이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 경상북도 OOO 일원에서 주택재개발 정비사업(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다)의 시행자로 2018.4.20. 사업시행인가를 받은 후, 2021.2.1.부터 주택재개발사업 시행을 위한 부동산을 순차적으로 취득하였고, 그 중 주택에 해당하는 부동산에 대해서는 「지방세법 시행령」 제28조의2 제8호 나목 1)에 따라 「지방세법」 제11조 제1항 제8호의 세율(1%)을 적용하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 주택의 멸실이 지연됨에 따라, 취득일부터 3년이 경과한 경상북도 OOO 주택 외 8(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세 OOO원을 신고·납부한 후, 2025.1.22. 주택 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 주택을 멸실시키지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 보아 중과세율을 적용하여 납부한 세액의 환급을 구하는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.3.5. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 재개발정비사업을 수행하기 위해 설립된 조합으로서, 사업시행인가 및 관리처분계획 인가를 받은 후, 현금청산자 소유 부동산을 취득하여 멸실한 다음 아파트 등을 신축·공급하고자 하였다.

이에 따라 청구법인은 청산자들의 토지 및 건물을 순차적으로 취득하고 취득세를 납부하였으나, 일부 대상 토지에 대하여 취득일로부터 3년 이내 멸실이 이루어지지 않았다는 이유로 취득세 중과세 처분을 받게 되었고, 이에 대해 경정청구를 제기하게 되었다.

청산자 중 a에 대한 토지 소유권 취득은 2021년 2월경부터 시작되었으며, 이후 2023년 1월 b 외 293명의 소유권을 최종 취득함으로써 총 198명의 청산자에 대한 이주공급이 완료되었다. 이 과정에서 명도소송 및 강제집행 등 실질적 이주 절차가 병행되었고, 최종적으로 2023년 10월 청산자 c의 이주가 완료되면서 멸실·철거가 가능한 상태가 되었다.

한편, 2021년부터 청산자들을 상대로 부동산 점유·건물 인도 청구 소송, 손실보상금 관련 소송, 관리처분 무효확인 소송 등 다수의 소송이 병행되었으며, 같은 해 10월부터는 지방토지수용위원회를 통한 1차~5차 수용재결 절차가 진행되었다. 청구법인은 수용재결에 따라 법원에 공탁을 이행하였고, 2022년 6월 중앙토지수용위원회 재결이 완료되자 재결취소소송도 제기되어 이에 따른 추가 공탁도 병행하였다. 이후에도 2024년 8월에는 d 외 2명의 항소심 판결이 있었고, 2024년 10월에는 e 외 1명에 대한 상고심 판결까지 이어져 청구법인의 재정적 부담은 가중되었다.

청구법인은 위와 같은 소송과 분쟁, 과도한 합의금 요구 등으로 인해 멸실에 상당한 지연이 초래되었음에도, 조속한 사업 추진을 위해 청산자 이주를 독려하고 사업비를 집행하며 모든 절차를 성실히 진행해 왔다. 특히, 최종 청산자의 이주가 완료된 2023.10.25. 이후 즉시 철거 및 멸실을 추진하고 있으며, 이주비 대출 이자 절감과 조합원 피해 방지를 위해 신속한 철거는 필수적인 상황이었다.

아울러 청구법인은 부동산 경기 침체와 공사비 상승 등의 어려운 여건 속에서 조합원의 추가 분담금 부담을 줄이기 위해 2024.12.17. 설계변경 인가를 득하였으며, 2025년 7월 관리처분변경 총회를 앞두고 같은 해 하반기 철거를 계획하고 있다.

청구법인은 이와 같이 실질적인 멸실 지연 사유가 외부적·불가항력적 사정에 기인하였음을 강조하며, 재정적 어려움 속에서도 국세 및 지방세를 성실히 납부해 왔고, 2022년부터 2024년까지 종합부동산세 소명자료를 제출하여 환급받는 등 의무를 충실히 이행하였다.

이 건 처분에 대하여 청구법인과 조합원이 처한 현실적 어려움 및 사업 진행의 실질적 사정을 감안하여 형평성 있는 판단이 이루어지기를 바란다.

나. 처분청 의견

청구법인이 제출한 경과보고 자료에 따르면, 조합원 이주는 2023.9.30.에 전원 이주가 완료된 것으로 확인된다. 이후 부동산 점유이전금지가처분, 건물인도, 손실보상에 관한 소송 등이 진행되었으며, 손실보상금 소송에 대한 판결은 2024.9.12.에 원고 일부 승소로 확정된 것이 최종적으로 확인된다.

청구법인은 청산자 소송 등 일련의 사건들이 외부자인 청산자에 의해 제기된 것으로, 외부적인 사유에 해당한다고 주장하나, 이는 실질적으로 보상 협의에 관한 사항으로서, 법령에 따른 금지 또는 제한 등 법인의 의사로 제어할 수 없는 외부적인 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

또한, 내부적인 사유로 인해 멸실이 지연되었다고 하더라도, 청구법인이 쟁점주택의 멸실을 위해 진지한 노력을 다하였다면, 이는 「지방세법 시행령」 제28조의2 제8호에서 정한 ‘정당한 사유’에 해당할 여지가 있으나, 청구법인이 제출한 2021년부터 2024년까지의 경과보고 내역을 살펴보면, 2022.9.5. OOO시 건축과에서 청구법인에게 발송한 주택재개발정비사업 건축물 해체 협조 공문 외에는 쟁점주택의 멸실을 위한 청구법인의 구체적이고 적극적인 조치를 확인할 수 있는 자료는 제출되지 않았다. 나아가 현재까지도 청구법인은 관련 부서인 건축과에 해체허가를 신청하지 않은 것으로 나타나, 시공사와의 협의 등 절차 진행 역시 불투명한 상태임이 드러난다.

따라서, 청구법인이 주장하는 보상금 지급 청구소송 등의 사유는 쟁점주택 철거를 지연시킨 외부적인 요인으로 보기 어렵고, 오히려 기존 조합원인 청산인들과의 보상 협의 과정에서 비롯된 내부적인 사유로 보아야 할 것이다. 또한 청구법인이 쟁점주택 철거를 위한 진지한 노력을 기울였다고 평가할 수 있는 객관적인 정황 역시 존재하지 않으므로, 청구법인이 주장하는 사유는 「지방세법 시행령」 제28조의2 제8호에 따른 ‘정당한 사유’에 해당한다고 보기 어렵다.

결국, 이 건과 관련하여 쟁점주택에 대한 중과세 배제를 위한 ‘정당한 사유’가 존재한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택을 취득일부터 3년이 경과할 때까지 멸실하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 사업시행구역 내 건축물을 철거하고, 해당 토지에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지할 목적으로 2013.11.18. 설립된 법인으로, 현재 경상북도 OOO에 주사무소를 두고 있다.

(나) 청구법인은 2021.2.1.부터 2021.12.9.까지 청산자들로부터 ＜표1＞ 기재와 같은 물건을 취득하였고, 주택세율을 적용하여 산출한 OOO원을 신고·납부하였으며, 이후 2024.3.5.부터 2024.12.10.까지는 해당 물건에 대하여 「지방세법」제13조의2 제1항 제3호에 따른 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 OOO원을 신고·납부하였다.

○○○

(다) 이 건 재개발사업의 주요 사업경과 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 건 재개발사업 사업경과

날짜

사업경과 요약

2018.4.25.

사업시행인가

2020.10.7.

관리처분인가

2021.2.8.

이주 안내 공고문 발송

2021.2.25.

청산자, 세입자 이주 공고

2024.4.26.

사업시행(변경)인가 신청

2024.11.17.

사업시행(변경)인가 득

(라) 청구법인이 제출한 ‘수용재결 및 공탁’에 따르면, 청구법인은 2021.10.1. 지방토지수용위원회의 1차 수용재결 통보를 시작으로 2023.2.23. 중앙토지수용위원회의 5차 수용재결 통보에 이르기까지 총 10차례에 걸쳐 지방 및 중앙토지수용위원회의 수용재결을 통보받았고, 그에 따른 법원 공탁은 2021.11.17.부터 2023.6.21.까지 총 264건에 걸쳐 이루어진 것으로 나타난다.

(마) 청구법인이 제출한 2021년부터 2024년까지 청산자 및 이해관계인들이 제기한 각종 소송과 법적 분쟁의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

○○○

(바) 쟁점주택은 이 건 심판청구일 현재까지 건축물대장이 말소되지 않았고, 처분청이 2025.7.23. 쟁점주택 현지조사 당시 촬영한 사진에는 쟁점주택이 구조 및 외형을 주택으로 종전과 같이 유지하고 있는 것으로 보인다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 재개발정비사업을 추진함에 있어 소송 및 수용재결 등 불가항력적 사유로 멸실이 지연되었으나, 그간 성실히 절차를 진행하여 왔으므로, 이 건 부과처분은 부당하다고 주장하나,

손실보상금 소송이나 보상 협의 지연은 대부분 청구법인의 조합원 또는 협의 대상자인 청산자와의 갈등에서 비롯된 것으로, 이는 청구법인의 내부 문제로 보이고, 이러한 사유는 법령이 정한 ‘법인의 의사로 제어할 수 없는 외부적 사유’에는 해당하지 않는 점, 청구법인은 쟁점주택의 멸실을 위하여 진지한 노력을 다하였다고 주장하나, 멸실을 위한 구체적이고 적극적인 조치가 확인되지 아니하고, 쟁점주택은 이 건 심판청구일 현재까지 건축물대장이 말소되지 않았고, 처분청의 현지조사 결과 주택의 구조 및 외형이 그대로 유지되고 있는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 취득을 중과세율 적용대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2020.12.29 법률 제17769호로 일부개정된 것)

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1.∼ 6. (생 략)

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지: 1천분의 30

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

8. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조 제1호의 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서나 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 취득당시가액(제10조의3 및 제10조의5 제3항에서 정하는 취득당시가액으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다)은 다음 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득당시가액으로 한다.

제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

2. 1세대 2주택(대통령령으로 정하는 일시적 2주택은 제외한다)에 해당하는 주택으로서 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 장에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 3주택에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율

3. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 4주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

② 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 일정가액 이상의 주택을 제11조 제1항 제2호에 따른 무상취득(이하 이 조에서 “무상취득”이라 한다)을 원인으로 취득하는 경우에는 제11조 제1항 제2호에도 불구하고 같은 항 제7호나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용한다. 다만, 1세대 1주택자가 소유한 주택을 배우자 또는 직계존비속이 무상취득하는 등 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

③ 제1항 또는 제2항과 제13조 제5항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제1항 각 호의 세율 및 제2항의 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용한다.

④ 제1항부터 제3항까지를 적용할 때 조정대상지역 지정고시일 이전에 주택에 대한 매매계약(공동주택 분양계약을 포함한다)을 체결한 경우(다만, 계약금을 지급한 사실 등이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에 한정한다)에는 조정대상지역으로 지정되기 전에 주택을 취득한 것으로 본다.

⑤ 제1항부터 제4항까지 및 제13조의3을 적용할 때 주택의 범위 포함 여부, 세대의 기준, 주택 수의 산정방법 등 필요한 세부 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31343호로 일부개정된 것)

제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

1. ∼ 7.(생 략)

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목 6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하고, 나목 6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 3년[나목 5)의 경우 2년]이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다.

가. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관 또는 「지방공기업법」 제3조에 따른 지방공기업이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업을 위하여 취득하는 주택

나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다.

1) 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제8호에 따른 사업시행자

2) 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호에 따른 사업시행자

3) 「주택법」 제2조 제11호에 따른 주택조합(같은 법 제11조 제2항에 따른 “주택조합설립인가를 받으려는 자”를 포함한다)

4) 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자

5) 「민간임대주택에 관한 특별법」 제23조에 따른 공공지원민간임대주택 개발사업 시행자

6) 주택신축판매업[한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업과 주거용 건물 건설업(자영건설업으로 한정한다)을 말한다]을 영위할 목적으로 「부가가치세법」 제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 자

9. 주택의 시공자(「주택법」 제33조 제2항에 따른 시공자 및 「건축법」 제2조 제16호에 따른 공사시공자를 말한다)가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자로부터 해당 주택의 공사대금으로 취득한 미분양 주택(「주택법」 제54조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 취득일 현재까지 분양계약이 체결되지 않아 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. 이하 이 조 및 제28조의6에서 같다). 다만, 가목의 자로부터 취득한 주택으로서 자기 또는 임대계약 등 권원을 불문하고 타인이 거주한 기간이 1년 이상인 경우는 제외한다.

가. 「건축법」 제11조에 따른 허가를 받은 자

나. 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자