이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.11.30. 경기도 수원시 장안구 OOO㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법 시행령」(2020.8.12. 대통령령 제30939호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제28조의2 제8호 나목(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 종전주택을「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택으로 하여「지방세법」(2020.8.12. 법률 제17473호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제8호 가목의 세율(1천분의 10)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2021.9.2. 종전 주택을 멸실한 후, 2021.12.11. 업무시설(오피스텔)을 주용도로 한 건축물을 착공하여 건축공사를 진행하던 중, 주택이 아닌 업무시설 신축은 쟁점규정을 적용할 수 없다는 처분청의 안내에 따라, 2023.1.17.「지방세법」제13조의2 제1항 제1호의 세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원을 기한 후 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 종전주택의 취득에 대하여 쟁점규정을 적용하여야 한다고 주장하면서, 2023.2.15. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.2.20. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

쟁점규정에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우 중과세 예외 대상에서 제외된다고 규정하고 있을 뿐, 멸실 이후 주택 완공을 전제로 하고 있지는 아니한바, 청구법인은 2020.11.30. 주택건설사업을 위하여 종전 주택을 취득하고, 3년 이내인 2021.9.2.에 종전주택을 멸실하였으므로 중과세 예외대상에 해당한다.

청구법인은 종전주택을 멸실함으로써 주택으로서의 기능이 상실되어 주택 투기수요를 유발할 요인이 전혀 없어 쟁점규정에 따른 입법취지는 이미 달성된 것이라 할 것임에도, 처분청은 관련 규정에도 없는 주택을 신축하여 공급하여야 한다는 요건을 갖추지 못하였다는 사유로 취득세를 중과세 하는 것은 조세법률주의원칙 등에 위배되어 부당하다.

나. 처분청 의견

다주택자에 대한 취득세 중과제도는 주택 실수요자를 보호하고 투기수요를 억제하기 위해 시행되었고, 주택건설사업자가 새로운 주택을 짓기 위해 멸실목적의 주택을 취득하는 것은 주택 실수요자 보호 취지에 반하지도 않고, 투기 목적의 주택 취득으로도 볼 수 없어 중과세에서 제외하고 있는데, 그에 따라 멸실만 하고 준공 이전에 해당 부동산을 처분한다면 이러한 취지에 부합한다 하지 않는다 할 것이고, 주택건설사업자가 멸실시킬 목적으로 취득한 주택을 멸실 후 처분하거나 주택이 아닌 다른 용도로 사용한 경우라면 중과세 대상에 해당한다 할 것(행정안전부 부동산세제과-4052호, 2022.12.12.)이다.

쟁점규정에 대한 행정안전부의 운영 요령에서, 신축 건물 중 주택에 해당하는 비율에 따라 안분하여 중과제외를 적용하였고, 이후 개정된 「지방세법 시행령」(2021.1.1. 대통령령 제31343호로 일부개정된 것)에서도 사업종류 및 주택의 비율에 따라 중과제외 멸실주택의 범위를 규정하고 있는데, 청구법인의 경우, 종전 주택을 취득(2020.11.30.) 후 3년 이내인 2021.9.2.에 멸실하였으나, 종전주택의 토지에 업무용 오피스텔을 주용도로 하는 건축물을 신축한 것이 확인되고, 해당 건축물에서 주택에 해당하는 면적 비율은 0%이므로 종전주택을 법인의 주택 유상거래 취득 중과 대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인(주택건설사업자)이 종전주택을 취득하여 멸실한 후 업무시설(오피스텔)을 신축한 경우 취득세 중과예외 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2017.3.15. 건축공사업, 토목공사업, 주택신축판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 청구법인은 2018.1.18.「주택법」제4조에 따라 주택건설사업자로 등록되었다.

(다) 청구법인은 2020.11.30. 종전주택을 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 종전주택을「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택으로 하여 취득세 등을 신고.납부하였다.

(라) 청구법인은 2021.9.2. 종전 주택을 멸실한 후, 2021.12.11. 업무시설(오피스텔)을 주용도로 한 건축물을 착공하였다.

(마) 처분청은 청구법인이 종전주택을 멸실하고 주택이 아닌 업무시설을 신축하고 있어 쟁점규정을 적용할 수 없다고 청구법인에게 안내하였고, 청구법인은 2023.1.17. 종전주택의 취득에 대하여「지방세법」제13조의2 제1항 제1호의 세율(1천분의 120)을 적용하여 취득세 등을 기한 후 신고·납부하였다.

(바) 청구법인은 2023.3.16. 종전주택의 토지에 주용도를 업무시설 (오피스텔) 및 제1종근린생활시설(소매점)로 사용승인을 받았고, 그 건축물 연면적(740.75㎡) 중 업무시설(오피스텔) 면적은 683.13㎡이고, 제1종근린생활시설(소매점) 면적은 57.62㎡로 나타난다.

(사) 행정안전부 부동산세제과-2469(2020.9.17.)호의 ‘다주택자 및 법인 주택 취득세 중과 운영요령 (추가)’의 내용은 아래와 같다.(일부 발췌)

17. 지방세법 시행령 제28조의2제8호나목의 “주택건설사업을 위하여 취득하는 주택”의 적용방법

○ 주택재개발조합, 주택재건축조합, 지역주택조합의 사업 목적 및 특성 등을 고려할 때, 해당 사업 전체를 “주택건설사업”으로 보아,

- 해당 사업시행자가 취득하는 멸실대상 주택은 전체를 중과 제외

○ 재개발사업 중 주거환경 개선목적이 아닌 “상업지역ㆍ공업지역 등에서 도시기능의 회복 및 상권활성화 등을 위하여 도시환경을 개선하기 위한 사업(舊 도시환경정비사업)”의 경우 해당 사업에서 주택에 해당하는 비율에 대하여 중과적용 제외

- 주택의 비율 등은 사업시행인가 등을 통해 확인하고, 추후 사후관리*

* 주택의 비율이 달라지는 경우 및 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우 등은 추징

○ 위에 해당하지 않는 소규모 주택건설사업자가 취득하는 주택은

- 해당 주택건설사업으로 주택에 해당하는 비율이 50%이상인 경우 전체를 주택으로 보아 중과적용을 제외, 50%미만인 경우 주택에 해당하는 비율에 대하여 중과적용 제외

- 주택의 비율 등은 사업계획, 건축허가 등을 통해 확인하고, 추후 사후관리

(아) 행정안전부 지방세정책과-6196(2020.12.31.)호의 ‘2021년 시행 지방세법령 개정내용 및 적용요령’의 내용은 아래와 같다.(일부 발췌)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 종전주택을 멸실하고 그 지상에 오피스텔을 신축한 이상, 종전주택의 취득을 중과세 예외규정의 적용대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 쟁점규정의 취득세 중과세 예외규정은 주택건설사업자에 대해서는 “정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실하지 않는 경우”만을 추징사유로 규정하고 있을 뿐 다른 사유에 따른 추징처분을 허용하고 있지 않고, 청구법인이 종전주택을 3년 이내에 멸실한 이상 다른 이유를 들어 중과세율을 적용할 수는 없는 점, 처분청이 근거로 제시한 쟁점규정의 중과세 예외규정의 본문에서 “주택건설사업을 위하여 취득하는 주택”이라고 규정하고 있고, 그 주택건설사업은 주택 취득 당시에 계획된 사업을 의미하는 것인바, 청구법인이 20세대 이상의 공동주택을 신축할 목적 등으로「주택법」제4조에 따라 주택건설사업자로 등록하고 종전주택을 취득하여 멸실하였으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」제13조에 따른 법인으로 보는 단체,「부동산등기법」제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

(2) 지방세법 시행령

제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

8. 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다.

가.「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관 또는 「지방공기업법」제3조에 따른 지방공기업이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업을 위하여 취득하는 주택

나.「도시 및 주거환경정비법」제2조 제8호에 따른 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호에 따른 사업시행자,「주택법」제2조 제11호에 따른 주택조합 또는 같은 법 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택