이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.12.29. 경기도 성남시 수정구 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가액(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제13조 제2항의 세율(8%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제①취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2024.9.25. 이 건 토지 지상에 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”일 한다)를 신축하고, 2024.10.29. 그 건축물 중 청구법인의 본점용으로 사용하는 부속토지에 대하여 「지방세법」제13조 제6항의 세율(12%)을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제②취득세 등”이라 하고, 이 건 제①취득세 등과 합하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 수정 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2025.2.10. 이 건 토지를 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제5호에 따른 대도시 중과 제외 업종에 해당하는 첨단기술산업에 사용하기 위하여 취득한 것으로 기 납부한 이 건 취득세 등에서 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목에 따른 세율(이하 “일반세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 세액을 초과한 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.3.14. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 2021년 12월 본점 이전 등을 목적으로 이 건 토지를 취득한 후, 2023년 1월 본점 및 연구소용으로 사용될 이 건 건축물을 신축하기 위하여 착공하였고, 2024년 9월 이 건 건축물의 사용승인을 받았으며, 2024년 10월 이 건 부동산으로 본점을 이전하였다.

청구법인은 이 건 부동산의 취득이 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제5호에서 대도시 법인 중과세 예외 업종인 「산업발전법」에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업에 사용하기 위한 것으로 대도시 중과세율 적용대상이 아닌 일반세율 적용대상에 해당된다고 보아 이 건 취득세 등의 일부에 대한 환급을 구하는 경정청구 하였으나, 처분청은 「지방세법」제13조 제3항 제1호 가목에 의하여 정당한 사유없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

통상 연면적 5,000㎡ 이상 건축물의 경우 설계기간만 3개월 가량 소요, 건축 심의에 따른 행정 절차로 인한 기간은 평균 6개월 소요, 건축허가 승인 이후 착공신고를 위한 지하안정영향평가, 구조 심의 등에 따른 절차에는 6개월 이상이 소요, 착공신고 승인에만 1개월이 소요되는 점 등을 고려하였을 때, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 빠른 시일 내 착공을 한 것으로 볼 수 있다.

단순히, 이 건 건축물 신축을 위한 착공을 하였다는 사실만으로 이 건 토지를 해당 사업에 직접 사용한 것으로 보기는 어렵지만, 건축물 신축행위는 그 사업에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 할 수 있는 점, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 이후 착공까지 1년 1개월이 소요되었고, 청구법인의 내부적인 지연사유 없이 모든 건축행정 절차를 가능한 신속하게 이행하였으나, 관련 행정기관의 처리지연 등으로 불가피하게 중과유예기간(1년)을 초과한 것으로 청구법인이 중과유예기간(1년) 이내에 이 건 토지를 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 할 수 있다.

나.처분청 의견

청구법인은 신약 연구개발을 영위하는 법인으로 청구법인 사업의 특수성에 따른 준비기간은 이 건 토지를 취득하기 전부터 충분히 예견된 것으로 보이므로 이는 청구법인이 내부적인 사유로 청구법인이 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 법인의 과실 없이 유예기간을 넘긴 경우에 해당한다고 보기 어려운 점,

청구법인보다 건축물 연면적이 큰 신축 공사하는 다른 법인의 경우에도 취득일부터 착공일까지의 소요기간이 청구법인이 걸린 소요기간(1년 1개월)보다 짧은 점으로 보아 청구법인이 다른 법인보다 빠른 시일 내에 착공하였다는 주장을 인정할 수가 없는 점,

청구법인과 주식회사 A와 2021.12.20. 체결한 건설사업관리(CM)형 공사감리 계약서에서 의하면 용역기간이 ‘용역착수일부터 30개월’로 확인되는바, 청구법인은 이 건 건축물 공사 소요 기간이 이 건 토지를 취득(2021.12.29.)하기 전부터 이미 중과유예기간(1년)을 경과할 것으로 예상됨에도 불구하고 작업공정을 단축하기 위한 특별한 노력을 다하였다는 사실이 확인되지 않는 점,

이 건 건축물 공사를 준공하는 과정에서 법령상의 장애사유나 처분청의 귀책사유 등의 외부적 장애사유가 달리 나타나지 않고 있는 점,

그 사업에 직접 건축물의 "착공"은 토지를 건축물의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위로서 취득세의 경우에는 직접 사용의 범위에 건축물을 건축 중인 경우가 포함되지 않는 것으로 해석함이 타당하다 할 것인데, 청구법인은 중과유예기간(1년) 이내에 이 건 건축물 신축을 위하여 착공도 못하였고, 이 건 토지 취득일부터 이 건 건축물 신축까지 약 2년 9개월의 기간이 소요된 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 중과유예기간(1년) 이내에 이 건 토지를 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

중과유예기간(1년) 이내에 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 등기부를 보면 2010.2.6. 대도시에 소재한 경기도 수원시 권선구 OOO를 본점소재지로, 신약 연구개발, 제조, 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다가 본점을 아래와 같이 이전한 것으로 확인된다.

○○○

(나) 청구법인은 2021.12.29. 이 건 토지를 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가액(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제13조 제2항의 세율(8%)을 적용하여 산출한 이 건 제①취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 2024.9.25. 이 건 토지 지상에 이 건 건축물을 신축하고, 2024.10.29. 그 건축물 중 청구법인의 본점용으로 사용하는 부속토지 부분에 대하여 「지방세법」 제13조 제6항의 세율(12%)을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부세액을 차감한 이 건 제②취득세 등을 처분청에 수정 신고·납부하였다.

(라) 이 건 건축물의 건축물 대장을 보면 청구법인은 이 건 건축물을 신축하기 위하여 처분청으로부터 2022.9.26. 건축허가를, 2023.1.31. 착공신고수리통지를, 2024.9.25. 사용승인을 받은 것으로 확인되고, 이 건 건축물은 지하 3층 내지 지상 8층 교육연구시설(연구소) 등 건축물 OOO㎡인 것으로 확인된다.

(마) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후, 중과유예기간(1년) 이내에 대도시 중과제외업종에 직접 사용하기 위하여 최선을 다하였다고 주장하여 주요 추진사항 및 그 주요 세부내역을 아래와 같이 제출하였다.

○○○

1) 청구법인은 2021.12.20. 서울특별시 강남구 소재 주식회사 A건축사무소와 건설사업관리(CM)형 공사감리 계약을 아래와 같이 체결한 것으로 확인된다.

○○○

2) 청구법인은 2022.1.28. 서울특별시 서초구 소재 주식회사 B와 아래와 같이 건축물 설계용역계약을 체결한 것으로 확인된다.

○○○

3) 청구법인은 2022.4.4. 처분청에 건축심의 신청을 한 것으로 확인되고, 처분청은 2022.4.27. 처분청의 건축심의회를 조건부로 통과한 것으로 확인된다.

4) 청구법인은 2022.6.13. 처분청에 이 건 건축물 신축에 대한 건축허가를 신청하였고, 처분청은 2022.9.26. 그 건축허가를 승인한 것으로 확인된다. 처분청은 그 건축허가를 받는 과정에서 13차례에 걸쳐 보완을 요구하여 그 처리기간이 지연되었다고 주장하고 있다.

5) 청구법인은 2022.11.25. 서울특별시 강남구 소재 주식회사 C와 이 건 건축물 신축을 위한 공사도급계약을 아래와 같이 체결한 것으로 확인된다.

○○○

(바) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 이 건 건축물과 비슷한 규모의 건축물을 신축하기 위한 착공까지 평균 소요기간이 약 18개월 소요됨에도 청구법인은 조속히 진행하여 약 13개월이 소요되었다고 주장하며 아래 세부진행현황을 우리 원에 제출하였다.

구분

행정절차

관련법령

평균 소요기간

청구법인 소요기간

청구법인 상황

건축 기획

형질변경 허가 등

-

-

-

청구법인 해당사항 없음

설계

건축물 설계 및 지질검사 등

-

3개월

3개월

설계사무소에서 연면적 5천m2의 경우 3개월로 견적서 제출 多 건축심의위원회 제출 서류 목록을 모두 준비하여야 하여 사실상 설계가 완료되어야 함 (위치도, 배치도, 단면도, 평면도, 입면도 등등)

사전심의

건축심의위원회 심의

「건축법」 제4조의2

「성남시 건축조례」 제4조 제1항 제3호에 해당하여 사전심의

6개월

3개월

토지 취득 선결 조건. 취득 이후 기본적인 설계도면 제출 필요. 의결 이후 보완사항 이행. 심의 한 번에 통과하였음

허가

건축 허가 심의

「건축법」 제11조

2개월

3개월

보완자료 요구가 많으며 당사는 13차 보완자료 제출

추가 심의

지하안정영향평가, 구조심의, 굴토심의 등

「지하안전관리에 관한 특별법」 제14조

「건축법 시행령」 제6조의3

「건축법 시행령」 제91조의3

6개월

2개월

구조심의, 굴토심의는 모두 한 번에 통과하였으며, 지하안전영향평가의 경우 통상 소요되는 시간이 6개월인 바, 미리 신청하여 착공신고가 늦어지는 것을 방지함

착공

착공신고 허가

「건축법」 제21조

1개월

1개월

(사) 청구법인은 5,000㎡ 이상의 업무시설 등을 건축하기 위하여는 「건축법」 제4조의2 및 「성남시 건축조례」제4조에 따라 건축 허가 전 건축심의위원회의 사전 심의가 선결되어야 한다고 규정하고 있고, 청구법인이 제출한 처분청 관내 2020년도 및 2021년도 5,000㎡ 업무시설 등 건축심의 후 착공한 건축물의 공사소요기간을 보면 청구법인이 제출한 12개 건축물 중 6개는 건축물 설계시작부터 착공까지 12개월을 초과한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여살펴본다.

(가) 「지방세법」제13조 제2항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다고 하면서 그 제1호에서 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다고 하면서 그 제1호에서 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우라고 하며 그 가목에서 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제26조 제1항에서 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다고 하면서 그 제5호에서 「산업발전법」에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 별표 1의2 제2호 마목에 따른 첨단업종이라고 규정하고 있다.

(나) 위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단(대법원 2002.9.4. 선고, 2001두229 판결, 같은 뜻임)하여야 할 것이다.

(다) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 중과유예기간(1년) 이내에 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 위 규정에서 직접 사용이라 함은 그 사업에 직접 사용할 건축물을 신축하기 위한 "착공"이 아닌 “준공”하여 그 사업에 사용하는 것으로 볼 수 있고, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 약 1년 1개월이 경과한 시점에 착공을, 약 2년 9개월이 경과한 시점에 준공된 점, 청구법인이 이 건 건축물을 신축과 관련하여 행정관청 등 외부적 사유로 그 공사가 지연되었다고 볼 수 있는 구체적 사유가 없는 점, 청구법인과 주식회사 A와 2021.12.20. 체결한 건설사업관리(CM)형 공사감리 계약서에 용역기간이 ‘용역착수일부터 30개월’로 확인되는 것 등에서 볼 때 청구법인은 이 건 건축물 공사 소요 기간이 이 건 토지를 취득(2021.12.29.)하기 전부터 이미 중과유예기간(1년)을 초과할 것이 예상되었음에도 불구하고 작업공정을 단축하기 위한 별도의 노력을 한 바가 없었던 것, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 약 3개월을 초과한 시점에 이 건 건축물 신축을 위해 처분청(건축심의위원회)에 건축심의를 신청한 것, 이 건 건축물 신축을 위하여 처분청으로부터 착공신고 수리통지를 받은 날로부터 약 1년 8개월이나 경과하여 준공된 것 등에서 볼 때 청구법인이 중과유예기간(1년) 이내에 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로 보기가 어려운 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 중과유예기간(1년) 이내에 대도시 중과제외업종에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우

⑥ 제1항과 제2항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제11조 제1항에 따른 표준세율의 100분의 300으로 한다.

(2) 지방세법 시행령

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

5. 「산업발전법」에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 별표 1의2 제2호 마목에 따른 첨단업종

③ 법 제13조 제3항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 제1항 제3호의 주택건설사업을 말하고, 법 제13조 제3항 제1호 각 목에도 불구하고 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간은 3년으로 한다.