이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021년 4월 개업하여 화장품 소매(전자상거래)업을 영위하였던 법인으로 2022년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 동안 B(상호는 C, 이하 “C”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 2매를, 주식회사 A(이하 “A”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 2매를, D[상호는 E 으로, 이하 “E”이라 하고, C, A와 합하여 “쟁점거래처”라 한다]로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서 1매(이하 위 세금계산서 5매를 합하여 “쟁점세금계산서”라 하고, 해당 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취한 후 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.

나. 동안양세무서장은 C에 대한 자료상 조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점과세기간 동안 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 수취한 혐의가 있어 처분청에게 자료를 파생하였고, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2024.12.6. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO원(2022년 제1기분 OOO원, 2022년 제2기분 OOO원이고, 부정과소신고가산세 및 2%의 세금계산서불성실가산세가 적용되었다)을 각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래는 정상적인 매입으로 가공매입에 해당하지 않는다.

(가) 매출에는 문제가 없는데, 매입은 가공이라는 논리는 성립되지도 않고 사실관계에도 부합하지 않는다. 처분청은 청구법인이 신고한 부가가치세 매출액은 문제가 없다고 보았으나, 매출은 매입이 있어야만 가능하다. 매입은 가공이고 매출은 정상이라는 처분청의 조사내용은 자체에 명백하고 심각한 모순이 있어 적법한 조사라고 할 수 없다.

(나) 처분청은 가공매입이라는 조사결과를 제시하거나 설명한 바 없다. 청구법인은 처분청의 요구에 따라 장부와 거래증빙을 제출하였는바, 처분청은 쟁점거래를 가공으로 결정하면서 설명이나 확인서, 문답서를 요구한 바도 없이 결정내용만을 통보하였다. 청구법인은 결정내용의 가산세 부분을 통해 위장이나 가공매입 적용사실을 추론하였을 뿐 처분청이 무엇을 근거로 쟁점거래를 가공거래로 확정하였는지 알지 못한다. 이는 「국세기본법」 제16조(근거과세)와 같은 법 제81조의12(세무조사의 결과 통지)의 규정을 구체적으로 위반한 것으로 심각한 절차상 하자에 해당하여 그에 따른 과세처분은 위법하다.

(다) 청구법인은 정상적으로 상품을 매입하여 매출하였다. 청구법인의 매입.매출장에는 청구법인이 2022사업연도 중 OOO원의 상품을 매입하여 F, G, H를 통하여 OOO원의 매출을 한 것으로 기재되어 있고, 이는 청구법인이 신고한 매출내용과 동일하다. 이러한 매출.매입에 대하여 처분청은 청구법인의 매출에는 문제가 없다고 결정하였고, 매입.매출장과 관련 전표, 보통예금 원장 등을 통하여 청구법인이 정상적으로 상품을 구입하여 매출하였음이 확인되며, 쟁점거래가 가공매입일 경우 이러한 매출.매입은 발생할 수 없다.

(라) 청구법인은 금융기관 등을 통해 정상적으로 매입에 대한 대가를 지급하였다. 청구법인의 외상매입금 원장, 보통예금 계정별 원장 등을 보면 청구법인은 보통예금 계좌를 이용하여 쟁점거래처 등으로부터 구입한 상품의 대금을 매입처에 정상적으로 지급하였음을 확인할 수 있다. 만일 쟁점거래가 가공거래였다면, 거래대금의 현금처리 또는 반환이 있거나, 물품발송 후 G톡 확인 등이 없었을 것이나 이 사건에서는 이와 같은 가공거래 혐의 내용 자체가 없었다.

(마) 청구법인은 매입한 상품을 2022년 인터넷 전자상거래로 판매하였다. 청구법인은 2022년 매출수수료로 F에 OOO원을, H에 OOO원을 지급하였고, 해당 상품은 I을 통하여 배송되었으며, 청구법인은 2022년 배송비용으로 I에 대한 OOO원의 지출을 하였다. 처분청도 청구법인의 매출에 대하여는 세무상 문제가 없고 신고내용 또한 정상인 것으로 보아 어떠한 경정도 하지 않았다.

(2) 처분청은 쟁점거래를 가공거래가 아닌 실물거래가 있는 것으로 보아 세금계산서 관련 가산세를 적용하였다.

(가) 처분청은 명백히 근거과세 원칙을 위반하였다.

처분청은 부정과소신고가산세를 적용하였으나, 부정과소신고가산세를 적용할 근거가 없다. 부정과소신고가산세를 적용하기 위해서는 처분청의 세무조사 결과통지서나 청구법인의 확인서 등에 의하여 청구법인이 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 구체적인 행위를 하였다는 사실이 확인되어야만 하나, 처분청의 세무조사 결과통지서 어디에도 청구법인이 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 하였다는 내용은 없다. 더구나 청구법인은 매입자로서 세금계산서를 수취하는 소극적 위치에 있었다. 세금계산서는 발행.교부 또는 전송되어야 수취가 되는 것이다. 그러므로 매입자가 적극적인 부정행위를 하였음이 입증되지 않는 이 사건 부정과소신고가산세는 그 과세근거가 없어 부당하고 근거과세 원칙에 위배된다.

또한, 청구법인은 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 구체적인 행위를 한 사실도 없고, 처분청의 조사공무원은 청구법인이 해당 행위를 하였다는 확인서를 징취한 바도 없으며, 요구한 바도 없다. 부정과소신고가산세의 세율은 40%로, 일반과소신고가산세의 세율 10%에 비하여 보다 더 엄격하게 적용되어야 하고, 해당 가산세를 적용하는 경우 적용근거에 대한 입증책임은 처분청에게 있다. 처분청은 아무런 증빙이나 근거없이 청구법인이 “위장가공세금계산서를 수취”하였다고 결정하였는바, 이는 적용근거도 없고, 증빙도 없으며, 관련 법령에도 부합하지 않는 위법한 조사내용이다.

(나) 가산세 적용 오류와 적용 내용의 상호모순이 존재한다.

1) 세금계산서불성실가산세 적용에서 처분청은 청구법인이 실제로 상품을 매입하였다(가공거래가 아니다)는 것을 인정하고 있다. 처분청은 이 건 세금계산서불성실가산세의 세율로 3%가 아닌 2%를 적용하였는바, 이는 쟁점거래가 청구법인이 재화를 공급받고 위장자료를 받는 등의 경우에 해당한다고 결정한 것이다.

이는 처분청도 청구법인이 재화를 공급받았다는 사실을 인정하고 있는 것이다. 그렇다면 쟁점거래가 가공거래 등의 부정행위에 해당하지 않는다는 의미가 되고, 처분청이 적용한 부정과소신고가산세가 잘못된 것이라는 결론에 이르게 된다. 즉, 처분청이 가공거래가 아닌 쟁점거래에 대해 부정과소신고가산세를 잘못 적용하였다는 사실을 인정하고 있는 것이다.

2) 그리고 청구법인이 위장거래를 한 사실도 없지만, 처분청은 위장거래를 이유로 2%의 세금계산서불성실가산세 세율을 적용하면서 실거래처가 어딘지 확인하거나 질문한 사실도 없다. 처분청은 세금계산서불성실가산세 세율 2%를 적용하기 위해서 적어도 실거래처가 어딘지에 대하여 질문하거나 확인하였어야 하나, 조사 중에 이와 관련한 어떠한 질문도 없이 과세한 것인바, 이는 명백히 근거과세 원칙을 위반한 것이다.

3) 하나의 거래에 대하여 세금계산서불성실가산세의 경우 실물거래가 있는 위장거래 보아 2%의 세율을 적용하고, 신고불성실가산세의 경우 사기 기타 부정한 행위로서 가공거래로 보아 40%의 세율을 적용하는 것은 일관성이 없는 모순된 것이다. 쟁점거래가 가공거래라면 세금계산서불성실가산세의 경우 3%의 세율을 적용하여야 하고, 위장거래라면 부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다. 물론, 청구법인은 위장거래를 한 바 없고, 가공거래 역시 한 사실이 없다.

4) 처분청은 쟁점거래 중 2022.5.30.자 거래금액 전체(OOO원)에 대하여 세금계산서지연수취가산세를 적용하였다. 세금계산서지연수취가산세는 거래사실은 인정하는데 세금계산서를 실제 거래일 이후에 수취한 사실에 대하여 가산세를 적용하면서 매입세액 공제를 적용하는 것이다. 해당 거래의 실거래일은 거래명세서상 거래일로 2022.4.11.(OOO원) 및 2022.4.16.(OOO원)이나, 청구법인은 2022.5.30. 발행한 세금계산서를 수취하여 신고한 것이다.

그렇다면 해당 거래는 「부가가치세법 시행령」 제75조 제3호(재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우)에 해당하는 거래이며, 이 경우 세금계산서지연수취가산세를 적용하면서, 매입세액 공제도 적용하여야 한다.

(3) 청구법인의 실무자 또는 대표와 거래상대방(매출처)의 실무자 등은 쟁점거래 관련 상품의 발송, 상품의 적재 및 반출과 입고 등을 G톡 등에 남겨놓았다. 이와 같은 내용을 확인해 보면 쟁점거래를 가공거래로 결정할 수는 없다.

(4) 처분청은 쟁점거래를 가공거래라고 하면서도 법인의 소득금액 계산에 있어 원가인정을 하였고, 법인세 관련 소득금액을 경정하지 않았으며, 상여로 소득처분하지 않았다. 이는 쟁점거래를 정상적인 매입거래라고 본 것이다.

(5) 부정과소신고가산세는 세율이 40%로, 이는 보다 엄격하고 확실하게 조사를 하고 상대방에게 확인을 한 이후에 적용하여야 한다. 그러나 처분청은 쟁점거래의 가공거래 해당 여부, 부정행위 여부 및 위장거래처 여부 등에 대하여 청구법인에게 해명 및 항변기회를 주지 아니하였는바, 이는 중대한 절차상 위법에 해당하는 것이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다(서울고등법원 2020.9.18. 선고 2019누44080 판결, 같은 뜻임).

납세자가 사기 기타 부정한 행위를 한 것으로 보아 과세처분을 하는 경우라면, 처분청은 더 엄격하게 그 입증책임을 지고 과세하는 이유와 증거자료, 구체적 사유를 제시하고 과세를 하여야 할 것이다. 그러나 이 사건 부정과소신고가산세를 적용함에 있어 처분청은 어떠한 증빙, 근거, 입증서류, 관련 법령 및 적용사유를 제시한 바 없다.

(6) 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 매입세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하였으나, 청구법인은 A 법인의 등기이사(직전 대표이사)인 J과 거래한 것으로 거래상대방에 법률적 문제가 없고, C(B) 및 E(D)은 각각 처분청이 실사업자라고 주장하는 J의 친 여동생 및 배우자로 청구법인은 두 매입처가 명의위장 사업자라고 볼 여지가 없었으며, 청구법인은 상품을 매입하고 세금계산서를 수취하는 소극적 위치에 있었던바, 청구법인을 선의의 매입자로 보지 않고 매입세액을 불공제하여 이루어진 이 건 과세처분은 위법하다.

(7) 청구법인의 항변내용은 ＜별지1＞과 같다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 쟁점거래를 위장거래로 본 것은 정당하다.

청구법인은 ‘매출에는 문제가 없는데 매입은 가공이라는 논리는 성립되지도 않고 사실관계도 부합하지 않는다’는 주장을 하고 있으나, 쟁점거래의 형태를 보면 청구법인이 중국인 무자료 매출업자를 통해 면세점에서 구매한 화장품을 자료상 업체를 통해 불법적인 방법으로 매입하여 국내에 유통하고 있음이 동안양세무서장의 C에 대한 세무조사 결과, A의 금융거래 내역, 송파세무서장의 주식회사 K에 대한 세무조사 결과 및 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 결과로 확인되었다.

청구법인의 주요 거래처 중 하나인 C에 대한 동안양세무서장의 조사 내용을 보면 실 대표 J은 중국인 무자료 매출업자 등을 통해 면세점에서 화장품을 실제 구매하여 공급한 것을 알 수 있고, 해당 화장품은 청구법인에게 공급되었다. C는 화장품 구입 시 세금계산서 발급 대상이 될 수 없음을 알고 있어 세금계산서를 미수취하였으나, 청구법인에게는 정상거래로 위장하여 매출세금계산서를 발행하면서 부가가치세는 체납하는 등 자료상 폭탄업체의 전형적인 거래 형태를 보이는바, 동안양세무서장은 해당 거래를 가공거래로 확정하였고 C는 조사내용에 불복하지 않았다.

자료상 업체인 C와 A는 면세 화장품 구입자금의 일부를 청구법인으로부터 제공받았으며, C와 A 등은 실제 사업자로서 물품을 구매한 것이 아닌 면세품 구입을 위한 현금 출금의 창구역할만 했을 뿐이고, 자력으로 화장품을 직접 구매하거나 공급할 능력이 없었으며, C는 세금계산서상 공급대가를 청구법인으로부터 입금받은 뒤 즉시 대표자의 모친 M가 운영하는 주식회사 K에게 이체하거나 B 및 J의 개인 계좌로 이체하는 등 현금 출금을 위한 순환 금융거래 과정에서 세금계산서를 일부 발급한 것이 확인되는 점, 특히 C와 A는 면세 화장품 구입으로 고액 체납이 발생하는 불이익이 있으나, 청구법인은 자료상 업체를 통해 시중보다 저가의 화장품을 공급받으면서도 매입세액 공제도 받을 수 있는 등 면세 화장품 거래를 통해 최종적으로 이익을 얻을 수 있는 점, 따라서 청구법인의 대표자 L는 매입세액 공제를 받기 위한 목적으로 모친 M와 함께 쟁점거래처의 실 대표자인 J과 통정하여 도관업체를 세워 불법적으로 면세품을 거래하였고, 쟁점거래에 대한 거래대금 또한 청구법인의 자금으로 실제 구입이 이루어진 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점거래를 가공거래로 본 것은 정당하다.

한편, 대전지방국세청장의 E의 2021년~2022년 부가가치세에 대한 자료상 조사 결과를 보면 대전지방국세청장은 E이 청구법인에 매출한 거래 전부를 가공거래로 확정하였는바, 이는 E의 실행위자 J이 E에서 청구법인으로 발행한 세금계산서상 공급대가를 E(D)의 계좌로 입금받은 뒤 매출대금 전액을 다음날 C(B) 계좌로 이체하고, J 개인 계좌로 재이체하거나 현금자동지급기에서 현금으로 출금한 내역 등이 확인되고, E(D)은 E에서 화장품을 판매한 적이 없다고 주장하였기 때문이다.

(2) 처분청의 부정과소신고가산세 적용은 정당하다.

청구법인은 처분청이 2%의 세금계산서미발급등가산세를 적용하였으므로 쟁점거래가 가공거래가 아니라고 인정한 것이고, 그러한 이상 부정과소신고가산세 적용은 부당하다고 주장하나, C는 세금계산서상 공급대가를 청구법인으로부터 입금받은 뒤 즉시 청구법인의 대표자의 모친인 M가 운영하는 주식회사 K에게 이체하거나 B 및 J의 개인 계좌로 이체하는 등 현금 출금을 위한 순환 금융거래 과정에서 세금계산서를 일부 발급한 것이 확인되고, M는 J이 현금을 필요로 하면 M, L, 박진일의 개인계좌로 입금받아 현금으로 출금하여 찾아 주었다고 진술하였다.

이와 같은 사정들을 볼 때 청구법인은 C 등이 청구법인의 면세품 매입을 위한 현금출금의 창구역할만을 한다는 것을 알면서도 C 등으로부터 사실과 다른 매입세금계산서를 받아 매입세액 공제를 받은 것이므로 청구법인의 위장세금계산서 수취 행위는 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제2호의 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위에 해당한다.

(3) 2%의 세금계산서미발급등가산세는 정당하며 세금계산서지연수취가산세는 청구법인이 신고한 것이다.

처분청은 청구법인이 C 등으로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 것은 확인했지만 실물의 매입의 전혀 없었는지를 입증하지 못하여 위장자료를 받는 경우에 해당하는 2%의 가산세를 적용하였다.

그리고 2022년 제1기 세금계산서지연수취가산세 OOO원은 청구법인이 당초 자진하여 신고한 것으로, 조사내용과는 직접 관련이 없으나, 청구법인은 A로부터 2022.5.10.까지 수취해야 하는 OOO원의 세금계산서(2022.4.11. OOO원, 2022.4.16. OOO원)를 2022.5.30.에 지연수취하여 0.5%의 세금계산서지연수취가산세를 신고한 것으로 확인되었고, 처분청은 조사 시 OOO원에 대한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제를 하였으므로 가산세 OOO원의 감액경정을 하였어야 하나, 그러하지 아니하였으므로 이는 직권경정할 예정이다.

(4) 청구법인의 항변내용에 대한 처분청의 추가답변은 아래와 같다.

(가) 처분청은 청구법인과 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취한 거래에 대하여 가공거래로 결정한 후 다시 위장거래로 보는 모순된 판단을 한 것이 아니라 답변서 제출 시 단어 선택의 착오가 있었을 뿐 일관되게 위장거래로 판단하여 가산세를 적용하였다.

(나) 처분청은 명의위장 사업자와 거래하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 것이 아니라, 청구법인이 쟁점거래처에 대금을 지급한 후 해당 금원이 J에게 이체되어 현금 인출되거나 청구법인의 대표자 및 가족에게 반환되어 현금 인출되는 등 금융거래가 조작된 정황에 의하여 사실과 다른 세금계산서로 보았고, 이러한 사실을 조사기간에 청구법인에 설명하였다(처분청은 조사를 착수하면서 김포공항에 소재한 카페에서 청구법인의 대표자 및 세무사 등을 만나 쟁점거래처로 지급한 대금이 J의 계좌로 이체된 후 현금 출금되거나, 청구법인의 대표자 및 가족들의 계좌로 이체되어 현금 출금된 사실이 있음을 설명하며 가공 매입세금계산서를 수취한 정황이 있어 청구법인을 조사대상자로 선정하였다고 조사 사유를 설명하였으나, 청구법인은 쟁점거래처의 거래대금이 J 또는 청구법인 대표이사의 가족 계좌로 입금되어 현금 출금된 사유에 대해 증빙자료를 제출한 사실이 없다).

(다) 청구법인은 자신이 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 것이 부당하다고 주장하나, 아래 ＜표1＞ 등과 같이 청구법인과 그 관련인들은 금융거래 조작에 조직적이고 적극적으로 가담하였으므로 선의의 거래당사자임을 주장하는 것은 그 근거가 매우 빈약하다. 또한, 청구법인이 쟁점거래처의 법인등기 조회.인터넷 검색을 하였다거나 단순한 검수를 하였다고 하여 선량한 관리자로서 주의의무를 다하였다고 할 수 없다.

＜표1＞ A로 지급한 매입대금 금융거래 내역

○○○

(라) 청구법인은 처분청이 청구법인에게 소명기회의 부여 없이 근거과세 원칙을 위배하여 과세처분을 하였다고 주장하나, 처분청은 조사 착수 시 조사 선정의 사유와 소명할 내용에 대하여 요청한 바 있으며 이는 처분청이 교부한 ‘세무조사 준비할 사항’ 및 청구법인이 이메일 등을 통하여 자료를 제출한 사실에서 확인할 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

② 세금계산서지연수취가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 쟁점세금계산서 등 청구법인이 쟁점과세기간 동안 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서의 내역은 아래 ＜표2＞~＜표4＞와 같다.

＜표2＞ C부터 수취한 세금계산서 내역

○○○

＜표3＞ A로부터 수취한 세금계산서 내역

○○○

＜표4＞ E으로부터 수취한 세금계산서 내역

○○○

(나) 처분청은 2024.8.29.부터 2024.10.18.까지 청구법인에 대한 2022년 제1기 및 제2기 부가가치세 세목별 조사를 실시하였는바, 그 조사 내역은 아래와 같고, 처분청은 쟁점거래 외 청구법인의 쟁점과세기간 동안의 매입거래 및 매출거래는 정상거래로 보았다.

1) C와 관련하여, 처분청은 ‘동안양세무서의 조사종결보고서상 C의 명의자는 B이나 실제 사업을 운영한 사람은 B의 오빠인 J으로 나타나는 점’, 아래 ＜그림1＞과 같이 ‘C가 청구법인으로부터 세금계산서상 공급대가를 받은 후 해당 금액이 청구법인의 대표자 L, L의 모친 M, M가 대표자인 주식회사 K 등에게 다시 입금되거나 현금으로 출금된 기록’ 등을 확인하였고, ‘J은 중국인 무자료 판매상이 면세점에서 구매한 화장품을 국내에 불법으로 유통하면서 해당 거래에 대해 매출세금계산서를 발급할 수 없음에도 정상거래로 위장하여 고액의 세금계산서를 발급하였고, 청구법인 입장에서는 불법 면세 화장품을 시중보다 저가로 매입하면서 동시에 매입세액 공제를 받을 수 있는 점’에 비추어 청구법인이 C와 통정거래를 통해 매매한 것으로 보았으며, ‘C의 면세 화장품 구입자금의 원천은 청구법인이고, C는 청구법인의 면세품 불법 거래를 정상거래로 위장하기 위해 현금 출금의 창구역할만 하였을 뿐 자력으로 화장품을 구매하거나 공급할 능력이 없으며 매출대금을 입금받은 즉시 청구법인의 특수관계인에게 전액 이체하거나 자금순환 거래를 통해 다수의 계좌로 이체하여 현금출금을 함으로써 입금일에 맞춰 세금계산서를 발행한 내역이 확인되는 점’ 등에 비추어 C를 청구법인의 면세품 구매대행을 위한 단순 현금 출금 창구역할 및 도관업체로 보아 쟁점거래 중 C 관련 부분을 위장거래로 확정하였다.

＜그림1＞ 쟁점세금계산서 관련 금융거래 내역 : 조사종결(예정)보고서(처분청, 2024년 10월)

○○○

2) A와 관련하여, 처분청은 ‘검찰의 공소장상 J이 A의 실질적인 운영자로 나타나는 점’, ‘A가 청구법인으로부터 공급대가를 받은 후 일부 대금은 매입처 N 대리점주에게 지급되고, 주식회사 K 등에게 다시 입금되어 전액 현금으로 출금된 기록’ 등을 확인하였고, J이 특수관계인의 명의를 대여하여 면세 화장품 국내 유통 목적으로 C와 A의 사업자등록을 한 것으로 보았으며, A는 청구법인의 면세품 불법거래를 정상거래로 위장하기 위해 현금출금의 창구역할만 하였을 뿐 자력으로 화장품을 구매하거나 공급할 능력이 없다는 이유로 쟁점거래 중 A 관련 부분을 일부 위장거래로 확정하였다(N 화장품 매입건은 정상거래로 보았다).

3) E과 관련하여, 처분청은 대전지방국세청의 E에 대한 조사 결과, E(D)은 ‘화장품을 J에게 판매하면서 세금계산서 발급에 무지하여 J에게 공인인증서, 비밀번호 등을 알려주었고, E에서 화장품 판매를 한 적이 없다’고 주장하였고, J은 세무조사 과정에서 ‘J 본인 계좌를 사용할 수 없어 D의 계좌를 이용하였다’고 진술한 것으로 조사된 점, E의 전자세금계산서 발급 IP주소, 랜카드 및 CPU 고유번호 등이 C 및 A 등의 그것과 일치하는 점 등에 비추어 ‘J이 E(D) 명의 계좌를 이용하면서 E의 공인인증서 등으로 E의 매출세금계산서를 발급하였다’고 보아 쟁점거래 중 E 관련 부분을 가공거래로 확정하였다.

＜그림2＞ 쟁점세금계산서 관련 IP주소 등 내역 : 조사종결(예정)보고서(처분청, 2024년 10월)

○○○

(다) 처분청의 세무조사 결과통지서(조사과-3401, 2024.10.23.)상 ‘조사한 내용’에는 ‘2022년 제1기 및 제2기 부가가치세 세목별 조사에 따른 경정결정입니다’라고 기재되어 있고, ‘조사항목별 세부내역’은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 이 건 세무조사 결과통지서상 조사항목별 세부내역

○○○

(라) 이 건 납부고지서상 세액 산출근거 및 가산세 산출근거가 기재되어 있고, 가산세 산출근거의 가산세별 세부내역상 주요내용은 아래 ＜표6＞과 같으며, 처분청은 2022년 제1기 부가가치세 부과처분 시 OOO원에 대하여 세금계산서지연수취가산세(0.5%)를 적용하였다.

＜표6＞ 이 건 납부고지서상 가산세별 세부내역의 주요내용

○○○

(마) 청구법인은 처분청의 세무조사 개시 통지서, ‘세무조사 준비사항 안내’ 서류, 청구법인의 2022년 제1기 및 제2기 부가가치세 (예정 및 확정) 신고서, 수정신고서, 2022년 거래처 원장 및 계정별 원장, 매입매출장, 이체확인증, 2022사업연도 법인세 신고서 등을 제출하였는바, ‘세무조사 준비사항 안내’ 서류에는 준비할 사항으로 ‘2022년 제1기 및 제2기 세금계산서, 계약서 및 대금수수 내역 등 증빙자료, 2022년 청구법인의 법인계좌 등 내역, 매입.매출장, 계정별 원장’ 등이 기재되어 있다.

(바) 청구법인은 E, A와의 거래가 정상거래라는 증빙으로 확정서 및 G톡 대화내용 등을 제출하였는바, 그 내역은 아래와 같다.

1) 확정서상 ‘전라남도 순천시’, ‘O’, ‘출고일 6/28/22’, ‘OOO’ 등의 내용이 나타나고, 2022.6.28.자 G톡 대화대용에는 ‘OOO’라는 파일이 첨부된 것으로 나타난다.

2) 다른 확정서상, ‘출고일 2022-04-11’, ‘OOO’, ‘OOO’ 등의 내용이 나타나고, 2022.4.11.자 G톡 대화내용에는 ‘오늘 입고된 OOO개, OOO개 입고받았습니다’, ‘기사번호’ 등의 내용이 나타난다.

(사) A의 법인 등기사항전부증명서상 J은 2022.1.18.~2023.6.27.(대표이사 : 2023.3.20.~2023.6.27.), 2023.7.4. 이후 사내이사인 것으로 나타난다.

(아) 처분청 답변서에는 E(D)에 대한 심문조서 일부가 발췌.게재되어 있는바, 이는 아래와 같다.

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(자) 주식회사 K의 대표이사 M가 고양세무서장의 세무조사에서 진술한 주요내용은 아래와 같다.

＜그림3＞ M의 심문조서 주요내용

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(차) 처분청이 제출한 쟁점거래처의 징수결정상세조회 내역에 따르면 쟁점과세기간의 부가가치세로 쟁점거래처에 고지된 금액은 미납되거나 일부만 수납된 것으로 나타나고, 결정사유로 ‘2022년 제1기 부가가치세 확정신고 및 수정신고한 후 세금을 무납부하였으므로 고지합니다’(A), ‘부가가치세 신고 후 신고세액을 무(과소) 납부하였으므로 고지합니다’(E), ‘2022년 제1기 부가가치세 수정신고 무납부고지’(E) 등이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①.②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 쟁점거래를 가공거래로 본 근거, 부정과소신고가산세를 적용한 근거 등을 제시하지 않았으므로 이 건 과세처분에 근거과세 원칙 위반, 세무조사의 하자 등 절차상 하자가 있다고 주장하나, 청구법인은 세무조사 결과통지 및 이 건 납세고지를 통해 ‘이 건 과세처분이 2022년 제1기 및 제2기 부가가치세 세목별 조사에 따른 경정처분이고, 처분청이 쟁점거래를 위장거래로 보아 부정과소신고가산세를 적용하였음’을 알 수 있었을 것으로 보이는바, 이 건 과세처분에 절차상 하자가 있다고 보기 어려운 점,

청구법인은 처분청이 청구법인의 매출거래는 정상거래로 인정하면서 매입거래인 쟁점거래를 가공거래로 보았는바, 이는 타당하지 않다고 주장하나, 처분청이 2%의 세금계산서불성실가산세를 적용한 사실에서 쟁점거래를 가공거래가 아닌 위장거래로 본 것을 알 수 있고, C와 A의 경우, 실제 J이 재화의 공급자로 보이는바, 해당 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보이며(A의 경우, J이 사내이사이긴 하나, 청구법인은 A 스스로 사업을 영위하였다는 사실을 입증하지 못하고 있다), E(D)은 E에서 화장품을 판매한 적이 없다고 주장한 것으로 조사되었고, E의 전자세금계산서 발급 IP주소 및 랜카드.CPU 고유번호는 C 및 A와의 그것과 일치하며, D는 ‘본인 통장에 모르는 업체로부터 입금이 되면 J이 주로 G톡 메시지로 입금된 금액을 이체해 달라고 지시했고 본인은 왜 이체해야 하는지 몰랐는데 J이 자금 회전이 되어야, 받아야 할 돈을 준다고 해서 지시에 따랐다’고 진술하였는바, E의 실질 사업자는 J인 것으로 보이는 점,

청구법인은 자신이 선의의 거래당사자라고 주장하나, 청구법인이 쟁점거래처의 사업장 등을 확인한 사실 등은 확인되지 않고, 자신은 인터넷, 홈택스 등을 통해 쟁점거래처의 사업자등록번호 등을 확인하였다고 주장하였으며, 청구법인이 C와 A에 거래대금을 입금하면 해당 금액은 청구법인의 대표이사, 대표이사의 모친 또는 모친이 대표이사인 주식회사 K 등에게 입금된 후 J 등에게 이체되거나 현금출금된 것으로 조사되었는바, 청구법인은 쟁점거래처의 실사업자가 J이라는 사실을 알 수 있었던 것으로 보이는 점,

위장거래라고 하여 반드시 일반과소신고가산세가 적용되어야 하는 것은 아닌 한편, 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 ‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고.납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고.납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 하는바(대법원 2021.12.30. 선고 2017두72256 판결 등, 같은 뜻임), 이 건에서 쟁점거래처는 쟁점거래 관련 세금을 체납하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다만, 쟁점세금계산서 중 A가 2022.6.11. 청구법인에게 발급한 공급가액 OOO원의 세금계산서에 대하여, 처분청은 해당 거래 중 OOO원 부분만을 위장거래로 확정하였고, 이에 해당하는 세금계산서지연수취가산세 OOO원에 대해서는 직권으로 감액경정할 예정이라는 의견이므로, A가 2022.6.11. 청구법인에게 발급한 공급가액 OOO원의 세금계산서 중 OOO원 부분을 세금계산서지연수취가산세 과세대상에서 제외하여 그 세액을 경정함이 타당할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 청구법인의 항변 내용

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＜별지2＞ 관련 법령

(1) 국세기본법(2022.12.31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것)

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.

제26조의2(국세의 부과제척기간) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 : 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

제81조의12(세무조사의 결과 통지) ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 세무조사 내용

2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 제1항에 따른 기간 이내에 조사결과를 통지할 수 없는 부분이 있는 경우에는 납세자가 동의하는 경우에 한정하여 조사결과를 통지할 수 없는 부분을 제외한 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지할 수 있다.

1. 「국제조세조정에 관한 법률」 및 조세조약에 따른 국외자료의 수집ㆍ제출 또는 상호합의절차 개시에 따라 외국 과세기관과의 협의가 진행 중인 경우

2. 해당 세무조사와 관련하여 세법의 해석 또는 사실관계 확정을 위하여 기획재정부장관 또는 국세청장에 대한 질의 절차가 진행 중인 경우

③ 상호합의절차 종료, 세법의 해석 또는 사실관계 확정을 위한 질의에 대한 회신 등 제2항 각 호에 해당하는 사유가 해소된 때에는 그 사유가 해소된 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 제2항에 따라 통지한 부분 외에 대한 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 부가가치세법(2022.12.31. 법률 제19194호로 개정되기 전의 것)

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제39조 제1항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트

(5) 부가가치세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33271호로 개정되기 전의 것)

제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

(6) 상법

제382조(이사의 선임, 회사와의 관계 및 사외이사) ② 회사와 이사의 관계는 「민법」의 위임에 관한 규정을 준용한다.