세 특례 대상에서 제외되는 것은 2024.2.29. 이후이며, 그 이전에도 적용된다는 해석은 조세법률주의에 따른 엄격해석원칙에 명백히 반한다.
(나) 기획재정부가 2023.7.27. 발표한 2023년 세법개정안 상세본에 따르면, 쟁점단서규정의 신설은 ‘감면대상 소득 합리화’를 그 이유로 하고 있고, 그 적용시기는 2024.1.1. 이후 유통ㆍ판매하는 분부터 적용된다고 명확하게 드러난 점에서, 쟁점단서규정은 감면 대상 소득에 포함되던 수입농산물의 유통ㆍ판매소득을 개정을 통해 2024.1.1. 이후부터 감면에서 제외하는 ‘창설적 규정’이라는 점을 분명하게 알 수 있다.
(다) 조심 2019중589, 2019.5.28. 결정에서는 개정전규정의 소득에 ‘농민이 아닌 사업자로부터 매입한 농작물을 판매하여 발생한 소득’도 포함되는지 여부가 쟁점이 되었는데, 조세심판원은 개정전규정에서 농업회사법인의 감면대상소득으로 ‘농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득’을 규정하고 있을 뿐, 그 매입처에 대한 요건을 별도로 규정하고 있지 아니하므로 농민으로부터 매입한 상품을 판매하여 얻은 소득만이 조특법 제68조에 따른 감면 적용 대상으로 해석하는 것은 조세법률주의에 어긋난다고 판단하였다.
그렇다면 이 사건에서도 2024.2.29. 개정으로 쟁점단서규정이 신설되기 전까지는, 수입농산물이 제외된다는 내용을 별도로 규정하고 있지 아니하였으므로, 수입농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매에서 발생한 소득 역시 특례 대상 소득에 포함된다고 해석함이 타당하다.
(라) 위에서 본 바와 같이, 쟁점단서규정이 창설적 규정임에도 이미 납세의무가 성립한 종합소득세 2021.2022년 귀속분에 대하여 적용한다면, 소급과세금지원칙에 위배되는 위법한 처분이 된다.
2023년 세법개정 후속 시행령 개정안에서 개정이유가 종래의 ‘합리화’에서 ‘명확화’로 바뀌었지만, 시행령 입법자료에서 단어 하나가 바뀌었다고 하여 확인적 규정이라고 인정하는 것은 부당하다. 만약 이를 적법하다고 본다면, 기존에 입법의 미비로 과세가 이루어지지 않고 있다고 판단되는 경우에 시행령 개정안에서 ‘명확화’라는 표현을 사용하면서 소급과세를 시도하는 위법행위를 야기할 위험이 크다. 입법의 미비를 입법자가 법령의 개정을 통해 해결했더라도 개정법은 소급과세금지원칙에 따라 소급적용될 수 없으며, 입법자가 아닌 과세관청이 조세법령 소급과세금지원칙에 위배되는 무리한 해석을 통해 소급과세를 시도할 수는 없는 것이다.
(2) 설령, 쟁점단서규정이 확인적 규정이더라도, 쟁점단서규정 신설 이전까지는 수입농산물의 유통ㆍ판매소득에 대해 법인세 감면 특례 및 배당소득 분리과세 특례를 적용하는 국세행정의 관행이 성립되어 있었으므로, 이를 위반한 이 사건 처분은 위법하다.
(가) 쟁점단서규정 신설 이전인 2023.5.22.자 및 2023.7.30.자 기사를 살펴보면, 그 이전에는 비과세관행이 성립하여 있었음을 알 수 있다.
＜OOO2023.5.22.자 기사 발췌＞
＜OOO2023.7.30.자 기사 발췌＞
(나) 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득을 법인세 감면 및 배당소득 분리과세 특례의 대상으로 최초 규정한 것은 2008.2.22.이었다. 최초로 수입농산물을 유통ㆍ판매하는 농업회사법인에게 위 특례들을 적용 배제하고 과세가 이루어진 시점은 조심 2022구1942, 2022.8.2. 결정례의 과세처분 시점인 2021.11.9.인 것으로 보이고, 앞서 살펴본 기사들에 따르면 2023년 7월에 세법 개정안이 발표되는 시점까지도 대부분의 농업회사법인에 대해서는 과세가 이루어지지는 않은 것으로 보인다. 그렇다면 13년 내지 15년의 기간 동안 과세관청은 수입농산물을 대상 소득에서 제외하고 과세를 할 수 있음에도 과세하지 않다가 이 사건 처분이 이루어진 2024.12.23.에 이르러서야 비로소 과세한 것이다. 따라서, 쟁점단서규정의 신설 이전까지는 수입농산물을 유통ㆍ판매하는 농업회사법인에 대한 비과세관행이 성립되어 있었다고 봄이 타당하다.
(3) 신설된 쟁점단서규정은 본문이 농산물의 유통, 가공 및 판매 3가지 단계를 규정하고 있음에도 이 중 ‘유통ㆍ판매’와 ‘가공’을 구별하여 수입농산물의 ‘유통ㆍ판매’만을 추려내어 특례 적용 배제 대상으로 규정하고 있다. 만약, 쟁점단서규정이 확인적 규정이라면 당연히 수입농산물의 유통ㆍ판매는 물론 가공까지 특례 적용 대상에서 제외하였어야 하고, 달리 유통ㆍ판매와 가공을 달리 취급할 합리적 이유가 없다는 점을 고려하여 볼 때, 쟁점단서규정은 단순히 기존의 본문에 명시된 ‘농산물’에서 ‘수입농산물’만을 제외한다는 점을 확인하는 규정이라 볼 수 없다.
나. 처분청 의견
개정전규정의 소득에 수입농산물의 유통ㆍ판매에서 발생하는 소득은 포함되지 아니하므로, 쟁점농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 중 수입농산물 유통ㆍ판매소득의 배당으로 발생한 배당소득은 종합소득에 합산하여 과세함이 타당하다.
(1) 조특법 제68조 농업회사법인에 대한 법인세 감면규정의 신설.개정 이력 및 취지를 살펴보면, 1989.12.30. 농어업생산성의 향상을 위하여 위탁영농회사에 대한 법인세 감면제도가 신설되었고, 이후 1995.12.29. 기업적 농업경영을 통하여 농업생산성 향상과 더불어 생산된 농산물을 유통ㆍ가공ㆍ판매함으로써 농업의 부가가치를 높이기 위하여 농업회사법인에 대한 법인세의 면제(감면)를 적용하는 것으로 개정되었다.
조특법 제68조 제4항의 농업회사법인의 배당소득 과세특례 규정과 관련하여, 2011.12.31. 농업회사법인에 출자한 거주자의 분리과세 배당소득 대상을 법인세 감면 대상 소득과 일치시켜, 농업회사법인에 대한 법인세 과세특례 체계와 일치시킴으로써 분리과세 배당소득 과세특례를 명확히 하였다.
(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용하지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).
조특법 제68조의 규정은 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하여 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하며 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 하는 농어업경영체법의 취지에 따라 정책목적으로 농업회사 법인의 법인세 감면 및 분리과세 배당소득 과세특례를 적용하고 있는 것이므로, 조세감면 등에 관한 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세법률주의 및 조세공평의 원칙에 부합한다.
(3) 조특법 제68조 제4항 및 개정전규정은 ‘농어업경영체법 제19조 제1항에 따른 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득에서 발생한 배당소득’을 감면대상으로 규정하고 있고, 농어업경영체법 제1조는 경쟁력 있는 농어업경영체의 육성과 국민에게 안전한 농수산물의 안정적 공급을 법 취지로 규정하고 있으므로, 수입농산물을 유통함으로 인해 발생하는 소득은 해당 감면소득에 포함하지 않는 것으로 봄이 타당하다.
(4) 또한, 「농업.농촌 및 식품산업 기본법」에서 감면대상이 되는 농산물은 “농업활동으로부터 생산되는 산물”이라고 정의하고 있으므로 본 정의와 입법취지를 토대로 판단해 보면 수입농산물은 제외된다고 보는 것이 타당하며, ‘농산물’ 또는 ‘유통업’에 수입농산물과 수입유통업까지 포함시킨다면 단순히 농산물을 수입하여 판매하는 소득에서 발생한 배당소득에 대해서도 소득세 과세특례(14% 분리과세)를 적용하는 부당한 결과를 초래할 것이다.
1. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점단서규정 신설 전 수입농산물의 유통ㆍ판매에서 발생한 소득에 의한 배당소득을 「조세특례제한법」 제68조 제4항에 따른 분리과세 배당소득 특례 적용 대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
가. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
나. 사실관계 및 판단
(1) 청구인들과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다.
(가) 쟁점농업회사법인은 2014년 1월 농어업경영체법 제19조 제1항에 따라 농산물 유통을 목적으로 설립된 농업회사법인으로 국산 및 수입 농산물을 국내에 유통하고 있다.
(나) 쟁점농업회사법인의 2020∼2022년 매출액, 순이익 비율 및 주주별 지분율 등의 내역은 아래 ＜표2＞, ＜표3＞ 및 ＜표4＞와 같다.
＜표2＞ 쟁점농업회사법인의 국산 및 수입농산물 매출액
(단위 : 백만원, %)
＜표3＞ 쟁점농업회사법인의 국산 및 수입농산물 손익비율
(단위 : %)
＜표4＞ 쟁점농업회사법인의 주주 지분율
(단위 : %)
(다) 청구인들이 2021∼2022년 기간 동안 쟁점농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득은 아래 ＜표5＞와 같고, 청구인들은 이를 종합소득과세표준에 합산하지 아니하고 모두 분리과세를 적용하여 종합소득세를 신고하였다.
＜표5＞ 청구인들의 배당소득 금액
(단위 : 원)
(라) 처분청은 위 배당소득 중 수입농산물의 유통ㆍ판매에서 발생한 소득에 의한 배당소득은 분리과세 적용 대상이 아닌 종합소득 합산과세 대상에 해당한다 하여 아래 ＜표6＞과 같이 종합소득세 소득금액을 경정하였다.
＜표6＞ 청구인들의 종합소득 합산과세 소득금액 경정 내역
(단위 : 원, %)
(마) 농업회사법인에 대한 조세 감면 특례 규정의 주요 연혁은 아래 ＜표7＞과 같다.
개정 시기
법령
규정
1989.12.30.
조세감면규제법 §40의7
① 영농용역을 공급하기 위하여 설립한 법인으로서 대통령령이 정하는 위탁영농회사에 대하여는 제15조 제1항의 규정에 준하여 농업경영 및 농작업의 대행사업에서 발생한 소득에 대한 법인세를 감면한다. ＜신설＞
1995.12.29.
조세감면규제법 §53
1 농어촌발전특별조치법에 의한 농업회사법인에 대하여는 농지소득에 대한 법인세를 면제하고 농지소득외의 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면(50%)한다.
2006.12.30.
조특법 §68
1 「농업·농촌기본법」에 따른 농업회사법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다.
④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대하여는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조 제2항의 규정에 따른 종합소득과세표준계산의 경우 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 따른다. ＜신설＞
2007.2.28.
조특법
시행령 §65
1 제65조 (농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ① 법 제68조 제1항에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 「농업ㆍ농촌기본법 시행령」 제21조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득을 말한다.
2008.2.22.
조특법
시행령 §65
(소득 범위 확대)
제65조 (농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ① 법 제68조제1항에서 "대통령령이 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득을 말한다.
1.「농업ㆍ농촌기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득
2.「농업ㆍ농촌기본법 시행령」 제21조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득
3.농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득
2024.2.29.
조특법
시행령 §65
(수입 농산물 유통ㆍ판매 소득 제외)
② 법 제68조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.
3.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따른 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득. 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.
＜표7＞ 농업회사법인에 대한 조세 감면 특례 규정의 주요 연혁
(바) 농업회사법인(구 위탁영농회사)에 대한 세제 감면 규정이 신설된 1989.12.30. 구 「조세감면규제법」의 개정이유(법제처 국가법령정보센터 참조)는 아래와 같다.
… 중략 …, 농업생산성향상을 위하여 설립되는 영농조합법인·위탁영농회사에 대한 법인세 등을 감면하며, … 이하 생략
＜1989.12.30.자 구 「조세감면규제법」 개정이유＞
(사) 기획재정부는 쟁점단서규정의 신설에 대하여 두 차례 보도자료를 발표하였는데, 개정이유에 2023.7.27. ‘2023년 세법개정안 상세본’ 발표 시에는 ‘감면대상 소득 합리화’로, 2024.1.23. ‘2023년 세법개정 후속 시행령 개정안’을 발표 시에는 ‘감면 등 대상 소득 명확화’로 기재하였다.
2023년 세법개정안 상세본(2023.7.27.)
2023년 세법개정 후속 시행령 개정안(2024.1.23.)
＜표8＞ 기획재정부의 쟁점단서규정에 대한 개정이유 발표 내용
(아) 쟁점단서규정이 신설된 개정후조특령에 대한 개정이유(법제처 국가법령정보센터 참조)는 아래와 같다.
＜개정후조특령에 대한 개정이유＞
(자) 농업회사법인의 근거가 되는 농어업경영체법 및 「농어촌.농촌 및 식품산업 기본법」의 각 제정이유(법제처 국가법령정보센터 참조)는 아래와 같다.
◇제정이유
자유무역협정 등 경제개방의 확대와 농어업인 고령화 등에 대응하여 농어업, 농어촌의 지속적인 발전과 농어업 경영주체의 경쟁력 강화를 위하여 농어업경영체인 농어업인, 영농·영어조합법인 및 농어업회사법인에 대한 농어업경영정보의 등록, 소득안정 직접지불제의 도입 등 맞춤형 지원 기반을 마련하고, 농어업 후계인력을 양성하며, 농어업 경영의 규모화 및 농어업법인의 설립을 지원하는 한편, 농어업회계기준 마련 및 선도적 농어업 경영모델의 확산 등 농어업의 경영혁신 기반을 구축하려는 것임
＜농어업경영체법 제정이유(2009.4.1.)＞
◇제정이유
개방·경쟁시대에 대응하여 우리 농업의 경쟁력을 높이고 공익적 기능을 강화하여 농업을 국민식량의 안정적 공급과 국토환경보전등에 이바지하는 국가기간산업으로 발전시켜며, 농업인을 다른 산업종사자와 균형된 소득을 실현하는 경제주체로 성장시켜 나가는 한편, 농촌을 고유한 전통과 문화를 보존하는 풍요롭고 쾌적한 산업·생활공간으로 발전시켜 나가기 위하여 필요한 농업·농촌정책의 기본적인 방향을 설정함으로써 모든 농업·농촌관계법의 기본이 되도록 함과 아울러 이 법과 중복이 되거나 실효성이 없는 농업·농촌관계법률을 정비하려는 것임
＜「농어촌.농촌 및 식품산업 기본법」 제정이유(1999.2.5.)＞
(1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 개정전규정에 의하여 수입산 농산물의 유통ㆍ판매로 인한 배당소득을 종합소득 합산 과세 대상으로 볼 수 없고, 설령 종합소득 합산 과세 대상에 해당한다 하더라도 분리과세 대상으로 과세해 온 관행이 성립되어 있어 종합소득에 합산하여 과세한 이 사건 처분이 위법하다고 주장하나,
개정전규정에서는 감면 대상 소득으로 ‘농어업경영체법 제19조 제1항에 따른 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득’을 규정하고 있고, 농어업경영체법 제19조 제1항 및 제2항에서는 농업회사법인을 설립할 수 있는 자로 ‘농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자 등으로서 농업인과 농업생산자단체’를 규정하고 있는바, 농업회사법인의 설립 주체가 농업에 종사하는 자, 즉 농작물재배업에 종사하는 자 또는 단체로 한정하고 있는 점을 고려하면, 농업회사법인은 실질적으로 국내 농산물 생산과 연계된 사업을 전제로 한 법인으로 해석하는 것이 타당한 점, 농업회사법인의 설립 근거가 되는 농어업경영체법 및 「농어촌.농촌 및 식품산업 기본법」의 제정이유에서도 그 제정취지가 ‘우리 농업의 경쟁력.생산성 강화’가 그 주요 이유로 확인되는바, 수입농산물의 유통ㆍ판매에 세제 혜택을 부여하는 것은 우리 농업의 경쟁력.생산성 강화와 관련이 없는 것으로 보이므로, 수입농산물의 유통ㆍ판매에 따른 소득은 개정전규정에 따른 감면 대상에 해당하지 않는 것으로 보이는 점, 쟁점단서규정에 대하여, 최종 세법개정안 상세본에서 개정이유를 ‘감면 등 대상 소득 명확화’로, 법제처 국가법령정보센터의 개정이유에서도 ‘수입 농산물을 단순 유통ㆍ판매하는 소득은 제외됨을 명확히 함’으로 명시되어 있는 점에서 쟁점단서규정은 위와 같은 개정전규정의 해석을 명확히 한 것으로 보이는 점, 수입농산물의 유통ㆍ판매에 의한 배당소득에 대한 분리과세 관행이 성립하기 위해서는 상당한 기간에 걸쳐 분리과세 되어 온 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 종합합산으로 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 할 것이나, 과세관청이 수입농산물의 유통ㆍ판매에 의한 배당소득을 종합합산 과세 대상으로 본다는 의사표시를 한 사실은 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2022구1942, 2022.8.2., 참조).
1. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 국세기본법
제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(1) 조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것)
제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2023년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2023년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 개정되기 전의 것)
제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ② 법 제68조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.
3.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조 제1항에 따른 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득
③ 법 제68조 제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 제2항 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다) 및 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득을 말한다.
(1) 조세특례제한법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 개정된 것)
제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ② 법 제68조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.
3.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조 제1항에 따른 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득. 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.
③ 법 제68조 제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 제2항 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다) 및 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득을 말한다.
부 칙＜제34263호, 2024.2.29.＞
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 및 각 호 생략)
(2) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률
제1조(목적) 이 법은 경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “농업인”이란 「농업.농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제2호에 따른 농업인을 말한다.
제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.
2 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인과 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.
(3) 농업.농촌 및 식품산업 기본법(2024.10.22. 법률 제20503호로 개정되기 전의 것)
제1조(목적) 이 법은 국민의 경제, 사회, 문화의 기반인 농업과 농촌의 지속가능한 발전을 도모하고, 국민에게 안전한 농산물과 품질 좋은 식품을 안정적으로 공급하며, 농업인의 소득과 삶의 질을 높이기 위하여 농업, 농촌 및 식품산업이 나아갈 방향과 국가의 정책 방향에 관한 기본적인 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다름과 같다.
1.“농업”이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
2.“농업인”이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.
4.“생산자단체”란 농업 생산력의 증진과 농업인의 권익보호를 위한 농업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다.
6.“농수산물”이란 다음 각 목의 것을 말한다.
가.농산물: 농업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것
제28조(농업 관련 조합법인 및 회사법인의 육성) 국가와 지방자치단체는 농업의 생산성 향상과 농산물의 출하·유통·가공·판매·수출 등의 효율화를 위하여 협업적 또는 기업적 농업경영을 수행하는 영농조합법인(營農組合法人) 및 농업회사법인(農業會社法人)의 육성에 필요한 정책을 수립·시행하여야 한다.
(4) 농촌.농촌 및 식품산업 기본법 시행령
제2조(농업의 범위) 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.
1.농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 사료작물 재배업, 풋거름작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)
2.축산업: (본문 생략)
3.임업: (본문 생략)
제4조(생산자단체의 범위) 법 제3조 제4호에서 “대통령령으로 정하는 단체”란 다음 각 호의 단체를 말한다.
1.「농업협동조합법」에 따른 조합 및 그 중앙회
2.「산림조합법」에 따른 산림조합 및 그 중앙회
3.「연엽초생산협동조합법」에 따른 엽연초생산협동조합 및 그 중앙회
4.삭제 ＜2015.12.22.＞
5.농산물을 공동으로 생산하거나 농산물을 생산하여 공동으로 판매ㆍ가공 또는 수출하기 위하여 농업인 5명 이상이 모여 결성한 법인격이 있는 전문생산자 조직으로서 농림축산식품부장관이 정하는 요건을 갖춘 단체
제5조(농수산물의 범위) ① 법 제3조 제6호 가목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제2조의 농업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.
(5) 소득세법
제14조(과세표준의 계산) ② 종합소득에 대한 과세표준(이하 “종합소득과세표준”이라 한다)은 제16조, 제17조, 제19조, 제20조, 제20조의3, 제21조, 제24조부터 제26조까지, 제27조부터 제29조까지, 제31조부터 제35조까지, 제37조, 제39조, 제41조부터 제46조까지, 제46조의2, 제47조 및 제47조의2에 따라 계산한 이자소득금액, 배당소득금액, 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액 및 기타소득금액의 합계액(이하 “종합소득금액”이라 한다)에서 제50조, 제51조, 제51조의3, 제51조의4 및 제52조에 따른 공제(이하 “종합소득공제”라 한다)를 적용한 금액으로 한다.
③ 다음 각 호에 따른 소득의 금액은 종합소득과세표준을 계산할 때 합산하지 아니한다.
5. 「조세특례제한법」에 따라 분리과세되는 소득